Meme Biyopsisi ve Mastektomi Örnek Toplama İşlemlerinin Biyobankacılık, Kişiselleştirilmiş Tıp ve Araştırma Uygulamaları için Optimizasyonu
2 Eylül 2025
Bu makale, biyobankacılık, kişiselleştirilmiş tıp ve diğer araştırma uygulamaları için faydalarını optimize etmek üzere tasarlanmış meme kanseri örneklerinin toplanması için ayrıntılı bir protokol sunmaktadır. Meme biyopsisi ve mastektomi prosedürleri de dahil olmak üzere numune toplama iş akışı, doku hasarını en aza indirmeye ve numune kalitesini en üst düzeye çıkarmaya odaklanarak ayrıntılı olarak açıklanmaktadır.
Bu kapsam, biyobankacılık için kanser örneği toplamayı iyileştirmeyi ve Filipinli meme kanseri dokularından yüksek kaliteli RNA dizilemesi ve organoid kültürü yoluyla daha kişiselleştirilmiş tedaviyi mümkün kılmayı amaçlamaktadır. Son gelişmeler arasında, özellikle ilaç direnciyle bağlantılı limfovasküler invazion vakalarında meme kanserinde tedavi yanıtını tahmin etmek için hasta kaynaklı organoidler ve RNA dizileme kullanımı yer almaktadır. Meme kanseri dokularını hassas şekilde analiz etmek için ultrason rehberliğinde biyopsiler, RNA dizileme tümör yüzdesi tahmini ve 3D organoid kültürler kullanıyoruz.
Ana zorluklar arasında küçük biyopsi örneklerinden yüksek kaliteli RNA elde etmek ve organoid koruma için kalite sorunları yer almaktadır. Meme kanseriyle başladıktan sonra, daha büyük bir Filipinli grupta gen ifadesini daha fazla inceleyecek ve organoidler kullanarak tiroid, yumurtalık, pankreas ve fillod tümörleri gibi nadir kanserler için tedavileri test edeceğiz. Başlamak için, ayaktan klinik, ameliyathane veya diğer aseptik ortamlarda ultrason rehberliğinde 14 kalibre çekirdekli iğne biyopsi tabancası kurun.
Her çekirdek için, tümörün merkezinden yaklaşık iki santimetre uzunluğunda ve bitişik normal doku için bir santimetre mesafede bir meme örneği alın. Her hastadan normal doku ve tümör dokusu olmak üzere iki tür örnek toplayın. Her örneği araştırma asistanına vererek PBS çözeltisi içeren bir Petri kabına yerleştirin.
Dokuz tümör dokusu örneğini RNA analizi için altı çekirdek, biyobankacılık için ise üç çekirdek olarak sıralayın. Her çekirdeği steril bir bıçakla uzununa veya çapraz kesin. Üç normal doku çekirdeğini Petri kaplarına yerleştirin.
Çekirdekleri ikiye böl ve analiz için tahsis et. Örnekleri önceliğe göre tüpler arasında dağıtın. Çekirdeklerin yarısını 1,25 mililitre RNA stabilizasyon çözeltisi ile belirlenmiş iki mililitrelik kriyoviyere yerleştirin.
Diğer yarıları %10 nötr tamponlu formalin içeren örnek şişelerde sabitleyin. Sabit örneklerle birlikte cerrahi patoloji formlarını doldurup patoloji bölümüne gönderin. Mastektomiden sonra, belgeleme sonrası numuneyi temiz bir numune torbasına koyun ve soğuk iskemik süresini azaltmak için formalin kullanmadan hemen Laboratuvar Patoloji Departmanına taşının.
Gros sırasında en az bir santimetreküp tümör dokusu bloğu alın ve iki yarıya bölünsün. RNA dizileme, biyobankacılık ve organoid kültürü için taze yarım bloğu eşit şekilde üçe böl. RNA dizileme için dokuyu hemen beş mililitrelik önceden soğutulmuş ve etiketlenmiş kriyovilere yerleştirin; bu şişeler 2,5 mililitre RNA stabilizasyon çözeltisiyle doldurulur.
