مقالة منهجية

تحليلات شبكة الحمض النووي الريبي الداخلية المتنافسة في الفئران المصابة بانسداد الشريان الدماغي الأوسط بناء على lncRNA و miRNA وتعبير mRNA

666 مشاهدات

⸱

DOI:

10.3791/68876

⸱

أكتوبر 7, 2025

 ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Pharmacy, The First Affiliated Hospital of Anhui University of Chinese Medicine, 2School of Pharmacy, Anhui University of Chinese Medicine, 3School of Medical Economics Management, Anhui University of Chinese Medicine, 4Xin'an Medical Research Institute, 5Key Laboratory of Xin'An Medicine, Ministry of Education, 6Anhui Province Key Laboratory of Chinese Medicinal Formula

في هذه المقالة

ملخص

استخدمت هذه الدراسة تحليلات المعلوماتية الحيوية والتحقق التجريبي للتحقيق بشكل منهجي في الأدوار التنظيمية والآليات الأساسية للحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر (lncRNAs) التي تعمل كحمض النووي الريبي الداخلي التنافسي (ceRNAs) في السكتة الدماغية الإقفارية.

الملخص

تهدف هذه الدراسة إلى التحقيق في الأدوار التنظيمية والآليات الأساسية ل lncRNAs التي تعمل كحمض الريبوز المرئي في السكتة الدماغية الإقفارية. بناء على فرضية ceRNA ، تم تحديد lncRNAs و miRNAs و mRNAs كمكونات لشبكة تنظيمية تشارك في السكتة الدماغية. تم اختيار lncRNAs الرئيسية من الشبكة الفرعية الناتجة لتحليلها مفصلا. كشف تحليل الإثراء الوظيفي باستخدام علم الوجود الجيني ورسم خرائط المسار من خلال موسوعة كيوتو للجينات والجينومات عن تفاعلات حاسمة داخل شبكة ceRNA المرتبطة بالحمض النووي الريبي الشمالي. تم التحقق من صحة المسارات الرئيسية ، بما في ذلك إشارات الكالسيوم ، وإشارات تقاطع الفجوة ، وتفاعل مستقبلات الترابط النشط العصبي ، باستخدام تحليل اللطخة الغربية. تألفت شبكة ceRNA المنشأة من 334 lncRNAs و miRNAs و mRNAs ، مع تحليل التخصيب الوظيفي الذي يتنبأ بأدوارها البيولوجية. تم اختيار ثلاثة lncRNAs ذات مركزية عالية الدرجة لبناء شبكة فرعية تمثيلية ceRNA. كشف تحليل اللطخة الغربية أنه بالمقارنة مع المجموعة الزائفة ، فإن مستويات التعبير عن البروتينات الرئيسية - CaMKII و calmodulin و CX36 و PKC و CX43 و GRIA3 و GABRA6 و NPY1R تم تنظيمها بشكل كبير في مجموعة النموذج ، في حين أن التعبير عن CaN كان منظما بشكل ملحوظ (P < 0.05). تشير هذه النتائج إلى أن lncRNAs تشارك بشكل كبير في التسبب في السكتة الدماغية. في الختام ، تؤدي lncRNAs التي تعمل كحمض سيرنا أدوارا تنظيمية حاسمة في التسبب في السكتة الدماغية الإقفارية.

المقدمة

السكتة الدماغية الإقفارية ، وهي اضطراب عصبي سائد ، تؤدي إلى تلف دائم في الدماغ أو إعاقة طويلة الأمد أو الوفاة1،2،3،4. تشكل MicroRNAs (miRNAs أو miR) ، والحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر (lncRNAs) ، والحمض النووي الريبي المرسال (mRNA) شبكات تنظيمية بوساطة الحمض النووي الريبي5،6،7،8. تنظم هذه الجزيئات الوظائف الخلوية من خلال آليات معقدة مختلفة ،ويتم التعرف على 9،10بشكل متزايد كمساهمين في الفيزيولوجيا المرضية للسكتة الدماغية. ومع ذلك ، على الرغم من ارتباطها المتزايد بالحالة ، فإن الأدوار الدقيقة لهذه الحمض النووي الريبي غير المشفر لا تزال غير واضحة. يعد إجراء مزيد من التحقيق في الحمض النووي الريبي الجديد غير المشفر أمرا ضروريا لتوضيح الآليات الجزيئية الكامنة وراء السكتة الدماغية الإقفارية.

