Name: İndükleyici Gradyan Plakaları Üzerindeki Bakteriyel Yüzey Kaynatma Motilitesinin Ölçülmesi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2022-01-05T13:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 57 s
Description: Öğrenin bakteriyel yüzey kaynatma motilitesini indükleyici gradyan plakaları kullanarak yüksek verimli tarama yöntemiyle değerlendirmeyi. Bu maliyet etkin teknik, mikropatojen yanıtlarını gözlemleyerek ilaç taraması için uygundur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu tekniğin geliştirilmesi, Bilim ve Teknoloji Bakanlığı'nın Ulusal Anahtar Ar-Ge planı (2018YF0902604), Çin Ulusal Doğa Bilimleri Vakfı'nın Uluslararası Genç Bilim İnsanları Araştırma Fonu (22050410270) ve Shenzhen İleri Teknoloji Dış Fonları Enstitüleri (DWKF20190001) fonlarıyla desteklenmiştir. Bayan Chen Xinyi'ye, belgenin düzeltilmesinde ve laboratuvar yönetiminde yardımcı olduğu için içten şükranlarımızı sunmak istiyoruz.

1. Degrade sürü plakalarının hazırlanması
<ol><li>Sürü ortamının hazırlanması NOT: Farklı ortam viskozitelerinin kısa bir karşılaştırması için tartışma bölümüne bakın; Bu protokolde sürü ortamının %0.7 (w/v) agar konsantrasyonu kullanılmıştır.<ol>
<li>İki konik şişede agar ile Lysogeny et suyu (LB) tozu hazırlayın; Her şişe 2 g tripton, 2 g sodyum klorür, 1 g maya ekstresi ve 1.4 g agar içerir. Çift damıtılmış su (ddH2O) ekleyin ve manyetik bir karıştırma çubuğu kullanarak süspansiyonu karıştırın. Ek ddH2O ekleyerek son ses seviyesini 200 mL'ye ayarlayın.</li>
		<li>Çözeltiyi 20 dakika boyunca 121 °C'de otoklav yapın. Hava geçirgen bir kapak veya hava menfezli şişe sızdırmazlık filmi kullanın. NOT: Agar, otoklavda ısıtıldığında çözülecektir.</li>
		<li>Sıcaklık 65 ° C'ye düştüğünde, homojenliği sağlamak için çözeltiyi karıştırın ve kısa süreli kullanım için ortamı 65 ° C'lik bir inkübatöre veya su banyosuna aktarın.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Alt tabaka sürü ortamının hazırlanması NOT: Alt katman ortamı, sürü ortamı ve indükleyici stok çözeltilerinin karışımıdır. İndükleyici gradyan sürü plakalarının formülasyonu Tablo 1'de gösterilmiştir.<ol>
<li>114.12 mg liyofilize resveratrol tozunu 5 mL dimetil sülfoksit (DMSO) içine çözerek 100 mM'lik bir resveratrol stok çözeltisi hazırlayın ve çözeltiyi -20 ° C'de saklayın.</li>
		<li>6 g arabinoz tozunu 30 mL ddH2O içinde çözerek% 20 (w / v) arabinoz stok çözeltisi hazırlayın; arabinozun çözünmesine izin vermek için 10-15 dakika bekleyin; ve çözeltiyi oda sıcaklığında saklayın.</li>
		<li>Ortamı 65 ° C inkübatörden çıkarın ve oda sıcaklığına yerleştirin; Erlenmeyer şişesi tutacak kadar soğuk olana kadar (~ 50 ° C) sürü ortamının soğumasını bekleyin. Sürü ortamını uzun süre oda sıcaklığına koymayın, çünkü bu agarın katılaşmasına neden olur.</li>
		<li>İndükleyici stok çözeltisinin gerekli hacmini 50 °C'de sürü ortamına ekleyin (Tablo 1). İndükleyici solüsyonu dökmek yerine dağıtmak için bir pipet kullanın. İndükleyiciyi sürü ortamıyla karıştırmak için yavaşça döndürün. NOT: Bu adım, otoklavlanamayan indükleyiciler içindir. Kabarcıkları ortama sokmamaya dikkat edin.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Çift katmanlı gradyan sürü plakalarının hazırlanması NOT: Üst katman ortamı, %0,7 (w/v) agar içeren LB ortamıdır.<ol>
<li>13 x 13 cm kare Petri tabaklarını indükleyici adı ve suşlarla etiketleyin ve bulaşıkları kapakların kenarından yukarı doğru yerleştirin (Şekil 1B).</li>
		<li>50 mL'lik pipet veya 50 mL'lik santrifüj tüpü kullanarak 40 mL sıcak alt katman ortamı (50 °C) ekleyin. NOT: Alternatif olarak, 13 x 13 cm kare Petri tabaklar için 40 mL alt katman ve üst katman ortamı uygundur; 10 x 10 cm kare Petri tabakları için 25 mL alt tabaka ve üst tabaka ortamı uygundur.</li>
		<li>Alt tabaka ortamının, laminer bir akış başlığı içinde 1 saat boyunca açıkta kalmasını bekleyin. Orta katılaşırken kare Petri tabaklarını rahatsız etmeyin. NOT: Alt tabakayı kürlerken, indükleyici içermeyen sürü ortamı 65 °C'lik bir inkübatörde veya su banyosunda tutulmalıdır.</li>
