Name: Topluluk fenotiplerini araştırmak için kistik fibrozla ilgili bir polimikrobiyal biyofilm yetiştirmek (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-04-19T15:00:00.000+00:00
Duration: 3 min 53 s
Description: Keşfedin, kistik fibrozis akciğer enfeksiyonlarındaki Pseudomonas aeruginosa ve diğer patojenlerin polimikrobiyal biyofilm davranışlarını in vitro 96-kuyucuklu plaka sistemi kullanarak. Bu yöntem, mikrobiyom etkileşimlerini ve antimikrobiyal duyarlılık mekanizmalarını anlamak için değerli bir araç sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>Kistik Fibrozis Akciğer Enfeksiyonlarında İn Vitro Polimikrobiyal Etkileşimler

<ol><li>Cogen, J. D., Nichols, D. P., Goss, C. H., Somayaji, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Drugs%2C+drugs%2C+drugs%3A+Current+treatment+paradigms+in+cystic+fibrosis+airway+infections%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pediatric+Infect+Dis+Soc%22%5BJournal%5D)">Drugs, drugs, drugs: Current treatment paradigms in cystic fibrosis airway infections.</a> J Pediatric Infect Dis Soc. 11 (2), S32-S39 (2022).</li>
<li>O'Sullivan, B. P., Freedman, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cystic+fibrosis%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet%22%5BJournal%5D)">Cystic fibrosis.</a> Lancet. 373 (9678), 1891-1904 (2009).</li>
<li>Jean-Pierre, F., Vyas, A., Hampton, T. H., Henson, M. A., O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((One+versus+many%3A+Polymicrobial+communities+and+the+cystic+fibrosis+airway%5BTitle%5D)+AND+%22mBio%22%5BJournal%5D)">One versus many: Polymicrobial communities and the cystic fibrosis airway.</a> mBio. 12 (2), e00006-e00021 (2021).</li>
<li>Martin, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Longitudinal+microbial+and+molecular+dynamics+in+the+cystic+fibrosis+lung+after+elexacaftor-tezacaftor-ivacaftor+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Respir+Res%22%5BJournal%5D)">Longitudinal microbial and molecular dynamics in the cystic fibrosis lung after elexacaftor-tezacaftor-ivacaftor therapy.</a> Respir Res. 24 (1), 317(2023).</li>
<li>Sosinski, L. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+restructuring+of+microbiome+niche+space+is+associated+with+elexacaftor-tezacaftor-ivacaftor+therapy+in+the+cystic+fibrosis+lung%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cystic+Fibros%22%5BJournal%5D)">A restructuring of microbiome niche space is associated with elexacaftor-tezacaftor-ivacaftor therapy in the cystic fibrosis lung.</a> J Cystic Fibros. 21 (6), 996(2022).</li>
<li>Orazi, G., O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((34%3BIt+takes+a+village%26%2334%3B%3A+Mechanisms+underlying+antimicrobial+recalcitrance+of+polymicrobial+biofilms%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">34;It takes a village&#34;: Mechanisms underlying antimicrobial recalcitrance of polymicrobial biofilms.</a> J Bacteriol. 202 (1), e00530-e00619 (2019).</li>
<li>Nichols, D. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clinical+effectiveness+of+elexacaftor%2Ftezacaftor%2Fivacaftor+in+people+with+cystic+fibrosis%3A+A+clinical+trial%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Respir+Crit+Care+Med%22%5BJournal%5D)">Clinical effectiveness of elexacaftor/tezacaftor/ivacaftor in people with cystic fibrosis: A clinical trial.</a> Am J Respir Crit Care Med. 205 (5), 529-539 (2022).</li>
