Name: Özofagus Skuamöz Hücreli Karsinomu için Özet Geliştirme (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-04-12T12:50:00.000+00:00
Duration: 3 min 36 s
Description: Keşfedin özofagus skuamöz hücreli karsinomunda farklı ifade edilen genleri GEO 2R ve biyoinformatik araçlarla analiz etme yöntemini. Bu yaklaşım kanser biyolojisini anlamak ve yeni tanısal stratejiler geliştirmek için önemlidir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>Özofagus Kanseri Araştırmalarında Mikroarray Verilerini Analiz Etmek için Boru Hattı

<table><tbody><tr><td>NCBI-PUBMED</td><td>NCBI</td><td></td> https://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed <td>Bölüm 1'e atıfta bulunarak, literatür taraması için gereklidir</td></tr><tr><td>: İnternet tesisi ve web tarayıcısı olan bir dizüstü bilgisayar/macbook veya kişisel bilgisayar.</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>g:Profil Oluşturucu</td><td>ELIXIR altyapısı</td><td>https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost</td><td>GO:MF, GO:BP ve GO:CC'nin zenginleştirilmesi için gerekli olan bölüm 4.10'a atıfta bulunularak</td></tr><tr><td>Gen ekspresyonu omnibus</td><td>NCBI</td><td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/</td> <td>Bölüm 3.1'e atıfta bulunarak. mikroarray çalışma veritabanı</td>GEO2R NCBI'de</tr> <tr><td></td><td></td><td>arama yapmak için gereklidir.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/</td> <td>GEO2R aracı Google Google https://www.google.com kullanılarak verilerin analiz edilmesi için gerekli olan bölüm 3.2'ye atıfta bulunularak</td></tr> Bölüm <tr><td></td><td></td><td></td><td>1.1'e atıfta bulunularak HGNC literatür taraması için gereklidir</td></tr><tr><td></td><td>HGNC, İnsan Genomu Organizasyonu'nun (HUGO) bir komitesidir</td> <td>https://www.genenames.org</td><td>Bölüm 6.1'e atıfta bulunarak, DEGs&nbsp'nin resmi gen sembolünü bilmek gereklidir;</td></tr><tr><td>HPRD</td><td>Biyoinformatik Enstitüsü, Bangluru</td><td>&nbsp; http://hprd.org</td><td>Protein mimarisi hakkında bilgi için gerekli olan bölüm 5.1'e bakınız&nbsp;</td></tr><tr><td>OMIM</td><td>&nbsp; Johns Hopkins Üniversitesi, Baltimore</td><td>http://www.omim.org/entry</td><td>Belirli bir genin OMIM ID'sini bilmek için gerekli olan bölüm 8.1'e atıfta bulunularak / DEG</td></tr><tr><td>Pangloss Programı</td><td>Chris Seidel tarafından geliştirilmiştir</td><td>http://www.pangloss.com/seidel/Protocols/venn.cgi</td><td>Bölüm 4.9'a atıfta bulunularak. Venn diyagramını oluşturmak için gereklidir</td></tr><tr>Güney <td>Kaliforniya</td><td></td> <td>Üniversitesi'ndeki PANTHER Thomas laboratuvarıhttp://www.pantherdb.org/geneListAnalysis.do</td><td>Bölüm 4.10'a atıfta bulunarak, GO:MF, GO:BP ve GO:CC'nin zenginleştirilmesi için gereklidir</td></tr>. <tr><td>ShinyGO&nbsp;</td><td>Güney Dakota Eyalet Üniversitesi</td><td>http://bioinformatics.sdstate.edu/go</td><td>Bölüm 4.10'a atıfta bulunarak. kromozomlar üzerindeki DEG'lerin tahsisi için gereklidir</td></tr></tbody></table>

