EVOLVER kullanarak otomatik, yüksek verimlilik, sürekli hücre büyüme denemeleri tasarlama

eVOLVER araştırmacılara deneysel özgürlük, birden fazla parametre üzerinde otomatik geribildirim ile kendi kültür büyüme deneylerini tanımlama ve ihtiyaç duydukları boyuta ölçeklendirme olanağı sağlar. eVOLVER diğer cihazlara göre daha esnektir. Kullanıcılar, her kültür için sensörleri tutan akıllı kılıfları değiştirerek Python'daki yazılımları ve donanımı kolayca özelleştirebilir.

Sistem ilk bakışta birden çok bileşen ve bağlantıyla karmaşık görünebilir. Görsel bir kılavuz, ilk kez kullanıcıların kendi denemelerini çalıştırmakonusunda daha fazla güven sağlar. Uygun kurulum çok önemlidir.

Her bileşenin ne yaptığını anladığınızdan emin olun. Böylece çalıştıklarını doğrulayabilirsiniz. Her şeyin doğru yönlendirildiğından ve sıkıca bağlandığından emin olun.

Bakteri ve mayanın farklı koşullarda aerobik culturing için tasarlanmış iken, eVOLVER de anaerobik fermantasyon için değiştirilmiş olabilir veya süspansiyon memeli hücreleri korumak için. Bu video, eVOLVER platformlarını kullanarak yüksek iş hacmi sürekli kültür deneyinin nasıl kurulacağını, baş harfe çevrileceğini ve çalıştırılabildiğini gösterecektir. Deneyden bir gün önce, el yazmasına göre medya, şişe ve inoculum hazırlayın.

Üç büyük gaga,% 10 çamaşır suyu ve% 70 etanol bir beaker iki gagahazırlayın. EVOLVER cihazındaki anahtarları kullanarak, eVOLVER üzerindeki beş voltluk güç kaynağını açın, beş saniye bekleyin, sonra 12 voltluk güç kaynağını açın. Aynı ortam şişesinden birden fazla şişe çalıştırıyorsanız, birden çok ortam giriş hattını boru bölücüleriyle bağlayın.

Özel boru ayırıcılar alt bileşenlerle inşa edilebilir. İlk çamaşır suyu kabındaki medya giriş çizgilerini ve ikinci çamaşır suyu kabındaki media eflux çizgilerini batırın. Medya giriş hatlarının alt uçlarını eflux hatlarıyla ikinci kabına bağlayın.

Atık hatlarını atık bakıcısına yerleştirin. Deney sırasında üretilen atıksterilize etmek için atık carboy içine çamaşır suyu bir ila iki litre ekleyin. eVOLVER'deki dokunmatik ekranı kullanarak, kurulum bölümüne gidin ve sıvı hatlarını %10 çamaşır suyu yla doldurmak için tüm pompaları 20 saniye çalıştırın.

Çamaşır suyunun sterilize etmek için en az 30 dakika kuyrukta oturmasını bekleyin. Hatlar artık su altında kalana kadar dokunmatik ekranı kullanarak pompaları tekrar çalıştırın, mümkün olduğunca fazla çamaşır suyu almak için çizgiler üzerinden hava iterek. Ortam giriş satırlarını etanol kabına yerleştirin, hatları etanolle doldurun, havayla yıkayın.

Daha sonra, ortam giriş çizgilerini alt konektörlerle ortam şişelerine takın ve ortam artık etanol leri dışarı atayana kadar pompaları çalıştırın. Kısmen eVOLVER akıllı kollu içine sterilize şişeler eklemek ve renk kodlama göre uzun eflux strawq için kısa akını saman ve atık hatları giriş hatları kanca. EVOLVER dokunmatik ekranında tüm pompaları 10 saniyelik artışlarla çalıştırarak şişeleri ortamla doldurun.

