Name: Kütle Spektrometrisi ile Epigenetik Profilleme için Klinik Örneklerden Histonların Ekstraksiyonu (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-11-21T12:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 54 s
Description: Keşfedin, klinik örneklerden histon ekstraksiyonu ve LC-MS/MS ile epigenetik profilleme yöntemini. Bu protokol, 1000 hücreden 50'ye kadar histon PTM'sini nicelendirmeyi sağlar ve kanser biyobelirteç keşfi için güçlü bir araç sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<table><tbody><tr><td><güçlü>kimyasallar</güçlü></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Histoloji için Histolemon RS</td><td>Carlo Erba</td><td>454912</td><td>2.5 L</td></tr><tr><td>Asetonitril (ACN)</td><td>Carlo Erba</td><td>412341</td><td>1L</td></tr><tr><td>Amonyum bikarbonat (AmBic)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A6141</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Amonyum persülfatı (APS)</td><td>WDR</td><td>1.012.010.500</td><td>500 g</td></tr><tr><td>Aprotinin proteaz inhibitörü</td><td>Sigma Aldrich&nbsp;</td><td>A1153</td><td>5 mg</td></tr><tr><td>Benzonaz nükleazı</td><td>Merk</td><td>E1014</td><td>25 KU</td></tr><tr><td>Bisakrilamid %30 37,5 M</td><td>AppliChem</td><td>APA36261000</td><td>1 L</td></tr><tr><td>A %0,1 formik asit ddH2O içinde tamponla</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>10229884</td><td>500 mL&nbsp;</td></tr><tr><td>Tampon B %0,1 formik asit /%80 asetonitrile ddH2O içinde</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15431423</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>C18 reçine</td><td>Merck</td><td>66883-U</td><td>47 mm çapı</td></tr><tr><td>Coomassie Instant Blue</td><td>Abcam</td><td>AB119211</td><td>1 L</td></tr><tr><td>Ditiotreitol (DTT)&nbsp;</td><td>WDR</td><td>441496P</td><td>25 g</td></tr><tr><td>Etanol</td><td>Carlo Erba</td><td>414608</td><td>2.5 L</td></tr><tr><td>Leupeptin&nbsp; Proteaz inhibitörü</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>L8511</td><td>5 mg</td></tr><tr><td>N,N,N&prime;,N&prime;-Tetrametil etilen etilendiamin (TEMED)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>1.107.320100</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>NuPAGE LDS örnek tamponu</td><td>Invitrogen</td><td>NP0007</td><td>4x</td></tr><tr><td>PBS - Fosfat tamponlu tuzlu sindir;</td><td>MicroGem</td><td>TL1006</td><td>500 mL</td></tr><tr><td>Phenil izosiyanat (PIC)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>185353</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Fenilmetilsülfonil florür (PMSF) proteaz inhibitörü</td><td>Sigma Aldrich&nbsp;</td><td>P7626</td><td>1 g</td></tr><tr><td>Propionik anhidrit (PRO)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>240311</td><td>50 g</td></tr><tr><td>Rekombinant Histon H3.1 İnsan</td><td>New England Biolabs</td><td>M2503</td><td>1 &micro; g/&micro; L</td></tr><tr><td>Dizileme derecesi tripsin</td><td>Promega</td><td>V5113</td><td>100 ug</td></tr><tr><td>Sodyum bütirat (NaBut) histon deasetliaz inhibitörü</td><td>Merck</td><td>B5887</td><td>5 g</td></tr><tr><td>Sodyum dodesilsülfat (SDS)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>L3771</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Trietilemoniyum bikarbonat</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T7408</td><td>100 mL</td></tr><tr><td>Trifluoroasetik asit (TFA)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>28904</td><td>1x10mL</td></tr><tr><td>Tris-HÇL</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T3253</td><td>100 g</td></tr><tr><td>Triton X-100 deterjan</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>X100RS</td><td>5 g</td></tr><tr><td><Güçlü>Kitler/ Ekipman/Yazılım</güçlü></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>96-kuyu mikroplakası</td><td>Corning</td><td>PCR-96-FS-C</td><td>Pirojenik olmayan, Rnase/Dnase içermeyen</td></tr><tr><td>Denge</td><td>Kaya</td><td>19024</td><td></td></tr><tr><td>Tezgah üstü santrifüj</td><td>Hareus Biyofüj Laboratuvarı</td><td>Pico, 23396</td><td></td></tr><tr><td>Bioruptor Sonication Cihazı</td><td>Diyagen düğümü</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Branson Dijital Sonifer 250</td><td>Emerson</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Hücre süzcü 100 & mikro; m</td><td>Doğan</td><td>352360</td><td></td></tr><tr><td>Konsantrasyon artı</td><td>Eppendorf</td><td>5305000509</td><td></td></tr><tr><td>Dounce Homogenizer (örneğin & nbsp; Dounce, Wheaton...)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td>1 mL doku öğütücüsü</td></tr><tr><td>EASY-nLC 1200 Sıvı Kromatografi</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>EASY-Spray HPLC C18 Kolon</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>ES902</td><td>2 &micro; e, 100&nbsp; &Aring;, 75 &micro; m x 25 cm</td></tr><tr><td>EpiProfile2.0 betiği</td><td>https://github.com/zfyuan/EpiProfile2.0_Family</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Fiji yazılımı</td><td>https://imagej.net/software/fiji/downloads</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MATLAB</td><td>https://www.mathworks.com</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MaxQuant arama motoru</td><td>https://maxquant.net/maxquant/</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pestel A (gevşek)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pestel B (sıkı)</td><td>Dounce, Wheaton</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Q Exactive Plus Orbitrap LC-MS/MS sistemi</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Döner tekerlek</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11496548</td><td></td></tr><tr><td>Neşter</td><td>Kiato</td><td>13010</td><td></td></tr><tr><td>Makas</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>15207266</td><td></td></tr><tr><td>Sızdırmazlık Matı</td><td>Corning</td><td>-96-PCR-RD</td><td>Otomasyon uyumlu</td></tr><tr><td>Salınabilir rotor santrifüj</td><td>Beckman Coulter</td><td>Allegra X-15R</td><td></td></tr><tr><td>Termomikser kompakt</td><td>Eppendorf</td><td>5350</td><td></td></tr><tr><td>Girdap</td><td>PBI</td><td>Vibromix</td><td></td></tr><tr><td>Xcalibur yazılımı</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>OPTON-30965</td><td></td></tr></tbody></table>

