Name: CUT and RUN kullanılarak nöroendokrin küçük hücreli akciğer kanseri hücre hatlarında histon modifikasyonları ve transkripsiyon faktörü bağlanma noktalarının genom çapında haritalanması (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-03T12:30:00.000+00:00
Duration: 11 min 50 s
Description: Keşfedin CUT&RUN-seq kullanarak küçük hücreli akciğer kanserinde histon modifikasyonları ve transkripsiyon faktörü bağlanma noktalarının genom çapında haritalanmasını. Bu hassas yöntem düşük hücre girdisiyle epigenetik düzenleyici mekanizmaları ortaya çıkarır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Kimura, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+modifications+for+human+epigenome+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Hum+Genet%22%5BJournal%5D)">Histone modifications for human epigenome analysis.</a> J Hum Genet. 58 (7), 439-445 (2013).</li>
<li>Millan-Zambrano, G., Burton, A., Bannister, A. J., Schneider, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+post-translational+modifications-cause+and+consequence+of+genome+function%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Histone post-translational modifications-cause and consequence of genome function.</a> Nat Rev Genet. 23 (9), 563-580 (2022).</li>
<li>Seligson, D. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+histone+modification+patterns+predict+risk+of+prostate+cancer+recurrence%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Global histone modification patterns predict risk of prostate cancer recurrence.</a> Nature. 435 (7046), 1262-1266 (2005).</li>
<li>Wang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((STAT3+facilitates+super+enhancer+formation+to+promote+fibroblast-to-myofibroblast+differentiation+by+the+analysis+of+ATAC-seq%2C+RNA-seq+and+ChIP-seq%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Mol+Med%22%5BJournal%5D)">STAT3 facilitates super enhancer formation to promote fibroblast-to-myofibroblast differentiation by the analysis of ATAC-seq, RNA-seq and ChIP-seq.</a> J Cell Mol Med. 29 (11), e70639(2025).</li>
<li>Zhao, Z., Shilatifard, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenetic+modifications+of+histones+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Epigenetic modifications of histones in cancer.</a> Genome Biol. 20 (1), 245(2019).</li>
<li>Takumida, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+epigenome+and+transcriptome+analyses+reveal+transcriptional+programs+differentially+regulated+by+ASCL1+and+NEUROD1+in+small+cell+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Integrative epigenome and transcriptome analyses reveal transcriptional programs differentially regulated by ASCL1 and NEUROD1 in small cell lung cancer.</a> Oncogene. 44 (34), 3113-3125 (2025).</li>
<li>Sivakumar, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrative+analysis+of+a+large+real-world+cohort+of+small+cell+lung+cancer+identifies+distinct+genetic+subtypes+and+insights+into+histologic+transformation%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">Integrative analysis of a large real-world cohort of small cell lung cancer identifies distinct genetic subtypes and insights into histologic transformation.</a> Cancer Discov. 13 (7), 1572-1591 (2023).</li>
<li>Rudin, C. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Author+correction%3A+Molecular+subtypes+of+small+cell+lung+cancer%3A+A+synthesis+of+human+and+mouse+model+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Cancer%22%5BJournal%5D)">Author correction: Molecular subtypes of small cell lung cancer: A synthesis of human and mouse model data.</a> Nat Rev Cancer. 19 (7), 415(2019).</li>
<li>Rhee, H. S., Pugh, B. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+genome-wide+protein-DNA+interactions+detected+at+single-nucleotide+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Comprehensive genome-wide protein-DNA interactions detected at single-nucleotide resolution.</a> Cell. 147 (6), 1408-1419 (2011).</li>
<li>Teytelman, L., Thurtle, D. M., Rine, J., van Oudenaarden, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+expressed+loci+are+vulnerable+to+misleading+ChIP+localization+of+multiple+unrelated+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Highly expressed loci are vulnerable to misleading ChIP localization of multiple unrelated proteins.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (46), 18602-18607 (2013).</li>
