İnsan Genomik ve Model Organizma Genetiği Bilgilerini Entegre Eden Web Tabanlı Bir Araç olan MARRVEL'de Gezinme

MARRVEL.org insan genlerinin hastalık alaka genel bir bakış sağlayabilir bilgi toplar, çoğunlukla nadir genetik hastalıklar üzerinde duruluyor. Ayrıca model organizma veritabanlarından biyolojik bilgi toplar. MARRVEL çok zaman ve çaba tasarrufu sağlayabilir.

Bu araç olmadan, kullanıcılar MARRVEL'in saniyeler içinde elde edebileceği bilgileri toplamak için farklı veritabanlarında arama yapmak için saatler harcarlar. MARRVEL aktif hekimler ve bilim adamları tarafından tüm dünyada kullanılmaktadır. Bu tanı yı kolaylaştırır ve terapötik çalışmalar için daha fazla bilgi keşfetmek için bir başlangıç noktası olabilir.

Kullanıcılarımızın çoğu insan genetiği geçmişine sahip olmasına rağmen, model organizma araştırmacıları da dahil olmak üzere çok çeşitli biyomedikal alanlardan kullanıcı sayısı giderek artmaktadır. İnsan geni ve varyant tabanlı arama için MARRVEL giriş sayfasını açın. Bir arama sadece gen bilgileri, tek başına varyant bilgileri veya hem gen hem de varyant bilgileri ile yapılabilir.

Aday gen adlarının her karakter girişiyle birlikte giriş kutusunun altında listeli olduğunu doğrulayın. Arama negatif çıkarsa, kullanılan gen sembolünün güncel olduğundan emin olmak için HGNC web sitesini kullanın. Daha sonra, varyantların Exome Toplama Konsorsiyumu ve Genom Toplama Veritabanı'nda nasıl görüntülendiğine ilişkin bir insan varyantı bilgisi girin veya İnsan Genom Varyasyon Derneği yönergelerine göre transkript tabanlı bir adlandırma kullanın.

Genomik konum terminolojisi için koordinatları Homo sapiens genom derlemesi 19'a göre kullanın. MARRVEL'e ilgi çeken insan genine göre model organizma verilerine erişmek için, sekiz model organizma için aşağıdakilerin her birini elde etmek için Gen İşlev Tablosu'nu kullanın. Her gen adı kendi model organizma veritabanlarındaki gen sayfalarına köprü landığından, her model organizma için mevcut olan henotypik bilgi ve kaynaklar hakkında daha fazla bilgi edinmek için bağlantılara tıklayın.

Örneğin, FlyBase'de, oluşturulan tüm alellerin, ilgili fenotiplerinin ve her bir alelin ortak stok merkezlerinden kullanılabilirliğinin bir listesi olacaktır. Gen İşlev Tablosu'nda, her organizmanın ilgi geniyle ilgili yayınların listesine gitmek için PubMed bağlantılarını tıklatın. Model organizma geninin ilgi çeken insan geninin ortologu olma olasılığının yüksek olduğu güven düzeyini görmek için, model organizma geninin insan geninin bir ortolog u ğr'ı olması muhtemel olan ortolog tahmin algoritmalarının sayısını ölçmek için DIOPT sütununa bakın.

Genellikle her model organizmada mutlaka ortolog olmayan paraloggenler ve homolog genler içeren tüm adayları görüntülemek için Göster'in yalnızca en iyi DIOPT puan gen kutusunun işaretini kaldırın. İlgi çekici gen veya proteinin ekspresyonunu belirlemek için, gen veya proteinin insan veya model organizma veritabanlarında ifade edildiği bildirilen dokuların listesi için İfade sütununa bakın. İnsan transkripsiyonu verileri Genotype-Tissue Expression veya GTEx'ten, insan protein ekspresyonu verileri ise İnsan Protein Atlası'ndan elde edilir.

İfade sütununda, bazı verilerde, ısı haritası kullanarak gen veya protein ifade deseni görüntüleyen insan ve sinek verileri gibi açılır bağlantılara sahip bir düğme vardır. Diğer veriler daha fazla araştırma için kendi model organizma veritabanları sayfalarına köprü lenir. Gen Ontoloji koşullarına erişmek için Moleküler fonksiyon, Hücresel bileşen ve Biyolojik proses sütunlarını kontrol edin.

Bu veriler deneysel kanıt kodları tarafından filtrelenmiş ve her model organizmada doğrudan deneysel kanıtlara dayanan Gene Ontoloji terimlerini göstermektedir. Belirli bir insan geni için Phenogrid sayfasına gitmek için Monarch Girişimi'ni kullanın. Bilinen insan hastalıkları ile ilgili gen ile ilişkili fenotipler ile fenotipik çakışmaları olan model organizma mutantları arasında hızlı bir karşılaştırma sağlayan bir grafik görüntülenir.

Bir fare geninin Uluslararası Fare Fenotibulama Konsorsiyumu tarafından yapılmış veya planlanmış bir nakavt faresi varsa, IMPC'yi tıklatmak nakavt faresinin fenotipini ve halka açık stok merkezlerinden kullanılabilirliğini ayrıntılarıyla açıklayan sayfaya bağlanır. İlgi lenen insan proteininin öngörülen protein etki alanları hakkında bilgi edinmek için İnsan Gen Protein Etki Alanları kutusunu tıklatın. Veriler, protein aileleri ve Korunmuş Etki Alanları Veritabanlarını kullanan DIOPT'den türetilmiştir.