<li>Filkins, L. M., O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cystic+fibrosis+lung+infections%3A+Polymicrobial%2C+complex%2C+and+hard+to+treat%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Pathog%22%5BJournal%5D)">Cystic fibrosis lung infections: Polymicrobial, complex, and hard to treat.</a> PLoS Pathog. 11 (12), e1005258(2015).</li>
<li>Limoli, D. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Staphylococcus+aureus+and+Pseudomonas+aeruginosa+co-infection+is+associated+with+cystic+fibrosis-related+diabetes+and+poor+clinical+outcomes%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Clin+Microbiol+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa co-infection is associated with cystic fibrosis-related diabetes and poor clinical outcomes.</a> Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 35 (6), 947-953 (2016).</li>
<li>Jean-Pierre, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Community+composition+shapes+microbial-specific+phenotypes+in+a+cystic+fibrosis+polymicrobial+model+system%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Community composition shapes microbial-specific phenotypes in a cystic fibrosis polymicrobial model system.</a> Elife. 12 (12), e81604(2023).</li>
<li>Toole Orazi, G., O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pseudomonas+aeruginosa+alters+Staphylococcus+aureus+sensitivity+to+vancomycin+in+a+biofilm+model+of+cystic+fibrosis+infection%5BTitle%5D)+AND+%22mBio%22%5BJournal%5D)">Pseudomonas aeruginosa alters Staphylococcus aureus sensitivity to vancomycin in a biofilm model of cystic fibrosis infection.</a> mBio. 8 (4), e00873-e00917 (2017).</li>
<li>Lipuma, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+sense+and+nonsense+of+antimicrobial+susceptibility+testing+in+cystic+fibrosis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pediatric+Infect+Dis+Soc%22%5BJournal%5D)">The sense and nonsense of antimicrobial susceptibility testing in cystic fibrosis.</a> J Pediatric Infect Dis Soc. 11 (2), S46-S52 (2022).</li>
<li>Coenye, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biofilm+antimicrobial+susceptibility+testing%3A+Where+are+we+and+where+could+we+be+going%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Microbiol+Rev%22%5BJournal%5D)">Biofilm antimicrobial susceptibility testing: Where are we and where could we be going.</a> Clin Microbiol Rev. 36 (4), e0002423(2023).</li>
<li>Waters, V. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reconciling+antimicrobial+susceptibility+testing+and+clinical+response+in+antimicrobial+treatment+of+chronic+cystic+fibrosis+lung+infections%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">Reconciling antimicrobial susceptibility testing and clinical response in antimicrobial treatment of chronic cystic fibrosis lung infections.</a> Clin Infect Dis. 69 (10), 1812-1816 (2019).</li>
<li>Vandeplassche, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotic+susceptibility+of+cystic+fibrosis+lung+microbiome+members+in+a+multispecies+biofilm%5BTitle%5D)+AND+%22Biofilm%22%5BJournal%5D)">Antibiotic susceptibility of cystic fibrosis lung microbiome members in a multispecies biofilm.</a> Biofilm. 2, 100031(2020).</li>
<li>Varga, J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antibiotics+drive+expansion+of+rare+pathogens+in+a+chronic+infection+microbiome+model%5BTitle%5D)+AND+%22mSphere%22%5BJournal%5D)">Antibiotics drive expansion of rare pathogens in a chronic infection microbiome model.</a> mSphere. 7 (5), e0031822(2022).</li>
