Name: Pan-Kanser Biyobelirteci Olarak TMEM200Ain Multiomik Analizi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2023-09-15T14:10:00.000+00:00
Duration: 7 min 47 s
Description: Keşfedin TMEM200A'nın mide kanserindeki biyolojik işlevlerini biyoinformatik araçlar ve deneysel doğrulama teknikleri kullanarak. Bu çalışma, yeni tedavi hedefleri belirlemek için entegre bir yaklaşım sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma Çin Ulusal Doğa Bilimleri Vakfı (82160550) tarafından desteklenmiştir.

TMEM200A: Mide Kanserinde EMT ve PI3K/AKT'yi Düzenleyen Yeni Bir Onkogen

<ol><li>Torre, L. A., Siegel, R. L., Ward, E. M., Jemal, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+cancer+incidence+and+mortality+rates+and+trends--an+update%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Epidemiol+Biomarkers+Prev%22%5BJournal%5D)">Global cancer incidence and mortality rates and trends--an update.</a> Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 25 (1), 16-27 (2016).</li>
<li>Long, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Economic+burden+of+malignant+tumors+-+Yichang+City%2C+Hubei+Province%2C+China%2C+2019%5BTitle%5D)+AND+%22China+CDC+Wkly%22%5BJournal%5D)">Economic burden of malignant tumors - Yichang City, Hubei Province, China, 2019.</a> China CDC Wkly. 4 (15), 312-316 (2022).</li>
<li>Harbeck, N., Gnant, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet%22%5BJournal%5D)">Breast cancer.</a> Lancet. 389 (10074), 1134-1150 (2017).</li>
<li>Bagchi, S., Yuan, R., Engleman, E. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immune+checkpoint+inhibitors+for+the+treatment+of+cancer%3A+clinical+impact+and+mechanisms+of+response+and+resistance%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Pathol%22%5BJournal%5D)">Immune checkpoint inhibitors for the treatment of cancer: clinical impact and mechanisms of response and resistance.</a> Annu Rev Pathol. 16, 223-249 (2021).</li>
<li>Lam, G. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pitfalls+in+cutaneous+melanoma+diagnosis+and+the+need+for+new+reliable+markers%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Diagn+Ther%22%5BJournal%5D)">Pitfalls in cutaneous melanoma diagnosis and the need for new reliable markers.</a> Mol Diagn Ther. 27 (1), 49-60 (2023).</li>
<li>Gromiha, M. M., Ou, Y. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bioinformatics+approaches+for+functional+annotation+of+membrane+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Brief+Bioinform%22%5BJournal%5D)">Bioinformatics approaches for functional annotation of membrane proteins.</a> Brief Bioinform. 15 (2), 155-168 (2014).</li>
<li>Schmit, K., Michiels, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TMEM+proteins+in+cancer%3A+a+review%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Pharmacol%22%5BJournal%5D)">TMEM proteins in cancer: a review.</a> Front Pharmacol. 9, 1345(2018).</li>
<li>Marx, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transmembrane+%28TMEM%29+protein+family+members%3A+Poorly+characterized+even+if+essential+for+the+metastatic+process%5BTitle%5D)+AND+%22Semin+Cancer+Biol%22%5BJournal%5D)">Transmembrane (TMEM) protein family members: Poorly characterized even if essential for the metastatic process.</a> Semin Cancer Biol. 60, 96-106 (2020).</li>
<li>Fu, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Overexpression+of+transmembrane+protein+168+in+the+mouse+nucleus+accumbens+induces+anxiety+and+sensorimotor+gating+deficit%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Overexpression of transmembrane protein 168 in the mouse nucleus accumbens induces anxiety and sensorimotor gating deficit.</a> PLoS One. 12 (12), e0189006(2017).</li>
<li>Cuajungco, M. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Abnormal+accumulation+of+human+transmembrane+%28TMEM%29-176A+and+176B+proteins+is+associated+with+cancer+pathology%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Histochem%22%5BJournal%5D)">Abnormal accumulation of human transmembrane (TMEM)-176A and 176B proteins is associated with cancer pathology.</a> Acta Histochem. 114 (7), 705-712 (2012).</li>
<li>Zhang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TMEM116+is+required+for+lung+cancer+cell+motility+and+metastasis+through+PDK1+signaling+pathway%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Death+Dis%22%5BJournal%5D)">TMEM116 is required for lung cancer cell motility and metastasis through PDK1 signaling pathway.</a> Cell Death Dis. 12 (12), 1086(2021).</li>
<li>Zhang, N., Pan, H., Liang, X., Xie, J., Han, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+roles+of+transmembrane+family+proteins+in+the+regulation+of+store-operated+Ca%282%2B%29+entry%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Mol+Life+Sci%22%5BJournal%5D)">The roles of transmembrane family proteins in the regulation of store-operated Ca(2+) entry.</a> Cell Mol Life Sci. 79 (2), 118(2022).</li>