<li>Skene, P. J., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+efficient+targeted+nuclease+strategy+for+high-resolution+mapping+of+DNA+binding+sites%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">An efficient targeted nuclease strategy for high-resolution mapping of DNA binding sites.</a> Elife. 6, e21856(2017).</li>
<li>Skene, P. J., Henikoff, J. G., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+in+situ+genome-wide+profiling+with+high+efficiency+for+low+cell+numbers%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Targeted in situ genome-wide profiling with high efficiency for low cell numbers.</a> Nat Protoc. 13 (5), 1006-1019 (2018).</li>
<li>Meers, M. P., Bryson, T. D., Henikoff, J. G., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+CUT%26RUN+chromatin+profiling+tools%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Improved CUT&RUN chromatin profiling tools.</a> Elife. 8, e46314(2019).</li>
<li>Custers, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cleavage+under+targets+%26+release+using+nuclease+%28CUT%26RUN%29+protocols+for+the+study+of+genetic+and+epigenetic+regulation+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Cleavage under targets & release using nuclease (CUT&RUN) protocols for the study of genetic and epigenetic regulation in cancer.</a> Methods Mol Biol. 2944, 207-225 (2025).</li>
<li>Hainer, S. J., Boskovic, A., McCannell, K. N., Rando, O. J., Fazzio, T. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Profiling+of+pluripotency+factors+in+single+cells+and+early+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Profiling of pluripotency factors in single cells and early embryos.</a> Cell. 177 (5), 1319-1329.e11 (2019).</li>
<li>Marroquin-Rivera, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immune-related+transcriptomic+and+epigenetic+reconfiguration+in+BV2+cells+after+lipopolysaccharide+exposure%3A+An+in+vitro+omics+integrative+study%5BTitle%5D)+AND+%22Inflamm+Res%22%5BJournal%5D)">Immune-related transcriptomic and epigenetic reconfiguration in BV2 cells after lipopolysaccharide exposure: An in vitro omics integrative study.</a> Inflamm Res. 73 (2), 211-225 (2024).</li>
<li>Huang, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deciphering+the+role+of+histone+modifications+in+memory+and+exhausted+CD8+T+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Deciphering the role of histone modifications in memory and exhausted CD8 T cells.</a> Sci Rep. 15 (1), 17359(2025).</li>
<li>De Sarkar, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nucleosome+patterns+in+circulating+tumor+DNA+reveal+transcriptional+regulation+of+advanced+prostate+cancer+phenotypes%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Discov%22%5BJournal%5D)">Nucleosome patterns in circulating tumor DNA reveal transcriptional regulation of advanced prostate cancer phenotypes.</a> Cancer Discov. 13 (3), 632-653 (2023).</li>
<li>Roberti, A., Fraga, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epigenomic+profiling+of+histone+posttranslational+modifications+in+frozen+cancer+tissue+using+CUT%26RUN%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Epigenomic profiling of histone posttranslational modifications in frozen cancer tissue using CUT&RUN.</a> Methods Mol Biol. 2930, 229-243 (2025).</li>
<li>Black, J. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Master+regulators+and+cofactors+of+human+neuronal+cell+fate+specification+identified+by+CRISPR+gene+activation+screens%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Master regulators and cofactors of human neuronal cell fate specification identified by CRISPR gene activation screens.</a> Cell Rep. 33 (9), 108460(2020).</li>
<li>Augert, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small+cell+lung+cancer+exhibits+frequent+inactivating+mutations+in+the+histone+methyltransferase+KMT2D%2FMLL2%3A+CALGB+151111+%28Alliance%29%5BTitle%5D)+AND+%22J+Thorac+Oncol%22%5BJournal%5D)">Small cell lung cancer exhibits frequent inactivating mutations in the histone methyltransferase KMT2D/MLL2: CALGB 151111 (Alliance).</a> J Thorac Oncol. 12 (4), 704-713 (2017).</li>