		<li>Alt tabaka tamamen katılaştıktan sonra, kapakları çıkarın ve kare Petri tabaklarını laminer bir akış başlığının içine yerleştirin.</li>
		<li>50 mL'lik pipet veya 50 mL santrifüj tüpü kullanarak 40 mL sıcak üst katman ortamı (50 °C) ekleyin. NOT: Üst katman ortamı indükleyici içermez.</li>
		<li>Masaüstü üzerindeki çift katmanlı plakaları 1 saat boyunca örtülü ve rahatsız edilmeden kürleyin. Hazırlanan plakaları 4 °C'de 24 saate kadar saklayın. NOT: Daha uzun kürlenme süreleri nem içeriğini azaltacak ve sürü hareketliliğini kısıtlayacaktır.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. E. coli K12 ve P. aeruginosa PAO1'in büyümesi
<ol><li>ddH2O'ya 5 g tripton, 5 g NaCl ve 2.5 g maya ekstraktı ekleyerek 500 mL LB ortamı hazırlayın ve çözeltiyi 500 mL'ye kadar doldurun. Çözeltiyi sıvı döngüsünde 121 °C'de 20 dakika otoklav yapın ve 4 °C'de saklayın.</li>
	<li>ddH2O'ya 1 g tripton, 1 g NaCl, 0,5 g maya ekstresi ve 1,5 g agar ekleyerek 100 mL% 1,5 (w / v) LB-agar ortamı hazırlayın ve çözeltiyi 100 mL'ye kadar doldurun. Çözeltiyi sıvı döngüsünde 121 °C'de 20 dakika otoklav yapın. Agarın katılaşmasını önlemek için ortamı 50 ° C'lik bir su banyosuna aktarın.</li>
	<li>LB-agar orta boy şişenin tutulması rahat olduğunda, 25 mL'lik bir pipet kullanarak Petri kabına (10 cm çapında) 20 mL LB-agar ortamı ekleyin. Plakayı gece boyunca oda sıcaklığında bırakın ve LB-agar plakasını 4 ° C'de saklayın.</li>
	<li>Tek kullanımlık aşılama döngüleri kullanarak LB-agar Petri tabaklarında -80 ° C, streak E. coli K12, E. coli K12-YdeH, P. aeruginosa PAO1 ve P. aeruginosa PAO1-YdeH suşlarını içeren stok kültürlerini alın. Petri çanaklarını gece boyunca 37 ° C'de ters çevrilmiş olarak inkübe edin.</li>
	<li>Petri bulaşıklarından farklı suşlar için tek koloniler seçin, her koloniye 5 mL LB ortamına aşılayın ve kültürü 220 rpm'ye ayarlanmış bir laboratuvar yörünge çalkalayıcısında 37 ° C'de inkübe edin.</li>
	<li>Kültür yoğunluğu OD600nm ~ 1.0'a ulaştığında, kültürü çalkalayıcıdan çıkarın ve oda sıcaklığına yerleştirin. Kültür yoğunluğunu, adım 3.2.1'de açıklandığı gibi OD600nm = 1.0 olarak ayarlayın.</li>
</ol>3. Gradyan sürü plakalarının aşılanması ve inkübasyonu
<ol><li>Aşılama kuyularının hazırlanması NOT: Aşağıda açıklanan yöntem yerine standart bir mesafe ile ayrılmış kuyucuklar üretebilen 3D baskı kapak modelleri kullanılabilir (Ek Şekil S1).<ol>
<li>Şekil 1C'de gösterilen A4 kağıdındaki kuyu konumlarını işaretleyin. Bir kare Petri kabında iki veya üç kopya ile üç test konsantrasyonu ayarlayın.</li>
		<li>İşaretli A4 kağıdını katılaşmış bir gradyan plakasının altına yerleştirin. 100 μL pipet ucunun daha geniş tarafını işaretli konumda yarı katı orta yüzeye itin. Pipet ucunu üst katman ortamının dibine ulaşana kadar bastırın.</li>
		<li>Uç tabana dokunduğunda, uca dikey kuvvet uygulamayın; silindirik kuyucuğun içeriğini izole etmek için ucu yavaşça döndürün.</li>
		<li>Pipet uçlarını yatay olarak çok küçük bir mesafe boyunca hareket ettirerek hava akışının bir kenara bırakılan dar yere girmesini sağlayın. Başparmak ve orta parmağınızı kullanarak pipeti tutarken ucun içindeki gaz akışını engellemek için ucu işaret parmağınızla bastırın.</li>
		<li>Ucu dikey olarak dışarı çekin, dışarı çekerken kuyu içeriğini uçta tutun. NOT: Kuyu içeriği kayarsa, ucu tamamen kapatmak için işaret parmağınızla biraz daha fazla basınç uygulayın.</li>
		<li>3.1.2 ile 3.1.5 arasındaki adımları işaretli her konumda yineleyin. Aşılamadan önce sürü plakasını örtün.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Gradyan plakası aşılama ve inkübasyon<ol>
<li>Gecelik büyüme kültürü yoğunluğunu OD600nm = 1.0 olarak ayarlayın.</li>
		<li>Pipet, 80 μL'lik bir gecede büyüme kültürünü her kuyucuğun içine yerleştirir. Bakteri kültürünü kuyuların dışına dökmeyin.</li>
		<li>Plakaları sızdırmazlık filmi ile sarın. Uzun süreli gözlem için (3-5 gün), plakaları steril laboratuvar kauçuk bandı ile sarın. NOT: Kauçuk bandın kırılma olasılığı daha düşüktür.</li>
		<li>İnkübatörün içindeki nemi korumak için inkübatöre ddH2O ile doldurulmuş bir beher yerleştirin. Gradyan sürü plakalarını 37 °C'de inkübe edin. NOT: Sürü plakalarını baş aşağı inkübe etmeyin; bu, bakteri kültürünün kuyulardan sızmasına neden olacaktır.</li>
