Name: Kriyojenik Elektron Mikroskobu için Numune Hazırlamanın Optimize Edilmesi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-11T12:40:00.000+00:00
Duration: 6 min 32 s
Description: Keşfedin, kriyojenik elektron mikroskobisi için numune hazırlama optimizasyonunu ve düzensiz parçacık dağılımını çözme yöntemini. Methanocaldococcus jannaschii örneğiyle makromoleküler yapıları etkili şekilde analiz edin.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Faruqi, A. R., Mcmullan, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electronic+detectors+for+electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Q+Rev+Biophys%22%5BJournal%5D)">Electronic detectors for electron microscopy.</a> Q Rev Biophys. 44 (3), 357-390 (2011).</li>
<li>Hamaguchi, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+cryo-EM+system+for+single+particle+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">A new cryo-EM system for single particle analysis.</a> J Struct Biol. 207 (1), 40-48 (2019).</li>
<li>Kimanius, D., Dong, L., Sharov, G., Nakane, T., Scheres, S. H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((New+tools+for+automated+cryo-Em+single-particle+analysis+in+relion-4.0%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+J%22%5BJournal%5D)">New tools for automated cryo-Em single-particle analysis in relion-4.0.</a> Biochem J. 478 (24), 4169-4185 (2021).</li>
<li>Punjani, A., Fleet, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((3Dflex%3A+Determining+structure+and+motion+of+flexible+proteins+from+cryo-Em%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">3Dflex: Determining structure and motion of flexible proteins from cryo-Em.</a> Nat Methods. 20 (6), 860-870 (2023).</li>
<li>Chen, M., Schmid, M. F., Chiu, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improving+resolution+and+resolvability+of+single-particle+cryo-EM+structures+using+gaussian+mixture+models%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Improving resolution and resolvability of single-particle cryo-EM structures using gaussian mixture models.</a> Nat Methods. 21 (1), 37-40 (2024).</li>
<li>Arnold, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Miniaturizing+em+sample+preparation%3A+Opportunities%2C+challenges%2C+and+%26%2334%3Bvisual+proteomics%26%2334%3B%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Miniaturizing em sample preparation: Opportunities, challenges, and &#34;visual proteomics&#34;.</a> Proteomics. 18 (5-6), e1700176(2018).</li>
<li>Drulyte, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Approaches+to+altering+particle+distributions+in+cryo-electron+microscopy+sample+preparation%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallogr+D+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Approaches to altering particle distributions in cryo-electron microscopy sample preparation.</a> Acta Crystallogr D Struct Biol. 74 (Pt 6), 560-571 (2018).</li>
<li>Han, B. G., Avila-Sakar, A., Remis, J., Glaeser, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Challenges+in+making+ideal+cryo-Em+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Challenges in making ideal cryo-Em samples.</a> Curr Opin Struct Biol. 81, 102646(2023).</li>
<li>Lyumkis, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Challenges+and+opportunities+in+cryo-em+single-particle+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Challenges and opportunities in cryo-em single-particle analysis.</a> J Biol Chem. 294 (13), 5181-5197 (2019).</li>
<li>Naydenova, K., Russo, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measuring+the+effects+of+particle+orientation+to+improve+the+efficiency+of+electron+cryomicroscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Measuring the effects of particle orientation to improve the efficiency of electron cryomicroscopy.</a> Nat Commun. 8 (1), 629(2017).</li>
<li>Tan, Y. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Addressing+preferred+specimen+orientation+in+single-particle+cryo-em+through+tilting%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Addressing preferred specimen orientation in single-particle cryo-em through tilting.</a> Nat Methods. 14 (8), 793-796 (2017).</li>
<li>Liu, Y. T., Hu, J., Zhou, Z. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Resolving+the+preferred+orientation+problem+in+cryo-EM+reconstruction+with+self-supervised+deep+learning%5BTitle%5D)+AND+%22Microsc+Microanal%22%5BJournal%5D)">Resolving the preferred orientation problem in cryo-EM reconstruction with self-supervised deep learning.</a> Microsc Microanal. 29 (Supplement_1), 1918-1919 (2023).</li>
<li>Choy, B. C., Cater, R. J., Mancia, F., Pryor, E. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+10-year+meta-analysis+of+membrane+protein+structural+biology%3A+Detergents%2C+membrane+mimetics%2C+and+structure+determination+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Biochim+Biophys+Acta+Biomembr%22%5BJournal%5D)">A 10-year meta-analysis of membrane protein structural biology: Detergents, membrane mimetics, and structure determination techniques.</a> Biochim Biophys Acta Biomembr. 1863 (3), 183533(2021).</li>