تعمل LncRNAs كمنظمين رئيسيين للتعبير الجيني أثناء بدء وتطور الحالات المرضية المختلفة. تعمل الحمض النووي الريبي الريبي الداخلي المتنافس (ceRNAs) ، وترتبط الحمض النووي الريبي الريبي ب miRNAs لممارسة تأثيرات تنظيمية محددة11. Wei et al. أفاد أن lncRNA AK038897 يعمل كحمض سيرنا من خلال استهداف miR-26a-5p ، وبالتالي تعديل بروتين كيناز 1 المرتبط بالموت (DAPK1) لتفاقم إصابة نقص تروية التروية الدماغية12. تشير الدراسات إلى أن الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر SNHG1 (lncRNA SNHG1) يعمل كحمض سيرنا لتنظيم أمراض الأوعية الدموية الدماغية عن طريق تعديل مسار إشارات HIF-1α / VEGF من خلال التفاعل مع miR-18a13. تظهر دراسات إضافية أن الجين الطويل غير المشفر للحمض النووي الريبي المعبر عنه من قبل الأم 3 (lncRNA MEG3) يعدل موت الخلايا المبرمج العصبي من خلال سلسلة إشارات miR-21 / PDCD414. في حين تم تحديد العديد من lncRNAs و miRNAs و mRNAs من خلال التسلسل عالي الإنتاجية أو تحليل المصفوفات الدقيقة ، فإن وظائف هذه الجزيئات في السكتة الدماغية لا تزال غير واضحة ، وهناك حاجة ماسة إلى إنشاء شبكات تنظيمية بوساطة الحمض النووي الريبي.

لذلك ، تهدف هذه الدراسة إلى إنشاء شبكة شاملة lncRNA-miRNA-mRNA بناء على فرضية ceRNA باستخدام البيانات التي تم جمعها مسبقا ، وتحليل شبكات ceRNA الفرعية المختارة من خلال علم الوجود الجيني (GO) وموسوعة كيوتو للجينات والجينومات (KEGG) لإثراء وظائف lncRNA بشكل أفضل. يمكن أن تكشف النتائج أن العديد من lncRNAs تعمل ك-ceRNAs ، مما قد ينظم miRNAs محددة و mRNAs المستهدفة. يمكن أن يسلط تخصيب GO الضوء على العمليات البيولوجية الرئيسية ، مثل التطور الخلوي ، ونقل الإشارات ، وتنظيم دورة الخلية ، بينما يمكن أن يكشف إثراء المسار عن مشاركتها في المسارات المتعلقة بالسكتة الدماغية ، والاستجابات المناعية ، والتمثيل الغذائي. يمكن أن تسلط هذه النتائج الضوء على الأدوار المحتملة ل lncRNAs في العمليات الخلوية المتنوعة وآليات المرض.