Özofagus skuamöz hücreli karsinomu için Özet geliştirme

Development of Compendium for Esophageal Squamous Cell Carcinoma

Örnek olarak, ESCC'de diferansiyel olarak araştırılan genleri incelemek için GEO katılım GSE161533 kullanıldı. Analizin temsili sonuçları Şekil 3'te gösterilmiştir. GEO2R, iki deney deneği grubu arasında önemli ölçüde farklılık gösteren olayları tanımlamak için yararlı olan bir yanardağ grafiği oluşturur. Volkan grafiği, y ekseninde -log10 dönüştürülmüş anlamlılık (p-değeri) ve x ekseninde kat değişiklikleri (log2 dönüştürülmüş kat değişikliği ile) ile genel gen dağılımını sunar (Şekil 3A) ve diferansiyel olarak ifade edilen genleri görselleştirmek için kullanışlıdır. Vurgulanan genler, 0.05'lik varsayılan bir p-değeri kesmesinde (mavi = aşağı regüle edilmiş, kırmızı = yukarı regüle edilmiş) önemli ölçüde diferansiyel olarak ifade edilir.
Ortalama fark (MD) grafiği, günlük2 kat değişikliği ve karşılaştırmayı görüntüler. Ortalama log2 ekspresyon değerleri ve diferansiyel olarak eksprese edilen genleri görselleştirmek için kullanışlıdır. MD grafiğinde, log2'nin dönüştüğü genler y ekseninde katlanır ve x ekseninde ortalama değer ifadesini kaydeder (Şekil 3B). Vurgulanan genler, 0.05'lik varsayılan bir p-değeri kesmesinde (mavi = aşağı regüle edilmiş, kırmızı = yukarı regüle edilmiş) önemli ölçüde diferansiyel olarak ifade edilir. Volkan grafikleri, aynı anda yalnızca iki tedaviden elde edilen bilgilerin görüntülenmesi açısından MA grafikleriyle aynı sorunlarla karşılaşmaktadır21.
Ayrıca, ESCC ile normal numuneler arasındaki ilişkiyi değerlendirmek için Tekdüzen Manifold Yaklaşımı ve Projeksiyonu (UMAP)22 kullanıldı (Şekil 3C). Örneklerin çoğu ilgili kategorilerde olmasına rağmen, normal örneklerde iki ESCC örneği bulundu.
GEO2R, veri kümesindeki ifade yoğunluğunu etkili bir şekilde gösteren bir 2B etkileşimli ifade yoğunluğu grafiği (Şekil 3D) sundu. Bu grafik, DEG'ler için normalleştirmenin gerekli olup olmadığını belirlemek için kullanışlıdır. Bu çizimde, y ekseni yoğunluğu belirtirken, x ekseni hem ESCC (yeşil renk) hem de normal (mor renk) için yoğunluğu belirtir.
Değerlerin ESCC ve normal dahil olmak üzere farklı numuneler arasındaki dağılımı kutu çiziminde gösterilmiştir. Bu dağılımlar, numunelerin diferansiyel ifade analizi için gerçekten uygun olup olmadığına dair ipucu verir. Medyan merkezli değerler, verilerin normalleştirildiğini ve çapraz karşılaştırılabilir olduğunu açıkça göstermektedir (Şekil 3E).
Tanımlanan genler p &lt; 0.05 ve kat değiştirme kriterlerine göre filtrelenir. Değişmemiş genler (&lt;2.0-&gt;0.50 arasında kat değişimi ile) analizden çıkarıldı. Ayrıca, daha önce yayınlanmış bir çalışma ile karşılaştırıldığında, bulunan ortak genler sadece 514'tür, ancak elde edilen benzersiz gen sayısı 1193'tür. GEO2R kullanarak benzersiz genleri tanımlamanın yalnızca fazlalığı azaltmakla kalmayıp aynı zamanda özeti zenginleştirmeye de yardımcı olabileceğini belirtmek önemlidir.
DEG'lerin kısmi bir listesi Tablo 1'de belirtilirken, DEG'lerin tam listesi Ek Dosya 1'de verilmiştir. MMP1 8,23,24, MMP12 23,25, SPP1 8,26, POSTN9 ve VCAN 8,27 gibi yukarı regüle edilmiş genlerin bazıları hücre dışı matrise aittir. Tablo 1'de listelenen diğer genler arasında CMPK2, AURKA28,29, CHEK127 ve CDK130 yukarı regüle edilir ve EMP127, PTK631,32, GPX327, DPT33, FHL134,35 ve CRNN 8,36 bulunur ESCC'de normal epitel ile karşılaştırıldığında aşağı regüle edilir. POSTN (Periostin) ESCC'de yukarı regüle edilmiştir ve ayrıca özofagus adenokarsinomu durumunda da bildirilmiştir. ESCC ile ilgili daha önceki bir çalışmada, POSTN protein ekspresyonunun