<li>Li, B., Zhu, D., Shi, H., Zhang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+charge+on+protein+preferred+orientation+at+the+air-water+interface+in+cryo-electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22J+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Effect of charge on protein preferred orientation at the air-water interface in cryo-electron microscopy.</a> J Struct Biol. 213 (4), 107783(2021).</li>
<li>Chen, J., Noble, A. J., Kang, J. Y., Darst, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Eliminating+effects+of+particle+adsorption+to+the+air%2Fwater+interface+in+single-particle+cryo-electron+microscopy%3A+Bacterial+RNA+polymerase+and+CHAPSO%5BTitle%5D)+AND+%22J+Struct+Biol+X%22%5BJournal%5D)">Eliminating effects of particle adsorption to the air/water interface in single-particle cryo-electron microscopy: Bacterial RNA polymerase and CHAPSO.</a> J Struct Biol X. 1, 100005(2019).</li>
<li>Da Fonseca, P. C. A., Morris, E. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryo-EM+reveals+the+conformation+of+a+substrate+analogue+in+the+human+20s+proteasome+core%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Commun%22%5BJournal%5D)">Cryo-EM reveals the conformation of a substrate analogue in the human 20s proteasome core.</a> Nature Commun. 6 (1), 7575(2015).</li>
<li>Nguyen, T. H. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryo-EM+structure+of+the+yeast+u4%2Fu6.U5+tri-snrnp+at+3.7+%C3%A5+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Cryo-EM structure of the yeast u4/u6.U5 tri-snrnp at 3.7 å resolution.</a> Nature. 530 (7590), 298-302 (2016).</li>
<li>Pantelic, R. S., Meyer, J. C., Kaiser, U., Baumeister, W., Plitzko, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Graphene+oxide%3A+A+substrate+for+optimizing+preparations+of+frozen-hydrated+samples%5BTitle%5D)+AND+%22J+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Graphene oxide: A substrate for optimizing preparations of frozen-hydrated samples.</a> J Struct Biol. 170 (1), 152-156 (2010).</li>
<li>Palovcak, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simple+and+robust+procedure+for+preparing+graphene-oxide+cryo-em+grids%5BTitle%5D)+AND+%22J+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">A simple and robust procedure for preparing graphene-oxide cryo-em grids.</a> J Struct Biol. 204 (1), 80-84 (2018).</li>
<li>Meyerson, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Self-assembled+monolayers+improve+protein+distribution+on+holey+carbon+cryo-EM+supports%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Self-assembled monolayers improve protein distribution on holey carbon cryo-EM supports.</a> Sci Rep. 4 (1), 7084(2014).</li>
<li>Patel, A. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+of+human+tfiid+and+mechanism+of+TBP+loading+onto+promoter+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Structure of human tfiid and mechanism of TBP loading onto promoter DNA.</a> Science. 362 (6421), eaau8872(2018).</li>
<li>Lander, G. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+subunit+architecture+of+the+proteasome+regulatory+particle%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Complete subunit architecture of the proteasome regulatory particle.</a> Nature. 482 (7384), 186-191 (2012).</li>
<li>Tan, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Addressing+preferred+specimen+orientation+in+single-particle+cryo-em+through+tilting%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Addressing preferred specimen orientation in single-particle cryo-em through tilting.</a> Nat Methods. 14 (8), 793-796 (2017).</li>
<li>Carragher, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+outcomes+when+optimizing+%27standard%27+sample+preparation+for+single-particle+cryo-em%5BTitle%5D)+AND+%22J+Microsc%22%5BJournal%5D)">Current outcomes when optimizing 'standard' sample preparation for single-particle cryo-em.</a> J Microsc. 276 (1), 39-45 (2019).</li>
<li>Xu, Y., Dang, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+technical+advances+in+sample+preparation+for+single-particle+cryo-em%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mol+Biosci%22%5BJournal%5D)">Recent technical advances in sample preparation for single-particle cryo-em.</a> Front Mol Biosci. 9, 892459(2022).</li>
<li>Lee, J., Ryu, B., Kim, T., Kim, K. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryo-em+structure+of+a+16.5-kda+small+heat-shock+protein+from+Methanocaldococcus+jannaschii%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Macromol%22%5BJournal%5D)">Cryo-em structure of a 16.5-kda small heat-shock protein from Methanocaldococcus jannaschii.</a> Int J Biol Macromol. 258 (Pt 1), 128763(2024).</li>
<li>Kim, K. K., Kim, R., Kim, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Crystal+structure+of+a+small+heat-shock+protein%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Crystal structure of a small heat-shock protein.</a> Nature. 394 (6693), 595-599 (1998).</li>
