Name: Pankreatik Duktal Hücre Hattında pH Değişiklikleri ile Onkogen Ekspresyon Analizi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-11T14:10:00.000+00:00
Duration: 6 min 24 s
Description: Öğrenin, pankreatik duktal hücrelerde düşük pH koşullarında onkogen ekspresyonunu RNA-seq analizi ile nasıl incelendiğini. Bu yöntem, asidik mikroçevreler ve kanser ilişkisini anlamaya yardımcı olur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Franck, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advanced+pancreatic+ductal+adenocarcinoma%3A+Moving+forward%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Advanced pancreatic ductal adenocarcinoma: Moving forward.</a> Cancers (Basel). 12 (7), 1955(2020).</li>
<li>Kong, X., Sun, T., Kong, F., Du, Y., Li, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis+and+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Gastrointest+Tumors%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis and pancreatic cancer.</a> Gastrointest Tumors. 1 (3), 123-134 (2014).</li>
<li>Jura, N., Archer, H., Bar-Sagi, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis%2C+pancreatic+adenocarcinoma+and+the+black+box+in-between%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis, pancreatic adenocarcinoma and the black box in-between.</a> Cell Res. 15 (1), 72-77 (2005).</li>
<li>Kloppel, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chronic+pancreatitis%2C+pseudotumors+and+other+tumor-like+lesions%5BTitle%5D)+AND+%22Mod+Pathol%22%5BJournal%5D)">Chronic pancreatitis, pseudotumors and other tumor-like lesions.</a> Mod Pathol. 20 (Suppl 1), S113-S131 (2007).</li>
<li>Schneider, A., Whitcomb, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hereditary+pancreatitis%3A+a+model+for+inflammatory+diseases+of+the+pancreas%5BTitle%5D)+AND+%22Best+Pract+Res+Clin+Gastroenterol%22%5BJournal%5D)">Hereditary pancreatitis: a model for inflammatory diseases of the pancreas.</a> Best Pract Res Clin Gastroenterol. 16 (3), 347-363 (2002).</li>
<li>Boedtkjer, E., Pedersen, S. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+acidic+tumor+microenvironment+as+a+driver+of+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Physiol%22%5BJournal%5D)">The acidic tumor microenvironment as a driver of cancer.</a> Annu Rev Physiol. 82, 103-126 (2020).</li>
<li>Coussens, L. M., Werb, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Inflammation and cancer.</a> Nature. 420 (6917), 860-867 (2002).</li>
<li>Balkwill, F., Mantovani, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+cancer%3A+back+to+Virchow%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet%22%5BJournal%5D)">Inflammation and cancer: back to Virchow.</a> Lancet. 357 (9255), 539-345 (2001).</li>
<li>Clevers, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((At+the+crossroads+of+inflammation+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">At the crossroads of inflammation and cancer.</a> Cell. 118 (6), 671-674 (2004).</li>
<li>Kato,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acidic+extracellular+microenvironment+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell+Int%22%5BJournal%5D)">Acidic extracellular microenvironment and cancer.</a> Cancer Cell Int. 13 (1), 89(2013).</li>
<li>Hegyi, P., Maléth, J., Venglovecz, V., Rakonczay, Z. Jr <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pancreatic+ductal+bicarbonate+secretion%3A+challenge+of+the+acinar+acid+load%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Physiol%22%5BJournal%5D)">Pancreatic ductal bicarbonate secretion: challenge of the acinar acid load.</a> Front Physiol. 2, 36(2011).</li>
<li>Ibrahim-Hashim, A., Estrella, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acidosis+and+cancer%3A+from+mechanism+to+neutralization%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Metastasis+Rev%22%5BJournal%5D)">Acidosis and cancer: from mechanism to neutralization.</a> Cancer Metastasis Rev. 38 (1-2), 149-155 (2019).</li>
<li>Vakkila, J., Lotze, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+necrosis+promote+tumour+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Immunol%22%5BJournal%5D)">Inflammation and necrosis promote tumour growth.</a> Nat Rev Immunol. 4 (8), 641-648 (2004).</li>
<li>Zepecki, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+human+glioma+cell+migration%2C+tumor+growth%2C+and+stemness+gene+expression+using+a+Lck+targeted+inhibitor%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of human glioma cell migration, tumor growth, and stemness gene expression using a Lck targeted inhibitor.</a> Oncogene. 38 (10), 1734-1750 (2019).</li>
<li>Kim, R. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+lymphocyte-specific+protein+tyrosine+kinase+%28LCK%29+in+the+expansion+of+glioma-initiating+cells+by+fractionated+radiation%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Biophys+Res+Commun%22%5BJournal%5D)">Role of lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) in the expansion of glioma-initiating cells by fractionated radiation.</a> Biochem Biophys Res Commun. 402 (4), 631-636 (2010).</li>
