Флуоресцентные анализы являются наиболее распространенными показаниями, используемыми в капельной микрофлюидике из-за их ярких сигналов и быстрой временной реакции. Такие приложения, как мультиплексные анализы, эволюция ферментов и сортировка клеток с помощью молекулярной биологии, требуют обнаружения двух или более цветов флуоресценции. Стандартные многоцветные системы детектирования, которые связывают лазеры в свободном пространстве с эпифлуоресцентными микроскопами, громоздки, дороги и сложны в обслуживании. В данной работе мы описываем схему многоцветного детектирования путем возбуждения дискретных областей микрофлюидного канала с помощью лазеров, сопряженных с оптическими волокнами. Излучаемый свет собирается оптическим волокном, соединенным с одним фотодетектором. Поскольку возбуждение происходит в разных пространственных местах, идентичность излучаемого света может быть закодирована как временной сдвиг, что устраняет необходимость в более сложных схемах фильтрации света. Система использовалась для обнаружения популяций капель, содержащих четыре уникальные комбинации красителей, и для обнаружения субнаномолярных концентраций флуоресцеина.