kütle spektrometrisi ile epigenetik profilleme için klinik Örneklerden histonların ekstraksiyonu

Extraction of Histones from Clinical Specimens for Epigenetic Profiling by Mass Spectrometry

Kütle Spektrometrisi ile Epigenetik Profilleme için Klinik Örneklerden Histonların Ekstraksiyonu

Extensive experimental evidence supports the role of epigenetic mechanisms in cancer onset, progression, and recurrence. Among these, histone variants and ...

extraction-histones-from-clinical-specimens-for-epigenetic-profiling

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Kanser Araştırmaları

Yerli birleştirerek ve yüksek çözünürlüklü kütle spektrometresi ile kromatin imunopresipitasyon çapraz bağlanmasıyla, ChroP yaklaşım histon modifikasyonları, çeşitleri ve fonksiyonel olarak farklı kromatin etki de synergizing olmayan histonic proteinlerin kompozit proteomik mimarisini incelemek için olanak sağlar.

ChroP Yaklaşım Kromatin Odağı özgü Proteomic Manzaralar teşrih Chip ve Kütle Spektrometre birleştirir

Bu protokol, kütle spektrometrisi (MS) ile histon post-translasyonel modifikasyonları karakterize etmek için tamamen entegre bir iş akışı özetlenmektedir. iş akışı nano-akış sıvı kromatografi ve veri analizi için talimatları kullanarak hücre kültürlerinde veya dokular, histon türetilmesi ve sindirim, MS analizi gelen histon arınma içerir. 3 gün - protokol 2 içinde tamamlanması için tasarlanmıştır.

Histon Ekstraksiyon Gönderen Data Analizi: Aşağıdan yukarıya Kütle Spektrometre kullanarak histon post-translasyonel modifikasyonlar Analizi için komple iş akışı

Bu makalenin amacı, bir kapsamlı, sistematik rehber histon H3 ve H4 etkili arınma ve miktar acetylated histon kalıntılarının sağlamaktır.

