Method Article

كيميائيا سدت [ميكروأري] لتحديد ملامح عالية الإنتاجية من تعدد في الإرسال ارتباط بالغليكوزيل بروتين معين في عينات مجمع

DOI:

10.3791/3791

⸱

May 4th, 2012

 ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Institute for Hepatitis and Virus Research, 2Department of Microbiology and Immunology, Thomas Jefferson University, 3Drexel University College of Medicine, 4Van Andel Research Institute

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

في هذه الدراسة، فإننا وصف بروتوكول محسن لميكروأري المضاعفة الأجسام المضادة عالية الإنتاجية مع طريقة كشف كتين التي يمكن استخدامها في التنميط ارتباط بالغليكوزيل من بروتينات محددة. يتميز هذا البروتوكول الكواشف موثوق جديدة ويخفف كثيرا من الوقت والتكلفة، ومتطلبات معدات مختبر بالمقارنة مع الإجراء السابق.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
< p class = "jove_content"> في هذه الدراسة ، نصف بروتوكولا فعالا للاستخدام في مصفوفة دقيقة متعددة الإرسال عالية الإنتاجية للأجسام المضادة مع اكتشاف بروتين ربط الجليكان الذي يسمح بتنميط الارتباط بالجليكوزيل لبروتينات معينة. يعد الارتباط بالارتباط في البروتينات هو التعديل الأكثر انتشارا بعد الترجمة الموجود على البروتينات ، ويؤدي إلى تعديلات متنوعة على الخصائص الفيزيائية والكيميائية والبيولوجية للبروتينات. نظرا لأن آلية الارتباط بالجليكوزيل معرضة بشكل خاص لتطور المرض والتحول الخبيث ، فقد تم التعرف على الارتباط بالجليكوزيل الشاذ كمؤشرات حيوية للكشف المبكر عن السرطان والأمراض الأخرى. ومع ذلك ، فإن الطرق الحالية لدراسة الارتباط بالجليكوزيل للبروتين عادة ما تكون معقدة للغاية أو مكلفة للاستخدام في معظم الإعدادات المختبرية أو السريرية العادية ، وهناك حاجة إلى طريقة أكثر عملية لدراسة ارتباط البروتين بالجليكوزيل. يستخدم البروتوكول الجديد الموصوف في هذه الدراسة مصفوفة دقيقة للأجسام المضادة المحظورة كيميائيا مع الكشف عن البروتين المرتبط بالجليكان (GBP) ويقلل بشكل كبير من الوقت والتكلفة ومتطلبات معدات المختبر اللازمة لدراسة الارتباط بالجليكوزيل للبروتين. في هذه الطريقة ، تتم طباعة العديد من الأجسام المضادة الخاصة بالبروتين السكري المجمدة مباشرة على شرائح المصفوفات الدقيقة ويتم حظر N-glycans على الأجسام المضادة. الأجسام المضادة الخاصة بالبروتين السكري المسدودة والجامدة قادرة على التقاط وعزل البروتينات السكرية من عينة معقدة يتم تطبيقها مباشرة على شرائح المصفوفات الدقيقة. يمكن بعد ذلك إجراء الكشف عن الجليكان عن طريق تطبيق الليكتين الحيوي والجنيه الإسترليني الآخر على شريحة المصفوفة الدقيقة ، بينما يمكن تحديد مستويات الربط باستخدام Dylight 549-Streptavidin. من خلال استخدام لوحة الأجسام المضادة والتحقيق مع العديد من الليكتينات الحيوية ، تسمح هذه الطريقة بتطوير ملف تعريف فعال للارتباط بالجليكوزيل للبروتينات المختلفة الموجودة في عينة بشرية أو حيوانية معينة.

مقدمة

الارتباط بالجليكوزيل للبروتين ، وهو التعديل الأكثر انتشارا بعد الترجمة على البروتينات ، يعدل الخصائص الفيزيائية والكيميائية والبيولوجية للبروتين ، ويلعب دورا أساسيا في العمليات البيولوجيةالمختلفة 1-6. نظرا لأن آلية الارتباط بالجليكوزيل معرضة بشكل خاص لتطور المرض والتحول الخبيث ، فقد تم التعرف على الارتباط بالجليكوزيل الشاذ كمؤشرات حيوية للكشف المبكر عن السرطان والأمراض الأخرى 7-12. في الواقع ، فإن معظم المؤشرات الحيوية الحالية للسرطان ، مثل الجزء L3 من البروتين الجنيني α-1 (AFP) لسرطان الخلايا الكبدية 13-15 ، و CA199 لسرطان البنكرياس 16 ، 17 كلها شقوق جليكان شاذة على البروتينات السكرية. ومع ذلك ، فإن طرق دراسة الارتباط بالجليكوزيل في البروتين كانت معقدة ، وليست مناسبة للإعدادات المختبرية والسريرية الروتينية. اخترع Chen et al. مؤخرا مصفوفة دقيقة للأجسام المضادة المحظورة كيميائيا مع طريقة الكشف عن البروتين المرتبط بالجليكان (GBP) للارتباط بالجليكوزيل الجانبي عالي الإنتاجية ومتعدد الإرسال للبروتينات السكرية الأصلية في عينة معقدة 18. في طريقة المصفوفة الدقيقة القائمة على التقارب هذه ، تلتقط الأجسام المضادة المتعددة الخاصة بالبروتين السكري وتعزلها من الخليط المركب مباشرة على شريحة المصفوفة الدقيقة ، ويتم قياس الجليكان الموجود على كل بروتين فردي تم التقاطه بواسطة GBPs. نظرا لأن جميع الأجسام المضادة الطبيعية تحتوي على N-glycans التي يمكن التعرف عليها من قبل معظم GBPs ، فإن الخطوة الحاسمة لهذه الطريقة هي منع الجليكان الموجود على الأجسام المضادة كيميائيا من الارتباط بالجنيه الإسترليني. في الإجراء ، تم أكسدة مجموعات cis-diol من الجليكان على الأجسام المضادة أولا إلى مجموعات الألدهيد باستخدام NaIO4 في المخزن المؤقت لأسيتات الصوديوم لتجنب الضوء. ثم تم اقتران مجموعات الألدهيد بمجموعة الهيدرازيد من الرابط المتقاطع ، 4-(4-N-MaleimidoPhenyl) حمض الزبد هيدرازيد هيدروكلوريد (MPBH) ، متبوعا باقتران ثنائي الببتيد ، Cys-Gly ، إلى مجموعة maleimide من MPBH. وهكذا ، تم تحويل مجموعات cis-diol على جليكانات الأجسام المضادة إلى مجموعات ضخمة لا هيدروكسيل ، مما أعاق الليكتين وروابط GBPs الأخرى بالأجسام المضادة الملتقطة. إجراء الحظر هذا يجعل GBPs والليكتين مرتبطين فقط بجليكانات البروتينات الملتقطة. بعد هذا الانسداد الكيميائي ، تم تحضين عينات المصل باستخدام المصفوفة الدقيقة للأجسام المضادة ، متبوعا باكتشاف الجليكان باستخدام ليكتين بيوتينيل مختلف و GBPs ، وتم تصورها باستخدام Cy3-streptavidin. يوفر الاستخدام الموازي للوحة الأجسام المضادة وفحص الليكتين المتعدد ملامح جلايكوزيل منفصلة لبروتينات متعددة في عينة معينة 18-20. تم استخدام هذه الطريقة بنجاح في العديد من المختبرات المختلفة 1 ، 7 ، 13 ، 19-31. ومع ذلك ، فإن استقرار MPBH و Cys-Gly ، وهو إجراء معقد وممتد في هذه الطريقة يؤثر على قابلية التكرار والفعالية والكفاءة للطريقة. في هذا البروتوكول الجديد ، استبدلنا كل من MPBH و Cys-Gly بكاشف أكثر استقرارا هيدرازيد حمض الجلوتاميك (Glu-hydrazide) ، مما أدى إلى تحسين قابلية استنساخ الطريقة بشكل كبير ، وتبسيط وتقصير الإجراء بأكمله بحيث يمكن إكماله في غضون يوم عمل واحد. في هذا البروتوكول الجديد ، نصف الإجراء التفصيلي للبروتوكول الذي يمكن اعتماده بسهولة من قبل المختبرات العادية لدراسة الجليكوزيل الروتينية للبروتين والتقنيات اللازمة للحصول على نتائج قابلة للتكرار والتكرار.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. طباعة جسم [ميكروأري] لفحص