sadece stromal bölgede değil, aynı zamanda tümör hücrelerinde de gözlendiği bildirilmiştir, bu da tümör-mikroçevre9 arasında bir etkileşim olduğunu düşündürmektedir. Periostin, esas olarak mezenkimal hücreler tarafından salgılanan ve osteoblastların düzenlenmesi, yapışması ve farklılaşmasında ve ayrıca yara onarımında çok önemli bir rol oynayan bir proteindir. Ek olarak, periostin, ESCC dahil olmak üzere çeşitli kanserlerde tümör ilerlemesi ve metastazı ile ilişkilendirilmiştir. Çalışmalar, periostinin kanserlerde ve tümör anjiyogenezinde epitelden mezenkimal geçişe (EMT) dahil olduğunu, hücre göçünü, motilitesini, adezyonu ve tümörlerin metastatik hücre büyümesini teşvik ettiğini göstermiştir. Yemek borusunun kanser öncesi bir durumu olan Barrett özofagusunda, normal özofagus dokusuna kıyasla periostini kodlayan gen olan POSTN'de önemli bir yukarı regülasyon vardır37. Özofagusun inflamatuar bir hastalığı olan eozinofilik özofajitte, hem periostin mRNA hem de protein ekspresyon seviyeleri normal özofagus epiteline kıyasla yukarı regüle edilir. Benzer şekilde, ESCC'de POSTN'nin gen ekspresyon analizinde9 11 kat yukarı regüle olduğu bulundu. Bu bulgular, POSTN'nin ESCC ve diğer kanserler için potansiyel bir biyobelirteç olarak hizmet edebileceğini düşündürmektedir. Ayrıca, kemik metastazı ile diyagonalize meme kanseri hastalarında artmış serum POSTN seviyeleri bildirilmiştir, bu da POSTN'nin ESCC hastalarının serumlarında potansiyel bir metastatik biyobelirteç olarak daha fazla araştırılabileceğini yansıtmaktadır. Genel olarak, POSTN tümör ilerlemesinde önemli roller oynuyor gibi görünmektedir ve kanser teşhisi, prognozu ve tedavisi için potansiyel klinik etkileri olabilir.
DEG'lerin bireysel kromozomlar üzerindeki kromozomal dağılımı, maksimum gen sayısının 1-6 ve X kromozomlarından olduğunu göstermektedir (Şekil 4). ShinyGO tabanlı yol analizi, DEG analizi sırasında bir dizi önemli yolun ortaya çıktığını gösterdi. Bunlardan bazıları IL-17 sinyal yolu, protein sindirimi ve emilimi, ECM-reseptör etkileşimi, TNF-sinyal yolu, Toll benzeri reseptör sinyal yolu, kemokin sinyal yolu, sitokin-sitokin reseptör etkileşimi, alkol karaciğer hastalığı, kanserde mikroRNA'lar, kanserde transkripsiyonel düzensizlik, hücre döngüsü ve ESCC'de NONO benzeri reseptör sinyal yolağıydı. Ayrıca, DEG'lerde GO terimlerinin zenginleştirilmesi g: Profiler analizi kullanılarak yapılmıştır. Moleküler fonksiyon (GO: MF), hücresel bileşenler (GO: CC) ve biyolojik süreçler (GO: BP) için farklı GO terimleri zenginleştirilmiştir (Şekil 5). Bu GO terimlerinin listesi Tablo 2'de verilmiştir.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65480/65480fig01.jpg"> 
Şekil 1: Özofagus skuamöz hücreli karsinomu ile ilgili çalışmaların GEO2R programı kullanılarak gen ekspresyonu omnibusunda mevcut olması için şematik gösterim. Diferansiyel Olarak Düzenlenmiş Genlerin (DEG'ler) veya Diferansiyel Olarak Düzenlenmiş Moleküllerin (DEM'ler) tanımlanmasında yer alan farklı adımlar, kat değişimine dayalı DEG'ler için seçim kriterleri &gt;2.0 kat ve yukarı regüle edilenler için p &lt; 0.05 ve aşağı regüle edilenler için &lt;0.5 ve p-değeri &lt;0.05 dahil olmak üzere şemada gösterilmiştir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65480/65480fig01large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65480/65480fig02.jpg"> 