		<li>Aşılamadan hemen sonra sürü plakasını görüntüleyin ve bunu 0 saatlik zaman noktası olarak kaydedin.</li>
	</ol>
</li>
</ol>4. Görüntüleme bakteri yüzeyi kaynaşması
<ol><li>Sürü plakalarını her 12 saatte bir inkübatörden teker teker çıkarın, plakayı yatay olarak tutun ve jel görüntüleme sistemine yerleştirin ( bkz. NOT: Plakaların yüzeyinde parmak izi bırakmayın; sürü plakasının yan tarafını temiz eldivenlerle tutun.</li>
	<li>Jel görüntüleme modunu seçin; sürü plakasını beyaz ışığa maruz bırakın; tıklayın ve sürülerin en net görünümünü sağlamak için odak uzaklığını ayarlayın. NOT: Belirli bir gruptaki tüm plakalar için aynı odak uzaklığını kullanın.</li>
	<li>Pozlama süresini 300 ms'ye ayarlayarak net gözlem için sürülerin parlaklığını artırın. Arka plan ışığından kaynaklanan paraziti en aza indirmek için eşiği ayarlayın. NOT: Eşik, jel görüntüleme sisteminin işletim arayüzünde ayarlanır. Arka plan ışığından kaynaklanan paraziti en aza indirmek için soldaki değerleri artırın; Sürülerin parlaklığını artırmak için sağdaki değerleri azaltın. Bu protokolde, bölge genellikle 6.000 ila 50.000 arasındadır.</li>
	<li>Daha fazla analiz için görüntü dosyasını kaydedin. Görüntüleme süresini, indükleyici türünü, gradyan yönünü ve gerinimleri .txt bir dosyaya kaydedin.</li>
</ol>5. ImageJ yazılımını kullanarak sürü alanını ölçün
<ol><li>Jel görüntüleme sistemi kullanılarak elde edilen görüntü dosyasını içe aktarın.</li>
	<li>ImageJ yazılımını kullanarak ölçek çubuğunu ayarlayın ve tüm görüntülere uygulayın.<ol>
<li>Çizgi aracına tıklayarak panonun uzunluğunu işaretleyen bir çizgi parçası oluşturun.</li>
		<li>| Analiz Et'e tıklayın Set Scale penceresini açmak için Ölçeği Ayarlayın.</li>
		<li>Gerçek uzunluğu Bilinen mesafe ve Uzunluk birimi alanlarına yazın. NOT: Bu çalışmada 13 x 13 cm kare Petri çanakları kullanıldığından, gerçek uzunluk '130' ve uzunluk birimi 'mm'dir.</li>
		<li>Genel kutusunu işaretleyin.</li>
		<li>| Analiz Et'i tıklatarak ölçek çubuğu ekleme Araçlar | Ölçek Çubuğu'na mm cinsinden Genişlik, piksel cinsinden Yükseklik, Yazı tipi boyutu yazın ve açılır menüden Renk, Arka Plan ve Konum'u seçin. Alternatif olarak, onay kutularını işaretleyerek Kalın Metin, Metni Gizle, Serif Font ve Bindirme'yi seçin. NOT: Bu parametrelerin seçimi kullanıcılar ve görüntülerin özellikleri tarafından belirlenir. Bu protokolde, mm cinsinden genişlik 25, piksel cinsinden yükseklik 20, Yazı tipi boyutu 80 olarak ayarlandı ve ölçek çubuğu Konum seçilerek sağ alt köşeye yerleştirildi | Sağ alt. Diğer parametreler kullanıcı tarafından seçilebilir.</li>
	</ol>
</li>
	<li>İşlem |'na tıklayın Görüntünün keskinliğini, özellikle de sınırları artırmak için gölgeler (Ek Şekil S2A). İşlem |'na tıklayın Görüntüleri işlemek için toplu işlem. NOT: Bu adımın amacı, daha kesin sınır çizgisi sağlamaktır.<ol>
<li>İşlem | tıklayarak bir görüntüyü referans olarak işleyin Gölgeler | Güney.</li>
		<li>İşlem |'na tıklayın Toplu | Toplu İşlem penceresini açmak için makro. Pencerede görüntülenen aşağıdaki komutları arayın: run("Güney"); run("Kaydet"); close();</li>
		<li>Toplu İşlem penceresinde İşlem'i tıklatarak özgün görüntülerin klasör adresini ve çıktı dosyası adresini yazın. NOT: Gölgeli görüntülerin başka bir klasöre aktarılması ve orijinal görüntülerin bir kopyasının saklanması önerilir.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Sürüleri tek tek seçmek için Değnek (izleme) aracını kullanın ve oluşturulan çizgi sürü sınırına doğru şekilde uyana kadar toleransı ayarlayın (Değnek (izleme) aracını çift tıklatın) (Ek Şekil S2B). NOT: İlk olarak, Değnek (izleme) aracını tıklatın ve bir görüntüde bir sürü seçin. Sınırlar doğru şekilde gösterilmemişse, Toleransın ayarlanabileceği Değnek Aracı pencerelerini açmak için Değnek (izleme) aracını çift tıklatın. </li>
	<li>| Analiz Et'e tıklayın Alan değerini dışa aktarmak için ölçün.</li>
	<li>Tüm sürüler ölçülene kadar 5.1.1-5.1.5 arasındaki adımları yineleyin, daha fazla çözümleme için sonuçları bir .csv dosyasına kaydedin.</li>
</ol>