<li>Zhang, X., Zheng, P., Li, Z., Gao, S., Liu, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+somatic+mutation+landscape+and+RNA+prognostic+markers+in+stomach+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Onco+Targets+Ther%22%5BJournal%5D)">The somatic mutation landscape and RNA prognostic markers in stomach adenocarcinoma.</a> Onco Targets Ther. 13, 7735-7746 (2020).</li>
<li>Jia, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mining+TCGA+database+for+genes+of+prognostic+value+in+glioblastoma+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+%28Albany+NY%29%22%5BJournal%5D)">Mining TCGA database for genes of prognostic value in glioblastoma microenvironment.</a> Aging (Albany NY). 10 (4), 592-605 (2018).</li>
<li>Wang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((UCSCXenaShiny%3A+an+R%2FCRAN+package+for+interactive+analysis+of+UCSC+Xena+data%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">UCSCXenaShiny: an R/CRAN package for interactive analysis of UCSC Xena data.</a> Bioinformatics. 38 (2), 527-529 (2022).</li>
<li>Li, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TIMER2.0+for+analysis+of+tumor-infiltrating+immune+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">TIMER2.0 for analysis of tumor-infiltrating immune cells.</a> Nucleic Acids Res. 48 (W1), W509-W514 (2020).</li>
<li>Thul, P. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+subcellular+map+of+the+human+proteome%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A subcellular map of the human proteome.</a> Science. 356 (6340), eaal3321(2017).</li>
<li>Li, Y., Ge, D., Lu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+SMART+App%3A+an+interactive+web+application+for+comprehensive+DNA+methylation+analysis+and+visualization%5BTitle%5D)+AND+%22Epigenetics+Chromatin%22%5BJournal%5D)">The SMART App: an interactive web application for comprehensive DNA methylation analysis and visualization.</a> Epigenetics Chromatin. 12 (1), 71(2019).</li>
<li>Chandrashekar, D. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((UALCAN%3A+An+update+to+the+integrated+cancer+data+analysis+platform%5BTitle%5D)+AND+%22Neoplasia%22%5BJournal%5D)">UALCAN: An update to the integrated cancer data analysis platform.</a> Neoplasia. 25, 18-27 (2022).</li>
<li>Tate, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((COSMIC%3A+the+Catalogue+Of+Somatic+Mutations+In+Cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">COSMIC: the Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer.</a> Nucleic Acids Res. 47 (D1), D941-D947 (2019).</li>
<li>Gao, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+analysis+of+complex+cancer+genomics+and+clinical+profiles+using+the+cBioPortal%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Signal%22%5BJournal%5D)">Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal.</a> Sci Signal. 6 (269), pl1(2013).</li>
<li>Shen, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sangerbox%3A+A+comprehensive%2C+interaction-friendly+clinical+bioinformatics+analysis+platform%5BTitle%5D)+AND+%22iMeta%22%5BJournal%5D)">Sangerbox: A comprehensive, interaction-friendly clinical bioinformatics analysis platform.</a> iMeta. 1 (3), e36(2022).</li>
<li>Ru, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TISIDB%3A+an+integrated+repository+portal+for+tumor-immune+system+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">TISIDB: an integrated repository portal for tumor-immune system interactions.</a> Bioinformatics. 35 (20), 4200-4202 (2019).</li>
<li>Yuan, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CancerSEA%3A+a+cancer+single-cell+state+atlas%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">CancerSEA: a cancer single-cell state atlas.</a> Nucleic Acids Res. 47 (D1), D900-D908 (2019).</li>
<li>Sun, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TISCH%3A+a+comprehensive+web+resource+enabling+interactive+single-cell+transcriptome+visualization+of+tumor+microenvironment%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">TISCH: a comprehensive web resource enabling interactive single-cell transcriptome visualization of tumor microenvironment.</a> Nucleic Acids Res. 49 (D1), D1420-D1430 (2021).</li>
<li>Warde-Farley, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+GeneMANIA+prediction+server%3A+biological+network+integration+for+gene+prioritization+and+predicting+gene+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The GeneMANIA prediction server: biological network integration for gene prioritization and predicting gene function.</a> Nucleic Acids Res. 38, W214-W220 (2010).</li>
<li>Zhu, Y., Feng, S., Song, Z., Wang, Z., Chen, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+immunological+characteristics+and+immune+subtypes+based+on+single-sample+gene+set+enrichment+analysis+algorithm+in+lower-grade+glioma%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Genet%22%5BJournal%5D)">Identification of immunological characteristics and immune subtypes based on single-sample gene set enrichment analysis algorithm in lower-grade glioma.</a> Front Genet. 13, 894865(2022).</li>
