Name: Farklı Ortamlarda ve Yüzeylerde Mantar Otoyol Kolonları Kullanılarak Bakteri-Mantar Etkileşimlerinin İncelenmesi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-24T12:40:00.000+00:00
Duration: 5 min 22 s
Description: Keşfedin mantar otoyol kolonları kullanarak bakteri-mantar etkileşimlerini zenginleştirme yöntemini. Bu protokol çeşitli çevresel örneklerden mikrobiyal iletişimi incelemek için pratik bir yaklaşım sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Çalışmada kullanılan reaktiflerin ve ekipmanların detayları Malzeme Tablosunda listelenmiştir.
1. Sütun tasarımını, malzemelerini ve parametrelerini değiştirme
<ol>
	<li>Genel kullanıma açık sütun tasarımlarını9 indirin ve olduğu gibi kullanın veya sütun tasarımlarını uyumlu bilgisayar destekli tasarım (CAD) yazılımında değiştirin.</li>
	<li>Diş cerrahisi kılavuz reçinesi edinin veya diğer ışığa duyarlı şeffaf reçineler gibi alternatif bir 3D baskı malzemesi seçin.</li>
	<li>Seçilen 3D yazıcı, 3D baskı teknolojisi veya 3D baskı malzemesi daha önce kullanılandan değiştirilirse, sütunun özelliklerini gerektiği gibi ayarlayın9.</li>
</ol>
2. 3D Sütunların baskısı
<ol>
	<li>Yazdırma parametrelerini 0,05 mm dilim kalınlığı ve 0,8 sn pozlama süresi kullanacak şekilde ayarlayın veya seçilen yazıcıya, yazdırma malzemesine ve yazdırma yazılımına bağlı olarak yazdırma parametrelerini ayarlayın.</li>
	<li>Mantar otoyol sütunlarını, dişli halkaları ve kapakları uyumlu bir 3D yazıcı kullanarak yazdırın (Şekil 1).</li>
</ol>
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66989/66989fig01.jpg"> 
Şekil 1: Mantar otoyol kolonunun bileşenleri. (A,B) Küçük kapağın, dişli halkanın ve büyük kapağın üstten ve yandan görünümleri (soldan sağa). (C,D) Küçük kapağın üstten ve yandan görünümü. (E,F) Dişli halkanın üstten ve yandan görünümü. (G,H) Büyük kapağın üstten ve yandan görünümü. (I) Kolonun ucuna yerleştirilmiş ve mikrofaunanın kolona girmesini önlemek için çevresel alt tabakaya yerleştirilmiş bir naylon ağ filtre (25 μm) parçası. (J) Demonte edilmemiş kolon. (K) Monte edilmiş sütun: 'Yem' ucu alt tabakaya girer ve 'Hedef' ucu açıkta ve alt tabakanın dışında kalır. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66989/66989fig01large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
3. 3D yazdırılmış sütun bileşenlerinin temizlenmesi
<ol>
	<li><li><li><li><li></ol><ol><li> </li></ol><ol><li><ol><li></li><li></ol></li></ol><img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66989/66989fig02.jpg"> <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66989/66989fig02large.jpg" target="_blank"></a><ol><li><li><li><li></li><li></ol><ol><li> </li><li><ol><li><li> </li></ol></li></ol><ol><li><li></ol><ol><li></li><li><li><ol><li><li></li><li></li><li></li></ol></li></ol><ol><li> </li><li></li></ol><ol><li><li></ol><ol><li> </li><li><li> </li><li></ol><ol><li><li></li><li></ol><ol><li><li><ol><li></ol></li><li><li></li><li></ol><ol><li><ol><li></li><li><li></ol></li></ol><ol><li><ol><li></li><li></li><li><li></li><li></li><li></li></ol></li><li></li><li><ol><li></li><li></li><li></li><li><li></li></ol></li></ol><ol><li> </li></ol><ol><li><li><li></ol>