  1. تمييع كل الأجسام المضادة إلى 0.5 ملغ / مل في المياه المالحة العازلة الفوسفات ودرجة الحموضة 7.2 (PBS).
  2. قسامة 40 ميكرولتر من كل الأجسام المضادة في لوحة مصدر 384 أيضا.
  3. تحميل لوحة مصدر جيد على 384 من Scienion microarrayer sciFLEXARRAYER.
  4. تحميل 20 الشرائح ميكروأري PATH على هذا microarrayer هدفا.
  5. تعيين microarrayer لطباعة 48 subarrays متطابقة، والتي رصدت في 27 الأضداد والبروتينات تحكم في ثلاث نسخ في نمط 9x9 (الشكل 1E، 1F).
  6. بدء microarrayer لطباعة الشرائح [ميكروأري].
  7. جمع الشرائح [ميكروأري]، وتخزينها في كاسيت مع الشرائح المجففة. فراغ ختم كاسيت في كيس من البلاستيك باستخدام فراغ السداده (Foodsaver).
  8. تخزين الشرائح ميكروأري مختومة في 4 درجات مئوية في الثلاجة.

2. كتلة كيميائيا [ميكروأري] لمنع GBPالربط إلى الأجسام المضادة لقطة

الفحص ميكروأري يبدأ مرة يتم حظر كيميائيا الشرائح ميكروأري ويستمر لمدة 8 ساعات تقريبا. بدأت مرة واحدة في فحص ميكروأري ويستكمل (الخطوات من 2 إلى 8).

  1. اتخاذ ميكروأري تنزلق من الثلاجة، ويوازن بينها إلى درجة حرارة الغرفة لمدة 30 دقيقة.
  2. إزالة الشريحة من مربع التخزين وشطف منهم لفترة وجيزة في درجة الحموضة عازلة فوسفات ملحي 7.2 مع 0.1٪ توين 20 (PBST0.1) مرة واحدة في شريحة حوض الغسيل، ثم في 15 درجة الحموضة الصوديوم ملي العازلة خلات 5.0 مع توين 0.1٪ (CBT0 0.1) بطريقة متسلسلة. احتضان الشرائح في CBT0.1 لمدة 10 دقيقة في حوض الغسيل الشريحة.
  3. إعداد الطازجة 150 مم NaIO 4 في 15 خلات الصوديوم 5.0 مم درجة الحموضة عازلة (CB)، وابقائه في في شريحة غسل حوض في الثلاجة وفي الوقت نفسه تجنب ضوء قبل الاستخدام.
  4. إزالة الشريحة من بناء القدرات، ووضعها في حوض يحتوي على NaIO الطازجة 4 مع الجانب الضدمواجهة. تغطية حوض مع رقائق الألومنيوم لتجنب الضوء، واحتضان حوض الشريحة لمدة 2 ساعة مع لطيف اهتزاز في 4 درجات مئوية في الثلاجة.
  5. تحضير 300 مل من 10 ملي حامض الجلوتاميك هيدرازيد (مانع) في بناء القدرات.
  6. إزالة الشريحة من الحوض، وشطف فترة وجيزة في سي بي 3 مرات لمدة 5 دقائق في كل مرة في حوض الغسيل الشريحة.
  7. احتضان الشرائح في مانع في حوض الغسيل لمدة 2 ساعة في درجة حرارة الغرفة مع الهز لطيف.
  8. إزالة الشرائح من الحوض، وغسلها مع PBST0.1 لمدة 3 دقائق.

3. منع غير محدد الربط إلى ميكروأري مع ألبومين المصل البقري (BSA)

  1. تحضير 300 مل من 1٪ في جيش صرب البوسنة درجة الحموضة عازلة فوسفات ملحي 7.2 مع توين 0.5٪ (PBST0.5) في حوض الغسيل الشريحة، واحتضان الشريحة ميكروأري في حوض لمدة 1 ساعة في درجة حرارة الغرفة مع يهز بلطف.
  2. شطف الشرائح في ثلاث مرات PBST0.1 لمدة 3 دقائق في كل مرة.
  3. وضع الشريحةعلى رف الشريحة، وتدور في 1200 XG على الطرد المركزي لمدة 2 دقيقة حتى يجف الشريحة ميكروأري.

4. بصمة الشبكة الشمع على الشريحة ميكروأري للفصل بين كل Subarray

  1. قبل تسخين الشمع imprinter في 70 درجة مئوية لمدة 5 دقائق.
  2. تحميل الشريحة ميكروأري سدت في imprinter الشمع مع الجانب الأجسام المضادة التي تواجه لشمع. برفق المؤشر إلى شمع بصمة على الشريحة بالتساوي.

