Name: Donmuş doku kesitlerinde transkriptom ve epigenomik hedeflerin mekansal çözülmüş, entegre tek hücreli multiomik profillenmesi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-06-12T13:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 6 s
Description: Keşfedin donmuş doku kesitlerinde mekansal çözümlü tek hücreli multiomik profilleme yöntemi. H3K27ac epigenomik ve transkriptomik verileri entegre ederek hücre tipi tanımlama ve doku mimarisini detaylı analiz edin.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol>
	<li>St&#229;hl, P. L., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualization+and+analysis+of+gene+expression+in+tissue+sections+by+spatial+transcriptomics.">Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics.</a> Science. 353 (6294), 78-82 (2016).</li><li>Asp, M., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+detection+of+fetal+marker+genes+expressed+at+low+level+in+adult+human+heart+tissue.">Spatial detection of fetal marker genes expressed at low level in adult human heart tissue.</a> Sci Rep. 7 (1), 12941 (2017).</li><li>Larsson, L., Fris&#233;n, J., Lundeberg, J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatially+resolved+transcriptomics+adds+a+new+dimension+to+genomics.">Spatially resolved transcriptomics adds a new dimension to genomics.</a> Nat Methods. 18 (1), 15-18 (2021).</li><li>Rodriques, S. G., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Slide-seq:+A+scalable+technology+for+measuring+genome-wide+expression+at+high+spatial+resolution.">Slide-seq: A scalable technology for measuring genome-wide expression at high spatial resolution.</a> Science. 363 (6434), 1463-1467 (2019).</li><li>Moffitt, J. R., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular,+spatial,+and+functional+single-cell+profiling+of+the+hypothalamic+preoptic+region.">Molecular, spatial, and functional single-cell profiling of the hypothalamic preoptic region.</a> Science. 362 (6416), eaau5324 (2018).</li><li>Kleshchevnikov, V., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell2location+maps+fine-grained+cell+types+in+spatial+transcriptomics.">Cell2location maps fine-grained cell types in spatial transcriptomics.</a> Nat Biotechnol. 40 (5), 661-671 (2022).</li><li>Liu, X., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+multi-omics:+deciphering+technological+landscape+of+integration+of+multi-omics+and+its+applications.">Spatial multi-omics: deciphering technological landscape of integration of multi-omics and its applications.</a> J Hematol Oncol. 17 (1), 72 (2024).</li><li>Marx, V. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Method+of+the+Year:+spatially+resolved+transcriptomics.">Method of the Year: spatially resolved transcriptomics.</a> Nat Methods. 18 (1), 9-14 (2021).</li><li>Zhu, C., Preissl, S., Ren, B. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+multimodal+omics:+the+power+of+many.">Single-cell multimodal omics: the power of many.</a> Nat Methods. 17 (1), 11-14 (2020).</li><li>Klemm, S. L., Shipony, Z., Greenleaf, W. J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+accessibility+and+the+regulatory+epigenome.">Chromatin accessibility and the regulatory epigenome.</a> Nat Rev Genet. 20 (4), 207-220 (2019).</li><li>Mimitou, E. P., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scalable,+multimodal+profiling+of+chromatin+accessibility,+gene+expression,+and+protein+levels+in+single+cells.">Scalable, multimodal profiling of chromatin accessibility, gene expression, and protein levels in single cells.</a> Nat Biotechnol. 39 (10), 1246-1258 (2021).</li><li>Deng, Y., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial-CUT&amp;Tag:+Spatially+resolved+chromatin+modification+profiling+at+the+cellular+level.">Spatial-CUT&amp;Tag: Spatially resolved chromatin modification profiling at the cellular level.</a> Science. 375 (6581), 681-686 (2022).</li><li>Liu, Y., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-Spatial-Resolution+Multi-Omics+Sequencing+via+Deterministic+Barcoding+in+Tissue.">High-Spatial-Resolution Multi-Omics Sequencing via Deterministic Barcoding in Tissue.