<li>Mueller Bustin, S. A., R, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+reverse+transcription+PCR+%28qRT-PCR%29+and+its+potential+use+in+clinical+diagnosis%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Sci+%28Lond%29%22%5BJournal%5D)">Real-time reverse transcription PCR (qRT-PCR) and its potential use in clinical diagnosis.</a> Clin Sci (Lond). 109 (4), 365-379 (2005).</li>
<li>Sun, L., Zhang, H., Gao, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+reprogramming+and+epigenetic+modifications+on+the+path+to+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Cell%22%5BJournal%5D)">Metabolic reprogramming and epigenetic modifications on the path to cancer.</a> Protein Cell. 13 (12), 877-919 (2022).</li>
<li>Ntontsi, P., Photiades, A., Zervas, E., Xanthou, G., Samitas, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetics+and+epigenetics+in+asthma%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Genetics and epigenetics in asthma.</a> Int J Mol Sci. 22 (5), 2412(2021).</li>
<li>Martínez-Reyes, I., Chandel, N. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+metabolism%3A+looking+forward%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Cancer%22%5BJournal%5D)">Cancer metabolism: looking forward.</a> Nat Rev Cancer. 21 (10), 669-680 (2021).</li>
<li>Chen, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PremPS%3A+Predicting+the+impact+of+missense+mutations+on+protein+stability%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput+Biol%22%5BJournal%5D)">PremPS: Predicting the impact of missense mutations on protein stability.</a> PLoS Comput Biol. 16 (12), e1008543(2020).</li>
<li>Li, M., Petukh, M., Alexov, E., Panchenko, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Predicting+the+impact+of+missense+mutations+on+protein-protein+binding+affinity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chem+Theory+Comput%22%5BJournal%5D)">Predicting the impact of missense mutations on protein-protein binding affinity.</a> J Chem Theory Comput. 10 (4), 1770-1780 (2014).</li>
<li>Hirsch, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clinical+responses+to+PD-1+inhibition+and+their+molecular+characterization+in+six+patients+with+mismatch+repair-deficient+metastatic+cancer+of+the+digestive+system%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cancer+Res+Clin+Oncol%22%5BJournal%5D)">Clinical responses to PD-1 inhibition and their molecular characterization in six patients with mismatch repair-deficient metastatic cancer of the digestive system.</a> J Cancer Res Clin Oncol. 147 (1), 263-273 (2021).</li>
<li>Poulogiannis, G., Frayling, I. M., Arends, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+mismatch+repair+deficiency+in+sporadic+colorectal+cancer+and+Lynch+syndrome%5BTitle%5D)+AND+%22Histopathology%22%5BJournal%5D)">DNA mismatch repair deficiency in sporadic colorectal cancer and Lynch syndrome.</a> Histopathology. 56 (2), 167-179 (2010).</li>
<li>Chintamani, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+expression+of+mismatched+repair+genes+and+their+correlation+with+clinicopathological+parameters+and+response+to+neo-adjuvant+chemotherapy+in+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Int+Semin+Surg+Oncol%22%5BJournal%5D)">The expression of mismatched repair genes and their correlation with clinicopathological parameters and response to neo-adjuvant chemotherapy in breast cancer.</a> Int Semin Surg Oncol. 4, 5(2007).</li>
<li>Deng, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+expression+of+TMEM200A+is+associated+with+a+poor+prognosis+and+immune+infiltration+in+gastric+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Pathol+Oncol+Res%22%5BJournal%5D)">High expression of TMEM200A is associated with a poor prognosis and immune infiltration in gastric cancer.</a> Pathol Oncol Res. 29, 1610893(2023).</li>
<li>Stemmler, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cadherins+in+development+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biosyst%22%5BJournal%5D)">Cadherins in development and cancer.</a> Mol Biosyst. 4 (8), 835-850 (2008).</li>
<li>Bill, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ANO1%2FTMEM16A+interacts+with+EGFR+and+correlates+with+sensitivity+to+EGFR-targeting+therapy+in+head+and+neck+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Oncotarget%22%5BJournal%5D)">ANO1/TMEM16A interacts with EGFR and correlates with sensitivity to EGFR-targeting therapy in head and neck cancer.</a> Oncotarget. 6 (11), 9173-9188 (2015).</li>
<li>De Las Rivas, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+drug+resistance+induced+by+EMT%3A+novel+therapeutic+strategies%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Toxicol%22%5BJournal%5D)">Cancer drug resistance induced by EMT: novel therapeutic strategies.</a> Arch Toxicol. 95 (7), 2279-2297 (2021).</li>
<li>Tian, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SERPINH1+regulates+EMT+and+gastric+cancer+metastasis+via+the+Wnt%2F%CE%B2-catenin+signaling+pathway%5BTitle%5D)+AND+%22Aging+%28Albany+NY%29%22%5BJournal%5D)">SERPINH1 regulates EMT and gastric cancer metastasis via the Wnt/β-catenin signaling pathway.</a> Aging (Albany NY). 12 (4), 3574-3593 (2020).</li>
</ol>