Görsel muayene ile eflux pompaların taşmaları önlemek için eflux pipetler aracılığıyla medyayı verimli bir şekilde ortadan kaldırdığından emin olun. Daha sonra, tamamen akıllı kol tarafından kaplanmış kadar aşağı şişeleri itin. eVOLVER dokunmatik ekran etkileşimli kurulum sayfasında, bir parmağınızı dokunmatik ekran boyunca sürükleyin veya tüm şişeleri seçmek ve sıcaklığın başlangıç koşullarını 30 derece ye ayarlamak ve 10 dereceye kadar karıştırın için Tümü Seç düğmesine basın.

Bilgisayarda, denemenin çalıştırılacılan eVOLVER cihazını belirtin. İstediğin kalibrasyon ayarlarının seçildiğinden emin olun. eVOLVER panosunu açın ve Deney Yöneticisi sayfasına gidin.

Başlangıç noktası olarak Deneme Gezgini panelindeki Temel denemeyi veya varolan bir denemeyi seçin ve Clone'u tıklatın. Deneme Düzenleyicisi sayfasına gidin. Sıcaklığı 30 santigrat dereceye ayarlamak ve deneysel tasarıma göre her şişe için bir üst ve alt OD eşiği ayarlamak için Şişe Seçici ve Parametre Tanımı panellerini kullanın.

Kaydet'i tıklatarak denemeyi kaydedin. Ardından Deney Yöneticisi sayfasına geri dönmek için oku tıklatın ve çalıştırmak için Oynat düğmesini tıklatın. Deneme başlatıldıktan sonra etkileşimli panodaki Gerçek Zamanlı Veri paneline gidin.

Her şişe için, OD değerlerinin sıfırda tutup tutmadığını kontrol edin. Sıcaklıkların 30 santigrat dereceye doğru olup olmadığını veya ilerlediğini kontrol etmek için sıcaklık grafiklerine göz atın. Inokül hazırlamak için, ilk gece kültürleri OD ölçmek ve 25 mililitre bir şişe hacmi ve yaklaşık 0,05 istenilen başlangıç OD varsayarak gece kültürleri için istenen tam seyreltme hesaplamak.

Örnekleme portu aracılığıyla, pipet inoculum veya inocula karışımı hesaplanan hacmi. OD'nin 0,05'e yükseldiğini görmek için panodaki grafikleri kontrol edin. Deney devam ederken hücre büyümesi ve şişe koşulları gerçek zamanlı olarak izlenebilir ve herhangi bir sorun oluşursa araştırmacının müdahale etmesine olanak sağlar.

eVOLVER, kültür koşullarının çoklu parametre kontrolüne olanak tanıyan otomatik bir sürekli kültür platformudur. EVOLVER büyüme hızı verilerinden enterpolasyona tabi nesillere karşı log oranları çizildiğinde yabani tip, ısıya duyarlı ve tuza duyarlı gruplar arasında nitel farklılıklar gösterilmiştir. Renk seçim sıcaklığını gösterirken tireler tuz konsantrasyonlarını ayırt eder.

En az üç nokta kullanarak her çizimin doğrusal kısmına sığan bir eğim, varyant geriliminin referans zorlanmasına karşı nasıl rekabet ettiğini açıklayan nicel bir uygunluk değeri verir. Negatif fitness değerleri, varyant zorlanmasının referans zorlanmadan daha fazla olduğunu gösterir. Her zaman tüm pompalar verimli çalışıyor ve sıvı hatları herhangi bir tıkanıklık ları temiz olup olmadığını kontrol edin.

Taşma bir deneyi mahvedebilir ve akıllı kollara zarar verebilir. EVOLVER'den alınan numuneler daha sonra deney sonucunda genomik değişiklikleri kontrol etmek için sıralanabilir. Bu bilgiler yeni suşlar veya sistemler tasarlamak için kullanılabilir.

Laboratuvar evrimi veya kütüphane seçimini kullanan araştırmacılar için, her eVOLVER deneyinde benzersiz seçim baskıları uygulamak kolaydır. Geri bildirim kontrolü ve dinamik ortamlar artık çok erişilebilir. Atık bakıcı bir deneyden sonra az miktarda çamaşır suyu ve etanol içerecektir.

Atıkların doğru şekilde bertaraf edilmesi için laboratuvar güvenlik koordinatörünüze danışın.