<ol><li>Or, D., Smets, B. F., Wraith, J. M., Dechesne, A., Friedman, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Physical+constraints+affecting+bacterial+habitats+and+activity+in+unsaturated+porous+media+-+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Water+Resour%22%5BJournal%5D)">Physical constraints affecting bacterial habitats and activity in unsaturated porous media - A review.</a> Adv Water Resour. 30 (6), 1505-1527 (2007).</li>
<li>Kohlmeier, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Taking+the+fungal+highway%3A+Mobilization+of+pollutant-degrading+bacteria+by+fungi%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Taking the fungal highway: Mobilization of pollutant-degrading bacteria by fungi.</a> Environ Sci Technol. 39 (12), 4640-4646 (2005).</li>
<li>Simon, A., Hervé, V., Al-Dourobi, A., Verrecchia, E., Junier, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+in+situ+inventory+of+fungi+and+their+associated+migrating+bacteria+in+forest+soils+using+fungal+highway+columns%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Ecol%22%5BJournal%5D)">An in situ inventory of fungi and their associated migrating bacteria in forest soils using fungal highway columns.</a> FEMS Microbiol Ecol. 93 (1), 217(2017).</li>
<li>Wick, L. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+fungal+hyphae+on+the+access+of+bacteria+to+phenanthrene+in+soil%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Effect of fungal hyphae on the access of bacteria to phenanthrene in soil.</a> Environ Sci Technol. 41 (2), 500-505 (2007).</li>
<li>Bravo, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+oxalotrophic+bacteria+able+to+disperse+on+fungal+mycelium%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Lett%22%5BJournal%5D)">Isolation of oxalotrophic bacteria able to disperse on fungal mycelium.</a> FEMS Microbiol Lett. 348 (2), 157-166 (2013).</li>
<li>Furuno, S., Remer, R., Chatzinotas, A., Harms, H., Wick, L. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+mycelia+as+paths+for+the+isolation+of+contaminant-degrading+bacteria+from+soil%5BTitle%5D)+AND+%22Microb+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Use of mycelia as paths for the isolation of contaminant-degrading bacteria from soil.</a> Microb Biotechnol. 5 (1), 142-148 (2012).</li>
<li>Buffi, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fungal+drops%3A+A+novel+approach+for+macro-+and+microscopic+analyses+of+fungal+mycelial+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Microlife%22%5BJournal%5D)">Fungal drops: A novel approach for macro- and microscopic analyses of fungal mycelial growth.</a> Microlife. 4, 042(2023).</li>
<li>Kuhn, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+construction+of+3D+printed+devices+to+investigate+active+and+passive+bacterial+dispersal+on+hydrated+surfaces%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Biol%22%5BJournal%5D)">Design and construction of 3D printed devices to investigate active and passive bacterial dispersal on hydrated surfaces.</a> BMC Biol. 20 (1), 203(2022).</li>
<li>Junier, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Democratization+of+fungal+highway+columns+as+a+tool+to+investigate+bacteria+associated+with+soil+fungi%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Democratization of fungal highway columns as a tool to investigate bacteria associated with soil fungi.</a> FEMS Microbiol Ecol. 97 (2), 003(2021).</li>
<li>Reasoner, D. J., Geldreich, E. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+medium+for+the+enumeration+and+subculture+of+bacteria+from+potable+water%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">A new medium for the enumeration and subculture of bacteria from potable water.</a> Appl Environ Microbiol. 49 (1), 1-7 (1985).</li>
<li>Bolyen, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reproducible%2C+interactive%2C+scalable%2C+and+extensible+microbiome+data+science+using+QIIME+2%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Reproducible, interactive, scalable, and extensible microbiome data science using QIIME 2.</a> Nat Biotechnol. 37 (8), 852-857 (2019).</li>
<li>Callahan, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DADA2%3A+High-resolution+sample+inference+from+Illumina+amplicon+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data.</a> Nat Methods. 13 (7), 581-583 (2016).</li>