<li>Kaya-Okur, H. S., Janssens, D. H., Henikoff, J. G., Ahmad, K., Henikoff, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+low-cost+chromatin+profiling+with+CUT%26Tag%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Efficient low-cost chromatin profiling with CUT&Tag.</a> Nat Protoc. 15 (10), 3264-3283 (2020).</li>
<li>Yang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((H3K9me3+involved+in+FOXL2+regulation+of+SerpinE2+expression+to+affect+steroid+hormone+synthesis+in+follicular+granulosa+cells%5BTitle%5D)+AND+%22FASEB+J%22%5BJournal%5D)">H3K9me3 involved in FOXL2 regulation of SerpinE2 expression to affect steroid hormone synthesis in follicular granulosa cells.</a> FASEB J. 39 (12), e70730(2025).</li>
<li>Panday, A., Elango, R., Willis, N. A., Scully, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+modified+CUT%26RUN-seq+technique+for+qPCR+analysis+of+chromatin-protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">A modified CUT&RUN-seq technique for qPCR analysis of chromatin-protein interactions.</a> STAR Protoc. 3 (3), 101529(2022).</li>
<li>Lardo, S. M., Hainer, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+factor+localization+on+chromatin+using+ultra-low+input+cleavage+under+targets+and+release+using+nuclease%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Single-cell factor localization on chromatin using ultra-low input cleavage under targets and release using nuclease.</a> J Vis Exp. (180), e63536(2022).</li>
<li>Hsieh, T. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Resolving+the+3D+landscape+of+transcription-linked+mammalian+chromatin+folding%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Resolving the 3D landscape of transcription-linked mammalian chromatin folding.</a> Mol Cell. 78 (3), 539-553.e8 (2020).</li>
<li>Mumbach, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((HiChIP%3A+Efficient+and+sensitive+analysis+of+protein-directed+genome+architecture%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">HiChIP: Efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture.</a> Nat Methods. 13 (11), 919-922 (2016).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td><güçlü>reaktif</güçlü></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RPMI-1640 medya&nbsp;</td><td>Gibco ThermoFisher Scientific</td><td>11875093</td><td>Hücre kültürü ortamı</td></tr><tr><td>Fetal Sığır Serumu (FBS)</td><td>Nöromik</td><td>FBS002-HI</td><td>Hücre kültür ortamının bileşeni</td></tr><tr><td>%1 Penisilin-Sstreptomisin&nbsp;</td><td>Gibco ThermoFisher Scientific</td><td>15140122</td><td>Hücre kültürlerinde bakteriyel kontaminasyonu önlemek için antibiyotikler</td></tr><tr><td>Trypan Blue Solution, %0,4</td><td>Gibco ThermoFisher Scientific</td><td>15250061</td><td>Trypan Blue Boyama, otomatik hücre sayacı ile geçirgenliği değerlendirmek için kullanıldı.&nbsp;</td></tr><tr><td>Roche cOmplete, EDTA'sız Proease Inhibitör Kokteyli</td><td>Roche</td><td>11873580001</td><td>Proteaz inhibitörü. Yıkama tamponu bileşenleri</td></tr><tr><td>%5 Digitonin&nbsp;</td><td>EpiCypher</td><td>21-1004</td><td>Buffer bileşenleri&nbsp; ve Buffer tarifi ise Buffer sayfasında bulunabilir</td></tr><tr><td>Boncuk aktivasyon tamponu</td><td>EpiCypher</td><td>21-1001</td><td>Buffer bileşenleri&nbsp; ve Buffer tarifi ise Buffer sayfasında bulunabilir</td></tr><tr><td>Concanavalin A (ConA) Boncukları</td><td>EpiCypher</td><td>21-1401</td><td>KonA ile konjuge paramanyetik mikrosferler, lipid membran bağlanmasına izin veren lektin kaplı manyetik boncuklardır</td></tr><tr><td>CUT& RUN Kit&nbsp;</td><td>CUTANA ChIC EpiCypher</td><td>14-1048</td><td>CUT& için reaktifler RUN DNA üretimi</td></tr><tr><td>DNA Arıtma Kiti</td><td>CUTANA&nbsp; EpiCypher</td><td>14-0050</td><td>ReactIon'daki süpernantanttaki salınan hedefli DNA parçalarından DNA çıkar</td></tr><tr><td>CUT& RUN Kütüphane Hazırlık Kiti</td><td>CUTANA EpiCypher</td><td>14-001</td><td>Generate the CUT&amp; RUN yeni nesil dizileme (NGS) kütüphaneleri</td></tr><tr><td>&nbsp; DNA arıtma Manyetik Boncuklar</td><td>Agencourt AMPure XP Beckman