Yazarlar herhangi bir çıkar çatışması olmadığını beyan ederler.

TMEM200A , kanser hücrelerinin çoğalması için gerekli olan bir TMEM ailesine aittir38. Farklı malignitelerde TMEM200A'nin değişken ekspresyonu daha az dikkat çekmiştir ve kapsamlı bir pan-kanser araştırması eksiktir. Bununla birlikte, TMEM transmembran protein ailesinin, çeşitli proteinlerle etkileşimler yoluyla kanser hücrelerini kötü huylu tutmada önemli olabileceğini gösteren kanıtlar birikmeye devam ediyor, örneğin, TMEM16A Ca2+ ile aktive edilen Cl- kan...

Kanser, dünya çapında yüksek morbidite ve mortalite oranları nedeniyleküresel olarak insan sağlığını tehlikeye atan kalıcıbir halk sağlığı sorunu olarak ortaya çıkmıştır1 ve topluma ağır bir mali ve tıbbi yük oluşturmaktadır 2. Kanser belirteçlerininkeşfi sayesinde son yıllarda kanser tedavisinde önemli ilerlemeler kaydedilmiştir 3 ve araştırmacılar kanseri tedavi etmek için yeni tanı yöntemleri ve yeni ilaçlar geliştirmiştir. Bununla birlikte, kanserli bazı hastalar, ilaç direnci, ilaçların yan etkileri ve kimyasal duyarlılık gibi faktörler nedeniyle hala kötü prognoza sahiptir4. Bu nedenle, erken evre kanserlerin taranması ve tedavisi için yeni biyobelirteçlerin belirlenmesine acil ihtiyaç vardır5.
Zar proteinleri, hücrelere ve organel zarlarınabağlanabilen ve entegre olabilen proteinlerdir 6. Bunlar, zara bağlanma gücüne ve konumlarına bağlı olarak üç kategoride gruplandırılabilir: lipid bağlantılı proteinler, integral proteinler ve periferik zar proteinleri 7,8. Bir transmembran (TMEM) proteini, biyolojik membrandan tamamen veya kısmen geçen en az bir transmembran segment9'dan oluşan entegre bir membran proteinidir.
TMEM ailesine ait proteinlerin etki mekanizmaları tam olarak anlaşılamamış olsa da, bu proteinlerin çeşitli kanser türlerinde rol oynadığı bilinmektedir10. Birkaç TMEM proteini göçmen, proliferatif ve invaziv fenotiplerle ilişkilidir ve ekspresyonu genellikle hastanın prognozuile ilişkilidir 11. Bu nedenle TMEM ailesi üyeleri araştırmaların hedefi haline gelmiştir. TMEM ile ilgili mevcut raporların kapsamlı bir incelemesi, bunların çoğunlukla hücreler arası ve hücre içi sinyal12, bağışıklık ile ilişkili hastalıklar ve tümöroluşumu 10 ile ilişkili olduğunu ortaya koymuştur. Birçok TMEM ayrıca, örneğin plazma zarındaki iyon kanalları, sinyal iletim yollarının aktivasyonu ve ayrıca hücre kemotaksisi, adezyon, apoptoz ve otofajinin aracılık etmesi gibi önemli fizyolojik işlevlere sahiptir10. Bu nedenle, TMEM proteinlerinin tümörlerin saptanması ve tedavisinde önemli prognostik belirteçler olabileceğini varsaydık.
TMEM200A ekspresyonu mide kanserinde (GK) önemli ölçüde yüksektir. Kromozom 6q23.1 üzerinde sekiz ekzon ve tam uzunluğu 77.536 kb olan TMEM200A13'ün daha yüksek ekspresyonu, GC vakalarında genel sağkalım (OS) için kötü bir prognoz ile ilişkilendirilmiştir. Yine de ekspresyonundaki değişiklikler onkoloji çalışmalarında nadiren bildirilmiştir. Bu makale, halka açık farklı veri kümelerini kullanarak çeşitli kanser çalışmalarında terapötik bir hedef ve tümör tanı belirteci olarak TMEM200A'in yararlılığını karşılaştırmakta ve analiz etmektedir. UCSC Xena ve TCGA veri tabanlarından RNA-seq verilerinin yanı sıra gerçek zamanlı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) ve western blotlama kullanarak pan-kanser tanısal ve prognostik bir biyobelirteç olarak TMEM200A'nin etkinliğini ve çeşitli insan kanseri türlerinde ekspresyon seviyelerini değerlendirdik. 
TMEM200A ekspresyon seviyelerinin mutasyon oranları, düzenleyici süreçler, tümör teşhisi ve prognozu, immün infiltrasyon ve immünoterapi üzerindeki etkisi, hesaplama araçları ve veri seti web sitelerinin bir karışımı kullanılarak daha fazla araştırıldı. TMEM200A'deki mutasyonları incelemek için CBioPortal ve Kanser Hücrelerinde Somatik Mutasyonlar Kataloğu (COSMIC) veri tabanları kullanıldı. TMEM200A immün infiltrasyonu nasıl etkilediğini anlamak için Sangerbox ve TISIDB web siteleri kullanıldı. TMEM200A işlevini araştırmak için Tümör İmmün Tek Hücre Merkezi (TISCH) çevrimiçi aracı ve CancerSEA veritabanı kullanıldı. Son olarak, TMEM200A'in GC hücrelerinin malign davranışı ve tümör gelişim fonksiyonu üzerindeki etkisini değerlendirmek için, bir in vitro testte bir fonksiyon kaybı deneyi yapıldı. Ek olarak, TMEM200A yıkımın PI3K/AKT sinyal yolunu ve GC'deki epitelyal-mezenkimal geçişi (EMT) nasıl etkilediğini değerlendirmek için western blotlama yapıldı.

