Name: DNA-Protein Etkileşimlerinin Streptavidin Tabanlı Biyotabaka İnterferometrisi ile İncelenmesi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-17T12:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 7 s
Description: Öğrenin, biyolayer interferometri ile DNA-protein etkileşimlerini incelemeyi. Bu yöntem, replikasyon proteini A'nın tek iplikçikli DNA'ya bağlanma afinitesini gerçek zamanlı analiz eder.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>RPA-ssDNA Bağlanma Kinetiğinin Etiketsiz Yöntemler Kullanılarak Kantitatif Analizi

<table><tbody><tr><td>0.5 mL Mikro Santrifüj Tüpleri</td><td>Globe Scientific</td><td>111554A</td><td></td></tr><tr><td>96 Kuyu Standart Siyah Mikroplaka</td><td>Dot Scientific</td><td>4ti-0223</td><td></td></tr><tr><td>Biyotinile poli dT Oligonükleotid</td><td>IDT</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Sığır Serum Albümini (BSA)</td> <td>Sigma-Aldrich</td><td>A2153-10G</td><td></td></tr><tr><td>Dithiothreitol (DTT)</td> <td>Dot Scientific</td><td>DSD11000-10</td><td></td></tr><tr><td>Etilendiamintetraasetik asit (EDTA)</td> <td>Dot Scientific</td><td>DSE57020-500</td><td></td></tr><tr><td>Hidroklorik Asit&nbsp;</td><td>Fisher Bilimsel&nbsp;</td><td>A144-500</td><td></td></tr><tr><td>Kimtec Bilim Kimmendilleri&nbsp;</td><td>Kimtech</td><td>34120</td><td></td></tr><tr><td>Octet N1 Yazılımı</td><td>Sartorius&nbsp;</td><td>1.4.0.13</td><td></td></tr><tr><td>Octet SA Biyosensör&nbsp;</td><td>Sartorius&nbsp;</td><td>18-5019</td><td></td></tr><tr><td>PBS pH 7.2 (10x)</td><td>Gibco</td><td>1666711</td><td></td></tr><tr><td>Kişisel Test Sekizli N1 Sistemi</td><td>Sartorius&nbsp;</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Fosforik Asit&nbsp;</td><td>Ward's Science</td><td>470302-024</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum Klorür (NaCl)</td> <td>Dot Scientific</td><td>DSS23020-5000</td><td></td></tr><tr><td>Tris Base</td><td>Dot Scientific</td><td>DST60040-5000</td><td></td></tr><tr><td>Tween20&nbsp;</td><td>Biyo-Rad</td><td>170-6531</td><td></td></tr></tbody></table>

dna-protein etkileşimlerinin streptavidin tabanlı biyotabaka İnterferometrisi ile İncelenmesi

Analyzing DNA-Protein Interactions with Streptavidin-Based Biolayer Interferometry

BLI'da beyaz ışık, biyokatman/tampon arayüzünden ve dahili referans arayüzünden spektrometreye yansıtılır. Elde edilen girişim modeli kaydedilir ve spektral kayma belirli bir süre boyunca ölçülür ve nm cinsinden bağlanma eğrileri yanıtı olarak gösterilir. Analit bağlaması olan ve olmayan biyosensör ucunu ve karşılık gelen spektral dalga boyu kaymasını (nm) gösteren temsili bir şekil Şekil 1'de gösterilmektedir. Bağlanma eğrileri, Şekil 2'de gösterildiği gibi, ta...

DNA-Protein Etkileşimlerinin Streptavidin Tabanlı Biyotabaka İnterferometrisi ile İncelenmesi

Protein-DNA interactions underpin essential cellular processes. Understanding these interactions is critical for elucidating the molecular mechanisms of ...

analyzing-dna-protein-interactions-with-streptavidin-based-biolayer

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Bu videoda, ligandlar ve hedef analitler arasındaki moleküller arası etkileşimleri gerçek zamanlı olarak tespit etmek için biyokatman interferometrisi (BLI) teknolojisini gösteriyoruz. BLI, çözelti içindeki analitlerle etkileşime girerken bir biyosensör yüzeyi üzerindeki hareketsizleştirilmiş ligandlardan oluşan bir tabakadan yansıyan beyaz ışığın girişim modelindeki değişiklikleri ölçer.

Ligand ve Analit Arasındaki Etkileşimleri Tespit Etmek için Biyokatman İnterferometri Teknolojisi

Burada protokolleri Bio-tabaka interferometrisi ile protein-protein etkileşimleri kinetik analizleri tarif eder. Hücresel enerji metabolizmasında yer alır F tipi ATP sintaz, bakteriler kendi ε alt birimi ile inhibe edilebilir. Biz, ε inhibitör C-terminal alanı ile katalitik kompleksinin etkileşimleri incelemek için Bio-tabaka interferometre adapte edilmiştir.