<ol><li>Morales-Soto, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparation%2C+imaging%2C+and+quantification+of+bacterial+surface+motility+assays%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%3A+JoVE%22%5BJournal%5D)">Preparation, imaging, and quantification of bacterial surface motility assays.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (98), e52338(2015).</li>
<li>Kaiser, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacterial+swarming%3A+a+re-examination+of+cell-movement+patterns%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Biology%22%5BJournal%5D)">Bacterial swarming: a re-examination of cell-movement patterns.</a> Current Biology. 17 (14), 561-570 (2007).</li>
<li>Mattingly, A. E., Kamatkar, N. G., Morales-Soto, N., Borlee, B. R., Shrout, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiple+environmental+factors+influence+the+importance+of+the+phosphodiesterase+DipA+upon+Pseudomonas+aeruginosa+swarming%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Multiple environmental factors influence the importance of the phosphodiesterase DipA upon Pseudomonas aeruginosa swarming.</a> Applied and Environmental Microbiology. 84 (7), 02847(2018).</li>
<li>Venieraki, A., Tsalgatidou, P. C., Georgakopoulos, D. G., Dimou, M., Katinakis, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Swarming+motility+in+plant-associated+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Hellenic+Plant+Protection+Journal%22%5BJournal%5D)">Swarming motility in plant-associated bacteria.</a> Hellenic Plant Protection Journal. 9 (1), 16-27 (2016).</li>
<li>Jones, H. E., Park, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+influence+of+medium+composition+on+the+growth+and+swarming+of+Proteus%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+General+Microbiology%22%5BJournal%5D)">The influence of medium composition on the growth and swarming of Proteus.</a> Journal of General Microbiology. 47 (3), 369-378 (1967).</li>
<li>Su, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Influence+of+the+viscosity+of+healthy+and+diseased+human+mucins+on+the+motility+of+Helicobacter+pylori%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+reports%22%5BJournal%5D)">Influence of the viscosity of healthy and diseased human mucins on the motility of Helicobacter pylori.</a> Scientific reports. 8 (1), 9710(2018).</li>
<li>Kearns, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+field+guide+to+bacterial+swarming+motility%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews.+Microbiology%22%5BJournal%5D)">A field guide to bacterial swarming motility.</a> Nature Reviews. Microbiology. 8 (9), 634-644 (2010).</li>
<li>Funfhaus, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Swarming+motility+and+biofilm+formation+of+Paenibacillus+larvae%2C+the+etiological+agent+of+American+Foulbrood+of+honey+bees+%28Apis+mellifera%29%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Swarming motility and biofilm formation of Paenibacillus larvae, the etiological agent of American Foulbrood of honey bees (Apis mellifera).</a> Scientific Reports. 8 (1), 8840(2018).</li>
<li>Armbruster, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Testing+the+ability+of+compounds+to+induce+swarming%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Testing the ability of compounds to induce swarming.</a> Methods in Molecular Biology. 2021, 27-34 (2019).</li>
<li>Julkowska, D., Obuchowski, M., Holland, I. B., Seror, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+analysis+of+the+development+of+swarming+communities+of+Bacillus+subtilis+168+and+a+natural+wild+type%3A+critical+effects+of+surfactin+and+the+composition+of+the+medium%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">Comparative analysis of the development of swarming communities of Bacillus subtilis 168 and a natural wild type: critical effects of surfactin and the composition of the medium.</a> Journal of Bacteriology. 187 (1), 65-76 (2005).</li>
<li>Ingham, C. J., Ben Jacob, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Swarming+and+complex+pattern+formation+in+Paenibacillus+vortex+studied+by+imaging+and+tracking+cells%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Swarming and complex pattern formation in Paenibacillus vortex studied by imaging and tracking cells.</a> BMC Microbiology. 8, 36(2008).</li>
<li>Shimada, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dependence+of+local+cell+density+on+concentric+ring+colony+formation+by+bacterial+species+Bacillus+subtilis%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+Physical+Society+of+Japan%22%5BJournal%5D)">Dependence of local cell density on concentric ring colony formation by bacterial species Bacillus subtilis.</a> Journal of the Physical Society of Japan. 73 (4), 1082-1089 (2004).</li>
<li>Brahmachari, P. V., et al. Quorum sensing regulated swarming motility and migratory behavior in bacteria. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBrahmachari%2C+PV+%22Implication+of+quorum+sensing+system+in+biofilm+formation+and+virulence%22">Implication of quorum sensing system in biofilm formation and virulence</a>. Brahmachari, P. V., et al. , Springer. Singapore. 49-66 (2018).</li>
<li>Lindum, P. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((N-Acyl-L-homoserine+lactone+autoinducers+control+production+of+an+extracellular+lipopeptide+biosurfactant+required+for+swarming+motility+of+Serratia+liquefaciens+MG1%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">N-Acyl-L-homoserine lactone autoinducers control production of an extracellular lipopeptide biosurfactant required for swarming motility of Serratia liquefaciens MG1.</a> Journal of Bacteriology. 180 (23), 6384-6388 (1998).</li>
<li>Wang, W. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inhibition+of+swarming+and+virulence+factor+expression+in+Proteus+mirabilis+by+resveratrol%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Medical+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Inhibition of swarming and virulence factor expression in Proteus mirabilis by resveratrol.</a> Journal of Medical Microbiology. 55, Pt 10 1313-1321 (2006).</li>
<li>Zahringer, F., Massa, C., Schirmer, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+enzymatic+production+of+the+bacterial+second+messenger+c-di-GMP+by+the+diguanylate+cyclase+YdeH+from+E.+coli%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+Biochemistry+and+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Efficient enzymatic production of the bacterial second messenger c-di-GMP by the diguanylate cyclase YdeH from E. coli.</a> Applied Biochemistry and Biotechnology. 163 (1), 71-79 (2011).</li>
<li>Kuchma, S. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cyclic+di-GMP-mediated+repression+of+swarming+motility+by+Pseudomonas+aeruginosa+PA14+requires+the+MotAB+stator%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">Cyclic di-GMP-mediated repression of swarming motility by Pseudomonas aeruginosa PA14 requires the MotAB stator.</a> Journal of Bacteriology. 197 (3), 420-430 (2015).</li>
<li>Heering, J., Alvarado, A., Ringgaard, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Induction+of+cellular+differentiation+and+single+cell+imaging+of+Vibrio+parahaemolyticus+swimmer+and+swarmer+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%3A+JoVE%22%5BJournal%5D)">Induction of cellular differentiation and single cell imaging of Vibrio parahaemolyticus swimmer and swarmer cells.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (123), e55842(2017).</li>
<li>Bru, J. L., Siryaporn, A., Høyland-Kroghsbo, N. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Time-lapse+imaging+of+bacterial+swarms+and+the+collective+stress+response%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%3A+JoVE%22%5BJournal%5D)">Time-lapse imaging of bacterial swarms and the collective stress response.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (159), e60915(2020).</li>
<li>Hölscher, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Monitoring+spatial+segregation+in+surface+colonizing+microbial+populations%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%3A+JoVE%22%5BJournal%5D)">Monitoring spatial segregation in surface colonizing microbial populations.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (116), e54752(2016).</li>
<li>Yeung, A. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Swarming+of+Pseudomonas+aeruginosa+is+controlled+by+a+broad+spectrum+of+transcriptional+regulators%2C+including+MetR%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Bacteriology%22%5BJournal%5D)">Swarming of Pseudomonas aeruginosa is controlled by a broad spectrum of transcriptional regulators, including MetR.</a> Journal of Bacteriology. 191 (18), 5592-5602 (2009).</li>
<li>Delprato, A. M., Samadani, A., Kudrolli, A., Tsimring, L. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Swarming+ring+patterns+in+bacterial+colonies+exposed+to+ultraviolet+radiation%5BTitle%5D)+AND+%22Physical+Review+Letters%22%5BJournal%5D)">Swarming ring patterns in bacterial colonies exposed to ultraviolet radiation.</a> Physical Review Letters. 87 (15), 158102(2001).</li>
<li>Araujo Neto, L. A., Pereira, T. M., Silva, L. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+behavior%2C+growth%2C+and+swarming+formation+of+Escherichia+coli+and+Staphylococcus+aureus+in+culture+medium+modified+with+silver+nanoparticles%5BTitle%5D)+AND+%22Microbial+Pathogenesis%22%5BJournal%5D)">Evaluation of behavior, growth, and swarming formation of Escherichia coli and Staphylococcus aureus in culture medium modified with silver nanoparticles.</a> Microbial Pathogenesis. 149, 104480(2020).</li>
<li>Kearns, D. B., Losick, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Swarming+motility+in+undomesticated+Bacillus+subtilis%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Swarming motility in undomesticated Bacillus subtilis.</a> Molecular Microbiology. 49 (3), 581-590 (2003).</li>
<li>Kearns, D. B., Chu, F., Rudner, R., Losick, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genes+governing+swarming+in+Bacillus+subtilis+and+evidence+for+a+phase+variation+mechanism+controlling+surface+motility%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Genes governing swarming in Bacillus subtilis and evidence for a phase variation mechanism controlling surface motility.</a> Molecular Microbiology. 52 (2), 357-369 (2004).</li>
<li>Wang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coordination+of+swarming+motility%2C+biosurfactant+synthesis%2C+and+biofilm+matrix+exopolysaccharide+production+in+Pseudomonas+aeruginosa%5BTitle%5D)+AND+%22Applied+and+Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Coordination of swarming motility, biosurfactant synthesis, and biofilm matrix exopolysaccharide production in Pseudomonas aeruginosa.</a> Applied and Environmental Microbiology. 80 (21), 6724-6732 (2014).</li>
</ol>