<li>Hu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Requirement+of+Src+kinases+Lyn%2C+Hck+and+Fgr+for+BCR-ABL1-induced+B-lymphoblastic+leukemia+but+not+chronic+myeloid+leukemia%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Requirement of Src kinases Lyn, Hck and Fgr for BCR-ABL1-induced B-lymphoblastic leukemia but not chronic myeloid leukemia.</a> Nat Genet. 36 (5), 453-461 (2004).</li>
<li>Sharp, N. A., Luscombe, M. J., Clemens, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+c-fgr+proto-oncogene+expression+in+Burkitt%27s+lymphoma+cells%3A+effect+of+interferon+treatment+and+relationship+to+EBV+status+and+c-myc+mRNA+levels%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Regulation of c-fgr proto-oncogene expression in Burkitt's lymphoma cells: effect of interferon treatment and relationship to EBV status and c-myc mRNA levels.</a> Oncogene. 4 (8), 1043-1046 (1989).</li>
<li>Hui, A. B., Lo, K. W., Yin, X. L., Poon, W. S., Ng, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+multiple+gene+amplifications+in+glioblastoma+multiforme+using+array-based+comparative+genomic+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+Invest%22%5BJournal%5D)">Detection of multiple gene amplifications in glioblastoma multiforme using array-based comparative genomic hybridization.</a> Lab Invest. 81 (5), 717-723 (2001).</li>
<li>Fang, Z. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+identification+and+functional+characterization+of+a+novel+ARF6+GTPase-activating+protein%2C+ACAP4%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proteomic identification and functional characterization of a novel ARF6 GTPase-activating protein, ACAP4.</a> Mol Cell Proteomics. 5 (8), 1437-1449 (2006).</li>
<li>Okabe, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+development+and+differentiation+enhancing+factor-like+1+%28DDEFL1%29+as+a+drug+target+for+hepatocellular+carcinomas%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Oncol%22%5BJournal%5D)">Isolation of development and differentiation enhancing factor-like 1 (DDEFL1) as a drug target for hepatocellular carcinomas.</a> Int J Oncol. 24 (1), 43-48 (2004).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>15 mL dereceli santrifüj tüpleri (Falcon)&nbsp;</td><td>Tarsons&nbsp;</td><td>500031</td><td>numune hazırlama için kullanılır&nbsp;</td></tr><tr><td>50 mL dereceli santrifüj tüpleri (Falcon)</td><td>Tarsons&nbsp;</td><td>500041</td><td>numune hazırlama için kullanılır&nbsp;</td></tr><tr><td>Agilent 2100 Biyoanalizör cihazı</td><td>Agilent</td><td>Agilent G2938A</td><td>RNA kalite değerlendirmesi için talimat&nbsp;</td></tr><tr><td>Antibiyotik Antimikotik Solüsyon 100x sıvı</td><td>Himedia</td><td>A002-100 mL</td><td>Kontaminasyonu önlemek için kullanılır&nbsp;</td></tr><tr><td>Dönebilen bıçaklı Hücre Sıyırıcı</td><td>Himedia&nbsp;</td><td>TCP223</td><td>Hücrelerin kazınması ve toplanması</td></tr><tr><td>CO2 inkübatör&nbsp;</td><td>New Brunswick</td><td>Galaxy 170 S</td><td>Kültürü kuluçkaya yatırmak için kullanılır&nbsp;</td></tr><tr><td>Dulbecco'nun Modifiye Kartal Ortamı (DMEM), yüksek glikoz ve nbsp;</td><td>Himedia</td><td>AL007S-500 mL</td><td>Hücreleri kültürlemek için kullanılan besiyeri</td></tr><tr><td>Dulbecco'nun Fosfat Tamponlu tuzlu su 1x</td><td>Himedia</td><td>TL1006-500mL</td><td>hücre yıkama</td></tr><tr><td>Galaxy&nbsp;</td><td>(https://usegalaxy.org)</td><td></td><td>NSG Verilerini işlemek için çevrimiçi araç&nbsp;</td></tr><tr><td>HI FBS (menşei: Avustralya)</td> <td>Gibco</td><td>10100-147</td><td>Hücrelerin büyümesi için kullanılır&nbsp;</td></tr><tr><td>İnsan Pankreas Duktal Epitel Hücre Hattı (HPDEC/ H6C7)</td><td>Addex Bio</td><td>T0018001</td><td>Pankreatik duktal hücre hattı</td></tr><tr><td>İyon Toplam RNA-Sıralama Kiti v2</td><td>Thermo fisher bilimsel</td><td>4475936</td><td>RNA numune hazırlama kiti</td></tr><tr><td>Laminer Hava Akışı</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Na2HPO4 Diabasic</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S3264-250G</td><td>Sodyum fosfat Tampon Hazırlama&nbsp;</td></tr><tr><td>NaH < alt > 2 < / alt > PO < alt > 4 < / alt > Monobazik</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S3139-250G</td><td>Sodyum fosfat tampon hazırlama ve nbsp;</td></tr><tr><td>NovaSeq 6000</td><td>Illumina</td><td>3376672</td><td>Sıralayıcı&nbsp;</td></tr><tr><td>Nunclon Delta Yüzey (6 oyuklu plaka)</td><td>Thermo Scientific</td><td>140675</td><td>Hücrelerin kültürlenmesi&nbsp;</td></tr><tr><td>Soğutmalı tezgah üstü Santrifüj</td><td>Thermo Scientific&nbsp;</td><td>Santrifüjleme için kullanılan</td> <td>Sorvall ST 8R</td></tr><tr><td>RiboMinus Ökaryot Sistemi v2</td><td>Thermo fisher scientific</td><td>A15026</td><td>rRNA tükenme kiti&nbsp;</td></tr><tr><td>Rneasy Mini kiti&nbsp;</td><td>Hücrelerden Toplam RNA'yı izole etmek için</td> <td>Qiagen</td><td>74104</td> Kiti&nbsp;</tr><tr><td>Termal döngüleyici</td><td>Eppendorf</td><td>E950040025</td><td>PCR reaksiyonu&nbsp;</td></tr><tr><td>Su Banyosu&nbsp;</td><td>Equitron</td><td>#8406M</td><td>Numunenin çözülmesi</td></tr></tbody></table>