<li>Chakavarti, B., Chakavarti, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electrophoretic+separation+of+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Electrophoretic separation of proteins.</a> J Vis Exp. (16), e758(2008).</li>
<li>Bradford, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+rapid+and+sensitive+method+for+the+quantitation+of+microgram+quantities+of+protein+utilizing+the+principle+of+protein-dye+binding%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding.</a> Anal Biochem. 72, 248-254 (1976).</li>
<li>Kim, K. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((crystallization%2C+and+preliminary+x-ray+crystallographic+data+analysis+of+small+heat+shock+protein+homolog+from+Methanococcus+jannaschii%2C+a+hyperthermophile%5BTitle%5D)+AND+%22J+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">crystallization, and preliminary x-ray crystallographic data analysis of small heat shock protein homolog from Methanococcus jannaschii, a hyperthermophile.</a> J Struct Biol. 121 (1), 76-80 (1998).</li>
<li>Kim, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((On+the+mechanism+of+chaperone+activity+of+the+small+heat-shock+protein+of+Methanococcus+jannaschii%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">On the mechanism of chaperone activity of the small heat-shock protein of Methanococcus jannaschii.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 100 (14), 8151-8155 (2003).</li>
<li>Shi, J., Koteiche, H. A., Mchaourab, H. S., Stewart, P. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryoelectron+microscopy+and+EPR+analysis+of+engineered+symmetric+and+polydisperse+hsp16.5+assemblies+reveals+determinants+of+polydispersity+and+substrate+binding%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Cryoelectron microscopy and EPR analysis of engineered symmetric and polydisperse hsp16.5 assemblies reveals determinants of polydispersity and substrate binding.</a> J Biol Chem. 281 (52), 40420-40428 (2006).</li>
<li>Kim, R., Kim, K. K., Yokota, H., Kim, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small+heat+shock+protein+of+Methanococcus+jannaschii%2C+a+hyperthermophile%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+USA%22%5BJournal%5D)">Small heat shock protein of Methanococcus jannaschii, a hyperthermophile.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 95 (16), 9129-9133 (1998).</li>
<li>Zbacnik, T. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+buffers+in+protein+formulations%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pharm+Sci%22%5BJournal%5D)">Role of buffers in protein formulations.</a> J Pharm Sci. 106 (3), 713-733 (2017).</li>
<li>Collins, B., Stevens, R. C., Page, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Crystallization+optimum+solubility+screening%3A+Using+crystallization+results+to+identify+the+optimal+buffer+for+protein+crystal+formation%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallogr+Sect+F+Struct+Biol+Cryst+Commun%22%5BJournal%5D)">Crystallization optimum solubility screening: Using crystallization results to identify the optimal buffer for protein crystal formation.</a> Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 61 (Pt 12), 1035-1038 (2005).</li>
<li>D'arcy, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Crystallizing+proteins+-+A+rational+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallogr+D+Biol+Crystallogr%22%5BJournal%5D)">Crystallizing proteins - A rational approach.</a> Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 50 (Pt 4), 469-471 (1994).</li>
<li>Jancarik, J., Pufan, R., Hong, C., Kim, S. H., Kim, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimum+solubility+%28os%29+screening%3A+An+efficient+method+to+optimize+buffer+conditions+for+homogeneity+and+crystallization+of+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallogr+D+Biol+Crystallogr%22%5BJournal%5D)">Optimum solubility (os) screening: An efficient method to optimize buffer conditions for homogeneity and crystallization of proteins.</a> Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 60 (Pt 9), 1670-1673 (2004).</li>
<li>Zhang, C. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+strategy+for+selecting+the+ph+of+protein+solutions+to+enhance+crystallization%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallogr+Sect+F+Struct+Biol+Cryst+Commun%22%5BJournal%5D)">A strategy for selecting the ph of protein solutions to enhance crystallization.</a> Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 69 (Pt 7), 821-826 (2013).</li>
<li>Basanta, B., Hirschi, M. M., Grotjahn, D. A., Lander, G. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+case+for+glycerol+as+an+acceptable+additive+for+single-particle+cryo-EM+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallogr+D+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">A case for glycerol as an acceptable additive for single-particle cryo-EM samples.</a> Acta Crystallogr D Struct Biol. 78 (Pt 1), 124-135 (2022).</li>
<li>Michon, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+surfactants+in+electron+cryo-microscopy+film+preparation%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys+J%22%5BJournal%5D)">Role of surfactants in electron cryo-microscopy film preparation.</a> Biophys J. 122 (10), 1846-1857 (2023).</li>