Yazarların açıklayacağı bir çıkar çatışması yoktur.

Yarı katı gradyan plakalar üzerindeki bakteri kaynaşma hareketliliğinin araştırılması, substrat viskozitesi, nem ve orta bileşenler gibi birden fazla faktörü içerdiğinden zorlu bir görev olabilir18,19,20. Bu faktörler arasında, agar konsantrasyonu, yüzme veya sürü hareketliliğine mikrobiyal geri dönüşün belirlenmesinde belirleyici bir rol oynar. Agar konsantrasyonu %0,3'ten (w/v) %1'e (w/v) yükseldikçe, bakteriyel yüzme hareket...

Bakteriyel kaynama hareketliliği, bakteri hücrelerinin bir maddenin yüzeyi boyunca toplu göçünü ifade eder. Laboratuvarda özel olarak hazırlanan yarı katı agar plakalarına1 ek olarak, bu fenotip, hayvan dokuları2, hidratlanmış yüzeyler3 ve bitki kökleri4 gibi bazı yumuşak substratlarda da gözlenir. Yarı katı bir yüzey, bakteri kaynaşmasının temel koşullarından biri olarak kabul edilirken, bazı türler de sürü hareketliliklerini desteklemek için enerji açısından zengin bir ortama ihtiyaç duyarlar5. Flagella rotasyonu hem yüzmeye hem de kaynama hareketliliğine güç verir-yüzme, sıvı bir ortamdaki tek hücreli hareketliliği tanımlarken, kaynama, mikrobiyal bir popülasyonun yarı katı yüzeyler boyunca senkronize hareketidir.
Substrat viskozitesi bakteriyel motiliteyi etkiler; Helicobacter pylori gibi patojenik mikroplar üzerinde yapılan çalışmalar, patojenin hareketliliğinin, insan konakçısındaki çevresel asitleşmeden etkilenen müsin tabakası viskozitesine bağlı olarak değiştiğini göstermiştir6. Bu ortamları çoğaltmak için,% 0.3'ün (w / v) üzerindeki agar konsantrasyonunu kullanan daha önceki çalışmalar, yüzey kaynamasına kademeli bir kaymayı etkilemek için bakteriyel yüzme hareketliliğini kısıtlamaktadır. Agar konsantrasyonunun %1'in (w/v) üzerinde kullanılması, birçok türün kaynama hareketliliğini önler7. Yüzeyde oluşan koloni desenleri, özelliksiz mat8, boğa gözü9, dendritler10 ve vorteks11 dahil olmak üzere çeşitlidir.
Bu tür kalıpların alaka düzeyi belirsizliğini korusa da, bu kalıplar çevresel ve kimyasal ipuçlarına bağlı gibi görünmektedir12. Çevresel ipuçları, sıcaklık, tuzluluk, ışık ve pH dahil olmak üzere farklı yönleri kapsarken, kimyasal ipuçları mikrobiyal çekirdek algılama moleküllerinin, biyokimyasal yan ürünlerin ve besin maddelerinin varlığını içerir. AHL (N-hekzanoil-L homoserin lakton) gibi otoindükleyici çekirdek algılama sinyal molekülleri, yüzey aktif madde üretimini düzenleyerek yüzey kaynamasını etkileyebilir13,14. Bir fitoaleksin bileşiği olan Resveratrol, bakteriyel sürü hareketliliğini kısıtlayabilir15.
Bu çalışmada, resveratrolün gradyan konsantrasyonlarının vahşi tip Escherichia coli K12 suşu üzerindeki etkisini araştırıyoruz ve mühendislik ürünü E. coli K12-YdeH ve Pseudomonas aeruginosa PAO1-YdeH türlerinin arabinoz ile indüklenebilir sürü hareketliliğini araştırıyoruz. YdeH enziminin üretimi, arabinoz tarafından araBAD promotörü aracılığıyla indüklenir, bu da hücresel c-di-GMP pertürbasyonuna neden olur ve bakteriyel sürü hareketliliğini etkiler16,17. Bu indüklenebilir sürü davranışı, E. coli K12-YdeH ve P. aeruginosa PAO1-YdeH suşları ile arabinoz gradyan sürü plakaları kullanılarak incelenmiştir.
Gradyan sürü plakaları, çift katmanlı ortamın art arda katılaşmasıyla hazırlanır (Şekil 1B). Alt tabaka, desteklenmiş bir Petri kabının bir tarafına dökülen indükleyici ile eklenen ortamı içerir. Alt tabakanın katılaşması üzerine, Petri kabı düz bir yüzeye geri döndürülür, burada indükleyici olmadan ortamı içeren üst tabaka plakanın diğer tarafından eklenir. Sürü plakaları tamamen katılaştıktan sonra, izometrik olarak düzenlenmiş tutma kuyuları, sabit bir düzen izlenerek sürü plakaları üzerindeki deliklerin delinmesiyle (Şekil 1C) veya orta kürleme işlemi sırasında mandallar içeren plaka kapağının 3D baskılı bir modeli kullanılarak kuyucukların basılmasıyla üretilir (Ek Şekil S1). Farklı zaman noktalarındaki sürü morfolojilerini yakalamak için bir jel görüntüleme sistemi kullanılır (Şekil 2). ImageJ yazılımı kullanılarak yüzey kaynamasının analizi (Ek Şekil S2), yüzey kaynatma işleminin nicel sonuçlarını sağlar (Şekil 3).
Bu nedenle, bir indükleyici konsantrasyon aralığında yüzey kaynama hareketliliğini test etmek için basit bir yöntem öneriyoruz. Bu yöntem, indükleyiciyi alt tabaka ortamına karıştırarak diğer indükleyicilerin çoklu konsantrasyon tepkilerini test etmek için kullanılabilir ve diğer hareketli türlere (örneğin, Bacillus subtilis, Salmonella enterica, Proteus mirabilis, Yersinia enterocolitica) uygulanabilir. Bu yaklaşım, tek bir kimyasal indükleyicinin taranması için güvenilir kalitatif ve kantitatif sonuçlar sağlayabilir ve daha fazla kimyasal indükleyiciyi değerlendirmek için ayrı plakalar kullanılabilir.