5. تطبق عينات المصل على الشريحة ميكروأري

  1. خلال الخطوة 2.4، إعداد عينات مصل الدم إما لفحص التنميط جلكو في عينة واحدة (5.1.1)، أو واحدة قياس epiptope جلكو بين عينات متعددة (5.1.2).
    1. في تجربة لprofilings غليكان من بروتينات سكرية المصل متعددة في عينة واحدة المصل باستخدام متعددة جيجابايت في الثانية (انظر تجربة نموذج 1)، سيتم تطبيق 1 عينات مصل الدم على جميع subarrays. في هذه الحالة، يتم تخفيفه 40 افرة المصل ميكروليتر إلى ميكرولتر 360 من برنامج تلفزيوني يحتوي على 0.1٪توين-20، 0.1٪ بريج 35، 100 ميكروغرام / مل من مفتش الماوس، 100 ميكروغرام / مل من مفتش الفئران، 100 ميكروغرام / مل من مفتش أرنب، 100 ميكروغرام / مل من مفتش الماعز و 100 ميكروغرام / مل من مفتش حمار. هذا الحجم يكفي لتطبيق 6 ميكرولتر من محلول المصل المخفف على كل subarray.
    2. في تجربة لقياس غليكان واحد على بروتينات مصل الدم بين عدة عينات من مصل الدم متعددة باستخدام أحد اكتشافات GBP (انظر تجربة نموذج 2). في هذه الحالة، يتم تخفيفه 1 افرة المصل ميكروليتر إلى 9 ميكرولتر من برنامج تلفزيوني يحتوي على 0.1٪ توين-20، 0.1٪ بريج 35، 100 ميكروغرام / مل من مفتش الماوس، 100 ميكروغرام / مل من مفتش الفئران، 100 ميكروغرام / مل من مفتش أرنب ، 100 ميكروغرام / مل من مفتش الماعز و 100 ميكروغرام / مل من مفتش حمار. هذا الحجم يكفي لتطبيق 6 ميكرولتر من محلول المصل المخفف على كل subarray.
  2. بعد بصمة شمع في الخطوة 4، تطبق بعناية 6 ميكرولتر من عينة المخففة أو عينات التحكم (PBST0.1) إلى كل subarray من الشريحة. احتضان الشريحة في شريط مرطب مع المناشف الورقية الرطب في درجة حرارة الغرفةلمدة 1 ساعة.
  3. شطف الشريحة مع ثلاث مرات PBST0.1 لمدة 3 دقائق في كل مرة.
  4. تجف الشريحة عن طريق الدوران في 1200 لمدة 2 دقيقة XG.

6. تطبق GBP المعقدة البيروكسيديز (الضد كتين أو مضاد غليكان-) على الشريحة

  1. خلال الخطوة 2.4، إعداد 10μg/ml من يكتينس المعقدة البيروكسيديز / جيجابايت في الثانية في PBST0.1.
    1. في تجربة التنميط غليكان أن مسبار عينة واحدة مع يكتينس متعددة (تجربة نموذج 1)، وإعداد 350 ميكرولتر من كتين المعقدة البيروكسيديز الذي يكفي لجميع subarrays.
    2. في واحد فحص حاتمة / العلامات البيولوجية غليكان في عينات متعددة باستخدام يكتينس متعددة، وإعداد 10 ميكرولتر من كل كتين المعقدة البيروكسيديز الذي يكفي لمدة subarray.
  2. تطبق 6 ميكرولتر من كتين والمعقدة البيروكسيديز المخفف (ق) إلى كل subarray من الشريحة، واحتضان في مربع الشريحة مرطب مع مناشف ورقية مبللة في درجة حرارة الغرفة لمدة 1 ساعة.
  3. شطف الشرائح مع ثلاث مرات PBST0.1 لمدة 3 دقائق لكل منظمة الشفافية الدوليةلي.
  4. تجف الشريحة عن طريق الدوران بسرعة 1200 XG في أجهزة الطرد المركزي لمدة 2 دقيقة.

7. تطبيق صبغ NeutrAvidin تصنيفها لكشف الإسفار

  1. إعداد 350 ميكرولتر من NeutrAvidin 549 Dylight المسمى الذي يكفي لجميع subarrays.
  2. تطبق 6 ميكرولتر من NeutrAvidin 549 Dylight المسمى على كل subarray، واحتضان الشريحة في كاسيت الشريحة مرطب في درجة حرارة الغرفة لمدة 1 ساعة.
  3. شطف الشريحة مع ثلاث مرات PBST0.1 لمدة 3 دقائق في كل مرة.
  4. تجف الشريحة من خلال الدوران في ذلك في 1200 XG في أجهزة الطرد المركزي لمدة 2 دقيقة.

8. الحصول على ميكروأري صورة الشريحة عن طريق مسح الشرائح

  1. مسح الشريحة باستخدام ماسح ضوئي ميكروأري مضان في قرار ميكرون 10. وينبغي ضبط الليزر وPMT تكون قوية بقدر الإمكان، ولكن يتم احترام أي بقعة التشبع.

9. استخراج البيانات وتحليلها

  1. فتح الصورة في ArrayPro 3.2.
    2. إعداد قالب مجموعة وفقا لخريطة الصفيف التي تظهر الأجسام المضادة بقع المواقع. محاذاة بعناية كل دائرة قالب على الفور المقابلة في الصورة.
  2. استخراج كثافة من كل بقعة في ملف إكسل لمزيد من التحليل.

10. ممثل النتائج

تجربة نموذج 1

التنميط ارتباط بالغليكوزيل من بروتينات سكرية المصل متعددة في سرطان الكبد المريض عينة مصل الدم باستخدام سدت كيميائيا [ميكروأري] مع كشف يكتينس متعددة.

