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Articles by Yasuhiro Date in JoVE

 JoVE General

Konzentration der Metabolite von Low-Density-Planktonic Gemeinschaften für Umweltforschung Metabolomics mit Kernresonanzspektroskopie


JoVE 3163 4/07/2012

1Biosphere Oriented Biology Research Unit, RIKEN Advanced Science Institute, 2Graduate School of Nanobioscience, Yokohama City University, 3Advanced NMR Metabomics Research Team, RIKEN Plant Science Center, 4Graduate School of Bioagricultural Science, Nagoya University

Ein Verfahren zur Extraktion aus mikrobiellen Metaboliten planktonischen Gemeinden vorgestellt. Ganze Gemeinde Probenahme durch Filtration auf speziell präparierten Filter erreicht. Nach der Gefriertrocknung sind wasserlösliche Metaboliten extrahiert. Dieser Ansatz ermöglicht eine Anwendung des Umweltrechts Metabolomik zu trans-omik Untersuchungen von natürlichen oder experimentellen mikrobiellen Gemeinschaften.

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Das Wachstum Charakteristisch Für Anaerobe Ammonium-oxidierende Bakterien in Einem Anaeroben Biologischen Filtrierten Reaktor

Ammonium Entfernung Leistung Anaerobe Ammonium-oxidierende Bakterien in Polyethylenglykol Gelträger Immobilisiert: Anammox-Bakterien in Gelträger Immobilisiert

Anaerobe Ammonium-oxidierende (Anammox) Bakterien wurden in Polyethylenglykol Gel Anlageträgern immobilisiert. Eine kleine Menge von Samen Schlamm [0,24 % (w/V)] war gefangen in den Trägern und kontinuierliche Fütterung Tests wurden durchgeführt. Stickstoff-Abbau-Aktivität erhöht allmählich, 3,7 kg N/m(3) Reaktor pro Tag an Tag 67 zu erreichen. Der Durchschnitt der Stickstoff-Conversion-Rate wurde als 3,4 kg N/m(3) Reaktor pro Tag berechnet. Mikroskopische Untersuchung zeigte deutlich, dass der Gelträger kleine rote Cluster gebildet. Fluoreszenz in Situ Hybridisierung Analyse ergab darüber hinaus, dass diese Cluster aus Anammox-Bakterien bestanden. Von Real-Time Polymerase-Kettenreaktion-Analyse war das Wachstum der Anammox-Bakterien in die Gel-Träger durch erhöhte Konzentration von 16S rRNS Gens des Planctomycet von 4,3 X 10 bis 4,2 X Neubewerber Kopien/ml zwischen 41 und 55 Tagen deutlich. Um die Auswirkungen der Impfung auf die Inbetriebnahme des Reaktors zu bestimmen, wurde die Menge an Saatgut Schlamm in der Gelträger vielfältig und ergab, dass der Anlaufphase auf weniger als 25 Tage reduziert werden konnte, wenn eine Schlamm-Konzentration von 1,4 % (w/V) benutzt wurde. Dies ist der erste Bericht des erfolgreichen Immobilisierung und Anbau von Anammox-Bakterien in einem Gelträger.

Psg18 Wird Speziell Im Follikel-assoziierte Epithel Ausgedrückt

Schwangerschaft-spezifische Glykoproteine (Psgs) abgesondert von der Plazenta regulieren das Immunsystem um das Überleben der fetale Allograft sichern durch IL-10, eine entzündungshemmende Zytokine induzieren. Allerdings ist es unbekannt, ob allgemeine Aspekte der Immunantwort als mütterlichen Immunität Psgs beteiligt sind. Hier berichten wir, dass Psg18 hoch in die Follikel-assoziierte Epithel (FAE) überlagern Peyer Flecken (KKS) ausgedrückt wird. Bioinformatik-Analyse mit Referenz-Datenbank für Immunzellen (RefDIC) sowie die RT-PCR-Daten zeigten, dass Psg18 ausschließlich in FAE bei Erwachsenen Mäusen, im Gegensatz zu anderen Familienmitgliedern Psg ausgedrückt wird, die nicht ausgedrückt oder nur leicht ausgedrückt in FAE. Psg18 Ausdruck wurde im FAE Keim frei-konditionierten Mäuse beobachtet und war etwas herraufreguliert nach der bakteriellen Inokulation. In situ Hybridisierung Analyse ergab, dass Psg18 in der gesamten FAE Allgemein ausgedrückt wird. Darüber hinaus ist Psg18 Protein auf der extrazellulären Matrix im muzinöse Dome unter FAE, abgeschieden dem Antigen-präsentierenden Zellen sammeln. Diese Ergebnisse legen nahe, dass Psg18 ein FAE-spezifische Marker Protein ist das Zusammenspiel von FAE und Immunzellen im Mukosa-assoziierten lymphatischen Gewebe fördern könnte.