<table><tbody><tr><td>Agar</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>V900500</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Ampisilin</td><td>Solarbio</td><td>A8180</td><td>25 g, >% 85 (GC)</td></tr> <tr><td>Santrifüj tüpü</td><td>Corning</td><td>430790</td><td>15 mL</td></tr><tr><td>Kriyojenik şişe</td><td>Corning</td><td>430488</td><td>2 mL</td></tr><tr><td>Dimetil sülfoksit (DMSO)</td> <td>Aladdin</td><td>D103272</td><td>AR, > %99 (GC)</td></tr> <tr><td>L (+) - Arabinoz</td><td>Aladdin</td><td>A106195</td><td>%98 (GC), 500 g</td></tr><tr><td>Petri kapları</td><td>Bkman</td><td>B-SLPYM90-15</td><td>Plastik Petri kapları, dairesel, 90 mm x 15 mm</td></tr><tr><td>Resveratrol</td><td>Aladdin</td><td>R107315</td><td>%99 (GC), 25 g</td></tr><tr><td>Sodyum klorür</td><td>Macklin</td><td>S805275</td><td>AR, %99,5 (GC), 500 g</td></tr><tr><td>Kare Petri kapları</td><td>Bkman</td><td>B-SLPYM130F</td><td>Plastik Petri kapları, kare, 13 mm x 13 mm</td></tr><tr><td>Tripton</td><td>Thermo Scientific Oxoid</td><td>LP0042</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Maya özü</td><td>Thermo Scientific Oxoid</td><td>LP0021</td><td>500 g</td></tr> <tr><td>< güçlü > Ekipmanlar < / güçlü ></td><td></td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Biyokimyasal inkübatör</td><td>Mavi pard</td><td>LRH-70</td><td></td></tr><tr><td>Tanon 5200çoklu görüntüleme sistemi</td><td>Tanon</td><td>5200CE</td><td></td></tr><tr><td>Termostatik su banyo</td><td>Jinghong</td><td>DK-S28</td><td></td></tr></tbody></table>

İndükleyici gradyan plakaları Üzerindeki bakteriyel yüzey kaynatma motilitesinin Ölçülmesi

Quantifying Bacterial Surface Swarming Motility on Inducer Gradient Plates

Bakteriyel sürü hareketliliği, bakteri topluluklarının yarı katı yüzeyler üzerinde göç etmek için kullandıkları yaygın bir mikrobiyolojik fenotiptir. İndüklenmiş sürü hareketliliğinin araştırılmasında, bir indükleyicinin spesifik konsantrasyonu, bir türden istenen yanıtları ortaya çıkarmak için optimal konsantrasyon aralığında meydana gelen olayları rapor edemeyebilir. Birden fazla konsantrasyon içeren yarı katı plakalar, bir indükleyici konsantrasyon aralığındaki yanıtı araştırmak için yaygın olarak kullanılır. Bununla birlikte, ayrı yarı katı plakalar, düzgün olmayan katılaşma süresi nedeniyle her plakadaki orta viskozite ve nem içeriğindeki değişimleri arttırır.
Bu yazıda, izometrik olarak düzenlenmiş test kuyularının çok konsantrasyonlu yanıtların eşzamanlı olarak elde edilmesine izin verdiği tek bir gradyan plaka üzerinde yüzey kaynatma hareketliliğini aynı anda test etmek için tek adımlı bir yöntem açıklanmaktadır. Bu çalışmada, Escherichia coli K12 ve Pseudomonas aeruginosa PAO1'in yüzey sürüsü, resveratrol ve arabinoz gibi indükleyicilerin konsantrasyon gradyanına yanıt olarak değerlendirilmiştir. Periyodik olarak, sürü morfolojileri, tüm yüzey kaynama sürecini yakalamak için bir görüntüleme sistemi kullanılarak görüntülendi.
Sürü morfolojilerinin kantitatif ölçümü, sürü alanının analiz edilebilir bilgilerini sağlayan ImageJ yazılımı kullanılarak elde edildi. Bu yazıda, indükleyicilerin yüzey kaynaması üzerindeki etkileri hakkında kalitatif ve nicel bilgi sağlayan basit bir gradyan sürü plakası yöntemi sunulmaktadır; bu, diğer indükleyicilerin daha geniş bir hareketli bakteri türü yelpazesi üzerindeki etkilerini incelemek için genişletilebilir.

Degrade sürü plakalarının hazırlanması, aşılama ve inkübasyondan oluşan iş akışı Şekil 1B'de gösterilmiştir. Degrade yüzme plakaları oluşturmak için, alt tabaka ortamı, yatay düzlemden ~ 4.3 ° 'de (Ek Şekil S3) desteklenmiş tabaklara dökülür, ardından alt tabaka tamamen katılaştıktan sonra üst katman ortamı dökülür. Çift katmanlı ortamın bileşimi Tablo 1'de gösterilmiştir. Daha sonra, gece boyunca kültürlenen bakteri kültürü, test kuyularına pipetlenir ve uy...

Burada, aynı anda çoklu konsantrasyon tepkileri elde ederken bakteriyel kaynama hareketliliğini değerlendirmek için indükleyici gradyan plakalarının kullanımını açıklıyoruz.

İndükleyici Gradyan Plakaları Üzerindeki Bakteriyel Yüzey Kaynatma Motilitesinin Ölçülmesi

Bacterial swarming motility is a common microbiological phenotype that bacterial communities use to migrate over semisolid surfaces. In investigations of ...