<li>Vázquez-Baeza, Y., Pirrung, M., Gonzalez, A., Knight, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EMPeror%3A+A+tool+for+visualizing+high-throughput+microbial+community+data%5BTitle%5D)+AND+%22Gigascience%22%5BJournal%5D)">EMPeror: A tool for visualizing high-throughput microbial community data.</a> Gigascience. 2 (1), 16(2013).</li>
<li>Li, P. -E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enabling+the+democratization+of+the+genomics+revolution+with+a+fully+integrated+web-based+bioinformatics+platform%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Enabling the democratization of the genomics revolution with a fully integrated web-based bioinformatics platform.</a> Nucleic Acids Res. 45 (1), 67-80 (2017).</li>
<li>Eloe-Fadrosh, E. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+National+Microbiome+Data+Collaborative+Data+Portal%3A+An+integrated+multi-omics+microbiome+data+resource%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The National Microbiome Data Collaborative Data Portal: An integrated multi-omics microbiome data resource.</a> Nucleic Acids Res. 50 (1), D828-D836 (2022).</li>
<li>Kans, J. Entrez Direct: E-utilities on the Unix Command Line. Entrez Programming Utilities Help. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/">https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/</a> (2024).</li>
<li>Palmara, G., Frascella, F., Roppolo, I., Chiappone, A., Chiadò, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+3D+printing%3A+Approaches+and+bioapplications%5BTitle%5D)+AND+%22Biosens+Bioelectron%22%5BJournal%5D)">Functional 3D printing: Approaches and bioapplications.</a> Biosens Bioelectron. 175, 112849(2021).</li>
<li>Guttridge, C., Shannon, A., O'Sullivan, A., O'Sullivan, K. J., O'Sullivan, L. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biocompatible+3D+printing+resins+for+medical+applications%3A+A+review+of+marketed+intended+use%2C+biocompatibility+certification%2C+and+post-processing+guidance%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+3D+Print+Med%22%5BJournal%5D)">Biocompatible 3D printing resins for medical applications: A review of marketed intended use, biocompatibility certification, and post-processing guidance.</a> Ann 3D Print Med. 5, 100044(2022).</li>
<li>Yao, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+accuracy+and+precision+of+various+types+of+photo-curing+printing+technology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Phys+Conf+Ser%22%5BJournal%5D)">Comparison of accuracy and precision of various types of photo-curing printing technology.</a> J Phys Conf Ser. 1549 (3), 032151(2020).</li>
<li>Basu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolution+of+bacterial+and+fungal+growth+media%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformation%22%5BJournal%5D)">Evolution of bacterial and fungal growth media.</a> Bioinformation. 11 (4), 182-184 (2015).</li>
<li>Liu, Y. -X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+practical+guide+to+amplicon+and+metagenomic+analysis+of+microbiome+data%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Cell%22%5BJournal%5D)">A practical guide to amplicon and metagenomic analysis of microbiome data.</a> Protein Cell. 12 (5), 315-330 (2021).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>50 mL'lik tüpler</td><td>Greiner BIO-ONE</td><td>5622-7261</td><td>Laboratuvarda kolon deneyleri yapmak için 50 mL'lik tüpler</td></tr><tr><td>90 mm Petri kapları</td><td>Thermo Bilimsel Nunc</td><td>08-757-099</td><td>Agar hazırlanması ve mikrobiyal büyüme için petri kapları</td></tr><tr><td>Asiga Freeform Pico Plus 39 dijital ışık işleme (DLP) 3D yazıcı</td><td>Asiga Almanya</td><td>Serbest Biçimli Pico Plus 39</td><td>Sütunların partilerini oluşturmak için kullanılan 3D yazıcı; diğer 3D yazıcılar kullanılabilir</td></tr><tr><td>Otoklav</td><td>Fisher Bilimsel</td><td>LS40F20</td><td>Kolon bileşenlerini sterilize etmek için tezgah üstü otoklav</td></tr><tr><td>Kabı</td><td>Fisher Bilimsel</td><td>FB100600</td><td>Protokol boyunca çeşitli kullanımlar için 600 mL beher</td></tr><tr><td>Dental LT Şeffaf Reçine V2</td><td>Form laboratuvarları</td><td>RS-F2-DLCL-02 Serisi</td><td>Test edilen 3D baskı için alternatif reçine</td></tr><tr><td>Diş Cerrahi Rehber Reçine</td><td>Form laboratuvarları</td><td>RS-F2-SGAM-01</td><td>El yazmasında tartışılan sütunları oluşturmak için kullanıldı; Bu malzemenin yerine diğer ışığa duyarlı reçineler