</a> Cell. 183 (6), 1665-1681.e18 (2020).</li><li>Zhang, D., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+epigenome-transcriptome+co-profiling+of+mammalian+tissues.">Spatial epigenome-transcriptome co-profiling of mammalian tissues.</a> Nature. 616 (7955), 113-122 (2023).</li><li>Lee, C. N., Fu, H., Cardilla, A., Zhou, W., Deng, Y. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+joint+profiling+of+DNA+methylome+and+transcriptome+in+tissues.">Spatial joint profiling of DNA methylome and transcriptome in tissues.</a> Nature. 646 (8087), 1261-1271 (2025).</li><li>Russell, A. J. C., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Slide-tags+enable+single-nucleus+barcoding+for+multimodal+spatial+genomics.">Slide-tags enable single-nucleus barcoding for multimodal spatial genomics.</a> Nature. 625 (7993), 101-109 (2024).</li><li>Huang, Y. H., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unified+molecular+approach+for+spatial+epigenome,+transcriptome,+and+cell+lineages.">Unified molecular approach for spatial epigenome, transcriptome, and cell lineages.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 122 (16), e2424070122 (2025).</li><li>Kaya-Okur, H. S., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CUT&amp;Tag+for+efficient+epigenomic+profiling+of+small+samples+and+single+cells.">CUT&amp;Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells.</a> Nat Commun. 10 (1), 1930 (2019).</li><li>Xie, Y., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Droplet-based+single-cell+joint+profiling+of+histone+modifications+and+transcriptomes.">Droplet-based single-cell joint profiling of histone modifications and transcriptomes.</a> Nat Struct Mol Biol. 30 (10), 1428-1433 (2023).</li><li>Caride, A., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Titration-based+normalization+of+antibody+amount+improves+consistency+of+ChIP-seq+experiments.">Titration-based normalization of antibody amount improves consistency of ChIP-seq experiments.</a> BMC Genomics. 24 (1), 171 (2023).</li><li>Zhong, J., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhanced+and+controlled+chromatin+extraction+from+FFPE+tissues+and+the+application+to+ChIP-seq.">Enhanced and controlled chromatin extraction from FFPE tissues and the application to ChIP-seq.</a> BMC Genomics. 20 (1), 249 (2019).</li><li>Stuart, T., Srivastava, A., Madad, S., Lareau, C. A., Satija, R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+chromatin+state+analysis+with+Signac.">Single-cell chromatin state analysis with Signac.</a> Nat Methods. 18 (11), 1333-1341 (2021).</li><li>Germain, P. L., Lun, A., Garcia Meixide, C., Macnair, W., Robinson, M. D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Doublet+identification+in+single-cell+sequencing+data+using+scDblFinder.">Doublet identification in single-cell sequencing data using scDblFinder.</a> F1000Res. 10, 979 (2021).</li><li>Thibodeau, A., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=AMULET:+a+novel+read+count-based+method+for+effective+multiplet+detection+from+single+nucleus+ATAC-seq+data.">AMULET: a novel read count-based method for effective multiplet detection from single nucleus ATAC-seq data.</a> Genome Biol. 22 (1), 252 (2021).</li><li>Butler, A., Hoffman, P., Smibert, P., Papalexi, E., Satija, R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integrating+single-cell+transcriptomic+data+across+different+conditions,+technologies,+and+species.">Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species.</a> Nat Biotechnol. 36 (5), 411-420 (2018).</li><li>Yao, Z., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high-resolution+transcriptomic+and+spatial+atlas+of+cell+types+in+the+whole+mouse+brain.">A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain.</a> Nature. 624 (7991), 317-332 (2023).</li><li>Wang, Q., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Allen+Mouse+Brain+Common+Coordinate+Framework:+A+3D+Reference+Atlas.">The Allen Mouse Brain Common Coordinate Framework: A 3D Reference Atlas.</a> Cell. 181 (4), 936-953.e20 (2020).</li></ol>