<li>Turner, K. H., Wessel, A. K., Palmer, G. C., Murray, J. L., Whiteley, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Essential+genome+of+Pseudomonas+aeruginosa+in+cystic+fibrosis+sputum%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Essential genome of Pseudomonas aeruginosa in cystic fibrosis sputum.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 112 (13), 4110-4115 (2015).</li>
<li>Clay, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pseudomonas+aeruginosa+lasR+mutant+fitness+in+microoxia+is+supported+by+an+anr-regulated+oxygen-binding+hemerythrin%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Pseudomonas aeruginosa lasR mutant fitness in microoxia is supported by an anr-regulated oxygen-binding hemerythrin.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 117 (6), 3167-3173 (2020).</li>
<li>Hoffman, L. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pseudomonas+aeruginosa+lasR+mutants+are+associated+with+cystic+fibrosis+lung+disease+progression%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cyst+Fibros%22%5BJournal%5D)">Pseudomonas aeruginosa lasR mutants are associated with cystic fibrosis lung disease progression.</a> J Cyst Fibros. 8 (1), 66-70 (2009).</li>
<li>Heirali, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sputum+microbiota+in+adults+with+CF+associates+with+response+to+inhaled+tobramycin%5BTitle%5D)+AND+%22Thorax%22%5BJournal%5D)">Sputum microbiota in adults with CF associates with response to inhaled tobramycin.</a> Thorax. 75 (12), 1058-1064 (2020).</li>
<li>Nelson, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Maintenance+tobramycin+primarily+affects+untargeted+bacteria+in+the+cf+sputum+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22Thorax%22%5BJournal%5D)">Maintenance tobramycin primarily affects untargeted bacteria in the cf sputum microbiome.</a> Thorax. 75 (9), 780-790 (2020).</li>
<li>Kesthely, C. A., Rogers, R. R., El Hafi, B., Jean-Pierre, F., O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptional+profiling+and+genetic+analysis+of+a+cystic+fibrosis+airway-relevant+model+shows+asymmetric+responses+to+growth+in+a+polymicrobial+community%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiol+Spectr%22%5BJournal%5D)">Transcriptional profiling and genetic analysis of a cystic fibrosis airway-relevant model shows asymmetric responses to growth in a polymicrobial community.</a> Microbiol Spectr. 11 (5), e0220123(2023).</li>
<li>Jean-Pierre, F., Henson, M. A., O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolic+modeling+to+interrogate+microbial+disease%3A+A+tale+for+experimentalists%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mol+Biosci%22%5BJournal%5D)">Metabolic modeling to interrogate microbial disease: A tale for experimentalists.</a> Front Mol Biosci. 8, 634479(2021).</li>
<li>Hendricks, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Respiratory+syncytial+virus+infection+enhances+Pseudomonas+aeruginosa+biofilm+growth+through+dysregulation+of+nutritional+immunity%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Respiratory syncytial virus infection enhances Pseudomonas aeruginosa biofilm growth through dysregulation of nutritional immunity.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 113 (6), 1642-1647 (2016).</li>