<li>Chen, S., Li, J., Vinothkumar, K. R., Henderson, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interaction+of+human+erythrocyte+catalase+with+air-water+interface+in+cryo-EM%5BTitle%5D)+AND+%22Microscopy+%28Oxf%29%22%5BJournal%5D)">Interaction of human erythrocyte catalase with air-water interface in cryo-EM.</a> Microscopy (Oxf). 71 (Supplement_1), i51-i59 (2022).</li>
<li>Vinothkumar, K. R., Henderson, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single+particle+electron+cryomicroscopy%3A+Trends%2C+issues+and+future+perspective%5BTitle%5D)+AND+%22Q+Rev+Biophys%22%5BJournal%5D)">Single particle electron cryomicroscopy: Trends, issues and future perspective.</a> Q Rev Biophys. 49, e13(2016).</li>
<li>Kim, L. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Benchmarking+cryo-em+single+particle+analysis+workflow%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mol+Biosci%22%5BJournal%5D)">Benchmarking cryo-em single particle analysis workflow.</a> Front Mol Biosci. 5, 50(2018).</li>
<li>Bagby, S., Tong, K. I., Liu, D., Alattia, J. R., Ikura, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+button+test%3A+A+small+scale+method+using+microdialysis+cells+for+assessing+protein+solubility+at+concentrations+suitable+for+NMR%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biomol+NMR%22%5BJournal%5D)">The button test: A small scale method using microdialysis cells for assessing protein solubility at concentrations suitable for NMR.</a> J Biomol NMR. 10 (3), 279-282 (1997).</li>
<li>Gewering, T., Januliene, D., Ries, A. B., Moeller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Know+your+detergents%3A+A+case+study+on+detergent+background+in+negative+stain+electron+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22J+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Know your detergents: A case study on detergent background in negative stain electron microscopy.</a> J Struct Biol. 203 (3), 242-246 (2018).</li>
<li>Thompson, R. F., Walker, M., Siebert, C. A., Muench, S. P., Ranson, N. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+introduction+to+sample+preparation+and+imaging+by+cryo-electron+microscopy+for+structural+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">An introduction to sample preparation and imaging by cryo-electron microscopy for structural biology.</a> Methods. 100, 3-15 (2016).</li>
<li>Weissenberger, G., Henderikx, R. J. M., Peters, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Understanding+the+invisible+hands+of+sample+preparation+for+cryo-em%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Understanding the invisible hands of sample preparation for cryo-em.</a> Nat Methods. 18 (5), 463-471 (2021).</li>
<li>Earl, L. A., Falconieri, V., Milne, J. L., Subramaniam, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryo-EM%3A+Beyond+the+microscope%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Cryo-EM: Beyond the microscope.</a> Curr Opin Struct Biol. 46, 71-78 (2017).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>14 mL Yuvarlak Tabanlı Boru</td><td>SPL Yaşam Bilimleri</td><td>40114</td><td></td></tr><tr><td>250 & mikro; L Gaz Geçirmez Şırınga Modeli 1725 LTN</td><td>Hamilton</td><td>81100</td><td>Çimentolu İğne, 22s ölçü, 2 inç, nokta stili 2</td></tr><tr><td>50 ve mikro; l Diyaliz düğmesi</td><td>Hampton Research</td><td>HR3-326</td><td></td></tr><tr><td>50 mL Cam Beher</td><td>DIAMOND</td><td>HA.1010D.50</td><td></td></tr><tr><td>&auml; KTA saf 25 L</td><td>Cytiva</td><td>29018224</td><td>FPLC</td></tr><tr><td>Amicon Ultra-15 Santrifüj Filtre Ünitesi</td><td>Millipore</td><td>UFC905024</td><td>50-KDa NMWL</td></tr><tr><td>Bradford Reaktifi</td><td>Supelco</td><td>B6916</td><td></td></tr><tr><td>Dumoxel Stil N5</td><td>Dumont</td><td>0103-N5-PO</td><td></td></tr><tr><td>Buzullar 2 Cryo-TEM</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>GLACIOSTEM</td><td></td></tr><tr><td>HiLoad 16/600 Superdex 200 sayfa</td><td>Cytiva</td><td>28989335</td><td></td></tr><tr><td>Mikro Santrifüj Tüpü 1.5 mL</td><td>HD Mikro</td><td>H23015</td><td></td></tr><tr><td>PCR Tüpleri 0.2 mL, düz kapak</td><td>Axygen</td><td>PCR-02-C</td><td></td></tr><tr><td>PELCO easiGlow Kızdırma Deşarj ünitesi</td><td>Ted Pella</td><td>91000</td><td></td></tr><tr><td>PELCO TEM ızgara tutucu blok</td><td>Ted Pella</td><td>16820-25</td><td></td></tr><tr><td>Kuantifoil R 1.2/1.3 200 Mesh, Cu Elektron</td><td>Mikroskobu Bilimler</td><td>Q2100CR1.3</td><td></td></tr><tr><td>Spectra / Por 3 RC Diyaliz Membran Tüpü ve nbsp;</td><td>Fisher Scientific</td><td>086705B</td><td>3500 Dalton MWCO</td></tr><tr><td>Superose 6 Artış 10/300 GL</td><td>Cytiva</td><td>29091596</td><td></td></tr><tr><td>Uranil asetat</td><td>Merck</td><td>8473</td><td></td></tr><tr><td>Vitrobot Mark IV</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>VITROBOT</td><td></td></tr><tr><td>VitroEase Tampon Tarama Kiti ve Deterjanlar</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>A49856</td><td></td></tr></tbody></table>

