Denna artikel presenterar en detaljerad protokoll för T4 ligering och denatureringen sida rening av små cirkulära DNA-molekyler, glödgning och infödda sida analys av cirkulära plattor, montering och AFM avbildning av 1D och 2D DNA nanostrukturer samt agaros gel elektrofores och centrifugering rening av ändliga DNA nanostrukturer.