Coulter</td><td>A63880</td><td>PCR üretim temizliği ve boyut seçimi (örneğin adaptör dimer ve primer çıkarma)</td></tr><tr><td>E. coli Spike-in DNA'sı</td><td>EpiCypher</td><td>18-1401</td><td>Bir dizi örnek boyunca dizileme okumalarını kalibre etmek için dışsal bir spike-in olarak kullanılmıştır&mdash; örneğin, tedavi edilenle tedavi edilmemiş durumlar arasında</td></tr><tr><td>pAG-MNase</td><td>EpiCypher</td><td>&nbsp; 15-1016</td><td>Birincil antikora bağlandığında, enzim kalsiyum tarafından aktive edildiğinde hedeflenen DNA parçasını bağlı proteinin her iki tarafında parçalar</td></tr><tr><td>PBS PH7.4 1x</td><td>Gibco (Termo Balıkçı Bilimci)</td><td>10010-049</td><td>Yıkama hücreleri</td></tr><tr><td>Ön Yıkama Tamponu</td><td>EpiCypher</td><td>21-1002</td><td>Buffer bileşenleri&nbsp; ve Buffer tarifi ise Buffer sayfasında bulunabilir</td></tr><tr><td>dsDNA Yüksek Duyarlılık&nbsp; Test Kiti</td><td>QubitTM Thermo Fisher Scientific</td><td>Q32854</td><td>CUT& RUN DNA nicelik</td></tr><tr><td>Stop Buffer</td><td>EpiCypher</td><td>21-1003</td><td>Buffer bileşenleri&nbsp; ve Buffer tarifi ise Buffer sayfasında bulunabilir</td></tr><tr><td>Yüksek Duyarlılıklı DNA Kiti&nbsp;</td><td>Agilent Technoligies</td><td>5067-4626</td><td>CUT& RUN DNA ve NGS kitapçıkları kuatifikasyonu ve parça boyutu dağılımı analizi</td></tr><tr><td><güçlü>Malzeme</güçlü></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>8-şerit 0.2 mL PCR tüpleri</td><td>EpiCypher</td><td>10-0009k</td><td>CUT& için tüpler RUN reaksiyonları, 0.2 ml tüpler Manyetik Ayırma Rafı ile uyumlu</td></tr><tr><td>LUNA 8 kanallı slaytlar</td><td>Logos BioSystems INC</td><td>L72001</td><td>Hücre sayımı için slaytlar, &nbsp; Hücre yaşamlılığı ve bütünlüğü kontrolü</td></tr><tr><td>Çok kanallı reaktif rezervuarı</td><td>Fisher Scientific</td><td>14-387-072</td><td>Yıkama tampon kabı</td></tr><tr><td>DynaMagTM-2 (Manyetik ayırma rafı), 1.5 mL tüpler</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>12321D</td><td>ConA boncukları, manyetik ayırma rafı ile depolama tamponundan izole edilmiş ve ardından 1,5 mL'lik bir mikrosantrifüj tüpünde aktivasyon tamponunda yeniden süspansiyon yoluyla aktive edilmiştir.</td></tr><tr><td>Manyetik Ayırma Rafı, 0.2 mL tüpler</td><td>EpiCypher</td><td>10-0008</td><td>Ayrılmak için stand&nbsp; boncuk bağlayan hücreler, antikorlar, reaksiyon ve yıkama tamponlarından pAG/MNaz.</td></tr><tr><td>Eppendor Research artı 8-kanallı pipet, 0.5-10 uL&nbsp;</td><td>Eppendorf</td><td>3125000010</td><td>Aspiration 8-şeritli tüplerin örnekleri&nbsp; İş akışını hızlandırmak için, benzer çok kanallı pipetör</td></tr><tr><td>Eppendorf Refrence 2 8 kanallı pipet, 30-300 uL</td><td>Eppendorf</td><td>4926000050</td><td>İş akışını hızlandırmak için aspirasyon ve yıkama adımları, karşılaştırılabilir çok kanallı pipetör</td></tr><tr><td><güçlü>Ekipman</güçlü></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Scientific Industries Vortex-Genie 2 Mikser, Değişken hız, 120V</td><td>Fisher Scientific</td><td>50-728-002</td><td>Min-santrifüj ve spin</td></tr><tr><td>LUNA FX7 Otomatik hücre sayacı</td><td>Logos BioSystems INC</td><td>L70001</td><td>Hücre Sayacı</td></tr><tr><td>Nutatif Mikser</td><td>VWR</td><td>82007-202</td><td>Boncuk kuluçka aşamaları (gece boyunca antikor kuluçkası, pAG-MNaz sindirim reaksiyonu).</td></tr><tr><td>Eppendorf 6331 Nexus Gradient MasterCycler Termal Cycler</td><td>Eppendorf</td><td>6331</td><td>CUT& RUN yeni nesil kütüphane inşasını</td></tr><tr><td>Qubit 4 Fluorometre</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Q33226</td><td>DNA nicelik belirleme.</td></tr><tr><td>Agilent 2100 Biyoanalizörü</td><td>Agilent Teknolojileri</td><td>G2939A</td><td>CUT& için parça boyutu, konsantrasyon analizi RUN DNA ve CUT& RUN kütüphaneleri,&nbsp; karşılaştırılabilir kapiler elektroforez cihazı (örneğin Agilent TapeStation)</td></tr><tr><td>Agilent TapeStation</td><td>Agilent Teknolojileri</td><td>G2992AA</td><td>CUT& için parça boyutu, konsantrasyon analizi RUN DNA ve CUT& RUN kütüphaneleri</td></tr><tr><td>Illumina NovaSeq 6000 sistemi</td><td>&nbsp; Illumina, San Diego, CA, ABD</td><td></td><td>Birleştirilmiş CUT& dizileme RUN kağızlar&nbsp;</td></tr></tbody></table>