<table><tbody><tr><td>Anti-AKT antikoru</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>60203-2-Ig</td><td></td></tr><tr><td>Anti-E-kaderin antikoru</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>20874-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>anti-gliseraldehit 3-fosfat dehidrojenaz (GAPDH) antikoru</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>10494-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>Anti-N-kaderin antikoru</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>22018-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>Anti-P-AKT antikoru</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>66444-1-Ig</td><td></td></tr><tr><td>Anti-salyangoz antikoru</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>13099-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>Anti-Vimentin antikoru</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>10366-1-AP</td><td></td></tr><tr><td>AxyPrepMultisourceTotalRNAMini- hazırlık Kiti</td><td>Suzhou Youyi Landi Biotechnology Co., Ltd</td><td>UEL-UE-MN-MS-RNA-50G</td><td></td></tr><tr><td>BCA Protein Test Kiti</td><td>Epizyme Biotech</td><td>ZJ101L</td><td></td></tr><tr><td>CCK-8 reaktifi</td><td>MedChemExpress</td><td>HY-K0301-500T</td><td></td></tr><tr><td>Fetal sığır serumu (FBS)</td><td>CYAGEN BIOSCIENCES (GUANGZHOU) INC</td><td>FBSSR-01021</td><td></td></tr><tr><td>GAPDH primer</td><td>Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd.</td><td></td><td>İleri astar (5'-3'): TGACATCAAGAAGGTG GTGAAGCAG; Ters astar (5'-3'): GTGTCGCTGTTGAAG TCAGAGGAG</td></tr><tr><td>HighGene plus Transfeksiyon reaktifi</td><td>ABklonal</td><td>RM09014P</td><td></td></tr><tr><td>HRP konjuge Affinipure Keçi Anti-Fare lgG (H + L)</td> <td>Proteintech Group, Inc</td><td>SA00001-1</td><td></td></tr><tr><td>HRP konjuge Affinipure Keçi Anti-Tavşan lgG (H + L)</td> <td>Proteintech Group, Inc</td><td>SA00001-2</td><td></td></tr><tr><td>İnsan gastrik mukozal epitel <güçlü>GES-1 hücreleri< / güçlü></td><td>Guangzhou Cellcook Biotech Co., Ltd.</td><td></td><td></td></tr><tr><td>İnsan STAD HGC-27 hücreleri</td><td>Procell Yaşam Bilimi & Technology Co., Ltd</td><td></td><td></td></tr><tr><td>İnsan STAD SGC-7901 hücreleri</td><td>Procell Yaşam Bilimi ve Technology Co.,Ltd</td><td></td><td></td>,</tr><tr><td>MonAmp SYBR Yeşil qPCR Karışımı (Yok, ROX)Mona</td> <td>(Suzhou) Biotechnology Co., Ltd, MQ10101S</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MonScript RTIII dsDNase ile Hepsi Bir