Şekil 2: Özofagus skuamöz hücreli karsinomunda diferansiyel olarak düzenlenmiş genler hakkında ek bilgi bulmak için şematik gösterim, kamuya açık diğer kaynaklar kullanılarak mevcuttur. Ek olarak, klinik ortamda daha fazla doğrulama ve değerlendirme için DEG'lerin seçilmesi gerektiğine karar vermede bilgi DEG'leri çok önemlidir. Alijerin çıkarılması, resmi gen sembolü, kromozom yeri/gen lokusu, OMIM, alan/motif, proteinin salgı doğası ve protein seviyelerinde doğrulama için uygun antikorun mevcudiyeti gibi bilgiler farklı çevrimiçi kaynaklardan elde edilebilir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65480/65480fig02large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65480/65480fig03.jpg"> 
Şekil 3: ESCC ile normal arasında DEG'lerin tanımlanması için GEO2R programı kullanılarak GEO katılımlı GSE161533 çalışmanın dağılımı . GEO2R programı, (A) Y ekseninde -log10 dönüştürülmüş anlamlılık (p-değeri) ile gen dağılımını temsil eden volkan grafiği ve x ekseninde kat değişiklikleri (log2 dönüştürülmüş kat değişikliği ile), (B) diferansiyel olarak ifade edilen genleri görselleştirmek için log2 kat değişimine karşı ortalama log2 ifade değerlerini gösteren MD-çizim grafiği, (C) UMAP (Tekdüzen Manifold Yaklaşımı ve Projeksiyonu), numunelerin türlerine göre ayrılmasını gösterir, (D) İfade yoğunluğu grafiği, diferansiyel ifade analizinden önce verilerin normalizasyonunu kontrol ettiği için tamamlar, (E) Verilerin normalleştirilmesinin çapraz karşılaştırılabilir olduğunu belirtmek için örnekler arasında medyan merkezli değerleri gösteren kutu grafiği. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65480/65480fig03large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65480/65480fig04.jpg"> 
Şekil 4: ShinyGO zenginleştirme aracı kullanılarak DEG'lerin farklı kromozomal lokuslar üzerindeki dağılımı. (A) Benzersiz genler, mevcut ve daha önce yayınlanmış çalışmaları karşılaştırmak için bir Venn şeması oluşturularak tanımlandı. (B) DEG'lerin genomdaki farklı kromozomlar üzerindeki dağılımı. (C) ShinyGO tabanlı zenginleştirme analizi kullanılarak DEG'ler için yol zenginleştirme. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65480/65480fig04large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/65480/65480fig05.jpg"> 
Şekil 5: Manhattan'ın hedef genlerin GO terim zenginleştirmelerini g: Profiler kullanarak göstermek için çizimleri. Diferansiyel olarak ifade edilen genler g: Profiler ve GO terimlerinde zenginleştirme (MF: moleküler fonksiyon; BP: biyolojik süreç; CC: hücresel bileşen) ve Reactome yolları (REAC), WiKi-Yolları (WP), transkripsiyon faktörü (TF) ve mikroRNA hedef tabanı (MIRNA) boyunca KEGG yolları, x ekseninin kategoriye göre renklendirilmiş GO fonksiyonel terimleri olduğu Manhattan grafiğinde grafiksel olarak gösterildi. Her renkli nokta bir GO terimini temsil eder. Y ekseni, ayarlanmış -log10p değerlerini gösterir. ESCC için istatistiksel olarak anlamlı olan GO terimleri x ekseninde gösterilir. MF: Moleküler Fonksiyon; BP: Biyolojik süreç; CC: Hücresel bileşen; MİRNA: MikroRNA; HP: İnsan Fenotipi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65480/65480fig05large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
Tablo 1: ESCC'de diferansiyel olarak ifade edilen genlerin kısmi listesi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65480/65480_Table%201.xlsx" target="_blank">Bu Tabloyu indirmek için lütfen buraya tıklayın.</a>
Tablo 2: ESCC'de GO terimlerinin g: Profiler kullanılarak zenginleştirilmesi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65480/65480_Table%202.xlsx" target="_blank">Bu Tabloyu indirmek için lütfen buraya tıklayın.</a>
Ek Dosya 1: ESCC'de diferansiyel olarak ifade edilen genlerin tam listesi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/65480/Supple%20Table-1.pdf" target="_blank">Bu dosyayı indirmek için lütfen buraya tıklayın.</a>

