Sıvı Kromatografisi, Sıkışmış İyon Hareketlilik Spektrometrisi ve Uçuş Süresi Kütle Spektrometrisi Kullanılarak Histon Modifikasyon Taraması

Histon modifikasyonlarının yüksek güvenilirlikli ve yüksek oranda tekrarlanabilir "aşağıdan yukarıya" analizi ve temel parametrelere (alıkonma süresi [RT], çarpışma kesiti [CCS] ve doğru kütle-yük [m/z] oranı) dayalı tanımlama için sıvı kromatografisi, sıkışmış iyon hareketlilik spektrometrisi ve uçuş zamanı kütle spektrometrisine (LC-TIMS-ToF MS/MS) dayalı analitik bir iş akışı.

%95 verimlilikle histon ekstraksiyon protokolü kullanılarak bir yöntem önerilmiştir. LC-TIMS-ToF MS/MS ile birlikte, histonda bulunan PTM'ler için kısa sürede bir tarama elde etmek mümkündür. Ve hepsinden önemlisi, izomerleri ayırma imkanı.

İzomerik peptitlerin ayrılması, tek başına tandem kütle spektrometrisi kullanılarak mümkün olsa da, genellikle zordur. TIMS'i dahil ederek, birçok konumsal izomer tanımlamasını basitleştirerek ekstra bir ayırma boyutu sunuyoruz. Ek olarak, pasif teknoloji bu deneylerin hassasiyetini artırarak epigenetik varyasyonları analiz etme yeteneğimizi daha da geliştirir.

PTM pozisyonlarını belirleme yeteneğinin artmasıyla, çeşitli çevresel veya biyolojik faktörler arasındaki korelasyonu ve bunların epigenom üzerindeki etkilerini daha fazla belirleme yeteneği ortaya çıkar. Histonların analizini iyileştiren ve kolaylaştıran yöntemler, tıbbi ve çevre kimyası dahil olmak üzere çeşitli araştırma alanlarına uygulanabilir. Doğal veya hasarlı durumlarda protein doğrulamasının dinamikleri, TIMS MS/MS'nin HDX ile uygulanmasından belirlenecektir.

LC-TIMS-ToF MS/MS ve Nano LC-TIMS-ToF MS/MS ile çeşitli biyolojik örneklerde bulunan PTM'deki farklılıklar grafiklendirilecektir.