Arada Karışım; &nbsp;</td><td>Mona (Suzhou) Biotechnology Co., Ltd</td><td>MR05101M</td><td></td></tr><tr><td>Omni-ECL Femto Işık Kemilüminesans Kiti</td><td>Epizyme Biotech</td><td>SQ201</td><td></td></tr><tr><td>PAGE Jel Hızlı Hazırlama Kiti&nbsp;</td><td>Epizyme Biotech</td><td>PG111</td><td></td></tr><tr><td>Penisilin-streptomisin (Kalem-Strep)</td><td>Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd</td><td>P1400-100</td><td></td></tr><tr><td>Poliviniliden diflorür (PVDF) membran</td><td>Merck KGaA</td><td>IPVH00010-1</td><td></td></tr><tr><td>Protein İçermeyen Hızlı Bloke Edici Tampon</td><td>Epizyme Biotech</td><td>PS108P</td><td></td></tr><tr><td>RIPA lizis çözeltisi</td><td>Pekin Solarbio Bilim ve Technology Co., Ltd</td><td>R0010</td><td></td></tr><tr><td>RPMI 1640 tam orta Thermo</td><td>Fisher Scientific</td><td>C11875500BT</td><td></td></tr><tr><td>Yağsız süt</td><td>Campina: Elk</td><td></td><td></td></tr><tr><td>TBST tampon çözeltisi</td><td>Pekin Solarbio Bilim ve Technology Co., Ltd</td><td>T1082</td><td></td></tr><tr><td>Protein yükleme tamponu</td><td>Epizyme Biotech</td><td>LT101S</td><td></td></tr><tr><td>TMEM200A devrilme plazmid</td><td>MiaoLing Plasmid</td><td></td><td></td></tr><tr><td>TMEM200A primer</td><td>Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd.</td><td></td><td>İleri astar (5'-3'): AAGGCGGTGTGGTGGTTCG; Ters astar (5'-3'): GATTTTGGTCTCTTTGTCACGGTT</td></tr><tr><td>TMEM200A SiRNA1</td><td>MiaoLing Plazmid</td><td></td><td>İleri astar (5'-3'): ACAACTGATGATAAGACCAG; Ters astar (5'-3'): TGTTGACTACTATTCTGGTC</td></tr><tr><td>TMEM200A SiRNA2</td><td>MiaoLing Plazmid</td><td></td><td>İleri astar (5'-3'): CGTGTGAATGTCAATGACTG; Ters astar (5'-3'): GCACACTACTACAGTTACTGAC</td></tr><tr><td>TMEM200A SiRNA3</td><td>MiaoLing Plazmid</td><td></td><td>İleri astar (5'-3'): ACAACCACAACATCTGCCCG; Ters astar (5'-3'): TGTTGGTGTTGTAGACGGGC</td></tr><tr><td>Transmembran protein 200A Antikor</td><td>Proteintech Group, Inc</td><td>48081-1</td><td></td></tr><tr><td><güçlü > Ekipman< / güçlü > CO<</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>sub > 2 hücre kültürü inkübatörü</td><td>Haier Group</td><td>PYXE-80IR</td><td></td></tr><tr><td>Elektroforez cihazı</td><td>Bio-RAD</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Floresan kantitatif PCR cihazı</td><td>Bio-RAD</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Çok Fonksiyonlu Enzim Etiketleyici</td><td>Berthold</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