kullanılabilir</td></tr><tr><td>DNA Düşük Bağlanan 1,5 mL tüpler</td><td>Eppendorf Belediyesi</td><td>13-698-791</td><td>Nükleik asit ekstraksiyonları dahil olmak üzere çeşitli preparatlar için kullanılan tüpler</td></tr><tr><td>DNA/RNA kalkan koruyucu</td><td>Zymo Araştırması</td><td>R1100-50 Serisi</td><td>Nükleik asit ekstraksiyonlarından önce kullanılan koruyucu</td></tr><tr><td>EDGE Biyoinformatik</td><td>Açık kaynak; Los Alamos Ulusal Laboratuvarı (LANL) tarafından geliştirildi</td><td>Yok</td><td>Amplikon verilerini işlemek için biyoinformatik platformu</td></tr><tr><td>Toprak için FastDNA döndürme kiti</td><td>MP Biyomedikal LLC</td><td>116560200-CF</td><td>Toprak için DNA ekstraksiyon kiti seçeneği</td></tr><tr><td>Forseps</td><td>Fisher Bilimsel</td><td>10-300</td><td>Sterilize edilebilen forseps</td></tr><tr><td>Formlabs BioMed Şeffaf Reçine</td><td>Form laboratuvarları</td><td>RS-F2-BMCL-01 Serisi</td><td>Test edilen 3D baskı için alternatif reçine</td></tr><tr><td>Formlabs Form 3B+ stereolitografi (SLA) 3D yazıcı</td><td>Form laboratuvarları</td><td>3B+ Formu</td><td>Alternatif 3D yazıcı</td></tr><tr><td>Formlabs IBT Reçinesi</td><td>Form laboratuvarları</td><td>RS-F2-IBCL-01</td><td>Test edilen 3D baskı için alternatif reçine</td></tr><tr><td>Aşılama Döngüleri</td><td>Fisher Bilimsel</td><td>22-363-598</td><td>Mikropları izole etmek/aktarmak için kullanılır</td></tr><tr><td>Malt Özü Agar (MEA)</td><td>Kriter</td><td>89405-654</td><td>Sütunlarda kullanılan bir medya türü</td></tr><tr><td>MiSeq sıralayıcı + MiSeq sıralama kiti</td><td>Aydınlık</td><td>SY-410-1003 Serisi</td><td>Diğer sıralayıcıları kullanabilir</td></tr><tr><td>Harç & Havaneli</td><td>Fisher Bilimsel</td><td>FB961K; FB961A Serisi</td><td>Herhangi bir yaygın harcı kullanabilir ve Kullanımlar arasında sterilize edilebilen havaneli</td></tr><tr><td>NEBNext Ultra II DNA Kütüphanesi Hazırlık Kiti Illumina için</td><td>New England Biyolaboratuvarları</td><td>E7805S</td><td>Metagenomik dizileme için kütüphane hazırlık kiti</td></tr><tr><td>Nextera XT DNA Kütüphanesi Hazırlama Kiti (24 örnek)</td><td>Aydınlık</td><td>FC-131-1024 Serisi</td><td>Amplikon dizilimi için kütüphane hazırlık kiti</td></tr><tr><td>NMDC KENARI</td><td>Açık kaynak: Ulusal Mikrobiyom Veri İşbirliği (NMDC) tarafından geliştirilmiştir</td><td>Yok</td><td>Metagenomik verileri işlemek için biyoinformatik platformu</td></tr><tr><td>Naylon ağ</td><td>Sefar</td><td>03-25/19</td><td>Kolon konstrüksiyonunun bir parçası olarak kullanılan ağ</td></tr><tr><td>Pipet uçları</td><td>Yağmur</td><td>30807966</td><td>Protokol adımları için birçok farklı sterilize pipet ucu kullanabilir</td></tr><tr><td>Patates Dekstroz Agar</td><td>Cole Parmer</td><td>EW-14200-28</td><td>Sütunlarda kullanılan bir medya türü</td></tr><tr><td>QIIME2</td><td>Açık kaynak</td><td>Yok</td><td>Amplikon verilerini işlemek için yazılım</td></tr><tr><td>Qubit dsDNA HS test kiti</td><td>Thermo Fisher Bilimsel</td><td>Q32851 (İngilizce)</td><td>Ekstraksiyonlardan sonra DNA'yı ölçmek için kullanılır</td></tr><tr><td>Qubit Florometre</td><td>Thermo Fisher Bilimsel</td><td>Q33238</td><td>Ekstraksiyonlardan sonra DNA'yı ölçmek için kullanılır</td></tr><tr><td>Hızlı DNA Mantar/Bakteriyel Miniprep Kiti</td><td>Zymo Araştırması</td><td>D6005 Serisi</td><td>Hem bakteri hem de mantarlarla çalışan DNA ekstraksiyon kiti seçeneği</td></tr><tr><td>R2A agar</td><td>BD Difco</td><td>218263</td><td>Kolonlarda kullanılan bir ortam türü (bakteriyel ortam)</td></tr><tr><td>50 mL'lik tüpler için raf</td><td>Fisher Bilimsel</td><td>03-448-11</td><td>50 mL'lik tüpleri dik tutmak için raf</td></tr><tr><td>Makas</td><td>Fisher Bilimsel</td><td>12-000-155</td><td>Sterilize edilebilen ince hassas makas</td></tr><tr><td>Sodyum karboksimetil selüloz ortamı</td><td>Atalay</td><td>419273-100G</td><td>Sütunlarda kullanılan bir medya türü</td></tr><tr><td>SolidWorks CAD yazılımı</td><td>SolidWorks</td><td>Yok</td><td>Sütunları tasarlamak için kullanılan yazılım</td></tr><tr><td>Mala kepçesi</td><td>Fisher Bilimsel</td><td>S41701</td><td>Kolonu eklemeden önce alt tabakada bir çöküntü yapmak için</td></tr><tr><td>UltraPure DNase/RNase İçermeyen Damıtılmış Su</td><td>Davetli: ThermoFisher Bilimsel</td><td>10977015</td><td>Ultrasonicator su banyosu için su</td></tr><tr><td>ultrasonikatör</td><td>Fisher Bilimsel</td><td>FB-11201 Serisi</td><td>Kolonları temizlemek için ultrasonikatör</td></tr></tbody></table>