kriyojenik elektron mikroskobu için numune hazırlamanın optimize edilmesi

Optimizing Sample Preparation for Cryogenic Electron Microscopy

MjsHSP16.5 için en uygun ızgara koşullarını belirlemek için, öncelikle çeşitli protein tampon koşullarının incelenmesine odaklanan bir ilk kriyo-EM taraması yapıldı: (1) MjsHSP16.5'in stabilitesini ve homojenliğini sağlayan ve kristalleşmesi için önemli olan son saflaştırma tamponu30; (2) yüksek kırınım kalitesine sahip MjsHSP16.5 kristallerinin30 büyümesi için gerekli koşullardan uyarlanmış tamponlar; ve (3) daha önce MjsHSP16.5 31,32'nin...

Kriyojenik Elektron Mikroskobu için Numune Hazırlamanın Optimize Edilmesi

Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has revolutionized structural biology by enabling the study of macromolecular structures in near-native ...

optimizing-sample-preparation-for-cryogenic-electron-microscopy

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Cryo elektron mikroskopları, Tarama (SEM) veya İletim (TEM), ya çok yüksek su içeriği ile 1 biyolojik örneklerin veya diğer malzemelerin karakterizasyonu için kullanılır. A SEM / Odaklı İyon Işın (FİB) örneklerinde ilgi özelliklerini belirlemek ve cryo-TEM transfer için ince, elektron-saydam tabakalara ayıklamak için kullanılır.

Odaklanmış iyon demeti Of Cryo-elektron Mikroskopi Numune Hazırlama By Means

Bu makale, makromoleküllerin doğala yakın durumlarında yüksek kaliteli mikroskobik görüntülerini elde etmek için kullanılan kriyo-elektron mikroskobu metodolojisini açıklamaktadır. Yöntem, bir makromolekülün 3D rekonstrüksiyonunu oluşturmak için tasarlanan tek parçacık yaklaşımını kullanarak daha fazla bilgisayarlı işleme için uygun görüntüler verir.

Makromoleküler 3D İmar için bir örnek Hazırlanması Astar ve Yüksek Kalite Veri Toplama: Cryo-elektron mikroskobu Yapılması ve Yapılmaması Gerekenler

Bir araç ve yöntemleri transmisyon elektron mikroskopi nanoliter ölçekli örnek birimleri hazırlanması için sunulmaktadır. Hiçbir kağıt kurutma işlem, böylece bu önemli ölçüde örnek kaybı azaltılması ve tek hücre için görsel proteomik lysate analizini sağlayan proteinler için olabilir zararlı sonuçları kaçınarak gereklidir.

Kırılan numune hazırlama için iletim elektron mikroskobu

Burada iki örnek işleme teknikleri, buz gibi yüksek basınç birleştirmek için bir iletişim kuralı mevcut ve mikrodalga destekli örnek işleme, veri odaklı iyon demeti Taramalı elektron mikroskobu (FIB-SEM) ile edinme için gömme en az reçine izledi. Bu bir fare tibial sinir örnek ve Caenorhabditis eleganskullanarak gösterilmiştir.