Protokol aynı anda yarı katı bir agar üzerindeki farklı indükleyici konsantrasyonlarına bakteriyel kaynaşma tepkilerini izler. Bu, uygun maliyetli bir şekilde elde edilir. Bu yüksek verimli tarama tekniği, mikrokemotaktik yanıtları gözlemlemek için çeşitli indükleyici konsantrasyonlarına sahip agar ihtiyacını ortadan kaldırır.Bu teknik, ilaç taraması ve ayrıca mikropatojen SD yanıtlarını gözlemlemek için tasarlanmıştır. Ayrıca, insan konakçısındaki çeşitli biyokimyasal ipuçlarına mikro tepkileri incelemek için de kullanılabilir. Bu yöntem bakteriyel kemotaksiler hakkında fikir verebilir.Bakteriler, pozitif kemotaksis veya negatif kemotaksis olarak bilinen kimyasal kovucular olarak bilinen çeşitli kimyasal çekicilik konsantrasyonlarına cevap verecektir. Tekrarlanabilirlik sorununu önlemek için alt tabakanın jel açısı arasında bir değişiklik olmasını önlemek için dikkatlice hazırlanmış bir kurulum gereklidir. Başlamak için, 13 x 13 santimetre kare Petri yemeklerini lekeler ve indükleyici isimlerle etiketleyin.Ardından bulaşıkları kapakların kenarından yukarı doğru yerleştirin. Sıcak alt tabaka ortamına arabinoz çözeltisi ekleyin. 40 mililitre ılık alt tabaka ortamı ekleyin.Alt tabaka ortamının, laminer bir akış başlığının içinde rahatsız edilmeden bir saat boyunca açıkta kalmasını bekleyin. Alt tabaka tamamen katılaştıktan sonra, kapakları çıkarın ve Petri kaplarını laminer bir akış başlığı içine yerleştirin. Motorlu pipet filtresi kullanarak 40 mililitre sıcak üst tabaka ortamı ekleyin.Kapalı ve rahatsız edilmemiş çift katmanlı plakaları bir saat boyunca kürleyin, ardından 24 saat boyunca dört santigrat derecede saklayın. İşaretli A4 kağıdını iyi katılaşmış bir gradyan plakasının altına yerleştirin. 100 mikrolitrelik pipet ucunun daha geniş tarafını işaretli konumda yarı katı ortam yüzeyine itin ve pipet ucunu üst tabaka ortamının dibine ulaşana kadar bastırın.Uç tabana dokunduğunda, uca herhangi bir dikey kuvvet uygulamayı bırakın ve silindirik kuyucuğun içeriğini izole etmek için ucu yavaşça döndürün. Pipet ucunu yatay olarak küçük bir mesafe boyunca hareket ettirerek hava akışının bir kenara bırakılan dar yere girmesini sağlayın. Ucun içindeki gaz akışını engellemek için ucu işaret parmağınızla bastırın.Ucu dikey olarak dışarı çekin, dışarı çekerken kuyu içeriğini uçta tutun. Her kuyucuğa gecelik büyüme kültürünün 80 mikrolitresini ekleyin. Sürü plakalarını her 12 saatte bir inkübatörden birer birer çıkarın ve jel görüntüleme sistemine yerleştirin.Jel görüntüleme modunu seçin, sürü plakasını beyaz ışığa maruz bırakın ve sürülerin net bir görünümünü elde etmek için odak uzaklığını ayarlayın. Pozlama süresini 300 milisaniyeye ayarlayarak hassas gözlem için sürülerin parlaklığını artırın. Arka plan ışığından kaynaklanan paraziti en aza indirmek için eşiği ayarlayın.Daha fazla analiz için görüntü dosyasını kaydedin. Görüntüleme süresini, indükleyici türünü, gradyan yönünü ve gerinimleri bir txt dosyasına kaydedin. Görüntünün keskinliğini artırmak için İşleme'yi, ardından Gölgeler'i tıklayın.Görüntüyü işlemek için İşlem'e ve ardından Toplu İşlem'e tıklayın. Ardından İşlem, Gölgeler ve Güney'e tıklayarak bir görüntüyü referans olarak işleyin. Toplu İşlem penceresini açmak için İşlem, Toplu İşlem, Makro'yu tıklatın.Pencerede görüntülenen komutları arayın. Toplu İşlem penceresinde İşlem'i tıklatarak çıktı dosyası adresine özgün görüntülerin klasör adresini yazın. Sürüleri tek tek seçmek için değnek izleme aracını kullanın ve oluşturulan çizgi sürü sınırına doğru şekilde uyana kadar toleransı ayarlamak için değnek izleme aracına çift tıklayın.Alan değerini dışa aktarmak için Analiz Et'e ve ardından Ölç'e tıklayın. E.coli K12 YdeH, bitişik kuyucuklar arasında meydana gelen örtüşme ile yüzey kaynama işlemini göstermek için kullanılan arabinoz gradyan plakaları üzerinde test edilmiştir. Üç test kuyusuna sahip bir plaka, örtüşmeyen sınırların oluşumunu sağladı.P.aeruginosa PAO1 YdeH kaynama hareketliliği, en düşük konsantrasyondan artan arabinoz konsantrasyonu ile desteklendi, ancak kademeli olarak daha yüksek konsantrasyonlarda arabinoz konsantrasyonları ile sınırlandırıldı. Sıfır ila 400 mikrolitre konsantrasyon aralığındaki resveratrol gradyan plakaları üzerinde test edilen E.coli K12 vahşi tip suşlar, artan resveratrol konsantrasyonu ile sürü hareketliliğinin mütevazı bir kısıtlamasını göstermiştir. Sürü alanları ImageJ yazılımı ile ölçüldü.Sürü eğrisi çoklu konsantrasyon tepkilerini gösterdi. Bu prosedürün en önemli kısmı, belirli bir konsantrasyon aralığında indükleyicilere sahip çift katmanlı bir sürü plakası üretmektir. Bu yöntem, araştırmacıların belirli bir konsantrasyon aralığında indüklenen yüzey kaynaşmasını araştırmalarını ve diğer indükleyicilerin ve bileşenlerin kaynaşma üzerindeki etkilerini ölçmelerini sağlar.

quantifying-bacterial-surface-swarming-motility-on-inducer-gradient

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Bu protokol, chemoeffectors istikrarlı konsantrasyon gradyanlar bakteriyel kemotaksis soruşturma için bir mikroakışkan aygıt geliştirme açıklar.

Kararlı Konsantrasyon Degradeler Bakteriyel Kemotaksis miktarının mikroakışkan Aygıt

Kaynak: Heering, J., ve diğerleri. Hücresel Farklılaşmanın İndüksiyonu ve Vibrio parahaemolyticus Yüzücü ve Sürü Hücrelerinin Tek Hücre Görüntülemesi. J. Vis. Uzm. (2017)Bu video, özel olarak hazırlanmış bir agar ortamı kullanılarak Vibrio parahaemolyticus'ta sürü hücre farklılaşmasının indüklenmesini göstermektedir. Demir tükenmesi, kalsiyum takviyesi ve yüzey teması gibi çevresel ipuçlarını manipüle ederek, bakteriler yüzücü formlarından lateral flagellalı uzun sürü hücrelerine geçiş için...