يتم تقديم العديد من التحسينات الرئيسية على طرق تحليل شبكة ceRNA الحالية في أبحاث السكتة الدماغية الإقفارية ، كما تدعمها المقارنات مع الدراسات ذات الصلة: أولا ، دمج التحقق من الصحة متعدد الطبقات من خلال الجمع بين بناء الشبكة والتحقق من المسار الوظيفي. على عكس Li et al.15 ، الذي يركز بشكل أساسي على التنميط المعلوماتي الحيوي لشبكات ceRNA المرتبطة بالمناعة باستخدام بيانات النسخ العامة ، قم ببناء شبكة ceRNA تضم 334 lncRNAs و miRNAs و mRNAs والتحقق من صحة مسارات الإشارات الحرجة (إشارات الكالسيوم ، وإشارات تقاطع الفجوة ، وتفاعل مستقبلات الترابط النشط العصبي) من خلال تحليل اللطخة الغربية ، ومعالجة الحد من الاعتماد المفرط على تنبؤات السيليكو كما رأينا في Fan et al.16، الذي يبني شبكة ceRNA مرتبطة بالحمض النووي الريبي ولكنه يفتقر إلى التحقق التجريبي من المسارات النهائية ، ويؤكد الأهمية الوظيفية للشبكة المتوقعة عن طريق تحديد تعبير البروتين (على سبيل المثال ، CaMKII و CX36 و GRIA3) في كل من النموذج والمجموعة الوهمية ؛ التركيز على الحمض النووي الريبي الريبي الأساسي ذو الأهمية الطوبولوجية العالية، وتعزيز خصوصية النتائج؛ على عكس Cheng et al.17 ، الذي ينشئ شبكة lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA مع 3 lncRNAs و 2 miRNAs و 24 mRNAs ولكنه لا يعطي الأولوية للمنظمين الرئيسيين ، حدد 3 lncRNAs ذات مركزية عالية لبناء شبكة فرعية تمثيلية ، مما يضمن تثبيت الرؤى الميكانيكية على العقد الأكثر نفوذا وتحسين قابلية التفسير مقارنة بالشبكات الأوسع والأقل تركيزا مثل تلك الموصوفة في Li et al.18، الذي يتضمن 62 lncRNAs ولكنه يفتقر إلى تحليل الشبكة الفرعية المستهدفة؛ توفير معلمات تجريبية مفصلة لتحسين قابلية التكاثر: استخدم 500 نانوغرام -1 ميكروغرام من إجمالي الحمض النووي الريبي المستخرج من أنسجة المخ (6 فئران لكل مجموعة: 20 نموذجا من طراز MCAO و 20 ضابطا يتم تشغيله بواسطة صورة) لإعداد المكتبة ، مع رقم سلامة الحمض النووي الريبي (RIN) > 8.0 لضمان الجودة ، وهي تفاصيل غير محددة في Wang et al.19 ، والتي تتحقق من صحة المؤشرات الحيوية circRNA ولكنها تحذف مواصفات إدخال الحمض النووي الريبي ؛ توظيف ذكور الفئران SPF SD (220 ± 30 جم) مع MCAO ، وهو نموذج مستخدم على نطاق واسع ، ولكن لاحظ صراحة حدوده ، فهو لا يكرر تماما تعقيد الأوعية الدموية للسكتة الدماغية البشرية أو الاستجابات المناعية كما هو موضح في Li et al. - والتخفيف من ذلك عن طريق التقسيم الطبقي للفئران حسب الدرجات العصبية (1-3) لتوحيد شدة الاحتشاء ؛ الاعتراف بقيود الدراسة: قد لا تلتقط شبكة ceRNA تعديلات ما بعد الترجمة ، ويمكن توسيع حجم العينة للتحقق من صحة اللطخة الغربية (ن = 6 لكل مجموعة) ، مع العمل المستقبلي ليشمل مجموعات أكبر وتحليلات بروتينية لمعالجة هذه الفجوات.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

البروتوكول

تمت الموافقة على التجارب على من قبل لجنة الأخلاقيات التجريبية بجامعة آنهوي للطب الصيني (رقم الترخيص: AHUCM-rats-2024006) وتم إجراؤها وفقا للإرشادات المؤسسية ومعايير استخدام في JoVE. تم استخدام أربعين من الذكور من فئران SD من الدرجة SPF (220 جم ± 30 جم) في هذه الدراسة. يتم سرد الكواشف والمعدات المستخدمة في جدول المواد.