الهدف من هذه التجربة هو استكشاف الشخصي ارتباط بالغليكوزيل فرد من 20 بروتينات سكرية في سرطان الخلايا الكبدية (HCC) عينة مصل المريض باستخدام سدت كيميائيا [ميكروأري] مع كشف يكتين. وقد تم تصميم جسم [ميكروأري]، الذي يحتوي على 48 subarrays متطابقة التي تضم 26 والأجسام المضادة البيوتين جيش صرب البوسنة، وتصنيعها كما هو موضح في STEP 1. وكانت هذه الأجسام المضادة 26 مقابل 20 في المصل بروتينات سكرية التي حددت بأنها واعدة في وقت مبكر قيمة التشخيص لمرضى سرطان الكبد عن طريق استخدام مناعي مقرها كتين جنبا إلى جنب مع كتلة تحديد بروتين الطيفي 12 و 32 كما هو مبين في الجدول رقم 1. يتم عرض نمط وترتيب جسم البقع طبعت في ثلاث نسخ في subarray ممثل واحد في الشكل و1E 1F، على التوالي. شريحتين ميكروأري متطابقة، كان واحدا لا يتم حظر كيميائيا (الشكل 1A)، في حين كان (الشكل 1B) واحدة أخرى، واستخدمت لتنفيذ التنميط ارتباط بالغليكوزيل نفس التجربة وذلك للتدليل على أهمية إجراء حظر كيميائيا للتحليل. للشريحة حظر كيميائيا (الشكل 1B)، وبدأت التجربة في الخطوة 2، وبالنسبة لشريحة لا شيء سدت كيميائيا (الشكل 1A)، هذه التجربة بدأت من الخطوة 3. وأجريت التجربة من قبل يلي: ·ز جميع الخطوات المذكورة في البروتوكول باستثناء الخطوة 5.1.2 و 6.1.2. في الخطوة 5.2، تم تطبيق نموذج السيطرة على PBST0.1 subarrays في العمود 1 و 3، و تم تطبيق تجميع عينة مصل سرطان الكبد على subarrays في العمود 2 و 4 على التوالي (كما هو موضح في الشكل 1G). هذه المقارنة هو إظهار فعالية وكفاءة من هذا الإجراء، فضلا عن تقارب مستضد ملزم من الأجسام المضادة بعد عرقلة كيميائيا. 22 يكتينس المعقدة البيروكسيديز (كما هو موضح في الجدول رقم 1) التي تم تطبيقها محددة لمختلف glycans 18 و 20 على كل subarray كما هو مبين في الشكل 1G لارتباط بالغليكوزيل التنميط. صور من ميكروأرس (الشكل 1A) منعت كيميائيا (الشكل 1B)، ومنعت غير كيميائيا بعد ارتباط بالغليكوزيل فحص التنميط باتباع بروتوكول. كما هو مبين في subarrays في العمود 1 و 3 في غير كيميائيا ميكروأرس سدت (الشكل 1A و 1C الشكل)، والتيتم تطبيق PBST0.1 فقط، معظم يكتينس ملزمة لالتقاط الاجسام المضادة، وأظهرت أن خلفية عالية جدا مماثلة لتلك التي subarrays في العمود 2 و 4، والتي تم تطبيقها على عينة مصل الدم. فمن المستحيل الحصول على معلومات الملف الشخصي غليكان من هذه الشريحة ميكروأري. على العكس من ذلك، فإن subarrays في العمود 1 و 3، والتي تم تطبيقها فقط PBST0.1 عندما تم إجراء نفس التجربة على شريحة الضد ميكروأري حظر كيميائيا، وأظهرت معظم يكتينس ربط أي أو منخفضة جدا لالتقاط الأجسام المضادة، في حين أن ارتفاع مستضد وقد لوحظت لا يزال الارتباطات في subarrays في العمود 2 و 4، والتي تم تطبيق عينة مصل الدم (1B والشكل 1D). وأظهرت نتيجة هذه الإجراءات حظر كيميائيا كان خطوة حاسمة الصدارة قياس glycans على بروتينات سكرية الضد القبض عليه. وذلك باتباع البروتوكول، يمكن الحصول على ملفات تعريف ارتباط بالغليكوزيل من 22 بروتينات سكرية في مصل سرطان الكبد.

تجربة 2

شاشة لfucos تتغيرylation على بروتينات سكرية المصل محددة المؤشرات الحيوية إلى تشمع الكبد التمييز والمرضى سرطان الكبد.

الهدف من هذه التجربة هو للكشف عن fucosylation تتغير على بروتينات سكرية المصل محددة المؤشرات الحيوية التي تميز تليف الكبد وسرطان الخلايا الكبدية (HCC) من المرضى. تم تطبيق مختلف من التجربة 1، والذي تم تطبيقه فقط عينة واحدة على كل مصل subarrays وبحثها مع يكتينس مختلف، في هذا الاختبار، و 40 مختلف مجموع عينات مصل الدم من سرطان الكبد وتليف الكبد المرضى على كل subarray، وبحثها مع واحد كتين (AAL ). وقد تم التحليل الإحصائي، مثل اختبار T، المتلقي خاصية التشغيل (ROC) منحنى، لتقييم التوزيع أو الأداء التشخيصي للepiptope غليكان / العلامات البيولوجية على كل فرد من البروتين في جميع عينات مصل الدم. استخدمنا [ميكروأري] نفسه تصنيعها في تجربة 1 باستثناء 9-CA19 مكافحة ومضادة للأجسام مضادة لويس العاشر في هذه الدراسة. وexperوقد أجريت iment الخروج من 2 سبتمبر إلى الخطوة 9 باستثناء الخطوة 5.1.1 و 6.1.1. طبقت مجموع 40 عينة مصل الدم في الفترة من 20 تليف الكبد ومرضى سرطان الكبد 20 في subarray عشوائية من subarrays 48 جنبا إلى جنب مع عينات PBS سيطرة على السيطرة السلبية. ثم تم الكشف عن Fucosylation من كل من البروتينات الذي تم القبض عليه عن طريق استخدام المعقدة البيروكسيديز فوكوسي محددة يكتين. أظهرت صورة ميكروأري هو مبين في الشكل (1) وAAL كتين ملزمة فقط للبروتينات مصل القبض على ميكروأري] (الشكل 2D) بدلا من القبض على أجسام مضادة (2E الشكل). ثم انتزعت شدة AAL ملزم من البقع في كل شيء، وتحليلها باستخدام اختبار T ومنحنيات ROC لتقييم أداء fucosylation (كثافة ملزم العال) من كل بروتين مصل على التمييز بين المجلس الأعلى للطفولة ومجموعات تليف الكبد. وأظهرت النتائج أن fucosylation من GP73 بروتين أعطى أفضل التمييز بين المجموعتين مع P = 0.03 و في منطقة تحتمنحنى منحنى ROC يساوي 0،72. أثبتت هذه التجربة هذا الإجراء هو السريع، وسيلة فعالة لفحص حاتمة / العلامات البيولوجية غليكان على عينات متعددة داخل بروتينات متعددة.