Vibrio parahaemolyticus'un Sürü Hücrelerine Farklılaşmasının İndüksiyonu

Kaynak: Morales-Soto, N. ve ark., Bakteriyel Yüzey Hareketlilik Testlerinin Hazırlanması, Görüntülenmesi ve Miktarının Belirlenmesi. J. Vis. Uzm. (2015)Bu video, yumuşak agar üzerinde yüzey hareketliliğini gözlemlemek için yeşil floresan proteini eksprese eden bakterileri kullanan bir oğul testini göstermektedir. Hızlandırılmış görüntüleme, koordineli genişlemeyi ve dal oluşumunu yakalayarak bakteriyel yüzey hareketliliğini vurgular.

Bakteriyel Yüzey Hareketliliğini Görselleştirmek için Oğul Verme Testi

Kaynak: Guo, S., ve diğerleri. İndükleyici gradyan plakalarında bakteri yüzeyi sürü hareketliliğinin ölçülmesi. J. Vis. Uzm. (2022).Bu video, değişen inhibitör konsantrasyonları altında bakteri sürü davranışını incelemek için çift katmanlı gradyan sürü plakasının kullanımını göstermektedir. Alt tabakada gradyan oluşturan bir inhibitör bulunan bir plaka bakteri ile aşılanır ve inkübe edilir. İnhibitör konsantrasyonunun bakteri sürüsü üzerindeki etkisini analiz etmek için düzenli aralıklarla...

Gradyan İnhibitör Plakası Kullanarak Bakteri Sürüsünün Değerlendirilmesi

Kaynak: Scheidweiler, D. ve diğerleri. Akışkan Cihazların Mikroskopi ve Akış Sitometrisi ile Birleştirilerek Gözenekli Ortamlarda Mikrobiyal Taşınımı Mekansal Ölçeklerde İncelemek. J. Vis. Exp. (2020).Bu video, rastgele düzenlenmiş sütunlardan oluşan gözenekli bir matriks aracılığıyla bakteri hareketliliğini ölçmek için mikrofluidik bir cihazın kullanıldığını gösteriyor. Fluoresan etiketli bakteriler cihaza dahil edilir, gözenekli matriksin içinden gözlem kanalına ilerlerken mikroskopi ile...

Mikrofluidik Cihaz Kullanarak Bakteriyel Hareketliliğin Değerlendirilmesi

Sürü hareketliliği fiziksel ve çevresel faktörlerden etkilenir. Sürü tahlili hazırlama ve veri toplama ile yaygın olarak ilişkilendirilen zorlukları aşmak için iki aşamalı bir protokol ve yönergeler açıklıyoruz. Mevcut analiz tekniklerinin sağlamadığı sürü davranışı hakkında ayrıntılı bilgi elde etmek için makroskopik bir görüntüleme tekniği kullanılmaktadır.

Bakteriyel Yüzey Motilite Tahliller hazırlanması, Görüntüleme ve miktarının belirlenmesi

evrim senaryolarda çeşitler (mekansal ayrışmanın) rolü mekansal dağılımı ayarı kontrollü izin laboratuvarda basit mikrobik sistemler kullanılarak incelenebilir. Kurucu hücre yoğunluğu değiştirerek, çeşitli çeşitler seviyeleri, Bacillus subtilis, koloni biyofilm floresan etiketli bakteriyel suşlar kullanılarak görüntülenebilir.

Yüzey koloniler Mikrobiyal Populasyonlarında Mekansal Ayrışma İzleme

Bu protokol, farklı olarak farklı Vibrio parahaemolyticus yüzücü ve swarmer hücrelerinin tek hücreli mikroskobu sağlar. Yöntem, tek hücreli analiz için kolayca bulunabilen bir swarmer hücreleri popülasyonu üretir ve hücre kültürlerinin hazırlanmasını, swarmer farklılaşmasının indüksiyonunu, numunenin hazırlanmasını ve görüntü analizini kapsar.

Hücresel Farklılaşma ve Tek Hücreli Görüntüleme İndüksiyonu<emVibrio parahaemolyticus</em&gt; Yüzücü ve Swarmer Hücreleri

Biz psödomonas aeruginosa sürüleri bakteriyofaj (faj) ve antibiyotik stres bir flatbed belge tarayıcı kullanarak yanıt yüksek çözünürlüklü zaman atlamalı filmler üretmek için basit bir yöntem detay. Bu prosedür, sürü dinamiklerini izlemek için hızlı ve basit bir yöntemdir ve diğer bakteri türlerinin hareketliliğini ve büyümesini incelemek için uyarlanabilir.

Bakteriyel Sürülerin Hızlandırılmış Görüntülemesi ve Kolektif Stres Tepkisi

Birçok bakteri, çevrelerinde gezinmek ve hem bireysel hem de kolektif olarak elverişli çevreyi kolonileştirmek için flagella tahrikli hareketliliği kullanır. Burada, yüzmeye ve kaynayan hareketliliklere katkıda bulunan bileşenleri / yolları tanımlamak için hareketliliği bir seçim aracı olarak kullanan üç yerleşik yöntemin kullanılması gösterilmiştir.

Bir Seride Üç Yerleşik Teknik Uygulayarak Escherichia coli'de Flagella Odaklı Hareketliliği Araştırmak

Bu protokol, Pseudomonas aeruginosa'da çeşitli motilite tiplerinde yer alan genetik faktörleri tanımlamak için hızlı ve etkili bir yöntem sunar.

Pseudomonas aeruginosa'da Motilite Fenotiplerini Gözlemlemek için Yüksek Verimli Yöntem

Öğrenin bakteriyel yüzey kaynatma motilitesini indükleyici gradyan plakaları kullanarak yüksek verimli tarama yöntemiyle değerlendirmeyi. Bu maliyet etkin teknik, mikropatojen yanıtlarını gözlemleyerek ilaç taraması için uygundur.

İndükleyici Gradyan Plakaları Üzerindeki Bakteriyel Yüzey Kaynatma Motilitesinin Ölçülmesi

Daha fazla video keşfet