Özofagus Skuamöz Hücreli Karsinomu için Özet Geliştirme

Esophageal cancer (EC) ranks as the 8th most aggressive malignancy, and its treatment remains challenging due to the lack of biomarkers facilitating early ...

development-of-compendium-for-esophageal-squamous-cell-carcinoma

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Kanser Araştırmaları

Barrett Özofagus moleküler sürücüleri geliştirilmiş bilgi için fark edilebilir bir ihtiyaç vardır. Immunofluorescent boyama hücre morfolojisi üzerine hücre sinyal etkilerini anlamak için yararlı bir tekniktir. Biz, Barrett yemek borusu hücrelerinde terapötik tedavi değerlendirmek için immünofloresan boyama kullanımı için basit ve etkin bir protokol sunmaktır.

Barrett Özofagus Hücrelerinin Karakterizasyonu için bir Immunofluorescent Yöntemi

Bu çalışma endoskopik adipoz doku kaynaklı stromal hücre (ADSC) başarılı bir yöntem bildiren bir domuz modelinde uzun bir endoskopik submukozal diseksiyon (ESD) sonra özofagusdarlığı önlenmesi için -yaprak nakli.

ADSC sayfalık Transplantasyon Genişletilmiş Özofagus Endoskopik Submukozal Diseksiyon sonra darlık Önlemek için

Laparoskopi-endoskopi kooperatifi cerrahisi, 5 cm'den küçük mide gastrointestinal stromal tümörlerinin tedavisi için uygundur. Endoskopik ve laparoskopik ameliyatların ilgili avantajlarını elde ederken dezavantajlarından kaçınabilir.

Gastrik Gastrointestinal Stromal Tümörlerin Tedavisinde Laparoskopi-Endoskopi Kooperatifi Cerrahisi

Bu protokol, araştırmacıların deneysel tasarımlarına dayanarak uygun stratejileri seçmelerini sağlamak için özofagus adenokarsinom organoidlerinin tek hücreli sindirimli ve tek hücreli sindirimsiz alt kültür ve kriyoprezervasyon yöntemlerini açıklamaktadır.