معرف اسم كاشف الاختصار شركة كتالوج #
L1 المعقدة البيروكسيديز كونكانافالين A كونا ناقلات مختبرات BK-1000
L2 المعقدة البيروكسيديز كتين خمان؛ بلسان أسود SNA ناقلات مختبرات B-1305
L3 عدسة المعقدة البيروكسيديز Culinaris الملزن LCA ناقلات مختبرات BK-2000
L4 المعقدة البيروكسيديز الخروع COMMUNIS الملزن أنا RCA ناقلات مختبرات BK-1000
L5 المعقدة البيروكسيديز كتين Aleuria برتقالية AAL ناقلات مختبرات B-1395
L6 المعقدة البيروكسيديز كتين الحمرية Cristagalli أطلق بيت التمويل الخليجي ناقلات مختبرات BK-3000
L7 المعقدة البيروكسيديز غريفونيا كتين Simplicifolia (Bandeiraea) الثاني GSL الثاني ناقلات مختبرات BK-3000
L8 المعقدة البيروكسيديز القمح الجرثومي الملزن WGA ناقلات مختبرات BK-1000
L9 المعقدة البيروكسيديز Erythroagglutinin الشائع فاصيلوس PHA-E ناقلات مختبرات BK-2000
L10 المعقدة البيروكسيديز Leucoagglutinin الشائع فاصيلوس PHA-L ناقلات مختبرات BK-2000
L11 الحيويtinylated الفول السوداني الملزن السلطة الوطنية الفلسطينية ناقلات مختبرات BK-1000
L12 المعقدة البيروكسيديز بيسوم Pisum الملزن PSA ناقلات مختبرات BK-2000
L13 المعقدة البيروكسيديز Dolichos Biflorus الملزن DBA ناقلات مختبرات BK-1000
L14 المعقدة البيروكسيديز كتين جوز ماثل DSL ناقلات مختبرات BK-3000
L15 المعقدة البيروكسيديز الصفيراء الملزن تفرضه اليابان SJA ناقلات مختبرات BK-2000
L16 فول الصويا المعقدة البيروكسيديز الملزن SBA ناقلات مختبرات BK-1000
L17 المعقدة البيروكسيديز بطاطس (بطاطا) يكتين المحكمة الخاصة بلبنان ناقلات مختبرات BK-3000
L18 المعقدة البيروكسيديز غريفونيا كتين Simplicifolia (Bandeiraea) أنا GSL أنا ناقلات مختبرات BK-2000
L19 المعقدة البيروكسيديز كتين بيقية Villosa VVL ناقلات مختبرات BK-2000
L20 المعقدة البيروكسيديز اسكولينتوم (الطماطم) يكتين حد الانفجار الأدنى ناقلات مختبرات BK-3000
L21 Ulex المعقدة البيروكسيديز Europaeus الملزن أنا أنا UEA ناقلات مختبرات BK-1000
L22 المعقدة البيروكسيديز Jacalin JACALIN ناقلات مختبرات BK-3000
A1 F عنزة ('أ ب) 2 قطعة مضادة للالغلوبولين المناعي البشري، الأجسام المضادة Fc5μ الغلوبولين المناعي جاكسون المناعي للبحوث 109-006-129
A2 حمار F ('أ ب) 2فرج المضادة للمفتش الإنسان (H + L) الجسم المضاد AB1 جاكسون المناعي للبحوث 709-006-149
A3 الماوس المضادة للمفتش الإنسان F ('أ ب) 2 ريتوكسيماب AB3 جاكسون المناعي للبحوث 209-005-097
A4 الماعز المضادة للجسم البشري ألفا macroglobulin 2 بولكلونل A2M GeneTex GTX62924
A5 أرنب المضادة للبشرية ألفا-1-انتيتريبسين الجسم المضاد بولكلونل A1AT لي Biosiences CA1T-80A
A6 الماوس المضادة للبشرية ألفا-1-انتيتريبسين ريتوكسيماب A1AT سيجما ألدريتش SAB4200198
A7 أرنب المضادة للبشرية ألفا-1-انتيتريبسين الجسم المضاد بولكلونل تحرك NeoMarkers RB-367-A1
A8 أرنب المضادة للبشرية ألفا-1-انتيتشhymotrypsin الجسم المضاد بولكلونل تحرك فيشر العلمية RB9213R7
A9 جسم الفأر ترانسفيرين المناهضة للبشرية وحيدة النسيلة ترانسفيرين GeneTex GTX101035
A10 أرنب الضد ترانسفيرين المضادة للبشرية بولكلونل ترانسفيرين GeneTex GTX77130
A11 الماعز المضادة للجسم البشري J ئي بولكلونل ApoJ Abcam ab7610
A12 الماوس المضادة للبشرية GP73 ريتوكسيماب GP73 أبوت 14H4-23
A13 الماوس المضادة للبشرية GP73 ريتوكسيماب GP73 سانتا كروز التكنولوجيا الحيوية المؤتمر الوطني العراقي SC-101275
A14 أرنب المضادة للبشرية ألفا-1 بروتين جنيني الجسم المضاد بولكلونل ا ف ب GenWay GWB-41C966
A15 الماوس المضادة للبشرية ألفا-1 بروتين جنيني ريتوكسيماب ا ف ب فيتزجيرالد 10-A05A
A16 جسم الفأر هيموبيكسين المناهضة للبشرية وحيدة النسيلة هيموبيكسين Assaypro 60190-05011
A17 الماوس المضادة للبشرية glypican-3 (1G12) الأجسام المضادة وحيدة النسيلة GPL3 سانتا كروز بيو SC-65443
A18 الماوس المضادة للمولد الكاينين ​​الإنسان (LMW) الأجسام المضادة وحيدة النسيلة مولد الكاينين Assaypro 20333-05011
A19 أرنب المضادة للبشرية MMP-21 ضد وحيد النسيلة MMP21 Epitomic 1955-1
A20 الماوس المضادة للبشرية CEACAM-1 ريتوكسيماب CEACAM R & D أنظمة MAB1180
A21 الفئران المضادة للبشرية DPPIV/CD26 ريتوكسيماب DPPIV R & D أنظمة MAB22441
A22 ماوس لمكافحة الأجسام المضادة البشرية وحيدة النسيلة الثاني PIVKA PIVICA الكريستال الكيميائي 8040
A23 الماوس المضادة للمستضد سرطاني مضغي CEA الولايات المتحدة البيولوجية C1300
A24 مستضد الماوس المضادة للسرطان CA125 CA125 الولايات المتحدة البيولوجية C0050-01D
A25 ماوس لمكافحة السرطان CA19-9 مستضد CA19-9 الولايات المتحدة البيولوجية C0075-18
A26 جسم الفأر X المضادة لللويس وحيدة النسيلة لويس العاشر Calbiochem 434631
الحيوي جيش صرب البوسنة المعقدة البيروكسيديز (مراقبة إيجابية) الحيوي محلية الصنع N / A

الجدول رقم 1. قائمة من الليستين والأجسام المضادة المستخدمة في هذا البروتوكول.

اسم المعدات / الكاشف ق شركة فهرس العدد
غير اتصال microarrayer BioDot المؤتمر الوطني العراقي sciFLEXARRAYER
384 microplate الصياد 14-230-243
FoodSaver FoodSaver V3835
سامسونج النيتروسليلوز coate ميكروأري الشرائح Gentel PATH
الشريحة Imprinter (اختياري) الجل الشركة WSP60-1
شاكر الصياد 15-453-211
نبذ إيبندورف 5804 000.013
حرك غسل حوض / الشرائح تلطيخ واي الصحنال القابل للإزالة الرف الصياد 08-812
الشريحة مربع حضانة الشريحة غرفة / مجهر الصياد 03-448-5
بريج 35، 30٪ حل ث / ت في المياه العضوية Acros AC32958-0025
توين-20 الصياد P337-100
الصوديوم بريودات (NaIO 4) سيغما 311448
L-حمض الغلوتاميك γ-هيدرازيد سيغما G-7257
خلات الصوديوم اللامائية (CH 3 COONa) سيغما S2889
البقري ألبومين المصل (BSA) Lampire مختبرات البيولوجي 7500804
المؤسسة العامة لتحلية الفوسفات عازلة (PBS) (10X) Denville العلمية CP4390-48
Dylight 549 NeutrAvidin مترافق الحرارية 22837
أقراص البروتيني مانع كوكتيل روش 4693159001
ChromPure الإنسان مفتش الحكومة، FC شظية جاكسون Immunoresearch 009-000-008
ChromPure الإنسان مفتش الحكومة، كل جزيء جاكسون Immunoresearch 009-000-003
ChromPure الفأر مفتش الحكومة، كل جزيء جاكسون Immunoresearch 015-000-003
ChromPure الفأر مفتش الحكومة، FC شظية جاكسون Immunoresearch 015-000-008
ChromPure أرنب مفتش الحكومة، كل جزيء جاكسون Immunoresearch 011-000-003
ChromPure حمار مفتش الحكومة، كل جزيء جاكسون Immunoresearch 017-000-003
[ميكروأري] ماسحة Tecan معاد تحميل LS