pan-kanser biyobelirteci olarak tmem200a'in multiomik analizi

Multiomics Analysis of TMEM200A as a Pan-Cancer Biomarker

TMEM200A transmembran proteinin insan kanserleri ve immün infiltrasyon ile ilişkili olduğu bilinmektedir. Burada, yaygın kanserlerde TMEM200A fonksiyonunu multiomik analiz ile değerlendirdik ve sonuçları doğrulamak için mide hücrelerinin in vitro hücre kültürlerini kullandık. Çeşitli insan kanser türlerinde TMEM200A ekspresyonu, UCSC Xena veri tabanından alınan RNA-seq verileri kullanılarak değerlendirildi. Biyoinformatik analiz, TMEM200A'in tanısal ve prognostik bir biyobelirteç olarak potansiyel bir rolünü ortaya koymuştur.
Normal mide ve kanser hücre hatlarının kültürleri büyütüldü ve TMEM200A yıkıldı. TMEM200A ekspresyon düzeyleri kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ve western blotlama kullanılarak ölçüldü. Daha sonra mide kanseri (GC) hücrelerinin malign davranışı ve tümör oluşumunda TMEM200A rollerini belirlemek için in vitro fonksiyon kaybı çalışmaları kullanıldı. Yıkımın GC'de epitelyal-mezenkimal geçiş (EMT) ve PI3K/AKT sinyal yolu üzerindeki etkisini değerlendirmek için Western blotları kullanıldı. Biyoinformatik analiz, TMEM200A GC'de yüksek düzeyde eksprese edildiğini göstermiştir.
GC hücrelerinin proliferasyonu, vimentin, N-kaderin ve Snai proteinlerini de azaltan ve AKT fosforilasyonunu inhibe eden TMEM200A yıkımı ile inhibe edildi. PI3K/AKT sinyal yolunun, GC gelişiminin TMEM200A aracılı düzenlenmesinde de rol oynadığı görülmüştür. Burada sunulan sonuçlar , TMEM200A'in EMT'yi etkileyerek tümör mikroçevresini düzenlediğini göstermektedir. TMEM200A ayrıca PI3K / AKT sinyali yoluyla EMT'yi etkileyebilir, böylece tümör mikroçevresini etkileyebilir. Bu nedenle, pan-kanserlerde, özellikle GC'de, TMEM200A potansiyel bir biyobelirteç ve onkogen olabilir.

Çeşitli kanserlerde TMEM200A ekspresyonu Şekil 1'de gösterildiği gibi, ilk olarak farklı veri tabanları aracılığıyla çeşitli kanserlerde TMEM200A diferansiyel ekspresyon seviyelerini analiz ettik. Kolanjiokarsinom (CHOL), baş ve boyun skuamöz hücreli karsinomu (HNSC), renal berrak hücreli karsinom (KIRC), renal papiller hücreli karsinom (KIRP), hepatosellüler karsinom (LIHC), STAD ve tiroid karsinomunda (THCA) TMEM200A ekspres...

Burada, kanserde TMEM200A biyolojik fonksiyonlarını incelemek için çoklu biyoinformatik araçların birleştirildiği bir protokol sunulmaktadır. Ek olarak, biyoinformatik tahminleri deneysel olarak da doğruluyoruz.

Pan-Kanser Biyobelirteci Olarak TMEM200A'in Multiomik Analizi

The transmembrane protein, TMEM200A, is known to be associated with human cancers and immune infiltration. Here, we assessed the function of TMEM200A in ...

Kanser biyobelirteçlerinin araştırılmasında önemli ilerlemeler kaydedilmiştir. Bununla birlikte, transmembran protein ailesi ile ilişkili tümörle ilgili maddelerin ekstrakt işlevi tanımlanamamıştır. Sonuç olarak, mide kanserindeki TMEM200A üzerine yaptığımız araştırma, ilgili hücreler için yeni araştırma yönleri üretti.Bu çalışmada, ilgili alanda araştırma adımlarını ve kök hücre deney maliyetini basitleştiren çevrimiçi veri tabanı tahmini ve deneysel teknik validasyonu kombinasyonu kullanıldı. Gelecekte, laboratuvarımız mide kanserinde tümörün spesifik mekanizmasını keşfetmeye, glikozilasyon modifikasyonu ile metabolik kayıt arasındaki ilişkiyi araştırmaya ve mide kanseri tedavisi için yeni hedefler bulmaya odaklanacaktır.

multiomics-analysis-of-tmem200a-as-a-pan-cancer-biomarker

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Kanser Araştırmaları

Kolon-26 (C26) karsinomu taşıyan fareler, kanser kaşeksisinin klasik bir modelini temsil eder. Progresif kas kaybı, tümör büyümesi, kasa özgü ubikitin ligazlarının aşırı ekspresyonu ve kas kesit alanında azalma ile ilişkili olarak ortaya çıkar. Yağ kaybı da gözlenir. Kaşeksi, artan israf şiddeti ile zamana bağlı bir şekilde incelenir.

Kolon-26 Karsinoma Tümör taşıyan Kanser Kaşeksi Araştırmaları Modeli Olarak Fare

Yüksek kaliteli genomik DNA tümör dokulardan alma genetik değişiklikler sonraki nesil sıralama kullanarak analiz etmek için önemli bir ilk adım olduğunu. Bu makalede, biz tümör hücreleri zenginleştirmek ve bozulmamış DNA touch Künye Sitoloji numune almak için basit ve hızlı bir yöntem mevcut.