Özofagus adenokarsinom organoidlerinin alt kültürü ve kriyoprezervasyonu: Tek hücreli sindirim için artıları ve eksileri

Bu protokol, kimyasal karsinogenez yoluyla indüklenen normal, preneoplastik ve skuamöz hücreli karsinom lezyonlarını temsil eden murin oral-özofagus 3D organoidlerini üretmek ve karakterize etmek için anahtar adımları açıklamaktadır.

3D Organoidlerde Oral-Özofagus Skuamöz Hücreli Karsinomun Modellenmesi

Bu protokol, tümör ilerlemesinin farklı aşamalarını temsil eden özofagus organoid modellerinin oluşturulmasını ve histolojik analizini açıklamaktadır. Bu yöntem, araştırmacıların normalden kanserli dokulara geçiş sırasında hücresel morfoloji, mekansal organizasyon ve moleküler belirteç ekspresyon modellerindeki değişiklikleri incelemelerini sağlar.

Özofagus Organoidlerinin Kurulması ve Histolojik Analizi: Normal Dokulardan Kanserli Dokulara İlerlemenin Modellenmesi

Bu protokol, özofageal skuamoz hücreli karsinomlu (ESCC) hastadan kanser organoidlerini, karsinomla ilişkili fibroblastları (CAF'ler) ve tümör ilişkisiz fibroblastları (CF) aynı anda izole etme yöntemini tanımlar. Bu hasta eşleştirilmiş materyallerin kullanımı, hastalar arası değişkenlikten kaynaklanan sorunları önleyebilir ve ESCC araştırmaları için uygun bir deneysel platform sağlayabilir.

Aynı Özofagus Kanseri Hastasından Tümör Organoidlerinin, Karsinomla İlgili Fibroblastların ve Karşıt Fibroblastların Oluşturulması

over kanseri periton yayılması çok adımlı süreci açıklamak için, mevcut çalışma bu tümör hücreleri ile ortotopik aşılamadan yoluyla orijinal tümör gelişimi ve periton metastazı bir fare deneysel modeli sunar.

Orijinal Tümör Geliştirme Murin Deneysel Modeli ve Periton Metastaz<em&gt; yoluyla</emYumurtalık Kanseri Hücreleri ile&gt; Ortotopik aşılama

Perinöral invazyon (PNI), baş ve boyun skuamöz hücreli karsinomunun (HNSCC) yaygın bir özelliğidir ve daha düşük sağkalım oranları sağlar. Mekanizmaları tam olarak anlaşılamamıştır. Yarı katı bir matris ile sınırlı murin dorsal kök gangliyonlarından üretilen nöritler kullanılarak, HNSCC hücre hatlarının PNI'sinde yer alan yollar araştırılabilir.

Baş ve Boyun Skuamöz Hücre Karsinomu içinde perinöral invazyon İçin Bir Model

İmünokompetan farelerde böbrek hücreli karsinom ortotopik bir model uygulanması Araştırmacı aynı hayvanda bir primer böbrek tümörü, akciğer metastazların varlığı ile tanımlanan bir klinik açıdan ilgili bir sistem elde edilir. Bu sistem, klinik öncesi, in vivo olarak tedaviler çeşitli test etmek için de kullanılabilir.

Preklinik Tedaviler Nicel ve Boyuna Değerlendirme A sinjeneik Fare Modeli Yapmış Bir Renal Hücreli Karsinom

Keşfedin özofagus skuamöz hücreli karsinomunda farklı ifade edilen genleri GEO 2R ve biyoinformatik araçlarla analiz etme yöntemini. Bu yaklaşım kanser biyolojisini anlamak ve yeni tanısal stratejiler geliştirmek için önemlidir.

Özofagus Skuamöz Hücreli Karsinomu için Özet Geliştirme

Daha fazla video keşfet