Detta protokoll beskriver ljusark fluorescerande mikroskopi och automatiserade mjukvaruassisterade metoder för att visualisera och exakt kvantifiera prolifererande och vilande Trypanosoma cruzi-parasiter och T-celler i intakta, rensade organ och vävnader. Dessa tekniker ger ett tillförlitligt sätt att utvärdera behandlingsresultat och erbjuda nya insikter i parasit-värdinteraktioner.