pankreatik duktal hücre hattında ph değişiklikleri ile onkogen ekspresyon analizi

Oncogene Expression Analysis with Alterations in pH in a Pancreatic Ductal Cell Line

Morfolojik değişiklikler İnsan pankreas duktal hücrelerinin asidik bir ortamda inkübasyonu, hücrelerin morfolojisini değiştirdi. Birleşen ve sıkıca paketlenmiş bir hücre modeli, asidik koşullar altında dağılmış hücrelerle sonuçlandı ve hücre ölümü zamanla belirgin hale geldi. Normal ortam içeren hücrelerle karşılaştırıldığında, duktal hücreler küçüldü ve boyut olarak küçüldü. 6 saatlik inkübasyondan sonra ölüm oranında ciddi bir değişiklik gözlendi. 24 saat sonra hücre sayısı azaldı ve hücreler stresl...

Pankreatik Duktal Hücre Hattında pH Değişiklikleri ile Onkogen Ekspresyon Analizi

The fourth leading cause of cancer-related death, pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC), has a 12% five-year survival rate. This disease has a poor ...

oncogene-expression-analysis-with-alterations-ph-pancreatic-ductal

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Kanser Araştırmaları

Pankreas kanseri biyoloji Geliştirilmiş anlayış eleştirel pankreas kanseri tedavisi için daha iyi tedavi seçeneklerinin gelişimi için gereklidir. Bu ihtiyacı karşılamak için, bizim kullandığımız kanser ilerlemesi non-invazif izleme izin pankreas kanseri ortotopik modeli...

Pankreas Kanseri İlerleme Bioluminescent Ortotopik Model

Burada, mezenkimal hücrelerin izolasyonu odaklanan embriyo, neonatal ve yetişkin fare doku pankreas mikro-hücrelerin izolasyonu için bir yöntem tarif eder. Bu yöntem, pankreas gelişimi, fonksiyon ve kanser oluşumunda düzenleyen dış sinyaller aydınlatmak için hücre gen ekspresyonu ve protein salgılanmasının profil sağlar.

Yalıtımlı ve Akış Sitometrisi ile Pankreas mezenkim ve Hücreler Analizi

Birincil acinar hücre izolasyon, protein ifade veya etkinlik modülasyon, kültür ve aşağı akış uygulamaları eski bol yararlı vivo çalışmada acinar-için-duktal metaplazi (ADM), pankreas kanseri gelişimi erken bir durumda.