<li>Hogan, D. A., Vik, A., Kolter, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Pseudomonas+aeruginosa+quorum-sensing+molecule+influences+Candida+albicans+morphology%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Microbiol%22%5BJournal%5D)">A Pseudomonas aeruginosa quorum-sensing molecule influences Candida albicans morphology.</a> Mol Microbiol. 54 (5), 1212-1223 (2004).</li>
<li>Wu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Co-assembling+living+material+as+an+in+vitro+lung+epithelial+infection+model%5BTitle%5D)+AND+%22Matter%22%5BJournal%5D)">Co-assembling living material as an in vitro lung epithelial infection model.</a> Matter. 7 (1), 216-236 (2024).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1,2-dioleoil-sn-glisero-3-fosfokolin (DOPC)</td><td>Fisher Scientific</td><td>NC0387928</td><td>Doğrudan şişede kloroformda 250 mg / mL'lik bir stok hazırlayın. -20 ° C'de tutun Son konsantrasyon 200 & mu; 2x ASM tabanında g/mL.</td></tr><tr><td>3-morfolinopropan-1-sülfonik asit (MOPS)</td><td>Sigma</td><td>M1254</td><td>2X ASM bazında nihai konsantrasyon 200 mM.</td></tr><tr><td>96 pinli çoğaltıcı</td><td>Fisher Scientific</td><td>05-450-9</td><td>Tek kullanımlık çoğaltıcılar da kullanılabilir. Kedi #NC1567338.</td></tr><tr><td>Kapaklı 96 oyuklu steril standart plaka</td><td>Fisher Scientific</td><td>62406-081</td><td></td></tr><tr><td>Agar</td><td>Fisher Scientific</td><td>DF0145-17-0</td><td></td></tr><tr><td>AnaeroPack 2.5 L Dikdörtgen Kavanoz</td><td>Fisher Scientific</td><td>23-246-385</td><td></td></tr><tr><td>CaCl2*2H2O&nbsp;</td><td>Fisher Scientific</td><td>C79-500</td><td>Suda 1 M'lik bir stok hazırlayın ve 0.22 & ile filtreleyin; m filtresi. 2x ASM tabanında nihai konsantrasyon 3.5 mM.</td></tr><tr><td>Defribrinasyonlu koyun kanı</td><td></td><td></td><td>Streptococcus ve Prevotella için büyüme plakaları hazırlamak için.</td></tr><tr><td>Ringa balığı sperminden elde edilen deoksiribonükleik asit</td><td>Sigma</td><td>D7290</td><td>Nihai konsantrasyon 2x ASM bazında 1.2 mg / mL.</td></tr><tr><td>FeSO<alt>4</alt>*7H<alt>2</alt>O&nbsp;</td><td>Fisher Scientific</td><td>AA1449830</td><td>Suda 1 mg / mL stok (3.6 mM) hazırlayın ve 0.22 & ile sterilize edin; m filtresi. Alüminyum folyoya sarılı tutun. 2x ASM tabanında nihai konsantrasyon 0.0072 mM.</td></tr><tr><td>GasPaks</td><td>Fisher Scientific</td><td>B260678</td><td></td></tr><tr><td>Glucose</td><td>Fisher Scientific</td><td>D16-3</td><td>Suda %20 stok (1,1 M) olarak hazırlayın ve otoklav ile sterilize edin. 2x ASM tabanında nihai konsantrasyon 6 mM.</td></tr><tr><td>Hemin</td><td>Sigma</td><td>51280</td><td>100 mg hemini 2 mL 1 M NaOH içinde çözün ve daha sonra su ile hacmi 200 mL'ye getirin. Kehribar bir şişede veya alüminyum folyo ile sarılmış normal bir şişede 4 ° C'de saklayın.</td></tr><tr><td>K2SO4</td><td>Fisher Scientific</td><td>P304-500</td><td>Suda 0,25 M'lik bir stok hazırlayın ve 0,22 & ile filtreleyin; m filtresi. 2x ASM tabanında nihai konsantrasyon 0.54 mM.</td></tr><tr><td>Kanamisin</td><td></td><td></td><td>Suda 50 mg / mL'lik bir stok çözeltisi hazırlayın. Filtre 0.22 & mu ile sterilize edilir; m filtre ve 4 ° C'de saklayın.</td></tr><tr><td>KCl</td><td>Fisher Scientific</td><td>P217-500</td><td>2x ASM tabanında nihai konsantrasyon 30.0 mM.</td></tr><tr><td>KNO3</td><td>Fisher Scientific</td><td>P263-500</td><td>Suda 1 M'lik bir stok hazırlayın ve 0.22 & ile filtreleyin; m filtresi. 2x ASM tabanında nihai konsantrasyon 0.70 mM.</td></tr><tr><td>L-sistein hidroklorür</td><td>Fisher Scientific</td><td>AAA1038922</td><td></td></tr><tr><td>L-Laktik asit&nbsp;</td><td>Sigma</td><td>L1750</td><td>Suda 1 M'lik bir stok hazırlayın ve 0.22 & ile filtreleyin; m filtresi. pH 7.0'a ayarlanır. 