farklı ortamlarda ve yüzeylerde mantar otoyol kolonları kullanılarak bakteri-mantar etkileşimlerinin İncelenmesi

Investigating Bacterial-Fungal Interactions using Fungal Highway Columns in Diverse Environments and Substrates

Tamamen monte edilmiş mantar otoyol sütunu yaklaşık 5 cm uzunluğundadır (Şekil 1). Kolon hiçbir alanda kırılmamalı ve kolon içinde mikro ortamlar oluşturmak için kapaklar ve dişli halka kolayca ve sıkıca birbirine oturmalıdır. Filtre ağı, dişli halkanın ötesine uzanabilir ( Şekil 1 ve Şekil 2'de gösterildiği gibi) veya sterilize edilmiş makasla kesilebilir. Agar tapaları kolonun her iki ucuna sıkıca oturmalıdır. Alt tabakaya yerleştirildiğinde, filtre ağı alt tabaka ile temas etmeli ve kolon tamamen gömülmemelidir.
Sütunlar daha önce at gübresi9'da test edilmiştir. Sütunlar ayrıca bir araştırma sahasında toplu ve rizosfer toprağına ve ayrıca laboratuvarda 50 mL'lik tüplerde küçük hacimli toprağa yerleştirildi (Şekil 3). Mantar otoyol kolonları alt tabakadan çıkarıldıktan ve demonte edildikten sonra, hem yem hem de hedef ortam tapalarında mikrobiyal büyüme görüldü (örnekler Şekil 4A'da gösterilmiştir). Bakteri ve mantarlar, alt kültürleme teknikleri ile hedef ve yem ortamlarından izole edildi (Şekil 4B) ve ortam tıkaçlarında bulunan mikroplar, amplikon dizilemesi kullanılarak taksonomik olarak tanımlandı (Şekil 4C,D). Şekil 4C,D, at gübresi9'a eklenen sütunlardan hangi mikropların hedef ortam fişine ulaşabildiğini gösteren, birden fazla deneyde amplikon dizilemesinin birleşik sonuçlarını göstermektedir. Bu bakteri ve mantar verilerinin görselleştirmeleri, adım 17'de belirtildiği gibi oluşturulmuştur. Sonuçlar ayrıca taksonların nispi bollukları olarak da görüntülenebilir.
Kolonların son derece düşük nemli ortamlara eklendiği ve medya tapalarının birkaç gün içinde tamamen kurutulduğu ve kolonize mikropların geri kazanılmasına yol açmadığı durumlarda optimal olmayan sonuçlar elde edilmiştir (Şekil 5A). Ayrıca, mikropların hedef ortam fişinden basitçe büyümediği durumları da gördük (Şekil 5B) ve anlamlı analizler için hedef ortam fişinden yeterli sıralama verisini kurtarmadığımız durumlar. Mantarların sütunlardan aşırı büyüdüğü diğer durumlar da deneylerin yeniden yapılması ihtiyacını doğurmuştur (Şekil 5C).
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66989/66989fig03.jpg"> 
Şekil 3: Laboratuvar ve saha ortamlarında çevresel numunelere yerleştirilen sütun örnekleri. (A) Laboratuvar ortamında nemlendirilmiş toprakla 50 mL'lik bir tüpün içine yerleştirilen sütun. Ayrıca ölçek için bir cetvel ile gösterilir. (B) Tarlada toprağa yerleştirilen sütun. (C) Tarladaki bir bitkinin kök ağına yerleştirilen kolon. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66989/66989fig03large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66989/66989fig04.jpg"> 
Şekil 4: Başarılı kolon deneylerinden elde edilen temsili sonuçlar. (A) Sütunlardan çıkarılan kolonize medya fişlerine örnekler. (B) Hedef ortamdan alt kültürlenmiş mantar izolatlarının örnekleri. Substrat topraktı. Soldan sağa üst ITS dizisi NCBI BLAST kimliği: Rhizopus azygosporous, Aspergillus novofumigatus, Curvularia subpapendorfii ve Phaeomycocentrospora cantuariensis. (C,D) At gübresi kullanılarak yapılan çoklu mantar otoyolu deneylerinin ardından hedef ortamdan elde edilen (C) mantar ITS ve (D) bakteriyel 16S dizilerinin filogenetik çeşitliliğini gösteren dairesel kladogramlar. Bölümler filum ile renklendirilir ve etiketlenir, uç düğümler benzersiz cinsleri temsil eder. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66989/66989fig04large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66989/66989fig05.jpg"> 
Şekil 5. Kolon deneylerinden elde edilen optimal olmayan sonuçlar. (A) Düşük nemli ortam koşullarından kaynaklanan kurumuş bir ortam fişi örneği. (B) Bir kolon medya fişinden mikrobiyal büyüme olmaması örneği. (C) Mantarın kolonun üst kısmından (hedef ortam) aşırı büyümesi örneği. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66989/66989fig05large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>