Taklit ve 3 boyutlu hücre kültüründe pankreas Acinar-için-duktal metaplazi manipüle

Bu protokol bir prob tabanlı gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), bir sülforhodamin içinde B (SRB) tahlil, 3 ' tercüme edilmemiş bölgeler (3 ' UTR) klonlama ve bir Lusiferaz tahlil ilgi bir Mirna hedef genler doğrulamak ve mirnas işlevlerini anlamak için kullanır.

Tümör hücrelerinde MicroRNA seviyeleri, fonksiyonları ve Ilişkili hedef genler değerlendirmek için bir In vitro protokol

Bu makalede, belirli bir hastadan farklı örnekler arasında klonal ve subklonal değişiklikleri tanımlamak için bir yöntem açıklanmaktadır. Burada açıklanan deneyler belirli bir tümör tipine odaklansa da, yaklaşım diğer solid tümörler için genel olarak uygulanabilir.

Hedefe Yönelik Sıralama Yaklaşımı ile Karşılaştırmalı Lezyonlar Analizi

Burada bir tümörün genomik yapısına dayalı olarak seçilen hedefe yönelik tedavilerin etkinliğini test etmek için bir protokol sayılacağız. Protokol, yapısal DNA düzenlemelerinin tanımlanması ve doğrulanması, hastaların tümörlerinin farelere engraftasyonu ve ilgili ilaçlara verilen yanıtların test edilmesi olarak tanımlanmaktadır.

Yapısal DNA Alterasyon Analizi ve Hasta Kaynaklı Ksenogreftler Kullanılarak Kanserde Hedefli Tedavilerin Test Edilmesi

Pankreas suyu, insan pankreas kanseri için değerli bir biyobelirteç kaynağıdır. Burada intraoperatif toplama prosedürü için bir yöntem tarif ediyoruz. Bu prosedürü murin modellerinde benimseme zorluğunun üstesinden gelmek için, alternatif bir örnek, tümör interstisyel sıvısı öneriyoruz ve burada izolasyonu için iki protokol açıklıyoruz.

Pankreatik adenokarsinomun tümör mikroçevresini araştırmak için proksimal sıvıların izolasyonu

Pankreas metaplastik hücreleri, pankreas tümörlerine yol açan kötü huylu hücrelerin öncüleridir. Bununla birlikte, sağlam canlı pankreas hücrelerini izole etmek zordur. Burada pankreas dokusu ayrışması için etkili bir yöntem sunuyoruz. Hücreler daha sonra tek hücreli RNA dizilimi (scRNA-dizilimi) veya iki veya üç boyutlu birlikte kültürleme için kullanılabilir.

Canlı Tek Hücreleri İzole Etmek için Pankreas Doku Diseksiyonu

Bu protokolün amacı, LC3 immünofloresan ve LC3 nokta ölçümü yoluyla pankreas kanseri ve pankreas asinar hücrelerinde otofajik düzeyleri belirlemektir.

LC3 İmmünofloresan Kullanılarak İki Farklı Pankreas Hücre Modelinde Otofaji Düzeylerinin Değerlendirilmesi

Mevcut protokol, Pankreatik Duktal Adenokarsinom (PDAC) ve normal pankreatik duktal epitel hücrelerinin indüklenmiş pluripotent kök hücrelere (iPSC'ler) yeniden programlanmasını açıklamaktadır. Lentivirüsün hazırlanmasından stabil iPSC hatlarının oluşturulmasına kadar optimize edilmiş ve ayrıntılı, adım adım bir prosedür sunuyoruz.

Pankreatik Duktal Adenokarsinomun Pluripotentliğe Yeniden Programlanması

Pankreas kanseri, tedavisi en zor kanserlerden biri olmaya devam ediyor. Bu nedenle, tedavi etkinliğini değerlendiren klinik öncesi modellerin tekrarlanabilir ve klinik olarak anlamlı olması kritik öneme sahiptir. Bu protokol, tekrarlanabilir, klinik olarak anlamlı desmoplastik sferoidler oluşturmak için basit bir ko-kültür prosedürünü tanımlar.

Ko-Kültürden Büyüyen Desmoplastik Üç Boyutlu Pankreas Kanseri Spferoidleri

Öğrenin, pankreatik duktal hücrelerde düşük pH koşullarında onkogen ekspresyonunu RNA-seq analizi ile nasıl incelendiğini. Bu yöntem, asidik mikroçevreler ve kanser ilişkisini anlamaya yardımcı olur.

Pankreatik Duktal Hücre Hattında pH Değişiklikleri ile Onkogen Ekspresyon Analizi

Daha fazla video keşfet