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- Aislamiento del ARN de síntesis embrionarias pez cebra y el cDNA de análisis de expresión génica
- Gene mundial y Análisis de Expresión utilizando una plataforma de microarrays de oligonucleótidos de pez cebra
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Articles by Samuel M. Peterson in JoVE
JoVE General
Aislamiento del ARN de síntesis embrionarias pez cebra y el cDNA de análisis de expresión génica
School of Health Sciences, Purdue University
El aislamiento de alta calidad, intacta ARN es un paso esencial en los protocolos de laboratorio de muchos. Este sentido, demuestran la extracción de RNA a partir de embriones de pez cebra conjunto y la síntesis de ADNc para su posterior aplicación en diversos procedimientos experimentales, incluyendo el análisis de microarrays de expresión génica.
JoVE General
Gene mundial y Análisis de Expresión utilizando una plataforma de microarrays de oligonucleótidos de pez cebra
School of Health Sciences, Purdue University
Microarrays de genes son herramientas poderosas en el perfil de expresión génica a nivel de todo el genoma. Esta tecnología tiene aplicación en una variedad de disciplinas biológicas como la biología del desarrollo y la toxicología. En este video, se detalla un protocolo para el análisis global de la expresión génica utilizando microarrays de oligonucleótidos de una plataforma completa para el pez cebra.
Other articles by Samuel M. Peterson on PubMed
Citogenética Del Cáncer En El Pez Cebra
El sistema de pez cebra se ha establecido como un modelo útil para el estudio de la carcinogénesis. La caracterización citogenética del genoma es vital para avanzar en nuestra comprensión de la progresión de la enfermedad. El establecimiento de una descripción básica del cariotipo cromosómico pez cebra y marcadores para cada cromosoma específico permite la caracterización citogenética primero del genoma de referencia y el genoma de modelos de cáncer. A medida que el campo de la citogenética del cáncer es altamente dependiente de la tecnología, cada avance en la técnica y la metodología se ha traducido en una ola correspondiente de los descubrimientos. Hemos sido testigos de una gran mejora en la resolución de los ensayos que permitan una caracterización más detallada de las anomalías citogenéticas, como la identificación eficiente y preciso de las alteraciones de número de copias de ADN de regiones cromosómicas específicas. Aquí, vamos a discutir los avances más importantes en el campo de la citogenética, junto con ejemplos de cómo estas tecnologías se han utilizado en estudios para caracterizar los modelos de la enfermedad del cáncer de pez cebra. Por último, vamos a discutir el estado actual del campo y de cómo la tecnología de microarrays se están aplicando para escanear el genoma completo en alta resolución de las alteraciones de número de copias de ADN se observan en diversos tipos de cáncer a lo largo de la progresión de la enfermedad.
Análisis Global De La Expresión Génica Revela El Grado De Desarrollo Dinámico Y Dependiente De Enriquecimiento De Plomo Inducidos Por Alteraciones Genéticas Neurológicas
Los mecanismos genéticos subyacentes específicas de sutiles alteraciones neurológicas asociadas con el medio ambiente el plomo (Pb) a las exposiciones no han sido claramente dilucidado.
Disminución De La Densidad Axonal Y Perfiles De Expresión Alterada De Los Genes Subyacentes a La Guía Axonal Plomo (Pb) Toxicidad Del Desarrollo Neurológico En Las Primeras Etapas Embrionarias En El Pez Cebra
Estudios previos han reportado que el plomo del medio ambiente (Pb), la exposición puede resultar en alteraciones neurológicas en los niños que llevan a coeficientes intelectuales reducidos, déficit de atención con hiperactividad, y disminución de la lectura y la capacidad de aprendizaje. Sin embargo, las alteraciones específicas en la morfología del neurodesarrollo y los mecanismos subyacentes genéticas de estas alteraciones no han sido todavía completamente definido. Para investigar las alteraciones en la morfología neurológico y poner a prueba la hipótesis de que la neurotoxicidad del desarrollo Pb está parcialmente mediada por alteraciones en el crecimiento neuronal y la función de transporte de los axones, los cambios de los tractos de axones específicos en el cerebro embrionario del pez cebra se observaron con anticuerpos anti-α-tubulina acetilada en la tinción varios puntos de tiempo de desarrollo a través de 36 horas después de la fecundación (HPF). Además, el papel de un subconjunto de los genes relacionados con axonogenesis incluyendo shha, epha4b, netrin1b, netrin2 y noiwas investigados en tiempo real PCR cuantitativa (qPCR). Pb tratamiento resultó en disminución de la densidad axonal a los 18, 20, y 24hpf de extensiones específicas de los axones en el cerebro medio y el prosencéfalo. Estas observaciones corresponden a una observa la baja regulación de shha y epha4b a los 14 y 16hpf, respectivamente. La densidad axonal en individuos expuestos Pb en etapas posteriores (30 y 36hpf) no fue significativamente diferente de los controles. La sobreexpresión de la netrin2 en estas dos etapas de desarrollo sugiere un nuevo papel de este gen en la regulación de la densidad axonal específica a la neurotoxicidad de Pb. Aunque no hubo diferencias significativas en la densidad axonal se observó en las dos últimas etapas de desarrollo, se necesitan más estudios para determinar si las alteraciones morfológicas observadas en las primeras etapas se han durando los efectos funcionales.
Amplia Diversidad Genética Entre Las Cepas Y Subestructuración Pez Cebra Revelado a Través De Análisis De Variantes Copia Número
Variantes de número de copias (CNV) representan una importante fuente de variación genómica en los vertebrados y se han asociado con numerosas enfermedades humanas. A pesar de ello, la extensión de la CNV en el pez cebra, un modelo importante para la enfermedad humana, sigue siendo desconocido. Uso de 80 genomas de pez cebra, que representan tres cepas utilizadas habitualmente en laboratorio y una población nativa, se construyó un genoma completo, de alta resolución de la CNV mapa para el pez cebra que comprende 6,080 elementos de la CNV y que abarca el 14,6% del genoma de referencia de pez cebra. Esta cantidad de variación del número de copias es cuatro veces mayor que la previamente observadas en otros vertebrados, incluyendo seres humanos. Por otra parte, el 69% de los elementos de la CNV mostraron especificidad cepa, con el mayor número observado en Tubinga. Esta variación probablemente surgió, en parte, de tamaño grande fundación de Tubinga y el origen de la población compuesto. Otros estudios de genética de poblaciones también proporcionó información importante sobre los orígenes y la subestructura de estas cepas de laboratorio de uso común. Esta amplia variación entre y dentro de las cepas de pez cebra puede tener efectos funcionales que afectan el fenotipo y, si no se aborda, a niveles tan amplios de variación de la línea germinal y la subestructura de la población en este organismo modelo utilizado potencialmente pueden confundir los estudios destinados a la traducción a las enfermedades humanas.