Stickstoff-Entfernung-Leistung Mit Anaerobe Ammonium-Oxidation Bei Niedrigen Temperaturen

Ein anaerobe Ammonium-Oxidation (Anammox)-Prozess zur Ammoniak-Reich Abwasserreinigung wurde nicht berichtet bei Temperaturen unter 15 ° C. Diese Studie verwendet ein Gelträger mit eingeschlossenen Anammox-Bakterien, um eine stabile Stickstoff-Entfernung-Leistung bei niedrigen Temperaturen zu erhalten. In einem kontinuierlichen Fütterung Test, eine hohe Stickstoff-Conversion-Rate (6,2 kg N m(-3) day(-1)) bestätigt wurde bei 32 Grad C.-Nitrogen Entfernung Aktivität allmählich sank mit abnehmender Betriebs-Temperatur; Allerdings fiel noch bei 6 Grad C.-Nitrogen-Conversion-Raten bei 22 und 6,3 Grad C waren 2.8 und 0,36 kg N m(-3) day(-1), beziehungsweise. Darüber hinaus wurde die Stabilität der Anammox-Aktivität unter 20 Grad C für mehr als 130 Tage bestätigt. In Batch-versuchen zeichneten sich die Anammox Gel Fluggesellschaften in Bezug auf Temperatur. Die optimale Temperatur für Anammox-Bakterien wurde festgestellt, dass 37 Grad C. Darüber hinaus war es klar, dass die Temperaturabhängigkeit bei ca. 28 Grad C geändert. Die scheinbare Aktivierungsenergie im Temperaturbereich von 22 bis 28 Grad C wurde als 93 kJ mol(-1) berechnet, und zwar im Bereich von 28 bis 37 Grad C 33 kJ mol(-1). Dieser Wert stimmt mit dem Ergebnis eines kontinuierlichen Fütterung Tests (94 kJ mol(-1), zwischen 6 und 22 Grad C). Die Stickstoff-Entfernung-Leistung zeigte bei den niedrigen Temperaturen, die in dieser Studie verwendeten öffnet die Tür für die Anwendung der Anammox-Prozesse auf viele Arten von industriellen Abwasserbehandlung.

Mikrobielle Vielfalt Der Anammox-Bakterien, Die Aus Verschiedenen Arten Von Saatgut Schlamm in Eine Anaerobe Kontinuierliche Beschickung Anbau-Reaktor Bereichert

Bereicherung der Anammox-Bakterien aus drei Arten von Saatgut Schlamm, Abwasser, Digester und Nitrifikation Schlämme, wurde mit einen Vliesstoff-Träger für lähmende die Anammox-Bakterien durchgeführt, und die mikrobielle Vielfalt der angereicherten Anammox-Kultur wurde untersucht. Etwa vier Monate wurden später, gleichzeitigen Abbau von Ammonium und Nitrit und Produktion aus einer kleinen Menge Nitrat, die für die Anammox-Reaktion eindeutig ist, in allen 3 Reaktoren der Klärschlamm beobachtet. 16S rRNA-gen-Analyse ergab, dass Anammox Bakterien wurden kultiviert und in den jeweiligen Schlamm diversifiziert. Darüber hinaus lag die mikrobielle Vielfalt der Anammox-Bakterien in der angereicherten Kultur von Klärschlamm im Vergleich zu den anderen zwei Arten von Saatgut Schlamm. Bazillus SP. koexistiert in der Anammox-Kultur aus Klärschlamm kultiviert. Diese Ergebnisse legen nahe, dass Unterschiede in der Anammox-Gemeinschaft in der angereicherten Kultur durch Unterschiede in der Art von Saatgut Schlamm verursacht wurden.

Überwachung Neuansatz Für Metabolische Dynamics in Mikrobiellen Ökosysteme Mit Stall-Isotop-beschriften-Technologien

Wir haben einen neuen Ansatz für die Überwachung der metabolischen Dynamik in mikrobiellen Ökosysteme mit einer Kombination von DNA-fingerprinting und Metabolom-Analyse basierend auf testing-Isotop-beschriften-Technologien entwickelt. Testing-Isotop Sondierung der DNA (DNA-SIP) wurde zuvor für die Bewertung der Kreuz-Fütterung in mikrobielle Gemeinschaften eingesetzt. Für die Entwicklung und Validierung unserer Überwachung Ansatzes fäkale Microbiota wurden analysiert mit Stall-Isotop-beschrifteten Glucose als einziger Kohlenstoffquelle verwendet. Um die metabolische Informationen und die mikrobielle Variabilität zu verbinden, führten wir metabolische mikrobielle Korrelationsanalyse basierend auf Kernspinresonanz (NMR) Profile und Denaturierung gradient Gel-Elektrophorese (DGGE)-Fingerabdrücke, die erfolgreich die Verwendung von Glukose-Bakterien und deren verwandten extrazellulären Metaboliten identifiziert. Darüber hinaus unser Ansatz offenbart Informationen bezüglich der CO2-Flux, denn von die "erste" Welle der extrazellulären Metaboliten ausgeschieden die Verwendung von Glukose-Bakterien wurden in der "sekundäre" Fraktion der Substrat-Nutzung Bakterien aufgenommen, und, dass diese "sekundären" Gruppe weiter ihre eigenen Sekundär produziert metabolisiert Substrate. Daher dieser Ansatz ist ein leistungsfähiges Werkzeug für die Überwachung der metabolischen Dynamik in mikrobiellen Ökosysteme und die Verfolgung von der Kohlenstoff-Flux innerhalb einer mikrobiellen Gemeinschaft ermöglicht.

Die Epithelien-spezifischen Membran Menschenhandel Faktor AP-1B Steuerelemente Gut Immun Homöostase Bei Mäusen

Epithelzellen, die die intestinale Schleimhaut-Oberfläche zu bedecken pflegen immun Homöostase und Toleranz im Magen-Darm-Trakt. Jedoch ist wenig über die molekularen Mechanismen bekannt, die epitheliale Immunfunktionen zu regulieren. Epithelzellen unterscheiden sich, insofern sie stark polarisiert sind; Diese Polarität wird, zumindest teilweise, durch das Epithel-spezifische polarisierten sortieren Faktor Adapterprotein (AP) hergestellt-1B. Wir untersuchten die Rolle des AP-1B-vermittelter Protein Sortierung in der Pflege der Magen-Darm-immun-Homöostase.

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