Farklı Ortamlarda ve Yüzeylerde Mantar Otoyol Kolonları Kullanılarak Bakteri-Mantar Etkileşimlerinin İncelenmesi

Bacterial-fungal interactions (BFIs) play an integral role in shaping microbial community composition, biogeochemical functions, spatial dynamics, and ...

[Anlatıcı] Bu çalışma, bu mikropların birbirlerinin davranışlarını nasıl etkileyebileceğini anlamak için bakteriyel mantar etkileşimlerine odaklanmaktadır. Bu çalışma, taşıma için mantar hyphy kullanan bakterileri araştırmaktadır. Bu etkileşimler hakkında bilgi edinmek, toprak gibi ortamlardaki karmaşık mikrobiyomların incelenmesine olanak sağlar. Hifler boyunca bakteri taşınmasının incelemeleri geleneksel olarak modifiye edilmiş Petri kapları üzerinde yapılmıştır, ancak 3D baskı teknolojisindeki son gelişmeler, bu mikropların etkileşime girmesi için doğal koşulları daha iyi taklit edebilen cihazların tasarlanmasına ve üretilmesine izin vermiştir. Bu mantar otoyol sütunları, iki kıtadaki ortamlarda toprakta, rizosferlerde ve otçullarda başarıyla kullanılmıştır. Bu cihazlar aynı zamanda etkili öğretim araçları olarak da hizmet edebilir veya bakteriyel mantar etkileşimleri hakkında kolektif bilgiyi genişletmek için diğer araştırma grupları tarafından uygulanabilir. Başlamak için, sterilize edilmiş burgu bazlı ortamı, burgu Petri kaplarının kenarlarının üst kısmına yakın olana kadar 90 milimetrelik Petri kaplarına dökün. Ardından, mantar otoyol kolonunun bir ucunu katılaşmış ortam plakalarından birine yerleştirin. Kolonu medyadan bükülmüş bir hareketle kaldırın, böylece burgu kolon ucunda kalır ve bir medya fişi oluşturur. Hedef ortam için steril bir mikro ortam sağlamak için küçük kapağı ortam tapasının ucuna ekleyin. Sütunu ters çevirin ve diğer uç için bir medya fişi oluşturun. Sterilize edilmiş makas kullanarak, iki santimetre çapında dairesel bir otoklav naylon ağ parçası kesin. Ağı sütunun açıkta kalan ucunun üzerine yerleştirin. Ağı dişlerin içine sabitlerken dişli halkayı kolonun yem ortamı ucuna çevirin. Şimdi, sütunun altına, ağın üzerine ve dişli halkanın diğer ucuna büyük bir kapak yerleştirin. Bir laboratuvar toprak mikrokozmosu kurun. Dişli halkayı ve ağı ortaya çıkarmak için kolonun altındaki büyük kapağı çıkarın. Kolonu toprak mikrokozmosuna ekleyin, böylece tüm alt kısım toprağın içinde olur. Alt tabaka ile istenen süre boyunca temas ettikten sonra kolonu çıkarın. Fazla alt tabakayı dikkatlice silkeleyin ve büyük kapağı ağın altındaki sütunun altına geri yerleştirin. Kolonu taşıma için 50 mililitrelik bir tüpe yerleştirin. Kolonu biyolojik güvenlik kabini gibi steril bir ortama aktarın. Yem ortamının büyük kapağını, dişli halkayı ve ağı çıkarın. Ardından, hedef ortamı içeren sütun ucundaki küçük kapağı çıkarın. Fişi çıkarmak için sterilize edilmiş forseps kullanın. Hedef ortam fişini doğrudan burgu ortamı içeren 90 milimetrelik bir Petri kabının merkezine aktarın. DNA'yı çıkarmak için önce tüm burgu tapalarını veya sütunlardan seçilen parçaları eksi 20 santigrat derecede 1,5 mililitrelik santrifüj tüplerinde dondurun. Alternatif olarak, tıkaç parçalarını ekstraksiyondan önce 1,5 mililitrelik bir santrifüj tüpünde bulunan bir koruyucuya daldırın. Kültürlenmiş hedef veya yem ortamından mikrobiyal büyüme içeren bir santimetrelik bir burgu parçası kesin. İzole edilmiş bakteri kolonilerinin ekstraksiyonu için, bir koloniyi plakadan kaydırmak için steril bir aşılama halkası kullanın. Döngüyü doğrudan ticari olarak temin edilebilen DNA ekstraksiyon tamponunda döndürün. İzole mantarların ekstraksiyonu için, burgu parçalarını sıvı nitrojen içinde ayrı ayrı öğütmek için bir havan ve havan tokmağı kullanın. Öğütülmüş numuneleri ekstraksiyon tüplerine aktarın. Bakteri ve mantarlar için optimize edilmiş ticari bir DNA ekstraksiyon kiti kullanarak DNA'yı çıkarın. Daha sonra ortaya çıkan DNA'yı ölçmek için bir florimetre kullanın. Mantar otoyol kolonları alt tabakadan çıkarıldıktan ve demonte edildikten sonra hem yem hem de hedef ortam tıkaçlarında mikrobiyal büyüme görüldü. Bakteriler ve mantarlar, alt kültür teknikleri ile hedef ve yem ortamından izole edildi. Medya tıkaçlarında bulunan mikroplar taksonomik olarak tanımlandı. Kolonlar aşırı düşük nemli ortamlara eklendiğinde kolonize mikropların geri kazanımı bulunamadı. Bazı durumlarda, mikroplar hedef ortam tıkacından büyümedi veya sütunun tepesinde aşırı mantar büyümesi görüldü.

