Malign Periferik Sinir Kılıfı Tümörünün Fare Modellerinde Terapötik Hedefleri Belirlemek için Genetik Profilleme ve Genom Ölçeğinde Bırakma Taraması
25 Ağustos 2023
Genetiği değiştirilmiş fare modellerinde ortaya çıkan tümörlerde terapötik hedefleri ve karşılık gelen insan tümör tipini belirlemek ve karşılaştırmak için genomik analizler ve fonksiyonel genomik ekranlar kullanan türler arası karşılaştırmalı bir onkogenomik yaklaşım geliştirdik.
Sporadik ve NF1 ile ilişkili malign periferik sinir kılıfı tümörlerinin patogenezini anlamaya çalışıyoruz. Amacımız, bu oldukça agresif neoplazmlar için mantıklı bir şekilde yeni tedaviler geliştirmektir. Araştırmamızı ilerletmek için şu anda uyguladığımız teknolojiler arasında genom ölçekli shRNA ekranları gibi tarafsız yöntemlerin yanı sıra tek hücreli dizileme, BaseScope in situ problar ve biyoinformatik yer alıyor.
Çeşitli güncel yaklaşımları kullanarak, malign periferik sinir kılıfı tümörlerinin proliferasyonu ve sağkalımı için gerekli olan ve terapötik olarak hedeflenebilir olan çoklu reseptörleri tanımladık. Bu reseptörler arasında nöregulin reseptörü, ErbB3 ve lizofosfatidik asit reseptörü 3 bulunur. Bu yaklaşımı kullanmanın avantajı, MPNST kanser hücre hatlarında 15.000'den fazla genin proliferatif önemini inceleme kapasitesinde yatmaktadır.
Bu, MPNST'lerin tedavisinde keşfedilmemiş hedefleri tanımlayan tarafsız bir yaklaşımdır. İleriye dönük olarak, laboratuvarımızın odak noktası, ekranımızda belirlenen hedeflerin doğrulanmasına odaklanacaktır. Bu, hücre dizileri ve kültür üzerinde inhibitörlerin kullanılmasını ve nihayetinde bunun hayvan çalışmasına çevrilmesini içerir.
Tam transkripti görüntüleyin ve binlerce bilimsel videoya erişin
Genel Bakış
Bu çalışma, özellikle NF1 ile ilişkili olan malign periferik sinir kılıfı tümörlerinin (MPNST'ler) patogenezini incelemektedir. Araştırma, bu agresif tümörler için yeni tedavi seçeneklerine yol açabilecek terapötik hedefleri belirlemek amacıyla gelişmiş genomik teknikler kullanmaktadır.
Temel Çalışma Bileşenleri
Bilim Alanı
- Onkogenomik
- Nörobilim
- Kanser Biyolojisi
Arka Plan
- MPNST'ler oldukça agresif neoplazmlardır.
- Patogenezlerinin anlaşılması, etkili tedavilerin geliştirilmesi için kritik öneme sahiptir.
- Güncel araştırmalar hem sporadik hem de NF1 ile ilişkili tümörlere odaklanmaktadır.
- Karşılaştırmalı analizler için genetiği değiştirilmiş fare modelleri kullanılmaktadır.
Çalışmanın Amacı
- MPNST'lerde terapötik hedefleri belirlemek ve karşılaştırmak.
- Bu tümörler için yeni tedaviler geliştirmek.
- Daha iyi bir anlayış için türler arası genomik analizlerden yararlanmak.
Kullanılan Yöntemler
- Genom ölçekli shRNA taramaları
- Tek hücreli sekanslama
- BaseScope in situ probları
- Biyoenformatik analiz
Temel Sonuçlar
- MPNST proliferasyonu ve sağkalımı için temel reseptörlerin belirlenmesi.
- Reseptörler arasında erbB3 ve lizofosfatidik asit reseptörü 3 yer almaktadır.
- Proliferatif önemleri açısından 15.000'den fazla gen incelenmiştir.
- Terapötik olarak hedeflenebilir birden fazla reseptör tanımlanmıştır.
Sonuçlar
- Çalışma, MPNST'ler için potansiyel terapötik hedeflere ilişkin içgörüler sunmaktadır.
- İleri genomik teknikler, kanser araştırmalarını önemli ölçüde geliştirebilir.
- Tanımlanan reseptörlerin daha fazla araştırılması, yeni tedavi stratejilerine yol açabilir.
Sıkça Sorulan Sorular
Yönetici Endüstriyel Uygunluk
Malign periferik sinir kılıfı tümörü (MPNST) fare modellerinde genom ölçekli dropout taraması ve genetik profilleme, temel sinyal yollarının ve ilaçla hedeflenebilir bölgelerin sistematik olarak tanımlanmasını sağlar. Bu yaklaşım, klinik seçeneklerin sınırlı olduğu ve önceki tedavilerin başarısız olduğu nadir, agresif kanserlerdeki hedef doğrulama zorluğunu gidermektedir. Türler arası karşılaştırmalı onkogenomiğin entegrasyonu, öngörü güvenilirliğini artırır ve yeni terapötik geliştirmeler için risk ayarlı portföy kararlarına ışık tutar.