<table><tbody><tr><td>0.4% Trypan Blue</td><td>Invitrogen</td><td>T10282</td><td>4% Trypan Blue çözeltisinden (Invitrogen, T10282) seyreltilmiş</td></tr><tr><td>10% Tween 20</td><td>Bio-Rad</td><td>1662404</td><td></td></tr><tr><td>10X Genomics Chromium X instrument</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>1000331</td><td>RRID:SCR_024537</td></tr><tr><td>12-well plates</td><td>Thermo Fisher</td><td>150200</td><td></td></tr><tr><td>1X CUT&amp;Tag Nuclei Buffer&nbsp;</td><td>10x Genomics</td><td>20X Nuclei buffer kullanılarak hazırlanmıştır</td><td>Toplam 110 &micro;L yapmak için 5.5 &micro;L 20X Nuclei Buffer (10X Genomics) + 8.25 &micro;L RNAse inhibitörü + 1.1 &micro;L 100 mM DTT + 95.15 &micro;L Nükleaz içermeyen su karıştırın&nbsp;</td></tr><tr><td>20X Nuclei Buffer</td><td>10x Genomics</td><td>2000207</td><td></td></tr><tr><td>4% Trypan Blue solution</td><td>Invitrogen</td><td>T10282</td><td></td></tr><tr><td>5200 Fragment Analyzer</td><td>Advanced Analytical</td><td>M5310AA</td><td></td></tr><tr><td>ABC atlas&nbsp;</td><td>açık kaynak&nbsp;</td><td>N/A</td><td>Geliştirici: Allen Institute for Brain Science (Seattle, WA) RRID:SCR_024440</td></tr><tr><td>Activator</td><td>Epigenome Technology</td><td>CF1006</td><td></td></tr><tr><td>Adaptor Ligation Mix&nbsp;</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>Ligation buffer, Enzyme, Oligos kullanılarak hazırlanmış</td><td>Toplam 50 ul Adaptor ligasyon karışımı yapmak için 20 uL Ligation buffer + 10 uL DNA ligaz + 20 uL Adaptor oligoları karıştırın&nbsp;</td></tr><tr><td>Adaptor Oligos</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000094</td><td></td></tr><tr><td>Amp Mix</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000047</td><td></td></tr><tr><td>Amulet&nbsp;</td><td>açık kaynak&nbsp;</td><td>N/A</td><td>Geliştiriciler: Ucar Lab (The Jackson Laboratory) RRID: N/A</td></tr><tr><td>Anti-H3K27ac antibody</td><td>EpiCypher</td><td>13-0059</td><td>Antikor partisi, toplu ve in-situ CUT&amp;Tag analizi için doğrulanmıştır RRID:AB_3712075</td></tr><tr><td>ATAC Buffer B&nbsp;</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-2000193</td><td></td></tr><tr><td>Buffer EB</td><td>Qiagen</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>cDNA Amplification Reaction Mix</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>Pre-Amp Mix ve Primerler 2 kullanılarak hazırlanmış</td><td>Toplam 65 uL cDNA Amplifikasyon Karışımı yapmak için 50 uL Amp Mix + 15 uL Feature cDNA Primers 2 karıştırın</td></tr><tr><td>Cell Ranger Arc v2.0.2&nbsp;</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>N/A</td><td>RRID:SCR_023897</td></tr><tr><td>CFX Opus Real-Time PCR System&nbsp;</td><td>Bio-Rad&nbsp;</td><td>12011319</td><td></td></tr><tr><td>Chromium Next GEM Chip J&nbsp;</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN 2000264</td><td></td></tr><tr><td>Chromium Next GEM Single Cell Multiome Gel Bead Kit</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-1000231</td><td></td></tr><tr><td>Chromium Next GEM Single Cell Multiome GEM Kit</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-1000232</td><td>Kit, şu öğeleri içerir: Barkodlaştırma Reaktifi Karışımı, Barkodlaştırma Enzim Karışımı, Şablon Değiştirme Oligo, İndirgeme Ajan B, Temizleme Tamponu ve Kısma Ajan</td></tr><tr><td>Chromium Recovery Agent</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>220016</td><td></td></tr><tr><td>Cleanup Buffer</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000088</td><td></td></tr><tr><td>Cryostat</td><td>Leica Biosystem</td><td>CM1860</td><td></td></tr><tr><td>DNA Ligase</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>220110</td><td></td></tr><tr><td>DNA LoBind 1.5 mL tubes</td><td>Eppendorf</td><td>22431021</td><td></td></tr><tr><td>Dual Index TT Set A&nbsp;</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-3000431</td><td></td></tr><tr><td>Dynabeads&trade; MyOne&trade; SILANE to make Dynabeads Cleanup Mix</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-2000048</td><td>Toplam 200 uL Dynabead Temizleme karışımı yapmak için 182 uL Temizleme tamponu + 13 uL Dynabeads Myone SILANE + 5 uL İndirgeme Ajan B karıştırın</td></tr><tr><td>Elution Solution I</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>Buffer EB kullanılarak hazırlanmış</td><td>Toplam 100 uL Elution Solution I yapmak için 98 uL Buffer EB + 1 uL 10% Tween 20 + 1 uL İndirgeme Ajan B karıştırın&nbsp;</td></tr><tr><td>Feature cDNA Primers 2</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000097</td><td></td></tr><tr><td>Fragmentation Buffer</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000091</td><td></td></tr><tr><td>Fragmentation Enzyme</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000090</td><td></td></tr><tr><td>Fragmentation Mix</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>Fragemntasyon Buffer ve Enzim kullanılarak hazırlanmış</td><td>Toplam 15 uL Fragmentasyon karışımı yapmak için 5 uL Fragmentasyon tamponu + 10 uL Fragmentasyon enzimi karıştırın</td></tr><tr><td>Gasket, 6-pack</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>370017</td><td></td></tr><tr><td>GEM Master Mix</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-1000232</td><td>Chromium Next GEM Single Cell Multiome GEM Kit'ten (PN-1000232). Toplam 60 &micro;L GEM Mater Mix yapmak için 49.5 &micro;L Barkodlaştırma Reaktifi Karışımı + 1.1 &micro;L Şablon Değiştirme Oligo + 1.9 &micro;L İndirgeme Ajan B + 7.5 &micro;L Barkodlaştırma Enzim Karışımı karıştırın</td></tr><tr><td>GEM-X Single-Cell 3' Feature Barcode Kit</td><td>&nbsp;10X Genomics</td><td>PN 2000047</td><td></td></tr><tr><td>High Sensitivity NGS Fragment Analysis Kit</td><td>Advanced Analytical</td><td>DNF-474</td><td></td></tr><tr><td>Incubation Buffer</td><td>Epigenome Technology</td><td>CF1001</td><td>Toplam 100 &micro;L CUT&amp;Tag inkübasyon tamponu I yapmak için 90.5 &micro;L İnkübasyon Tamponu (CF1001, Epigenome Technology) ile 1.5 &micro;L permeabilizer,