investigating-bacterial-fungal-interactions-using-fungal-highway

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Kaynak: Schlafer, S ve Frost Kristensen, M. Konfokal Mikroskopi kullanarak Çapraz Krallık Biyofilmlerinde Hücre Dışı PH'ın İzlenmesi. J. Vis. Exp. (2020)Bu video, Streptococcus mutans ve Candida albicans'ın ağız benzeri koşullarda biyofilmler çapraz yetiştirilişini göstererek bakteriyel-mantar etkileşimlerini modellemekte; böylece mikrobiyal sinerji, glukan aracılı yapışma ve ağızdan patogenezde asidijenik virülans incelenmesini mümkün kılar.

Ağızdan Patogenezi İnceleme İçin Bakteriyel-Mantar Çapraz Biyofilmlerin Oluşturulması

Kaynak: Miquel Guennoc, C. ve diğerleri. Filamentli mantar kolonilerinde bakteriyel biyofilmlerin konfokal ve elektron mikroskopisi kullanılarak niteliksel çok ölçekli analizi için yeni yöntem. J. Vis. Exp. (2017)Bu video, koloni oluşumunu ve radyal büyümeyi desteklemek için işlenmiş selofan zarlarında mantar kültürünün hazırlanmasını göstermektedir. Daha sonra toprak bakteri hücrelerinin etkileşim testleri için yetiştirilip hazırlanması gösterilir. Son olarak, bakteriyel hücrelerin mantar...

Biyofilm oluşumu için mantar-bakteriyel ortak kültür oluşturmak

Bu videoda, mikroskopi kullanarak mantar hifleri üzerinde bakteriyel biyofilmleri büyütmek ve kalitatif olarak analiz etmek için bir yöntem açıklanmaktadır. Bakteriyel biyofilmler sıklıkla mantar yüzeylerinde oluşur ve metabolik işbirliği, rekabet veya avlanma gibi çok sayıda bakteri-mantar etkileşim sürecini içerir.