Tek bir kalıntı, iki kaynakta açıklamalı etki alanlarında ki bazı çakışma nedeniyle birden fazla açıklama eklenmiş olabilir. Daha sonra her protein için amino asit veya nükleotit dizileri hizalayıcı için birden fazla hizalama programı kullanan DIOPT tarafından oluşturulan amino asit çoklu hizalama elde etmek için Çoklu Protein Hizalama kutusunu kullanın. İlgi amino asit vurgulamak için, kutunun altına aşağı kaydırın ve ilgi amino asit numaraları girin.

Model organizma genlerine dayalı MARRVEL'de bir aramaya başlamak için Model Organizmalar Arama'yı tıklatın ve tercih edilen model organizmayı seçin. Bir model organizma gen sembolü girin, ad otomatik olarak tamamlandığında gen simgesine tıklayın ve Ara'yı tıklatın. Arama sonucu negatifse, model organizma veritabanlarında kullanılan resmi gen simgesini kontrol edin.

Arama sonucu hala negatifse, ilgi geni için iyi tahmin edilmiş orthologlar olup olmadığını değerlendirmek için DIOPT ve Orthology Predictions Search veritabanına erişin. Arama pozitifse, DIOPT skorunu ve insan geninden model organizma sütununa kadar olan en iyi skoru kontrol edin. Eğer genin diopt skoru üç veya daha fazlaysa ve insan geninden model organizmaya en iyi skor Evet olarak işaretlenmişse, model organizma genine ortolog olan birden fazla gen olması muhtemeldir.

Her insan ortolog adayının arama sonuçlarını görüntülemek için MARRVEL bağlantısını tıklatın. Bu durumda, sadece bir aday vardır. Bir gen ve ilgi varyantı için bir MARRVEL insan genetiği çıktı yorumlamak için, Man Online Mendelian Inheritance veya OMIM tıklayın.

Gen ve gen ürünü hakkında bilinenlerin kısa bir özetini almak için İnsan Gen Açıklaması kutusunu kullanın. İlgi geninin Mendelian hastalığına neden olan bir gen olarak bilinip bilinmeyeceğini belirlemek için Gen-Fototip İlişkileri kutusunu kullanın. Bu kutu, bilinen hastalıklar ve diğer fenotip çağrışımları ile ilgi geni ile elle küratörlü sağlayacaktır.

OMIM kutusundan Bildirilen Aleller, bu veritabanı tarafından küratörlüğünü yaptığı patojenik varyantların bir listesini elde etmek için kullanılabilir. Bu örnekte, bu genin bilinen biyolojik işlevini ve iskelet, kardiyak ve bağışıklık sistemlerini içeren nadir bir hastalığa sahip küçük bir ailede ayrıştırılmaya neden olan gendeki belirli bir yanlış anlamlı varyantın potansiyel fonksiyonel etkisini değerlendirmek için insan TBX2'yi aramak gerçekleştirilmiştir. Burada, TBX2 arama için çıkış görülebilir.

MARRVEL'de görüntülenen model organizma bilgilerine dayanarak, bu ilgi geninin C.elegans ve Drosophila'dan insanlara korunduğu ve ilginin amino asidi olan arginin 20'nin de evrim boyunca yüksek oranda korunduğu tespit edilmiştir. Fare TBX2 bu bölgede iyi hizalanmaz unutmayın, büyük olasılıkla hizalama için kullanılan transkript nedeniyle. Farklı türlerdeki TBX2 ortologlarının Gen Ontoloji terimlerine bakıldığında, TBX2'nin kalp morfingenezine ve fare ve zebra balığındaki diğer biyolojik süreçlere karışan bir transkripsiyon faktörünü kodlandığı gözlenebilir.

İnsan TBX2 kalp tabanlı genotip doku ekspresyonu ve protein atlasları ve TBX2 varyant ı olan hastalarda ifade edilir gibi, bu varyant deneysel keşfetmek için iyi bir aday olduğu sonucuna varılabilir. Gen adları zaman içinde değişebilir, bu nedenle insan veya model organizma veritabanlarına dayalı en son resmi gen sembollerini kullandığınızı doğrulamak önemlidir. Lütfen yapılabilir daha ileri deneysel çalışmalar için Drosophila kullanarak Hastalık ile Ilişkili Nadir İnsan Varyantları In Vivo Fonksiyonel Çalışma başlıklı bizim eşlik eden JoVE video makalesini izleyin.

MARRVEL, hastalık teşhisi ve mekanistik çalışmaların kolaylaştırılmasında klinisyenve araştırmacılara destek vermektedir. İlerledikçe programa yeni özellikler ekleyerek bunu yapmaya devam edeceğiz. MARRVEL sürekli olarak yükseltiliyor, bu nedenle kullanıcıların tanıtılan yeni özellikler hakkında güncel kalmak için Yenilikler bölümüne okumalarını öneririz.