Arıtma H3 ve H4 histon proteinleri ve Acetylated histon işaretleri hücrelerinde ve beyin dokusu miktar

Protokol, kuraklığa dayanıklı ürünlerin mühendisliğine yardımcı olmak için potansiyel epigenetik belirteçler olarak hizmet edebilecek histone post-translational modifikasyonların profillenebilmesi için sorgum yaprağı malzemelerinden bozulmamış histonları etkili bir şekilde çıkarmak için geliştirilmiştir.

Potansiyel Epigenetik belirteçlerin Yukarıdan Aşağıya Kütle Spektrometresi Profillemi için Sorgum Yaprak Dokusundan Histone İzolasyonu

Bu protokol, üç boyutlu bir hücre kültürü sisteminin, kromatin modifikasyonlarını fizyolojik bir durumda modellemek, tedavi etmek ve analiz etmek için nasıl kullanılabileceğini özetlemektedir.

Karaciğer Dokusunun 3D Hücre Kültürü Modelinde Histone Post-Translasyonel Modifikasyonlarının Küresel Düzeyde Nicelleştirilmesi

Histon modifikasyonlarının yüksek güvenilirlikli ve yüksek oranda tekrarlanabilir "aşağıdan yukarıya" analizi ve temel parametrelere (alıkonma süresi [RT], çarpışma kesiti [CCS] ve doğru kütle-yük [m/z] oranı) dayalı tanımlama için sıvı kromatografisi, sıkışmış iyon hareketlilik spektrometrisi ve uçuş zamanı kütle spektrometrisine (LC-TIMS-ToF MS/MS) dayalı analitik bir iş akışı.

Sıvı Kromatografisi, Sıkışmış İyon Hareketlilik Spektrometrisi ve Uçuş Süresi Kütle Spektrometrisi Kullanılarak Histon Modifikasyon Taraması

Bu yöntem, histon proteoform karakterizasyonu ve araştırması için basit ve hızlı bir stratejiyi tanımlar.

2D-TAU Jel Elektroforezi Kullanılarak Histon Proteoformlarının Ortaya Çıkarılması

Burada, izotopik iki plex etiketleme stratejisi ve ArgC sindirimi kullanarak tek hücreli histon post-translasyonel modifikasyon analizini otomatikleştirmek için bir protokol sunuyoruz. Bu iş akışı, tek hücre çözünürlükte kromatin heterojenliği ve epigenetik yanıtların nicel, tekrarlanabilir ve yüksek hassasiyetli profillenmesini mümkün kılar.

Tek Hücreli Histon Post-Translasyonel Modifikasyonlarının Çoklayıcı Analizi için Otomatik Örnek Hazırlığı (sc-hPTM2)

Burada, kütle spektrometresi (ayırmak ve bir iyi ve tekrarlanabilir 2DE desen sunar insan hipofiz adenom doku Proteom tanımlamak için MS) ile birleştiğinde bir iki boyutlu Jel Elektroforez (2DE) mevcut. Çoğu protein her 2DE yerde karmaşık kanser Proteom yüksek-duyarlı MS kullanımı ile analiz ederken gözlenir.

İnsan hipofiz adenom doku Proteom analizi için kütle spektrometresi yöntemleri ile birleştiğinde iki boyutlu Jel Elektroforez

Yüksek kaliteli genomik DNA tümör dokulardan alma genetik değişiklikler sonraki nesil sıralama kullanarak analiz etmek için önemli bir ilk adım olduğunu. Bu makalede, biz tümör hücreleri zenginleştirmek ve bozulmamış DNA touch Künye Sitoloji numune almak için basit ve hızlı bir yöntem mevcut.

Yüksek kaliteli tümör DNA klinik-patolojik numunelerin Touch Künye Sitoloji kullanarak elde etmek için basit ve hızlı yöntemi

Keşfedin, klinik örneklerden histon ekstraksiyonu ve LC-MS/MS ile epigenetik profilleme yöntemini. Bu protokol, 1000 hücreden 50'ye kadar histon PTM'sini nicelendirmeyi sağlar ve kanser biyobelirteç keşfi için güçlü bir araç sunar.

Kütle Spektrometrisi ile Epigenetik Profilleme için Klinik Örneklerden Histonların Ekstraksiyonu

Daha fazla video keşfet