donmuş doku kesitlerinde transkriptom ve epigenomik hedeflerin mekansal çözülmüş, entegre tek hücreli multiomik profillenmesi

Spatially Resolved, Integrated Single-Cell Multiomic Profiling of the Transcriptome and Epigenomic Targets in Frozen Tissue Sections

Donmuş doku kesitlerinde transkriptom ve epigenomik hedeflerin mekansal çözülmüş, entegre tek hücreli multiomik profillenmesi

Spatial multiomic technologies combined with single-cell profiling offer unprecedented opportunities to elucidate the molecular and cellular architecture ...

spatially-resolved-integrated-single-cell-multiomic-profiling

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetik

Ardışık kriyo-bölümleri tek bir fare iskelet kası, bitişik bölgeleri kullanılarak gen ekspresyonu ölçümleri için histolojik uygulamalar ve RNA zenginleştirme sağlamak için toplanır. doğrudan uygulamalar arasında karşılaştırılmıştır toplanmış cryosections ve ölçümlerin 30 mg - Yüksek kaliteli RNA 20 elde edilir.

Gen İfade ve histolojik Analizler Tek Fare İskelet Kası bitişik Bölgeler Cryosectioning

Biz dondurulmuş dokularda multispektral görüntüleme gerçekleştirmek için hızlı bir boyama yöntemi açıklar.

Dondurulmuş Doku Kesitlerinin Multispektral Floresan Görüntülemesi için Hızlı Bir Yöntem

Tümör içi heterojenlik gliomalar da dahil olmak üzere tümörlerin doğal bir özelliğidir. Tek çekirdek RNA ve ATAC dizileme çalışmaları için tek çekirdekleri taze donmuş glioma dokularından izole etmek için tamponlar ve gradyan santrifüjleme kombinasyonunu kullanan basit ve verimli bir protokol geliştirdik.