الجدول 2. قائمةمن المعدات والكواشف المستخدمة في هذا البروتوكول.

figure-protocol-1
مخطط 1 مخطط يبين [ميكروأري] كتين استنادا غليكان عملية اكتشاف العلامات البيولوجية 1 (الخطوة 2 إلى 4): كتلة من [ميكروأري] مع مانع (حمض الغلوتاميك-هيدرازيد) وجيش صرب البوسنة؛ 2 (الخطوة 5):.. تطبيق عينات مصل الدم والقبض على بروتينات سكرية محددة مع أجسام مضادة محددة؛ 3 (الخطوة 6): تطبق كتين المعقدة البيروكسيديز (ق)، 4 (الخطوة 7): دقق في AAL المعقدة البيروكسيديز مع NeutrAvidin 549 Dylight المسمى للتصوير ميكروأري.

figure-protocol-2
الشكل 1. الصور ميكروأري من التنميط تجربة عينة ارتباط بالغليكوزيل 1 من بروتينات سكرية متعددة في عينة مصل المريض مصل سرطان الكبد عن طريق استخدام كيميائيمنعت حليف [ميكروأري] مع كشف كتين متعددة. شريحتين ميكروأري متطابقة، (A) لا شيء سدت كيميائيا، أو (ب) منع كيميائيا كما هو موضح في الخطوة 2، على حد سواء ذهب من خلال جميع الخطوات 2-9 لتحديد ملامح ارتباط بالغليكوزيل، فضلا عن غرض المقارنة. (أ) و (ب) هي الصور ميكروأري فحصها في الخطوة 8 في قرار من 10 ميكرون. (ج) والتكبير في صورة صفين الأول من أي حظر كيميائيا ميكروأري الشريحة (أ)، (د) التكبير في صورة صفين الأول من الشريحة غير ميكروأري حظر كيميائيا (B))، (ه) الرسم البياني للترتيب الأجسام المضادة داخل كل subarray؛) و (خرائط الصفيف: موقع كل الأجسام المضادة داخل subarray، كل اسم الضد يمثل حوالي 3 نقاط، (ز) عينة مصل والموقع كتين: 1 يوضح الرسم البياني الذي subarray كل عينة مصل الدم و وقد طبقت على يكتين.

figure-protocol-3
الشكل 2. الصور ميكروأري للعينة تجربة 2 الشاشة لfucosylation تتغير على بروتينات سكرية المصل محددة المؤشرات الحيوية التي تميز تليف الكبد ومرضى سرطان الكبد. وأجري الفحص ميكروأري خارج كما هو موضح في القسم عينة 2 تجربة. (أ) صورة الشريحة كاملة من الشريحة ميكروأري من الخطوة 8، (ب) الرسم التخطيطي لترتيب الأجسام المضادة داخل كل subarray، (ج) خرائط الصفيف: موقع كل الأجسام المضادة داخل subarray، كل اسم الضد يمثل حوالي 3 نقاط؛ (د) والتكبير في صورة subarray التي تم تحضين مع عينة مصل، (ه) التكبير في صورة subarray التي تم تحضين مع مراقبة برنامج تلفزيوني.

figure-protocol-4
الشكل 3. نتائج التنميط غليكان من تجربة نموذج 1. كل رسم بياني شريطي يمثل الشخصية ملزم كتين (أو ملامح غليكان) واحد من البروتين 20 المختبرة. واستخدمت الكلي 22 يكتينس مختلفة لتحليل اله غليكان الشخصي من كل من البروتين.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. بروتين الهدف والتقاط اختيار الأضداد

قبل فحص الجسم المضاد ميكروأري، وهناك حاجة إلى بعض الكواشف والمواد التي سينظر فيها، وأعد. وينبغي لتصميم جسم [ميكروأري] لتحديد ملامح غليكان أو غليكان فحص العلامات البيولوجية، وفريق من الاجسام المضادة المحددة للمرشحين بروتين سكري يتم تحديدها وفقا للأدب أو من النتائج السابقة. تم شراؤها عادة هذه الأجسام المضادة من مختلف البائعين، مثل البحث والتطوير الجماعات الحكومية الدولية وما إلى ...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