2x ASM tabanında nihai konsantrasyon 18.6 mM.</td></tr><tr><td>L-Triptofan</td><td>Sigma</td><td>T0254</td><td>0,2 M NaOH'de 0,1 M'lik bir stok hazırlayın ve 0,22 & mu ile filtre sterilize edin; m filtresi. 4 ° C'de buzdolabında saklayın; C alüminyum folyo ile sarılmış. 2x ASM tabanında nihai konsantrasyon 0.132 mM.</td></tr><tr><td>Mannitol Tuz Agar</td><td>Fisher Scientific</td><td>B11407</td><td>Üreticinin tavsiyelerini kullanarak hazırlayın.</td></tr><tr><td>Menadione</td><td>Sigma</td><td>M5625</td><td>% 96-100 etanol içinde çözülmüş 10 mg / mL'lik bir stok çözeltisi hazırlayın. 4 ° C'de koruyun; C alüminyum folyo ile sarılmış. Kullanmadan önce girdap.</td></tr><tr><td>MgCl<alt>2</alt>*6H<alt>2</alt>O&nbsp;</td><td>Fisher Scientific</td><td>AA12288A9</td><td>Suda 1 M'lik bir stok hazırlayın ve 0.22 & ile sterilize edin; m filtresi. 2x ASM tabanında nihai konsantrasyon 1.21 mM.</td></tr><tr><td>Domuz midesinden müsin - Tip II&nbsp;</td><td>Sigma</td><td>M2378</td><td>Suda 10 mg / mL (2x) stok hazırlayın; otoklavlamadan önce iyice karıştırın. 4 &°C'de tutun.</td></tr><tr><td>Na2HPO4</td><td>Fisher Scientific</td><td>S375-500</td><td>Suda 0,2 M'lik bir stok hazırlayın ve 0,22 & ile filtreleyin; m filtresi. 2x ASM tabanında nihai konsantrasyon 2,5 mM.</td></tr><tr><td>N-asetilglukozamin&nbsp;</td><td>Sigma</td><td>A8625</td><td>Suda 0,25 M'lik bir stok hazırlayın ve 0,22 & ile filtreleyin; m filtresi. Stokları 4 ° C'de buzdolabında tutun Nihai konsantrasyon 0.6x ASM tabanında 2 mM.</td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Fisher Scientific</td><td>S271-500</td><td>2x ASM tabanında nihai konsantrasyon 103,7 mM.</td></tr><tr><td>NaH2PO4*H2O</td><td>Fisher Scientific</td><td>S369-500</td><td>Suda 0,2 M'lik bir stok hazırlayın ve 0,22 & ile sterilize edin; m filtresi. 2x ASM tabanında nihai konsantrasyon 2.6 mM.</td></tr><tr><td>NaOH</td><td>Fisher Scientific</td><td>S318-500</td><td>5 M'lik bir stok çözeltisi hazırlayın. 2x ASM baz stoğunun pH'ını ayarlamak için kullanın.</td></tr><tr><td>NH4Cl</td><td>Fisher Scientific</td><td>A661-500</td><td>2x ASM tabanında nihai konsantrasyon 4,6 mM.</td></tr><tr><td>Oksolinik asit</td><td></td><td></td><td>10 mg / mL stok çözeltisi 0.5 M NaOH hazırlayın. Filtre 0.22 & mu ile sterilize edilir; m filtre ve 4 ° C'de saklayın.</td></tr><tr><td>Polimiksin B</td><td></td><td></td><td>: Suda 10 mg / mL'lik bir stok çözeltisi hazırlayın. Filtre 0.22 & mu ile sterilize edilir; m filtre ve 4 ° C'de saklayın.</td></tr><tr><td>Pseudomonas İzolasyon Agar</td><td>Fisher Scientific</td><td>DF0927-17-1</td><td>Üreticinin tavsiyelerini kullanarak hazırlayın.</td></tr><tr><td>Todd Hewitt Et Suyu</td><td>Fisher Scientific</td><td>DF0492-17-6</td><td>Üreticinin tavsiyelerini kullanarak hazırlayın.</td></tr><tr><td>Triptik Soya Suyu</td><td>Fisher Scientific</td><td>DF0370-17-3</td><td>Üreticinin tavsiyelerini kullanarak hazırlayın.</td></tr><tr><td>Vankomisin</td><td></td><td></td><td>Suda 50 mg / mL'lik bir stok çözeltisi hazırlayın. Filtre 0.22 & mu ile sterilize edilir; m filtre ve 4 ° C'de saklayın.</td></tr><tr><td>Maya Özü</td><td>Fisher Scientific</td><td>B11929</td><td></td></tr><tr><td>Triptofan İçermeyen Maya Sentetik Bırakma&nbsp;</td><td>Sigma</td><td>Y1876</td><td>2x ASM bazında nihai konsantrasyon 8.0 mg / mL.</td></tr></tbody></table>

