موقع التكامل ثنائي الاتجاه للفيروسات القهقرية منهجية ير والتحليل الكمي للبيانات سير العمل

Gajendra W. Suryawanshi; Song Xu; Yiming Xie; Tom Chou; Namshin Kim; Irvin S. Y. Chen; Sanggu Kim

doi:10.3791/55812

يتطلب اشتراك JoVE لعرض هذا المحتوى. تسجيل الدخول أو ابدأ نسخة تجريبية مجانية

مقالة منهجية

موقع التكامل ثنائي الاتجاه للفيروسات القهقرية منهجية ير والتحليل الكمي للبيانات سير العمل

10.4K مشاهدة

⸱

DOI:

10.3791/55812

⸱

يونيو 14, 2017

Gajendra W. Suryawanshi^*¹^,² , Song Xu^*³ , Yiming Xie¹ , Tom Chou³ , Namshin Kim⁴ , Irvin S. Y. Chen¹^,⁵ , Sanggu Kim⁶

¹UCLA AIDS Institute, University of California at Los Angeles (UCLA), ²Department of Microbiology, Immunology, & Molecular Genetics, University of California at Los Angeles (UCLA), ³Departments of Biomathematics and Mathematics, University of California at Los Angeles (UCLA), ⁴Personalized Genomic Medicine Research Center, Division of Strategic Research Groups, Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology, ⁵Department of Medicine, University of California at Los Angeles (UCLA), ⁶Department of Veterinary Biosciences, College of Veterinary Medicine, The Ohio State University (OSU)

^* These authors contributed equally

في هذه المقالة

ملخص

تصف هذه المخطوطة الإجراء التجريبي وتحليل البرمجيات لمقايسة موقع التكامل ثنائية الاتجاه التي يمكن أن تحلل في وقت واحد المنبع والمصب ناقلات الحمض النووي تقاطع المضيف. يمكن استخدام منتجات ير ثنائية الاتجاه لأي منصة تسلسل المصب. البيانات الناتجة هي مفيدة لمقارنة عالية الإنتاجية، الكمية من أهداف الحمض النووي متكاملة.

الملخص

تعد مقايسات التكامل (إس) عنصرا حاسما في دراسة مواقع تكامل الفيروسة الرجعية وأهميتها البيولوجية. في دراسات العلاج الجيني للفيروسات الرجعية الأخيرة، استخدمت مقايسات إس، بالاقتران مع تسلسل الجيل التالي، كأداة تتبع الخلايا لتوصيف سكان الخلايا الجذعية النسيلي الذين يتقاسمون نفس الشيء. لمقارنة دقيقة من استنساخ الخلايا الجذعية ريبوبولاتينغ داخل وعبر عينات مختلفة، حساسية الكشف، استنساخ البيانات، والقدرة الإنتاجية العالية للمقايسة هي من بين الصفات فحص الأكثر أهمية. ويوفر هذا العمل بروتوكولا مفصلا وسير عمل تحليل البيانات لتحليل إس ثنائي الاتجاه. المقايسة ثنائية الاتجاه يمكن أن تتسلسل في وقت واحد كل من المنبع والمصب تقاطعات ناقلات المضيف. وبالمقارنة مع النهج التقليدية لتسلسل إس أحادي الاتجاه، فإن النهج ثنائي الاتجاه يحسن إلى حد كبير معدلات الكشف عن داعش وتوصيف أحداث التكامل عند طرفي tانه يستهدف الحمض النووي. ويحدد خط أنابيب تحليل البيانات الموصوفة هنا بدقة وتعدد متواليات إس المتطابقة من خلال خطوات متعددة من المقارنة ترسم متواليات إس على الجينوم المرجعي وتحدد أخطاء التسلسل. باستخدام إجراء الفحص الأمثل، قمنا مؤخرا بنشر أنماط إعادة إحياء مفصلة الآلاف من الخلايا الجذعية المكونة للدم (هسك) استنساخ التالية زرع في ماكاك ريسوس، مما يدل للمرة الأولى على نقطة زمنية دقيقة من إعادة التركيب هسك والتغاير الوظيفي ل هسس في نظام الرئيسيات. يصف البروتوكول التالي الإجراء التجريبي خطوة بخطوة وسير العمل تحليل البيانات التي تحدد بدقة وتحدد متواليات إس متطابقة.

المقدمة

الفيروسات القهقرية تدخل الحمض النووي الجيني في الجينوم المضيف في مواقع مختلفة. هذه الخاصية الفريدة من نوعها، والتي قد تسهم في تطوير السرطانات وغيرها من أشكال المرضية الفيروسية، لديها فائدة سخرية من جعل هذه الفيروسات قابلة للتحويل إلى الهندسة الخلوية للعلاج الجيني والبحوث البيولوجيا الأساسية. موقع التكامل الفيروسي (إس) - الموقع على الجينوم المضيف حيث يتم دمج الحمض النووي (الفيروس) الأجنبية - له آثار هامة على مصير كل من الفيروسات المتكاملة والخلايا المضيفة. وقد استخدمت مقايسات إس في مختلف البيئات البحثية البيولوجية والسريرية لدراسة اختيار موقع الاندماج الفيروسي والامراض، وتطوير السرطان، وبيولوجيا الخلايا الجذعية، وعلم الأحياء الت....