Vi beskriver protokoll för att förbereda oocyster och rena sporozoiter för att studera infektion av mänskliga tarm och luftvägarna organoider av Cryptosporidium parvum. Vi visar procedurerna för mikroinjektion av parasiter i tarmorganoid lumen och immunofärgning av organoider. Slutligen beskriver vi isoleringen av genererade oocyster från organoider.