cut&amp;run kullanılarak nöroendokrin küçük hücreli akciğer kanseri hücre hatlarında histon modifikasyonları ve transkripsiyon faktörü bağlanma noktalarının genom çapında haritalanması

Genome-Wide Mapping of Histone Modifications and Transcription Factor Binding Sites in Neuroendocrine Small Cell Lung Cancer Cell Lines Using CUT&amp;RUN

CUT&amp;RUN kullanılarak nöroendokrin küçük hücreli akciğer kanseri hücre hatlarında histon modifikasyonları ve transkripsiyon faktörü bağlanma noktalarının genom çapında haritalanması

Chromatin remodeling proteins and transcription factors (TFs) play critical roles in the tumor biology of small cell lung cancer (SCLC). Genome-wide ...

genome-wide-mapping-histone-modifications-transcription-factor

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Kanser Araştırmaları

DNA dizisi verileri farklı olarak, epigenomic verileri kolayca metin tabanlı aramaları için tabi değil. Burada sunan GeNemo, bir web tabanlı Biyoinformatik aracı, yükseltilmiş sürüm desen tabanlı aramalar için benzerlikler epigenomic veri ansiklopedi DNA ile öğeler dahil olmak üzere kullanılabilir çevrimiçi veritabanları karşılaştırma yapmak için kullanılabilecek yordamları vardır kullanıcının veri.

Desen tabanlı arama Epigenomic verileri GeNemo kullanarak

Burada, bir en iyi duruma getirilmiş yüksek işlem hacmi ChIP-sıralama Protokolü ve genom çapında Kromatin devlet desenlerini donmuş tümör doku ve hücre hatları belirlenmesi için hesaplama analizleri potansiyel açıklar.

Yüksek işlem hacmi ChIP-sıralama tümör dokularda kullanarak genom geniş eşleme Kromatin devletler için entegre bir Platform

Epigenetik mekanizmalar sık tümörü değişmiş. Kromatin immunoprecipitation Kromatin yapısı ve gen transkripsiyonu düzenleyen Histon modifikasyonlar değişimler sonucu genetik değişiklikler gliyom içinde sonuçlarını incelemek için kullanılabilir. Bu iletişim kuralı yerel Kromatin immunoprecipitation fare Beyin tümör neurospheres üzerinde açıklar.

Fare Beyin tümör Neurospheres kullanarak yerel Kromatin Immunoprecipitation

Onkojenik füzyon transkripsiyon faktörü fonksiyonu için özünde düzensiz alan adları önemlidir. Bu proteinleri terapötik olarak hedeflemek için, bu alanlar tarafından kullanılan düzenleyici mekanizmaların daha ayrıntılı bir şekilde anlaşılması gerekir. Burada, Ewing sarkomunda özünde düzensiz olan EWS alanının önemli yapısal özelliklerini haritalamak için transkriptomik kullanıyoruz.

