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Articles by Yuuri Tsuboi in JoVE
JoVE General
Konzentration der Metabolite von Low-Density-Planktonic Gemeinschaften für Umweltforschung Metabolomics mit Kernresonanzspektroskopie
1Biosphere Oriented Biology Research Unit, RIKEN Advanced Science Institute, 2Graduate School of Nanobioscience, Yokohama City University, 3Advanced NMR Metabomics Research Team, RIKEN Plant Science Center, 4Graduate School of Bioagricultural Science, Nagoya University
Ein Verfahren zur Extraktion aus mikrobiellen Metaboliten planktonischen Gemeinden vorgestellt. Ganze Gemeinde Probenahme durch Filtration auf speziell präparierten Filter erreicht. Nach der Gefriertrocknung sind wasserlösliche Metaboliten extrahiert. Dieser Ansatz ermöglicht eine Anwendung des Umweltrechts Metabolomik zu trans-omik Untersuchungen von natürlichen oder experimentellen mikrobiellen Gemeinschaften.
Other articles by Yuuri Tsuboi on PubMed
Die Ektopische Expression Von Phenylalanin-Ammoniak-Lyase Mit Ektopischen Akkumulation Von Polysaccharid-Hydroxycinnamoylgruppe Verbunden Ester in Internodium Parenchym Reis Mutante Fukei 71
3-Desoxy-D-Arabino-Heptulosonate-7-Phosphat-Synthase Ist Für Die Anhäufung Von Polysaccharid-chromosomale Hydroxycinnamoyl Ester in Reis (Oryza Sativa L.) Internodium Zellwände Geregelt
Polysaccharid-chromosomale Hydroxycinnamoyl Ester (PWT) over-accumulate in den Internodien der Reis (Oryza Sativa L.) Mutanten, Fukei 71 (F71). Begleitet wird diese Anhäufung von Überexpression von Phenylalanin-Ammonialyase (PAL). In dieser Studie zeigen wir, dass nur ein Mitglied der 3-Desoxy-D-Arabino-Heptulosonate-7-Phosphat-Synthase (DAHPS) Familie drückt in enger Korrelation mit PAL. Darüber hinaus ist Substrat Verfügbarkeit auf DAHPS durch die Down-Regulierung des Ausdrucks der plastidic Pyruvatkinase (PKp), ein Konkurrent der DAHPS gefördert. Da die Überproduktion von PWT von D50 gen Störung verursacht, empfehlen diese Ergebnisse bestimmter Enzyme in der Phenylpropanoide und Shikimate Bahnen coordinately oben-geregelt sind. Die Ergebnisse zeigen außerdem, dass Kohlenstoff-Flow in der Shikimate Weg zur Synthese von PWT geändert wird, und wird wahrscheinlich von D50 gesteuert.
Oben Phenomics Von Arabidopsis Thaliana: Metabolic Profiling Von Ein- Und Zweidimensionale Kernspinresonanz-Spektroskopie Und Transkriptom-Analyse Der Albino-Mutanten
Elucidating die Funktion von jedem Gen eines Genoms ist wichtig für das Verständnis des gesamten Organismus. Zuvor konstruierten wir 4000 Disruptant-Mutanten von Arabidopsis durch Einfügung von Ds Transposonen. Hier beschreiben wir einen Top-Down Phenomics Ansatz basierend auf metabolic profiling, verwendet eindimensionale 1 H und zweidimensionalen 1 H, 13 C-NMR-Analysen und Transkriptom-Analyse der mutant Albino-Linien der Arabidopsis. Eindimensionale 1H NMR metabolischer Fingerabdruck offenbart globale metabolische Veränderungen in die Albino-Mutanten, insbesondere eine Abnahme der aromatischen Metaboliten und Änderungen in aliphatische Metaboliten. NMR-Messungen von Pflanzen mit 13C 6-Glukose gefüttert haben gezeigt, dass die Albino-Linien drastisch unterschiedliche 13C-beschriften Muster hatte und verschiedene Aminosäuren, vor allem höhere Asn und Gln. Microarray Analyse eines der Albino-Linien ergab ein eindeutiger Ausdruck-Profil und zeigte, dass Änderungen in der Expression von Genen Codierung metabolische Enzyme nicht mit Änderungen bei der Höhe der Metaboliten entsprach. Diese Ergebnisse zufolge gemeinsam Albino Mutanten das normalen Kohlenstoff/Stickstoff-Gleichgewicht, vermutlich hauptsächlich durch Photosynthese verlieren. Unsere Studie bietet eine Vorstellung davon, wie viel das Stoffwechselprodukt-Netzwerk wird beeinflusst von Chloroplast Funktion in Pflanzen und zeigt die Effektivität des NMR-basierte metabolische Analyse für die Profilerstellung Metabolit. Auf der Grundlage dieser Ergebnisse schlagen wir vor, dass künftige Untersuchungen für Pflanzenbiologie Systeme Transcriptomic, metabolische und phenomic Analysen von Gen Disruptant Linien verbinden.
Statistischen Indizes Für Gleichzeitige Groß Angelegte Metabolit Erkennungen Für Ein Einzelnes NMR-Spektrum
NMR-basierte Metabolomik ist eine praktische und analytische Methodik zur Entdeckung neuartiger Gene, Biomarker, metabolische Phänotypen und dynamische Zelle Verhalten in Organismen geworden. Jüngste Entwicklungen im NMR-basierte Metabolomics, haben jedoch nicht auf Verbesserungen der Vollständigkeit in Bezug auf die gleichzeitige groß angelegte Metabolit Erkennungen konzentriert. Um dieses Problem zu beheben, haben wir entwickelt und implementiert einen statistischen Index, der SpinAssign p-Wert, in NMR-basierte Metabolomics für groß angelegte Metabolit Anmerkung und veröffentlicht diese Informationen. Es ermöglicht die gleichzeitige Annotation von mehr als 200 Kandidaten-Metaboliten aus dem einzigen (13) C-HSQC (heteronukleare einzelnen Quanten-Kohärenz) NMR-Spektrum einer einzigen Stichprobe von Zelle-Extrakt.