Yüksek kaliteli tümör DNA klinik-patolojik numunelerin Touch Künye Sitoloji kullanarak elde etmek için basit ve hızlı yöntemi

Varolan algoritmaları bir biyomarker algılama veri kümesi için bir çözüm oluşturur. Bu iletişim kuralı birden çok benzer şekilde etkin çözümler varlığını gösterir ve Biyomedikal araştırmacılar onların veri kümeleri için önerilen meydan okumak araştırmak için kullanımı kolay bir yazılım sunar. Bilgisayar mühendisleri, algılama algoritmaları onların biyomarker bu özelliği de sağlayabilir.

Benzer şekilde etkili ikili sınıflandırma performansları ile birden fazla biyomarker alt kümeleri seçmek

Burada, hücresel düzeyde protein fosforilasyon olayların orta-yüksek performans analizi için bir protokol sunulmuştur. Fosfo akış sitometresi sinyal aberasyonları karakterize, tanımlamak ve biyolojik doğrulamak ve Özellikler değerlendirmek için güçlü bir yaklaşımdır.

Fosfo akış sitometresi ile floresan hücre barkodlama tek hücre Analizi ve biyomarker keşif sinyal

Burada sunulan dört protokolleri oluşturmak ve mayalı Saccharomyces cerevisiae muhabiri suşları insan p53 Transaktivasyon potansiyeli, çeşitli kanserle ilişkili mutasyonlar etkileri, ortak ifade etkileşim proteinleri çalışma ve istismar spesifik küçük moleküllerin etkileri.

Insan p53 çalışma fonksiyonel Assays geliştirmek için bir şasi olarak Maya

Burada, ifade stratejisini kullanarak, genel olarak erişilebilen çeşitli veritabanlarından elde edilen havuza alınan klinik veri kümelerinin kapsamlı analizine dayalı olarak meme kanserinin biyomarker ve hayatta kalma tahminini keşfetmek için bir protokol sunuyoruz, korelasyon ve hayatta kalma analizi adım adım.

Veri madenciliği ve meme kanserinde biyomarker Integrative analizi gerçekleştirmek birden çok genel erişilebilir veritabanları kullanma

Bu protokolün amacı, immünofluorescence, transkripsiyon gibi farklı analiz sistemlerinde ele alınabilir bir tümör toplu benzeri ortamda, kanserle ilişkili fibroblastların (CAFs) farklılaşmasını incelemek için bir 3D in vitro modeli kurmaktır analiz ve yaşam hücresi görüntüleme.

Kanser Ilişkili fibroblastlar farklılaşma ve Invazyon In vitro etütler için daha fizyolojik bir sistem olarak bir 3D Küroid modeli

Kanser hücrelerinin intravenöz enjeksiyonu genellikle metastaz araştırmalarında kullanılır, ancak metastatik tümör yükünü analiz etmek zor olabilir. Burada, metastazın kuyruk damarı enjeksiyon modelini gösteriyoruz ve ortaya çıkan metastatik akciğer tümörü yükünü analiz etmek için yeni bir yaklaşım içeriyoruz.

Tümör Hücrelerinin Lateral Kuyruk-Damar Enjeksiyonu Sonrasında Akciğer Metastazının Patolojik Analizi

Burada Lactobacillus hücresiz süpernatantın (LCFS) kanser önleyici etkilerini anlamak için yöntemler sunulmaktadır. Kolorektal kanser hücre hatları 3D kültürlerde LCFS ile tedavi edildiğinde hücre ölümlerini göstermektedir. Sferoid üretme süreci iskeleye bağlı olarak optimize edilebilir ve sunulan analiz yöntemleri ilgili sinyal yollarını değerlendirmek için yararlıdır.

Kolorektal Kanser Hücrelerinin Üç Boyutlu Küresel Kültürlerinde Probiyotiklerin Hücresiz Süpernatantı Kullanılarak Hücre Ölümünün Değerlendirilmesi

Hasta kaynaklı organoidler (PDO'lar), translasyonel kanser araştırmalarında, hastalığın hem genetik hem de fenotipik heterojenliğini ve kişiselleştirilmiş anti-kanser tedavilerine yanıtı yansıtan güçlü bir araçtır. Burada, fenotipik analizlerin ve ilaç yanıtlarının değerlendirilmesine hazırlık olarak insan primer mesane kanseri PDO'ları üretmek için konsolide bir protokol detaylandırılmıştır.

Hassas Tıp Araçları Olarak Mesane Kanseri Organoidleri Kültürü

Keşfedin TMEM200A'nın mide kanserindeki biyolojik işlevlerini biyoinformatik araçlar ve deneysel doğrulama teknikleri kullanarak. Bu çalışma, yeni tedavi hedefleri belirlemek için entegre bir yaklaşım sunar.

Pan-Kanser Biyobelirteci Olarak TMEM200A'in Multiomik Analizi

Daha fazla video keşfet