Transcriptomik Analiz Kullanarak Düzensiz Onkojenik Transkripsiyon Faktörlerinin Yapı-fonksiyon İlişkilerinin Eşlenmesini

Bu makalede, ChIP sıvı işleyici platformu kullanılarak belirli bir histone modifikasyonu (H3K27ac) ile ilişkili DNA bölgelerinin yarı otomatik, mikro ölçekli ChIP-Seq protokolü ve ardından etiketleme kullanılarak kütüphane hazırlığı açıklanmaktadır. Prosedür, kalite ve nicelik amaçları için kontrol değerlendirmesini içerir ve diğer histone modifikasyonlarına veya transkripsiyon faktörlerine benimsenebilir.

Büyük Ölçekli Epigenetik Çalışmalar için Yarı Otomatik ChIP-Seq Prosedürü

Burada, yazarlar fenotipleme için MULTI-seq'in ve daha sonra retinadaki transkriptomik ve kromatin erişilebilirlik profillerini karakterize etmede eşleştirilmiş scRNA-seq ve scATAC-seq'in faydasını göstermektedir.

scRNA-Seq ve scATAC-Seq Kullanarak Retinal Gen Ekspresyonu ve Kromatin Erişilebilirliğinin Multipleks Analizi

CUT&amp;RUN ve varyantları, kromatin üzerindeki protein doluluğunu belirlemek için kullanılabilir. Bu protokol, tek hücreli uliCUT&amp;RUN kullanarak kromatin üzerindeki protein lokalizasyonunun nasıl belirleneceğini açıklar.

Hedefler Altında Ultra Düşük Giriş Bölünmesi ve Nükleaz Kullanarak Salınım Kullanılarak Kromatin Üzerinde Tek Hücreli Faktör Lokalizasyonu

Skuamöz olmayan küçük hücreli dışı akciğer kanseri (NS-NSCLC) bakım yönetimi için test edilecek moleküler biyobelirteçlerin artması, hızlı ve güvenilir moleküler tespit yöntemlerinin geliştirilmesine yol açmıştır. NS-KHDAK hastaları için genomik değişiklik değerlendirmesi için ultra hızlı yeni nesil dizileme (NGS) yaklaşımı kullanan bir iş akışı tanımlıyoruz.

Skuamöz Olmayan Küçük Hücreli Dışı Akciğer Kanserinde Ultra Hızlı Amplikon Tabanlı Yeni Nesil Dizileme

Epigenetik alanda yeni olan araştırmacılar, CUT &amp; Tag'i ChIP tahlillerine göre önemli ölçüde daha kolay bir alternatif bulacaklar. CUT &amp; Tag, nadir ve birincil hücre popülasyonları üzerindeki epigenetik çalışmalardan büyük ölçüde yararlandı ve çok az hücreden yüksek kaliteli veriler üretti. Bu protokol, fare arka bacak kaslarından izole edilen fare miyoblastları üzerinde H3K4me1 CUT &amp; Tag testlerinin gerçekleştirilmesini açıklar.

Fare Miyoblast Araştırmalarında Hedefler Altında Bölünme ve Etiketleme (CUT &#38; Tag) Testinin Kullanılması

Bu çalışma, bir doku kesitinin doğrudan uzamsal barkodlamasını tek hücreli çoklu analiz ile birleştiren bir uzamsal Trekker–CUT&amp;Tag çoklu protokolü sunmaktadır. Bu yaklaşım, gen ekspresyonunun ve histon H3K27ac modifikasyonunun aynı anda mekansal olarak çözülen tek hücreli profillenmesini sağlar ve doku mikroanatomisi bağlamında gen düzenlemesine mekanik içgörüler sunar.

Donmuş doku kesitlerinde transkriptom ve epigenomik hedeflerin mekansal çözülmüş, entegre tek hücreli multiomik profillenmesi

Keşfedin CUT&RUN-seq kullanarak küçük hücreli akciğer kanserinde histon modifikasyonları ve transkripsiyon faktörü bağlanma noktalarının genom çapında haritalanmasını. Bu hassas yöntem düşük hücre girdisiyle epigenetik düzenleyici mekanizmaları ortaya çıkarır.

CUT and RUN kullanılarak nöroendokrin küçük hücreli akciğer kanseri hücre hatlarında histon modifikasyonları ve transkripsiyon faktörü bağlanma noktalarının genom çapında haritalanması (Video) | JoVE Journal

CUT&RUN kullanılarak nöroendokrin küçük hücreli akciğer kanseri hücre hatlarında histon modifikasyonları ve transkripsiyon faktörü bağlanma noktalarının genom çapında haritalanması

Daha fazla video keşfet