Protein-protein etkileşimleri ve Allosterik Ligand Etkileri Kinetiği Ölçüm Bio-katman Interferometri

Burada iki optik kapalı kalmış mikro-arasında asılı tek bir DNA molekülü ile etkileşim tek floresan etiketli protein molekülü tespit etmek için cihazları ve yöntemleri tarif etmektedir.

Protein-DNA Etkileşiminin Çalışmaları Tek molekül Manipülasyon ve Görüntüleme birleştiren

Burada montaj ve demontaj biolayer Interferometry (BLI) kullanarak şarbon toksini izlemek için bir iletişim kuralı mevcut. Montaj/demontaj biyoalgılayıcı yüzeyinde, büyük protein kompleksleri yüzey Görselleştirme ve elektron mikroskobu ve kütle spektrometresi, sırasıyla kullanarak kompleksleri bileşenlerinin tanımlaması için serbest bırakılır.

Dinamik Protein kompleksleri analiz monte ve kütle spektrometresi ve Elektron Mikroskopisi kullanılarak Biolayer Interferometry biyoalgılayıcı--dan serbest bırakmak

RNA polimeraz ile transkripsiyon faktörlerinin (TFs) etkileşimleri genellikle PULLDOWN asder kullanılarak incelenmiştir. GrgA 'nın klamidiyal RNA polimeraz ile etkileşimini karakterize etmek için bir Biolayer Interferometri (BLı) teknolojisi uygulıyoruz. PULLDOWN analizlerine kıyasla, BLı gerçek zamanlı dernek ve dissociation algılar, daha yüksek hassasiyet sunar ve oldukça nicelidir.

Transkripsiyon protein-protein etkileşimlerini Incelemek için Biolayer Interferometri (BLı) uygulaması

Uyumlu esneklik proteini fonksiyonunda önemli bir rol oynamaktadır. Burada, düzenli ve düzensiz protein işlevi sürücü hızlı yapısal değişiklikleri algılama için hidrojen döteryum değişimi bağlanmış zamana bağımlı elektrosprey iyonizasyon kütle spektrometresi kullanılmasını tarif eder.

Zaman çözülmesi elektro sprey iyonizasyon Hidrojen-döteryum Değişim Kütle Spektrometre Protein Yapısı ve Dinamikleri incelenmesi için

Bu protokol, fonksiyonel mitokondriyal elektron transport zincir komplekslerinin (Cx) IV ve bunların süper komplekslerinin yerli elektroforezi kullanarak, bunların montajı ve yapısı hakkında bilgi vermek üzere ayrılmasını açıklamaktadır. Nativ jel immünoblotlama, in-jel deneylerine tabi tutulabilir ve bireysel kompleksleri daha da karakterize etmek için elektroliz ile saflaştırılabilir.

Mitokondriyal Elektron Nakil Zincirinin Süper Komplekslerinin Yerli Elektroforez, In-Jel Testleri ve Elektroelüsyon ile İncelenmesi

Biz hızlı katlanır ve etkileşimleri ile thermolabile ligandlar diferansiyel tarama Kalorimetre kullanarak bağlama biyomoleküler karakterizasyonu için bir iletişim kuralı mevcut.

Biyomoleküler DSC profilleri ile hızlı bir şekilde katlanır ve etkileşimleri bağlama karakterize etmek için Thermolabile ligandlar ölçme

İletişim kuralı küçük molekül lipid ligand phosphatidylinositol 4, 5-bisphosphate (PIP2) ile arıtılmış hEAG1 iyon kanal protein etkileşimleri açıklar. Ölçüm BLI roman küçük molekül iyon kanal ligand tarama için potansiyel bir yöntem olabilir gösterir.

Bir iyon kanal protein biyo-katman Interferometry tahlil tarafından küçük molekülleri ile etkileşimi Kinetik yakalama

Mutagenesis site yönettiği belirli mutasyonların Deoksiribonükleik asit (DNA) tanıtmak için kullanılan bir tekniktir. Bu iletişim kuralı site yönettiği mutagenesis ile 2 adım nasıl açıklar ve ilgi herhangi bir DNA parçası geçerlidir yaklaşım 3 adımlı polimeraz zincir tepkimesi (PCR) dayalı.

Site yönettiği Mutagenesis in Vitro ve Escherichia Coli etkileşimlerde RNA ile örneği Vivo deneyler için

Öğrenin, biyolayer interferometri ile DNA-protein etkileşimlerini incelemeyi. Bu yöntem, replikasyon proteini A'nın tek iplikçikli DNA'ya bağlanma afinitesini gerçek zamanlı analiz eder.

DNA-Protein Etkileşimlerinin Streptavidin Tabanlı Biyotabaka İnterferometrisi ile İncelenmesi

Daha fazla video keşfet