الكتاب ليس لديهم ما يكشف.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

وأيد هذا العمل من قبل معهد أبحاث التهاب الكبد الوبائي وفيروس.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
معرف اسم كاشف الاختصار شركة كتالوج #
L1 المعقدة البيروكسيديز كونكانافالين A كونا ناقلات مختبرات BK-1000
L2 المعقدة البيروكسيديز كتين خمان؛ بلسان أسود SNA ناقلات مختبرات B-1305
L3 عدسة المعقدة البيروكسيديز Culinaris الملزن LCA ناقلات مختبرات BK-2000
L4 المعقدة البيروكسيديز الخروع COMMUNIS الملزن أنا RCA ناقلات مختبرات BK-1000
L5 المعقدة البيروكسيديز كتين Aleuria برتقالية AAL ناقلات مختبرات B-1395
L6 المعقدة البيروكسيديز كتين الحمرية Cristagalli أطلق بيت التمويل الخليجي ناقلات مختبرات BK-3000
L7 المعقدة البيروكسيديز غريفونيا كتين Simplicifolia (Bandeiraea) الثاني GSL الثاني ناقلات مختبرات BK-3000
L8 المعقدة البيروكسيديز القمح الجرثومي الملزن WGA ناقلات مختبرات BK-1000
L9 المعقدة البيروكسيديز Erythroagglutinin الشائع فاصيلوس PHA-E ناقلات مختبرات BK-2000
L10 المعقدة البيروكسيديز Leucoagglutinin الشائع فاصيلوس PHA-L ناقلات مختبرات BK-2000
L11 المعقدة البيروكسيديز الفول السوداني الملزن السلطة الوطنية الفلسطينية ناقلات مختبرات BK-1000
L12 المعقدة البيروكسيديز بيسوم Pisum الملزن PSA ناقلات مختبرات BK-2000
L13 المعقدة البيروكسيديز Dolichos Biflorus الملزن DBA ناقلات مختبرات BK-1000
L14 المعقدة البيروكسيديز كتين جوز ماثل DSL ناقلات مختبرات BK-3000
L15 المعقدة البيروكسيديز الصفيراء الملزن تفرضه اليابان SJA ناقلات مختبرات BK-2000
L16 فول الصويا المعقدة البيروكسيديز الملزن SBA ناقلات مختبرات BK-1000
L17 المعقدة البيروكسيديز بطاطس (بطاطا) يكتين المحكمة الخاصة بلبنان ناقلات مختبرات BK-3000
L18 غريفونيا المعقدة البيروكسيديز (باندeiraea) Simplicifolia كتين أنا GSL أنا ناقلات مختبرات BK-2000
L19 المعقدة البيروكسيديز كتين بيقية Villosa VVL ناقلات مختبرات BK-2000
L20 المعقدة البيروكسيديز اسكولينتوم (الطماطم) يكتين حد الانفجار الأدنى ناقلات مختبرات BK-3000
L21 Ulex المعقدة البيروكسيديز Europaeus الملزن أنا أنا UEA ناقلات مختبرات BK-1000
L22 المعقدة البيروكسيديز Jacalin JACALIN ناقلات مختبرات BK-3000
A1 F عنزة ('أ ب) 2 قطعة مضادة للالغلوبولين المناعي البشري، الأجسام المضادة Fc5μ الغلوبولين المناعي جاكسون المناعي للبحوث 109-006-129
A2 حمار F ('أ ب) 2 فرج المضادة للمفتش الإنسان (H + L) 1tibody AB1 جاكسون المناعي للبحوث 709-006-149
A3 الماوس المضادة للمفتش الإنسان F ('أ ب) 2 ريتوكسيماب AB3 جاكسون المناعي للبحوث 209-005-097
A4 الماعز المضادة للجسم البشري ألفا macroglobulin 2 بولكلونل A2M GeneTex GTX62924
A5 أرنب المضادة للبشرية ألفا-1-انتيتريبسين الجسم المضاد بولكلونل A1AT لي Biosiences CA1T-80A
A6 الماوس المضادة للبشرية ألفا-1-انتيتريبسين ريتوكسيماب A1AT سيجما ألدريتش SAB4200198
A7 أرنب المضادة للبشرية ألفا-1-انتيتريبسين الجسم المضاد بولكلونل تحرك NeoMarkers RB-367-A1
A8 أرنب المضادة للبشريةألفا-1-antichymotrypsin الجسم المضاد بولكلونل تحرك فيشر العلمية RB9213R7
A9 جسم الفأر ترانسفيرين المناهضة للبشرية وحيدة النسيلة ترانسفيرين GeneTex GTX101035
A10 أرنب الضد ترانسفيرين المضادة للبشرية بولكلونل ترانسفيرين GeneTex GTX77130
A11 الماعز المضادة للجسم البشري J ئي بولكلونل ApoJ Abcam ab7610
A12 الماوس المضادة للبشرية GP73 ريتوكسيماب GP73 أبوت 14H4-23
A13 الماوس المضادة للبشرية GP73 ريتوكسيماب GP73 سانتا كروز التكنولوجيا الحيوية المؤتمر الوطني العراقي SC-101275
A14 أرنب المضادة للبشرية ألفا-1 fetoprotein الجسم المضاد بولكلونل ا ف ب GenWay GWB-41C966
A15 الماوس المضادة للبشرية ألفا-1 بروتين جنيني ريتوكسيماب ا ف ب فيتزجيرالد 10-A05A
A16 جسم الفأر هيموبيكسين المناهضة للبشرية وحيدة النسيلة هيموبيكسين Assaypro 60190-05011
A17 الماوس المضادة للبشرية glypican-3 (1G12) الأجسام المضادة وحيدة النسيلة GPL3 سانتا كروز بيو SC-65443
A18 الماوس المضادة للمولد الكاينين ​​الإنسان (LMW) الأجسام المضادة وحيدة النسيلة مولد الكاينين Assaypro 20333-05011
A19 أرنب المضادة للبشرية MMP-21 ضد وحيد النسيلة MMP21 Epitomic 1955-1
A20 الماوس المضادة للبشرية CEACAM الأضداد وحيدة النسيلة-1ذ CEACAM R & D أنظمة MAB1180
A21 الفئران المضادة للبشرية DPPIV/CD26 ريتوكسيماب DPPIV R & D أنظمة MAB22441
A22 ماوس لمكافحة الأجسام المضادة البشرية وحيدة النسيلة الثاني PIVKA PIVICA الكريستال الكيميائي 8040
A23 الماوس المضادة للمستضد سرطاني مضغي CEA الولايات المتحدة البيولوجية C1300
A24 مستضد الماوس المضادة للسرطان CA125 CA125 الولايات المتحدة البيولوجية C0050-01D
A25 ماوس لمكافحة السرطان CA19-9 مستضد CA19-9 الولايات المتحدة البيولوجية C0075-18
A26 جسم الفأر X المضادة لللويس وحيدة النسيلة لويس العاشر Calbiochem 434631
الحيوي جيش صرب البوسنة المعقدة البيروكسيديز (مراقبة إيجابية) الحيوي محلية الصنع N / A

الجدول رقم 1. قائمة من الليستين والأجسام المضادة المستخدمة في هذا البروتوكول.

اسم المعدات / الكاشف ق شركة فهرس العدد
غير اتصال microarrayer BioDot المؤتمر الوطني العراقي sciFLEXARRAYER
384 microplate الصياد 14-230-243
FoodSaver FoodSaver V3835
سامسونج النيتروسليلوز coate ميكروأري الشرائح Gentel PATH
الشريحة Imprinter (اختياري) الجل الشركة WSP60-1
شاكر الصياد 15-453-211
نبذ إيبندورف 5804 000.013
الشريحة غسيل صحن تلطيخ حوض / الشرائح مع الرف القابل للإزالة الصياد 08-812
الشريحة مربع حضانة الشريحة غرفة / مجهر الصياد 03-448-5
بريج 35، 30٪ حل ث / ت في المياه العضوية Acros AC32958-0025
توين-20 الصياد P337-100
الصوديوم بريودات (NaIO 4) سيغما 311448
L-حمض الغلوتاميك γ-هيدرازيد سيغما G-7257
خلات الصوديوم اللامائية (CH 3 COONa) سيغما S2889
البقري ألبومين المصل (BSA) Lampire مختبرات البيولوجي 7500804
المؤسسة العامة لتحلية الفوسفات عازلة (PBS) (10X) Denville العلمية CP4390-48
Dylight 549 NeutrAvidin مترافق الحرارية 22837
أقراص البروتيني مانع كوكتيل روش 4693159001
ChromPure الإنسان مفتش الحكومة، FC شظية جاكسون Immunoresearch 009-000-008
ChromPure الإنسان مفتش الحكومة، كل جزيء جاكسون Immunoresearch 009-000-003
ChromPure الفأر مفتش الحكومة، كل جزيء جاكسون Immunoresearch 015-000-003
ChromPure الفأر مفتش الحكومة، FC شظية جاكسون Immunoresearch 015-000-008
ChromPure أرنب مفتش الحكومة، كل جزيء جاكسون Immunoresearch 011-000-003
ChromPure حمار مفتش الحكومة، كل جزيء جاكسون Immunoresearch 017-000-003
[ميكروأري] ماسحة Tecan معاد تحميل LS

الجدول 2. قائمة من المعدات والكواشف المستخدمة في هذا البروتوكول.