Mantar Hifleri Üzerinde Biyofilm Oluşturan Bakterileri Görselleştirmek için Numune Hazırlama Yöntemi

Bakteriler kendi mikrobiyal komşularının fizyolojisini etkileme potansiyeline sahip salgılanan bileşikler üretirler. Burada katı ortam üzerinde Bacillus subtilis flüoresan raportör transkripsiyon suşlar ile toprak mikrop karıştırılarak gibi kimyasal olarak aracılık edilen türler arası etkileşimlerin saptanmasına imkan veren bir kokültürü ekran tarif eder.

Kimyasal Dolayımlı Türler arası etkileşimleri tespit etmek Coculture kullanma

Bu protokol büyümek ve niteliksel konfokal ve elektron mikroskobu ile mantar hif bakteri biyofilm analiz etmek için yeni bir yöntem açıklanır.

Yeni Bir Yöntem Filamentli Mantar kolonileri ile ilgili Bakteriyel Biyofilmler Niteliksel Çok ölçekli Analizi için kullanılması Eşodaklı ve Elektron Mikroskobu

Toplumları büyük olasılıkla içinde birçok bitki arbuscular mikorizal (AM) mantarlar tarafından birbirine bağlanır, ancak onlar tarafından bitki etkileşimlerin arabuluculuk öncelikle mycorrhizas olmadan karşı ile bitkiler büyüyen tarafından araştırıldı. Biz onların sonuçları bitki etkileşimleri için araştırmaya mikorizal bitkiler arasında ortak mikorizal ağları yönetmek için bir yöntem mevcut.

Bitki etkileşimleri döndürülmüş çekirdeği kullanan ortak mikorizal ağlar üzerinden incelenmesi

Bu protokolde sunulan ortak kültür etkileşimi tahlilleri ucuz, yüksek iş ortası ve basittir. Bu tahliller, ortak kültürdeki mikrobiyal etkileşimleri gözlemlemek, etkileşim kalıplarını belirlemek ve insan ve çevresel patojenlere karşı mikrobiyal bir ilgi nin önleyici potansiyelini karakterize etmek için kullanılabilir.

Mikrobiyal Etkileşimlerin İncelemi için Yüksek İş-İş Ortağı Tahlilleri

Bu protokol, mikoheterotrofik bitki örneklerinin toplanması, sabitlenmesi ve sürdürülmesi için ayrıntılı prosedürler sağlamayı, mikorizal mantarlarla çimlenmiş bitki dokularında ve tohumlarda mantar kolonizasyonunu incelemek için tarama ve iletim elektron mikroskobu, ışık, konfokal ve floresan mikroskobu gibi farklı mikroskopi tekniklerini uygulamayı amaçlamaktadır.

Mikoheterotrofik Bitki Dokularında Mantar Kolonizasyonunu Yorumlamak ve Tohumların Simbiyotik Çimlenmesi için Mikroskopi Teknikleri

Toprağın opaklığı nedeniyle, kurucu mikroplar arasındaki etkileşimler hücresel çözünürlükle kolayca görselleştirilemez. Burada, mantar-mikrobiyal etkileşimleri araştırmak için yeni fırsatlar sunan iki mikroakışkan araç sunulmaktadır. Cihazlar çok yönlü ve kullanımı kolaydır, bu da hücresel düzeyde yüksek mekansal zamansal kontrol ve yüksek çözünürlüklü görüntüleme sağlar.

Hücresel Düzeyde Mantar-Mikrobiyal Etkileşimleri Probalamak için Mikroakışkan Araçlar

Bu protokol, eşzamanlı ve lokalize epitel hücreleri ve bakteri kültürü için bir mikroakışkan ortak kültür modeli açıklamaktadır. Bu model, varsayılan probiyotik bakteri suşlarının etkinliğini patogenezinde farklı çözünür moleküler sinyallerin rolünü araştıran gibi ekran için kullanılabilir.

Çözünür Sinyal aracılı Etkileşimleri Araştırılması için Epitel Hücreleri ve Bakteriler mikroakışkan Co-kültür

Keşfedin mantar otoyol kolonları kullanarak bakteri-mantar etkileşimlerini zenginleştirme yöntemini. Bu protokol çeşitli çevresel örneklerden mikrobiyal iletişimi incelemek için pratik bir yaklaşım sunar.

Farklı Ortamlarda ve Yüzeylerde Mantar Otoyol Kolonları Kullanılarak Bakteri-Mantar Etkileşimlerinin İncelenmesi

Daha fazla video keşfet