Yüksek basınç dondurucu, mikrodalga destekli kontrast geliştirme ve en az reçine birim görüntüleme için katıştırma tarafından biyolojik örnek hazırlama

Bu protokol, senkrotron tabanlı X-ışını absorpsiyon spektroskopisi deneyleri için biyolojik kriyoörnekler hazırlamak için ayrıntılı bir prosedür sunar. Numune hazırlama ve kriyoprezervasyonu optimize etmek için gereken tüm adımları, kanser ve fitoplankton hücreleri ile protokol örnekleri ile açıklıyoruz. Bu yöntem, evrensel bir numune kriyo-hazırlama standardı sağlar.

Yüksek Çözünürlüklü X-Işını Absorpsiyon Spektroskopisi Kullanılarak Kriyojenik Sıcaklıkta Türleşme için Biyolojik Numunelerin Hazırlanması

Kriyojenik Odaklı İyon Işını (FIB) ve Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) teknikleri, bozulmamış katı-sıvı arayüzlerinin kimyası ve morfolojisi hakkında önemli bilgiler sağlayabilir. Bu tür arayüzlerin yüksek kaliteli Enerji Dağıtıcı X-ışını (EDX) spektroskopik haritalarını hazırlama yöntemleri, enerji depolama cihazlarına odaklanarak detaylandırılmıştır.

Kriyo-Odaklı İyon Işını Frezelemeyi Taramalı Elektron Mikroskobu ve Spektroskopi ile Birleştirerek Sıvı-Katı Arayüzlerinin Nano Ölçekli Karakterizasyonu

Verilerin sinyal-gürültü oranı, mikrokristallerden X-ışını kırınım ölçümlerinin yapılmasında en önemli hususlardan biridir. VMXm kiriş çizgisi, bu tür deneyler için düşük gürültülü bir ortam ve mikrobülans sağlar. Burada, VMXm ve diğer mikro odak makromoleküler kristalografi kiriş hatları için mikrokristallerin montajı ve soğutulmasından dolayı örnek hazırlama yöntemlerini açıklıyoruz.

VMXm Beamline'da Mikrokristaller için Örnek Hazırlama Boru Hattı

CryoEM kullanılarak makromoleküler komplekslerin yapı tespiti, belirli protein ve kompleks sınıfları için rutin hale gelmiştir. Burada, bu işlem hattı özetlenmiştir (numune hazırlama, tarama, veri toplama ve işleme) ve okuyucular daha zorlu numuneler durumunda değiştirilebilecek daha ayrıntılı kaynaklara ve değişkenlere yönlendirilir.

Tek Parçacıklı Kriyo-Elektron Mikroskopisi: Numuneden Yapıya

Bu makale, tek parçacıklı kriyojenik elektron mikroskopisi için biyolojik örnekleri manuel olarak dondurmak için leke ve dalma yöntemini özetlemektedir.

Tek Parçacıklı Kriyojenik Elektron Mikroskopisi için Biyolojik Örneklerin Manuel Blot ve Dalma Dondurması

Burada, kriyo-elektron tomografisi için hücresel numunelerin hazırlanmasına rehberlik etmek için 3D bağıntılı odaklanmış iyon ışını frezeleme için bir boru hattı sunuyoruz. İlgilenilen floresan etiketli proteinlerin 3 boyutlu konumu önce kriyo-floresan mikroskobu ile belirlenir ve daha sonra öğütme için hedeflenir. Protokol memeli, maya ve bakteri hücreleri için uygundur.

Yüksek Çözünürlüklü Kriyo-Elektron Tomografisi için 3D Korbağıntılı Odaklanmış İyon Işını Frezeleme ile Numune Hazırlama

Bu yöntem, in situ hücresel kriyotomografi ve korelasyon ışık ve elektron mikroskobu (CLEM) için elektron mikroskobu (EM) ızgaralarının hazırlanması için erişilebilir ve esnek bir protokol sağlar.

Memeli Hücrelerinin İn Situ Kriyotomografisi için Numune Hazırlama

Keşfedin, kriyojenik elektron mikroskobisi için numune hazırlama optimizasyonunu ve düzensiz parçacık dağılımını çözme yöntemini. Methanocaldococcus jannaschii örneğiyle makromoleküler yapıları etkili şekilde analiz edin.

Kriyojenik Elektron Mikroskobu için Numune Hazırlamanın Optimize Edilmesi

Daha fazla video keşfet