1. التجارب

  1. إيواء في مركز تجارب في ظل ظروف تجريبية قياسية. حافظ على دورة ضوئية / داكنة لمدة 12 ساعة ، وقم بتغيير الفراش يوميا ، ووفر الوصول المجاني إلى الطعام والماء.
  2. القتل الرحيم للحيوانات في نهاية التجربة عن طريق إعطاء 150 مجم / كجم من بنتوباربيتال الصوديوم عن طريق الحقن داخل الصفاق للحث على حالة تخدير عميق (باتباع البروتوكولات المعتمدة مؤسسيا). تأكد من التخدير العميق من خلال عدم وجود استجابة انعكاسية لقرصة المخلب ، ومراقبة التنفس لضمان الفقدان الكامل للعلامات الحيوية ، ثم المضي قدما في قطع الرأس.

2. تحريض نموذج انسداد الشريان الدماغي الأوسط (MCAO) في الفئران

  1. يتم تحفيز التخدير عن طريق إعطاء حقنة 1٪ بنتوباربيتال الصوديوم داخل الصفاق بجرعة 40 ملغ/كغ20 (باتباع البروتوكولات المعتمدة من المؤسسات). قم بتقييم عمق التخدير باستخدام قرصة إصبع القدم وردود الفعل القرنية.
    1. مراقبة معدل التنفس ومعدل ضربات القلب باستمرار طوال العملية. ضع مرهم العين المعقم القائم على الزيت المعدني مباشرة بعد تحريض التخدير لحماية العين21.
  2. بمجرد التخدير الكامل ، قم بعمل شق في خط الوسط في الرقبة واكشف بعناية الشريان السباتي المشترك الأيمن (CCA) والشريان السباتي الداخلي (ICA) والشريان السباتي الخارجي (ECA). تحت التصور المباشر ، استخدم أدوات الجراحة المجهرية المناسبة (مثل الملقط والمقص) لفصل النسيج الضام المحيط برفق وتعريض كل شريان بالكامل.
    1. بعد تعريض الشرايين ، قم بربط ECA و CCA باستخدام الغرز الجراحية. اربط عقدة جراحية آمنة لمنع تدفق الدم وتقليل النزيف أثناء الإجراءات اللاحقة. تأكد من الشد المناسب لإنشاء مجال ثابت لإدخال الخياطة.
    2. قم بعمل شق صغير عند تشعب ECA و ICA باستخدام مقص العيون للتحضير لإدخال الخياطة. حدد خياطة من النايلون بقطر 0.25 مم وطول 18 مم من طرف الطرف المستدير (على شكل كرة). أدخل الخيط من خلال موقع الشق عند تقاطع ECA-ICA وقم بتقدمه برفق على طول ICA إلى عمق حوالي 18.5 مم ± 0.5 مم لإغلاق الشريان الدماغي الأوسط والحث على نقص تروية الدماغ البؤري.
    3. قم بتثبيت خياطة النايلون المدخلة في الأنسجة المحيطة أو الأوعية الدموية باستخدام الغرز الجراحية لمنع الإزاحة. بعد الحفاظ على MCAO لمدة 2 ساعة, الحث على نقص تروية / إصابة التروية. استخدم ملقطا جراحيا ناعما للإمساك بخيط النايلون برفق واسحب ببطء حوالي 5 مم لاستعادة تدفق الدم الدماغي جزئيا والحث على إصابة إعادة التروية. في المجموعة الوهمية ، قم بربط الشريان السباتي فقط دون إدخال صمة الخيط22.