Tek Çekirdekli RNA-seq ve ATAC-seq için Taze Donmuş Beyin Tümörlerinden Çekirdek İzolasyonu

Burada, tümör mikro ortamını daha iyi karakterize etmek ve spesifik hücre popülasyonlarını tanımlamak için Spatial Omics teknolojileri için ilgi çekici bölgelere (ROI'ler) ince ayar yapmak için bir protokol açıklıyoruz. Proteomik testler için, otomatik özelleştirilmiş protokoller ROI seçimine rehberlik edebilirken, transkriptomik tahliller 50 μm kadar küçük ROI'ler kullanılarak ince ayarlanabilir.

Dokuda Protein ve RNA Ekspresyonunun Uzamsal Profillemesi: Sanal Mikrodiseksiyona İnce Ayar Yapmaya Bir Yaklaşım

Burada, tek çekirdekli RNA-seq, ATAC-seq ve eklem multiomikleri (RNA-seq ve ATAC-seq) için flaş dondurulmuş, arşivlenmiş karaciğer dokularından çekirdekleri izole etmek için bir protokol sunuyoruz.

Tek Hücreli Multiomikler için Flaş Dondurulmuş Karaciğer Dokusundan Çekirdeklerin İzolasyonu

Çalışma, aşağı akış tek çekirdekli RNA dizilimi için donmuş memeli dokularından yüksek kaliteli çekirdekleri izole etmek için basit, hızlı ve kısmen otomatikleştirilmiş bir protokolü açıklamaktadır.

Tek Çekirdek Dizilimi için Donmuş Memeli Dokularından Tek Çekirdeklerin İzolasyonu için Basit, Hızlı ve Kısmen Otomatik Bir Protokol

Protokol, doku ayrışma koşulları, tek hücreli süspansiyonların dondurularak saklanması ve izole çekirdeklerin değerlendirilmesi dahil olmak üzere 10x Genomik platformunu kullanarak çoklu dizileme için katı tümör örneklerinden çekirdeklerin izolasyonuna güvenilir ve optimize edilmiş bir yaklaşım sağlar.

Çoklu Dizileme için Taze ve Dondurulmuş Katı Tümör Örneklerinden Optimize Edilmiş Çekirdek İzolasyonu

Retina, laminer yapısı boyunca karmaşık uzamsal organizasyon sergiler. Modern mekansal transkriptomik ve dizileme teknikleri, 20 μm kalınlığında doku kesitleri &lt; gerektirir ve bu da retinal araştırma uygulanabilirliklerini sınırlar. Bu taze dondurulmuş kriyoseksiyon yöntemi, düzlemsel uzamsal ilişkileri korurken fare retinasının ince yüz kesitlerini üretir ve laminalar arasında kapsamlı moleküler haritalama sağlar.

En yüz Yüksek Boyutlu Mekansal Moleküler Analiz için Fare Retinasının Kriyoseksiyonu

Bu makale, doku mimarisini korurken çeşitli transkriptomların yüksek çözünürlüklü haritalanmasını sağlayan Stereo-seq kullanarak formalinle sabitlenmiş parafine gömülü doku bölümlerinden konakçı, viral, fungal ve mikrobiyom RNA'sının kapsamlı uzamsal transkriptomik profilini çıkarmak için bir protokol sunmaktadır.

Stereo-seq ile Türden Bağımsız Transkriptomların Kapsamlı Uzamsal Profili

Tek hücre sıralama yüksek çözünürlükte genomik değişikliklerin ele almak için giderek daha popüler ve erişilebilir bir araçtır. Biz tek hücrelerde kopya sayısı değişiklikleri tanımlamak için tek bir hücre sıralama kullanan bir protokol sağlar.

Tek Hücre sıralama kullanarak Kopya sayısı Değişmeler Algılama

Keşfedin donmuş doku kesitlerinde mekansal çözümlü tek hücreli multiomik profilleme yöntemi. H3K27ac epigenomik ve transkriptomik verileri entegre ederek hücre tipi tanımlama ve doku mimarisini detaylı analiz edin.

Donmuş doku kesitlerinde transkriptom ve epigenomik hedeflerin mekansal çözülmüş, entegre tek hücreli multiomik profillenmesi

Daha fazla video keşfet