Biyofarma Ar-Ge'sinde Stratejik Uygulamalar
Erken Keşif ve Hedef Doğrulama
- Tümör proliferasyonu ve sağkalımı açısından fonksiyonel uygunluk için 15.000'den fazla genin tarafsız bir şekilde sorgulanmasını sağlar.
- erbB3 ve lizofosfatidik asit reseptör 3 gibi terapötik olarak müdahale edilebilir yeni hedeflerin tanımlanmasını ve önceliklendirilmesini destekler.
- Aday sürücü mutasyonların insan ve fare modellerinde doğrulanması yoluyla mekanistik risk azaltmayı kolaylaştırır.
- Hedeflerin alt aşama doğrulama ve tarama süreçlerine aktarılmasında öngörü güvenilirliğini artırır.
Tarama ve Analiz Geliştirme
- Yüksek kapasiteli shRNA taramaları ve kantitatif hücre canlılığı analizleri için valide edilmiş hücre tabanlı sistemler kurar.
- Görüntüleme sitometrisi ve doğrudan hücre sayımı kullanarak gen susturma etkilerinin hücre proliferasyonu üzerindeki tekrarlanabilir ölçümünü sağlar.
- Aday hedeflerin ve inhibitörlerin sistematik değerlendirmesi için analiz standardizasyonunu ve ölçeklenebilirliğini destekler.
- Koşullar ve türler arası karşılaştırmalar için güçlü kantitatif çıktılar sunar.
Translasyonel ve Preklinik Araştırmalar
- Aday hedef doğrulamasını, hastalıkla ilişkili fare modelleri ve nadir insan tümör örnekleri ile hizalar.
- Genetik keşiften, hücre hatları ve hayvan modellerindeki preklinik inhibitör testlerine kadar translasyonel süreklilik sağlar.
- Her iki türde de fonksiyonel etkisi kanıtlanmış hedeflerin, riske göre ayarlanmış ilerlemesini destekler.
- Gelecekteki klinik geliştirme için translasyonel biyobelirteçlerin tanımlanmasını kolaylaştırır.
Boru Hattı ve İş Akışı Entegrasyonu
Bu iş akışı, öncü bileşik tanımlama ve translasyonel ilerlemeye temel oluşturmak için türler arası karşılaştırmalı genomikten yararlanarak, erken keşif aşamasından hedef doğrulamaya, taramaya ve preklinik araştırmalara kadar olan süreci entegre eder.
- Keşif Biyolojisi: Genom ölçekli shRNA dropout taramaları kullanarak tümör proliferasyonundaki gen fonksiyonuna ilişkin sıfır hipotezlerini sistematik olarak test eder.
- Tarama: Güçlü bir assay geliştirilmesini desteklemek amacıyla kantitatif, tekrarlanabilir hücre canlılığı ve knockdown verileri sunar.
- Analitik: Daha fazla doğrulama için hedefleri ve yolakları önceliklendirmek amacıyla istatistiksel çıktılar ve karşılaştırmalı analizler sağlar.
- Translasyonel Araştırma: Fare modellerinden elde edilen bulguları nadir insan tümör örneklerine aktararak biyobelirteç ve hedef sürekliliğini destekler.
- Kurumsal Yeniden Kullanım: Diğer nadir veya genetik olarak karmaşık kanserlerde hedef keşfi için ölçeklenebilir, yeniden kullanılabilir bir platform oluşturur.
Operasyonel ve Kurumsal Etki
- Bilimsel Değer: Hedef seçimindeki öngörü güvenini artırır ve mekanistik belirsizliği azaltır.
- Operasyonel Değer: Tekrarlanabilirlik ve ölçeklenebilirlik için yüksek kapasiteli tarama ve kantitatif analizleri standartlaştırır.
- Stratejik Değer: Nadir kanser ilaç keşfinde bilinçli devam/durdur kararlarına ve sermaye açısından verimli portföy önceliklendirmesine olanak tanır.
- Portföy Etkisi: Translasyonel öneme sahip doğrulanmış hedeflerin risk ayarlı önceliklendirmesini ve ilerletilmesini destekler.
Uygulama Hususları
- Fonksiyonel genomik, biyoinformatik ve yüksek kapasiteli tarama teknolojileri konusunda uzmanlık gerektirir.
- Genetiği değiştirilmiş fare modellerine, nadir insan tümör örneklerine ve gelişmiş görüntüleme sitometri platformlarına erişim gereklidir.
- Deney protokollerinin ve veri analiz hatlarının ekipler arasında titiz bir şekilde standartlaştırılmasını gerektirir.
- Tarama ve doğrulama iş akışları, hastalığa özgü model sistemlere ve örnek sınırlamalarına uyum sağlayacak şekilde adapte edilmelidir.
- Kantitatif çıktıların yorumlanması için güçlü istatistiksel analiz araçlarının mevcudiyetine bağlıdır.
Biyofarma SSS
Chapters in this video
0:00
Introdution
1:30
Lentiviral Packaging and Viral Titering for Genome‐Scale shRNA Screens
4:34
Lentiviral Infection of MPNST Cells and Genomic DNA Isolation for Genome‐Scale shRNA Screens
8:13
Cytometer Assays of MPNST Cells Challenged with Therapeutic Agents