  3. بعد أسبوع واحد من الإنشاء الناجح لنموذج MCAO ، قم بتخدير الفئران بعمق. بمجرد عدم وجود استجابة لقرصة المخلب ، قم بقطع رأس الأدمغة وحصادها بسرعة. اشطف أنسجة المخ بالمحلول الملحي العادي ، ثم قم بتخزينها في ثلاجة -80 درجة مئوية للحفظ بالتبريد23.
  4. درجة الوظيفة العصبية
    1. تقييم الوظيفة العصبية باستخدام طريقة تسجيل Longa لتحديد نجاح نموذج MCAO24. في 24 ساعة بعد التروية ، قم بتقييم الوظيفة العصبية في كل فأر وقم بتعيين درجة بناء على المعايير التالية: النتيجة 0: لا يوجد عجز عصبي ملحوظ. النتيجة 1: ثني الطرف الأمامي الأيسر أثناء تعليق الذيل ، لم يتم تمديد الطرف الأمامي بالكامل ؛ النتيجة 2: ثني الطرف الأمامي الأيسر أثناء تعليق الذيل مع مقاومة منخفضة بشكل ملحوظ على الجانب المصاب (الأيسر) عند وضعه على سطح مستو ؛ النتيجة 3: نفس النتيجة 2 ، مع حركات دوران أو حركات دوران لا إرادية إضافية أثناء الزحف ؛ النتيجة 4: فقدان الوعي أو الموت خلال 24 ساعة.
      ملاحظة: تشير الدرجة الأعلى إلى اضطراب سلوكي أكثر حدة وضعف عصبي أكبر.
  5. احسب حجم الاحتشاء الدماغي باستخدام تلطيخ 2،3،5-ثلاثي فينيل رباعي ترازوليوم كلوريد (TTC)
    1. قسم كل دماغ فأر خارج الجسم الحي على طول المستوى الإكليلي إلى خمس شرائح متساوية السماكة. تأكد من أن سمك كل شريحة بدقة 2.0 مم ± 0.1 مم. اغمر الأقسام بالكامل في محلول تلطيخ TTC طازج بنسبة 2٪ (وزن / حجم).
      1. لف حاوية التلوين بورق الألمنيوم لحماية المحلول من الضوء واحتضان العينات في حاضنة بدرجة حرارة ثابتة عند 37 درجة مئوية ± 0.5 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة. بعد التلوين ، لاحظ تلطيخ اللون الأحمر الوردي في أنسجة المخ الطبيعية ، بينما تظل المناطق المحبطة بالإقفاري غير ملطخة (بيضاء) بسبب فقدان نشاط نازعة الهيدروجين.
    2. انقل شرائح الدماغ الملطخة ب TTC إلى محلول بارافورمالديهايد 4٪ (وزن / حجم) وقم بتثبيته عند 4 درجات مئوية لمدة 24 ساعة للحفاظ على مورفولوجيا الأنسجة. بعد التثبيت ، التقط صورا رقمية للشرائح باستخدام نظام تصوير عالي الدقة. سجل وأرشفة البيانات بعد 24 ساعة من التثبيت.
    3. استخدم برنامج ImageJ لتحديد حجم الاحتشاء والحجم الكلي لأنسجة المخ لكل مجموعة فئران بعد تلطيخ TTC. احسب النسبة المئوية لحجم الاحتراق المصحح باستخدام الصيغة25 التالية:
      حجم الاحتشاء المصحح (٪) = {[إجمالي حجم الآفة − (حجم نصف الكرة الأيسر - حجم نصف الكرة الأيمن)] / حجم نصف الكرة الأيمن} × 100٪.
    4. استخدم برنامج GraphPad Prism لتصور وتحليل أحجام الاحتشاء المصححة إحصائيا عبر اختبار t غير المزوجاه. حدد الدلالة الإحصائية على أنها P < 0.05.