Biyobankacılık için, aynı çözeltiyle beş mililitrelik kriyo şişeleri kullanın. Organoid kültür için, önceden doldurulmuş 15 mililitre konik şişeler kullanın; bunlar beş mililitre doku depolama çözeltisi ve 0,01 mililitre primosin ile doldurulmuştur. Tüm tümör bloklarının üçte birini tek bir konik tüpe çekin.
En az bir santimetreküp normal doku bloğu alın ve RNA biyobankacılığı ile rutin histopatoloji için ikiye böl. Doku bloğunu, RNA dizileme ve biyobankacılık için 2,5 mililitre RNA stabilizasyon çözeltisi ile doldurulmuş beş mililitrelik önceden soğutulmuş ve etiketlenmiş kriyo şişelerine aktarın. Sonra tüm kriyovial şişeleri parafilm ile kapatın.
24 saat boyunca dört derece Celsius'ta sakla. Sonra iki ila dört saat boyunca eksi 20 derece Celsius'a aktarılır. Ve son olarak, eksi-80 derece Celsius'ta depolayın.
Kriyo şişe kapaklarını parafilm ile mühürleyin. Kapalı kriyo şişelerini test tüpü rafına koyun ve emici ile baloncuk sargısıyla örtün. Sarılmış rafı yeniden kapatılabilir bir poşete sıcaklık kaydedici ile yerleştirin.
Jel paketlerini polistiren kutunun altına yerleştirin. Sonra poşeti jel paketlerin üzerine koy. Çantanın üstüne bir katman daha jel paketi koyun.
Numunelerin taşınma sırasında soğuk tutulmasını sağlamak için tüplerin jel paketler arasına sıkıştırıldığından emin olun. Kapalı polistiren kutuyu karton bir kargo kutusuna koyup manifestoyu bir Ziploc poşetine koy. Kutuyu gönderim için mühürleyin ve etiketleyin.
Kurye teslimatından önce, biyobankadan şişe sayısını ve kalkış süresini not edin. Farklı RIN değerleri ve konsantrasyona sahip iki örnek, dizileme sırasında kütüphane hazırlık aşamasında başarısız oldu ve nihai analizde hariç tutuldu. Tüm örneklerde temel çağrıların %90'ından fazlası en az %99,9 doğruluk sağladığı mükemmel dizileme kalitesi puanlarına sahipti. Parlak alan görüntüleme, neoadjuvant tedaviden sonra üçüncü evre meme kanseri mastektomi dokularından başarılı organoid oluşumunu gösterdi ve düşük ve yüksek büyütmede bol sferoid benzeri yapılar görüldü.
Tam transkripti görüntüleyin ve binlerce bilimsel videoya erişin
Genel Bakış
Bu makale, biyobankacılık ve kişiselleştirilmiş tıp için meme kanseri örnek koleksiyonunu optimize etmek için detaylı bir protokol sunar. Hassas tekniklerle doku hasarını en aza indirgemeyi ve örnek kalitesini en üst düzeye çıkarmayı vurgular.
Çalışmanın Temel Bileşenleri
Bilim Alanı
- Meme kanseri araştırması
- Biyobankacılık
- Kişiselleştirilmiş tıp
Arka Plan
- Kanser örnek koleksiyonunu geliştirmek, etkili tedavi için kritik öneme sahiptir.
- Araştırma için yüksek kaliteli RNA sekanslaması ve organoid kültürleri esastır.
- Müşteriler arasında küçük biyopsi örneklerinden kaliteli RNA elde etmek zorlukları arasındadır.
- Hasta kaynaklı organoidlerdeki gelişmeler, tedavi yanıtı tahminlerini geliştirir.
Çalışmanın Amacı
- Araştırma için meme kanseri örneklerinin kalitesini artırmak.
- Gelişmiş örnek toplama yöntemleriyle kişiselleştirilmiş tedaviyi kolaylaştırmak.
- Daha geniş bir Filipinli kohortta gen ekspresyonunu keşfetmek.
Kullanılan Yöntemler
- Örnek toplama için ultrason rehberliğinde biyopsiler.