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Fang, M. The ER UDPase ENTPD5 promotes protein N-glycosylation, the Warburg effect, and proliferation in the PTEN pathway. Cell. 143, 711-724 (2010).
  2. Marino, K., Bones, J., Kattla, J. J., Rudd, P. M. A systematic approach to protein glycosylation analysis: a path through the maze. Nat. Chem. Biol. 6, 713-723 (2010).
  3. Shental-Bechor, D., Levy, Y. Effect of glycosylation on protein folding: a close look at thermodynamic stabilization. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 105, 8256-8261 (2008).
  4. Hossler, P., Khattak, S. F., Li, Z. J. Optimal and consistent protein glycosylation in mammalian cell culture. Glycobiology. 19, 936-949 (2009).
  5. Nothaft, H., Szymanski, C. M. Protein glycosylation in bacteria: sweeter than ever. Nat. Rev. Microbiol. 8, 765-778 (2011).
  6. Sola, R. J., Griebenow, K. Effects of glycosylation on the stability of protein pharmaceuticals. J. Pharm. Sci. 98, 1223-1245 (2009).
  7. Li, C., Lubman, D. M. Analysis of serum protein glycosylation with antibody-lectin microarray for high-throughput biomarker screening. Methods Mol. Biol. 723, 15-28 (2011).
  8. Dwek, M. V., Jenks, A., Leathem, A. J. A sensitive assay to measure biomarker glycosylation demonstrates increased fucosylation of prostate specific antigen (PSA) in patients with prostate cancer compared with benign prostatic hyperplasia. Clin. Chim. Acta. 411, 1935-1939 (2010).
  9. Drake, P. M. Sweetening the pot: adding glycosylation to the biomarker discovery equation. Clin. Chem. 56, 223-236 (2010).
  10. Kim, Y. -P., Park, S., Oh, E., Oh, Y. -H., Kim, H. -S. On-chip detection of protein glycosylation based on energy transfer between nanoparticles. Biosensors & Bioelectronics. 24, 1189-1194 (2009).
  11. Boland, M., Rudd, P. M. Disease related glycosylation changes and biomarker discovery: challenges and possibilities in an emerging field. Editorial. Dis. Markers. 25, 189-192 (2008).
  12. Norton, P. A. N-linked glycosylation of the liver cancer biomarker GP73. J. Cell Biochem. 104, 136-149 (2008).
  13. Nakagawa, T. Glycomic analysis of alpha-fetoprotein L3 in hepatoma cell lines and hepatocellular carcinoma patients. J. Proteome Res. 7, 2222-2233 (2008).
  14. Durazo, F. A. Des-gamma-carboxyprothrombin, alpha-fetoprotein and AFP-L3 in patients with chronic hepatitis, cirrhosis and hepatocellular carcinoma. J. Gastroenterol Hepatol. 23, 1541-1548 (2008).
  15. Kobayashi, M. Fucosylated fraction of alpha-fetoprotein, L3, as a useful prognostic factor in patients with hepatocellular carcinoma with special reference to low concentrations of serum alpha-fetoprotein. Hepatol. Res. 37, 914-922 (2007).
  16. Maisey, N. R. CA19-9 as a prognostic factor in inoperable pancreatic cancer: the implication for clinical trials. Br. J. Cancer. 93, 740-743 (2005).
  17. Talar-Wojnarowska, R. Clinical value of serum neopterin, tissue polypeptide-specific antigen and CA19-9 levels in differential diagnosis between pancreatic cancer and chronic pancreatitis. Pancreatology. 10, 689-694 (2010).
  18. Chen, S. Multiplexed analysis of glycan variation on native proteins captured by antibody microarrays. Nat. Methods. 4, 437-444 (2007).
  19. Shao, C. Antibody microarray analysis of serum glycans in esophageal spuamous cell carcinoma cases and controls. Proteomics Clinical Applications. 3, 923-931 (2009).
  20. Chen, S., Haab, B. B. Analysis of glycans on serum proteins using antibody microarrays. Methods Mol. Biol. 520, 39-58 (2009).
  21. Yue, T. The Prevalence and Nature of Glycan Alterations on Specific Proteins in Pancreatic Cancer Patients Revealed Using Antibody-Lectin Sandwich Arrays. Molecular & Cellular Proteomics. 8, 1697-1707 (2009).
  22. Wolf-Yadlin, A., Sevecka, M., MacBeath, G. Dissecting protein function and signaling using protein microarrays. Current Opinion in Chemical Biology. 13, 398-405 (2009).
  23. Richard, E. Proteomics as Applied to Inherited Metabolic Diseases. Current Proteomics. 6, 140-153 (2009).
  24. Nolen, B., Winans, M., Marrangoni, A., Lokshin, A. Aberrant tumor-associated antigen autoantibody profiles in healthy controls detected by multiplex bead-based immunoassay. Journal of Immunological Methods. 344, 116-120 (2009).
  25. Kuno, A. Focused Differential Glycan Analysis with the Platform Antibody-assisted Lectin Profiling for Glycan-related Biomarker Verification. Molecular & Cellular Proteomics. 8, 99-108 (2009).
  26. Hsu, K. -L., Mahal, L. K. Sweet tasting chips: microarray-based analysis of glycans. Current Opinion in Chemical Biology. 13, 427-432 (2009).
  27. Borrebaeck, C. A. K., Wingren, C. High-throughput proteomics using antibody microarrays: an update. Expert Review of Molecular Diagnostics. 7, 673-686 (2007).
  28. Sanchez-Carbayo, M. Antibody array-based technologies for cancer protein profiling and functional proteomic analyses using serum and tissue specimens. Tumor Biology. 31, 103-112 (2010).
  29. Porter, A. A motif-based analysis of glycan array data to determine the specificities of glycan-binding proteins. Glycobiology. 20, 369-380 (2010).
  30. Maupin, K. A. Glycogene Expression Alterations Associated with Pancreatic Cancer Epithelial-Mesenchymal Transition in Complementary Model Systems. Plos One. 5, (2010).
  31. Sevecka, M., Wolf-Yadlin, A., MacBeath, G. Lysate Microarrays Enable High-throughput, Quantitative Investigations of Cellular Signaling. Molecular & Cellular Proteomics. 10, (2011).
  32. Wang, M. Novel fucosylated biomarkers for the early detection of hepatocellular carcinoma. Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 18, 1914-1921 (2009).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Chemically Blocked Antibody MicroarrayGlycosylation ProfilingGlycan Binding Protein DetectionAntibody Glycan BlockingBiotinylated Lectin DetectionFluorescence Microarray ScannerGlycoprotein CaptureMultiplexed High throughputHCC Serum AnalysisGlycan Binding Proteins

Related Articles