3. تسلسل الحمض النووي الريبي عالي الإنتاجية

  1. حدد أنسجة المخ من ثلاثة فئران في كل مجموعة. قم بإزالة الحمض النووي الريبوزي (rRNA) من إجمالي عينات الحمض النووي الريبي باستخدام مجموعة إزالة الحمض النووي الريبي Ribo-Zero وفقا لتعليمات الشركة المصنعة.
    1. قم بإنشاء مكتبات الحمض النووي التكميلي (cDNA) باستخدام مجموعة TruSeq RNA Library Prep Kit باتباع البروتوكول القياسي. استخدم مكتبات (كدنا) المنقاة لإنشاء نظام المجموعة وتسلسله.
  2. استخدم البيانات الأساسية التي تم إنشاؤهامسبقا 26 ، والتي وفرت جميع مكتبات التسلسل ومجموعات البيانات لهذه الدراسة ، دون الاعتماد على المكتبات التي تم إنشاؤها حديثا. ركز العمل الحالي على تحليل الاندماج المتكامل لمجموعات البيانات الحالية هذه دون إنشاء مكتبات RNA-seq جديدة أو بيانات تسلسل.
    1. تأكيد موافقة لجان الأخلاقيات المؤسسية ذات الصلة على الدراسة السابقة. إجراء تسلسل عالي الإنتاجية لتقييم ملف تعريف تعبير miRNA بشكل منهجي في الفئران المصابة ب MCAO ، مع الالتزام بالبروتوكولات الموحدة كما هو موضح سابقا27.
      ملاحظة: يتم توفير بيانات مراقبة الجودة لمكتبة تسلسل الحمض النووي الريبي في الملف التكميلي 1.

4. تحليل التعبير التفاضلي للحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر ، والحمض النووي الريبي الصغير ، والحمض النووي الريبي المرسال

  1. احصل على تعليقات توضيحية لجينات ترميز البروتين ، و miRNAs ، و lncRNAs من Ensembl (https://www.ensembl.org/index.html) و miRBase (https://www.mirbase.org/) و NONCODE (http://www.noncode.org/) ، حسب الاقتضاء28،29،30. تحديد كمية التعبير الجيني باستخدام StringTie31 (https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/).
    1. قم بتجميع القراءات المحاذاة من كل عينة إلى نسخ باستخدام مجمع StringTie. استخدم وحدة دمج StringTie لدمج تجميعات النسخ من جميع العينات، وإنشاء مجموعة موحدة من النصوص المتسقة عبر المجموعة النموذجية. استخدم هذا النسخ المدمج لتقدير وفرة النسخ32.
    2. قم بإجراء التقدير الكمي لجينات ترميز البروتين و lncRNAs من خلال تطبيق تطبيع المتوسط المقتطع لقيم M (TMM) وحساب الشظايا لكل كيلو قاعدة من النص لكل مليون قراءة معينة (FPKM) لكل نسخة33،34.
  2. قم بإجراء تحليل التعبير التفاضلي باستخدام حزمة edgeR (https://bioconductor.org/) لتحديد lncRNAs المعبر عنها تفاضليا (DELs) و miRNAs (DEMis) و mRNAs (DEMs) بين MCAO ومجموعات التحكم. قم بتحويل مصفوفة العد الخام التي تمت تصفيتها إلى كائن edgeR DGEList. تقدير التشتت المشترك وتعيين نفس قيمة التشتت لكل جين أو miRNA.
    1. قم بإجراء اختبار دقيق لمقارنة التعبير الجيني بين المجموعات. استرجع تغيير log2 fold (log2FC) ، وعدد السجلات لكل مليون (logCPM) ، وقيم P ، وقيم P المعدلة بمعدل الاكتشاف الخاطئ (FDR) لكل جين35 معبر عنه تفاضلي. حدد الدلالة الإحصائية على أنها P < 0.05 مع عتبة تغيير الطي |log2 (FC) | > 1.

5. التنبؤ بأهداف الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر والحمض النووي الريبي المرسال للحمض النووي الريبي الصغير المعبر عنه تفاضليا

  1. استرجع تسلسلات DEMis و DELs من قواعد البيانات المناسبة. استخدم أدوات التنبؤ بتفاعل miRNA-lncRNA miRanda36 و RNAhybrid37 لتحديد التفاعلات المحتملة بين DEMis و DELs. الحصول على أزواج تفاعل miRNA-mRNA من قاعدة بيانات miRWalk 3.0 (http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/)38