- Tümör yüzdesi tahmini için RNA sekanslaması.
- Meme kanseri dokularını analiz etmek için 3D organoid kültürleri.
- Aseptik ortamlarda 14 gauge çekirdek iğne biyopsi tabancasının kullanımı.
Ana Sonuçlar
- Küçük biyopsi örneklerinden yüksek kaliteli RNA'nın başarılı bir şekilde toplanması.
- Organoidlerin daha fazla analiz için etkili bir şekilde korunması.
- Organoidler kullanılarak çeşitli kanser türlerinde terapilerin test edilme potansiyeli.
- Meme kanserinde lenfovasküler invazyon ve ilaç direnci hakkında bilgiler.
Sonuçlar
- Optimize edilmiş protokoller, meme kanseri örneklerinin faydasını artırır.
- Gelecek çalışmaları benzer yöntemleri kullanarak diğer kanser türlerine genişleyecektir.
- Kişiselleştirilmiş kanser tedavilerini geliştirmek için sürekli araştırma gereklidir.
Sıkça Sorulan Sorular
Executive Industry Relevance
Optimized breast tissue collection and biobanking protocols are critical for enabling high-fidelity RNA sequencing and 3D organoid culture, directly impacting predictive confidence in breast cancer research. These procedures support translational continuity from sample acquisition to molecular profiling and functional drug response testing, informing portfolio decisions in precision oncology. The approach establishes a scalable infrastructure for multi-institutional biobanking and personalized medicine initiatives in resource-limited settings.
Strategic Applications in Biopharma R&D
Early Discovery & Target Validation
- Enables robust molecular characterization of tumor and normal tissue for pathway analysis.
- Supports functional validation of therapeutic hypotheses using patient-derived organoids.
- Facilitates biological de-risking by integrating clinical and molecular data from diverse patient cohorts.
- Improves predictive confidence for target selection in heterogeneous populations.
Screening & Assay Development
- Provides standardized, high-quality biospecimens for downstream RNA sequencing and 3D culture assays.
- Ensures reproducibility and quantitative assessment of tumor content for assay readiness.
- Enables scalable preparation of samples for compound screening in organoid-based platforms.
- Supports reliable evaluation of drug response and resistance mechanisms in ex vivo systems.
Translational & Preclinical Research
- Aligns biospecimen collection with translational biomarker discovery and validation workflows.
- Maintains continuity from clinical sample acquisition to preclinical drug testing in disease-relevant models.
- Enables risk-adjusted advancement of therapeutic candidates based on functional and molecular readouts.
- Supports expansion to additional cancer types for broader translational impact.
Pipeline & Workflow Integration
This protocol integrates into the discovery-to-preclinical continuum by linking clinical sample acquisition, molecular profiling, and functional drug testing in organoid models.
- Discovery Biology: Facilitates hypothesis testing and pathway clarification through high-quality RNA and organoid outputs.
- Screening: Delivers reproducible, quantitative biospecimens for assay development and compound evaluation.
- Analytics: Provides tumor percentage estimation and sequencing quality metrics for comparative analysis.
- Translational Research: Bridges clinical and preclinical workflows for biomarker and therapy validation.
- Enterprise Reuse: Establishes a reusable biobanking and analytical infrastructure for ongoing and future studies.
Operational & Enterprise Impact
- Scientific Value: Increases predictive confidence and reduces mechanistic ambiguity in breast cancer research.
- Operational Value: Standardizes biospecimen handling, storage, and transport for reproducibility and scalability.
- Strategic Value: Enables informed go/no-go decisions and capital-efficient portfolio management.
- Portfolio Impact: Supports risk-adjusted prioritization and advancement of therapeutic programs.
Implementation Considerations
- Requires expertise in ultrasound-guided biopsy, tissue processing, and organoid culture.
- Demands access to RNA stabilization reagents, cryogenic storage, and sequencing infrastructure.
- Necessitates cross-team standardization of sample handling and documentation procedures.
- Adaptable to various cancer types and tissue sources with protocol modifications.
- Sample quality and RNA integrity are critical for downstream success and must be monitored.