topluluk fenotiplerini araştırmak için kistik fibrozla ilgili bir polimikrobiyal biyofilm yetiştirmek

Growing a Cystic Fibrosis-Relevant Polymicrobial Biofilm to Probe Community Phenotypes

Şekil 2'de gösterildiği gibi, (1) monokültüre kıyasla karışık bir planktonik topluluklar yetiştirildiğinde P. aeruginosa ve S. aureus canlı hücre sayılarının sayısında bir azalma, (2) S. sanguinis hücrelerinin polimikrobiyal büyümesinde bir artış ve (3) Jean-Pierre ve meslektaşları10 tarafından daha önce bildirildiği gibi P. melaninogenica'nın karışık topluluk büyümesi.
Ayrıca, Şekil 1'de gösterildiği gibi, in vitro sistem, biyofilm toplulukları oluşturulduktan sonra ilgilenilen molekülleri (örneğin, Abx, metabolitler, vb.) test etmek için de kullanılabilir. Yani, ko-kültürde üreyen mikroplar ya (1) duyarlılıkta bir artış (P. aeruginosa-Şekil 3A), (2) duyarlılıkta bir azalma (S. aureus ve S. sanguinis-Şekil 3B,C) ya da (3) CF ilacı tobramisinin varlığında monokültüre karşı hiçbir değişiklik göstermemiştir (P. melaninogenica-Şekil 3D).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66785/66785fig01v2.jpg"> 
Şekil 1: Deneysel iş akışı. Monotürlerin ve polimikrobiyal biyofilmlerin büyütülmesi, mikropların anoksik koşullarda 37 ° C'de 24 saat boyunca ASM'de yetiştirildiği düz tabanlı plastik 96 oyuklu bir plaka kullanılarak yapılır. İlk inkübasyon adımından sonra, bağlanmamış hücreler aspire edilir ve önceden oluşturulmuş biyofilmler ya taze ASM ile doldurulur ya da ilgilenilen moleküllerle muamele edilir. Bu adım, test edilecek hipoteze bağlı olarak birçok yinelemede tekrarlanabilir. Deneyin sonunda, hücreler toplanır, seri olarak seyreltilir ve canlı sayımlar için seçici ortam üzerine kaplanır. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66785/66785fig01large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66785/66785fig02.jpg"> 
Şekil 2: İn vitro modelleme kullanılarak polimikrobiyal spesifik fenotiplerin saptanması. Biyofilm (B) ve planktonik (P) fraksiyonlar için monokültür olarak veya karışık bir toplulukta (Karışım) yetiştirilen P. aeruginosa (Pa), S. aureus (Sa), S. sanguinis (Strep) ve P. melaninogenica (Prev) bakteri türlerinin CFU/mL sayıları belirtilmiştir. Sunulan veriler, her bir çubuk sütunu için en az altı farklı günde (n = 6) gerçekleştirilen en az üç teknik çoğaltmanın ortalamasını göstermektedir. İstatistiksel analiz, sıradan tek yönlü varyans analizi (ANOVA) ve Tukey'in çoklu karşılaştırmaları son testi kullanılarak *P &lt; 0.05; P &lt; 0.0001, ns = anlamlı değil. Hata çubukları standart sapmayı temsil eder. BD = Algılamanın altında. Tespit limiti = 102 CFU/mL. Şekil, Jean-Pierre ve ark.10'dan değiştirilmiştir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66785/66785fig02large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66785/66785fig03.jpg"> 
Şekil 3: Türler arası etkileşimler, KF patojenlerinin Abx duyarlılığını etkiler. Belirtilenler, (A) P. aeruginosa (Pa), (B) S. aureus (Sa), (C) S. sanguinis (Strep) ve (D) P. melaninogenica (Prev) 100 μg/mL konsantrasyonda tobramisin (+Tb) yokluğunda veya varlığında monokültür veya polimikrobiyal (Karışım) olarak yetiştirilen bakteri popülasyonlarının CFU / mL sayılarıdır. Sunulan veriler, her bir çubuk sütunu için en az üç farklı günde (n = 3) gerçekleştirilen en az üç teknik çoğaltmanın ortalamasını göstermektedir. İstatistiksel analiz, sıradan tek yönlü varyans analizi (ANOVA) ve Tukey'in çoklu karşılaştırma son testi kullanılarak *P &lt; 0.05; **P &lt; 0.01 ve ****P &lt; 0.0001. ns = önemli değil. Hata çubukları standart sapmayı temsil eder. BD = Algılamanın altında. Tespit limiti = 102 CFU/mL. Şekil, Jean-Pierre ve ark.10'dan değiştirilmiştir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66785/66785fig03large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>

Topluluk fenotiplerini araştırmak için kistik fibrozla ilgili bir polimikrobiyal biyofilm yetiştirmek

Most in vitro models lack the capacity to fully probe bacterial phenotypes emerging from the complex interactions observed in real-life environments. This ...

growing-cystic-fibrosis-relevant-polymicrobial-biofilm-to-probe

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Bu iş akışı, kistik fibrozisli bireylerin akciğerlerinde bakteriyel biyofilm için yerleşik bir ex vivo modeli kullanılarak antibiyotik duyarlılık testi yapmak için kullanılabilir. Bu modelin kullanımı MBEC (minimal biyofilm eradikasyon konsantrasyonu) testlerinin klinik geçerliliğini artırabilir.

Kistik Fibrozis Akciğerinde Pseudomonas aeruginosa ve Staphylococcus aureus Biofilms Ex vivo Modelinde Antibiyotik Etkinliği Testi

Bu metodoloji, araştırma ve klinik laboratuvarlarda antimikrobiyal duyarlılık testi için kistik fibrozda bir polimikrobiyal biyofilm modelinin oluşturulmasına izin verir. Bu model, bir dizi çıktıda doğru ve güvenilir sonuçlar sağlar.

Kistik Fibrozisde Antimikrobiyalleri Test Etmek İçin Polimikrobiyal Koloni Biyofilm Modelinin Geliştirilmesi

Bu çalışma, kistik fibroz akciğer ortamını yansıtan Pseudomonas aeruginosa gen ekspresyonunu değerlendirmek için bir agrega polimikrobiyal biyofilm modeli geliştirmek ve bir RNA ekstraksiyon protokolünü optimize etmek için bir çerçeveyi özetlemektedir. Uygulamalar, antimikrobiyal etkilerin değerlendirilmesini ve kistik fibroz ile ilgili koşullar altında antibiyotik alternatiflerinin çalışılmasını içerir.

Enfeksiyonla İlgili Gen Ekspresyonunu İncelemek için Kistik Fibroz Agregat Biyofilm Modeli

Mikroakışkan Probe: Çalışma ve Yerelleştirilmiş Yüzey İşleme için kullanın

Ice-Cap yöntemi bir 96-kuyucuğu ve her fide olmayan yıkıcı hasat kök doku bitkilerin büyümesine izin verir. Bu kök dokusu elde edilen DNA genotipleme reaksiyonlar için kullanılabilir. Ice-Cap iyi çalıştığını...

Ice-Cap: Büyüyen Bir Yöntem Arabidopsis</emYüksek Verim Genotiplendirme için 96-iyi Tabaklar ve Domates Tesisleri>

Biz protein ekspresyonu ve lokalizasyonu postembryonic düzenleyiciler tanımlamak için duyarlı bir yöntem...

Içinde Postembryonic Fenotiplerin Belirleme RNAi Tarama C. elegans</em

Konfokal mikroskobi lazer tarama kullanarak canlı hücreler yavaş akıları hızlı (mikrosaniye) kalsiyum olayları izole etmek için bir yöntem sunar. Bu yöntem, bir hücrede birkaç yüz piksel kayıt satırı tarar kalsiyum göstergeler floresan dalgalanmaları ölçer. Histogram analizi, bize farklı kalsiyum akıları zaman ölçeklerinde izole etmek için izin verir.

Hızlı Kalsiyum Dekapanları kardiyomiyositlerde Ölçme

Biz biyofilm oluşumunu araştırmak için basit, yarı-nicel yöntem...

Buruşuk Koloni Gelişimi kullanarak Biyofilm Oluşumu değerlendirin Bir Yarı-kantitatif Yaklaşım

Xenopus laevis embriyoların hastanın ağız boyutunu ve şeklini ölçmek için bir yöntem geliştirilmiştir. Bu protokol, geleneksel boyutu ölçümleri, hastanın ağız geliştirme ve kusur daha sofistike analizlerine olanak sağlamak için geometrik morfometrik ile birleştirilir.

Orofasial fenotipleri Niceleme Xenopus

Biz 16S rRNA gen sıralama amplikon kullanarak bakteri topluluklarının karakterizasyonu için sürüntü nükleik asidin çıkarmak için etkili, sağlam ve uygun maliyetli bir yöntem açıklanmaktadır. yöntem birden fazla örnek türleri için ortak bir işleme yaklaşımı sağlar ve alt analitik süreçlerin bir dizi barındırmaktadır.

Bakteriyel Topluluk Karakterizasyonu Verimli Nükleik Asit Ekstraksiyonu ve 16S rRNA gen Sıralama

Keşfedin, kistik fibrozis akciğer enfeksiyonlarındaki Pseudomonas aeruginosa ve diğer patojenlerin polimikrobiyal biyofilm davranışlarını in vitro 96-kuyucuklu plaka sistemi kullanarak. Bu yöntem, mikrobiyom etkileşimlerini ve antimikrobiyal duyarlılık mekanizmalarını anlamak için değerli bir araç sunar.

Topluluk fenotiplerini araştırmak için kistik fibrozla ilgili bir polimikrobiyal biyofilm yetiştirmek

Daha fazla video keşfet