6. بناء الشبكة التنظيمية الطويلة غير المشفرة للحمض النووي الريبي - microRNA - الحمض النووي الريبي المرسال

  1. قم ببناء الشبكة التنظيمية lncRNA-miRNA-mRNA بناء على فرضية ceRNA39،40.
    1. احسب معامل ارتباط بيرسون (PCC) بين DELs و DEMs. حدد أزواج lncRNA-mRNA لمزيد من التحليل إذا > PCC 0.99 و P < 0.01.
    2. لكل زوج من الرموز الريفية الريبونية المعبر عنها بشكل مشترك، حدد miRNAs المشتركة التي تستهدف كلا النصين. استخدم هذه miRNAs المشتركة لإنشاء شبكة التعبير المشترك miRNA-mRNA-lncRNA.
    3. استخدم Cytoscape (https://cytoscape.org/) لإنشاء وتصور شبكة تفاعل lncRNA-miRNA-mRNA41،42. اتبع الخطوات التالية:
      1. استخدم المكون الإضافي CytoNCA لحساب مركزية المسافة البينية (BC) ومركزية التقارب (CC) ومركزية الدرجة (DC) لكل عقدة.
      2. حدد الجينات ذات درجات المركزية التي تتجاوز القيم المتوسطة لجميع المقاييس الثلاثة لبناء الشبكة الفرعية الرئيسية النهائية.
      3. استخدم المكون الإضافي CytoHubba لتحديد أفضل 10 جينات محورية في شبكة تفاعل البروتين والبروتين واستخراج العقد الرئيسية المحددة في الخطوة 2.
      4. احسب درجة العقدة لكل مكون من مكونات شبكة ceRNA.

7. تحليلات الإثراء الوظيفي

  1. قم بإجراء تحليلات تخصيب مسار GO و KEGG لمزيد من التحقيق في وظيفة الحمض النووي الريبي43. استخدم حزمة clusterProfiler (https://bioconductor.org/) لتصور نتائج الإثراء44.

8. تحليل اللطخة الغربية للكشف عن مستويات التعبير عن البروتينات الرئيسية المشاركة في lncRNA - المسارات المتعلقة ب ceRNA

  1. تحت التخدير العميق ، قم بإزالة الدماغ بأكمله بسرعة. بعد إزالة السحايا والأوعية الدموية بعناية ، اعزل الأنسجة القشرية في المنطقة المصابة باحتشاء الفئران45. استخدم مقصا ناعما لتقطيع الأنسجة إلى قطع صغيرة ، مع التأكد من أن كل قطعة تزن ما بين 50 مجم و 100 مجم. نقل عينات الأنسجة الموزونة إلى أنابيب تجانس مبردة مسبقا.
    1. قم بإعداد المخزن المؤقت لتحلل البروتين بنسبة حجم PMSF إلى مخزن تحلل RIPA 1: 100 (التركيز النهائي 1 ملي PMSF). أضف المخزن المؤقت للتحلل بنسبة 200 ميكرولتر لكل 20 مجم من الأنسجة. قم بتجانس العينات جيدا باستخدام مجانس زجاجي معقم بالحرارة حتى يتم تكسير الأنسجة جيدا.
    2. احتضن المتجانسات على الثلج لمدة 30 دقيقة ، مع التقليب برفق كل 10 دقائق لتسهيل التحلل الكامل. قم بالطرد المركزي للعينات عند 28،656.6 × جم لمدة 15 دقيقة عند 4 درجات مئوية. استنشق بعناية المادة الطافية التي تحتوي على البروتين الكلي دون إزعاج الحبيبات.
  2. أضف 5× من الرحلان الكهربائي لهلام دوديسيل الصوديوم (SDS-PAGE) إلى عينة البروتين بنسبة 1: 4 (حجم واحد من 5× مخزن مؤقت إلى 4 أحجام من عينة البروتين). بعد التخفيف ، يكون تركيز العمل النهائي لمخزن التحميل SDS-PAGE هو 1×.
    1. تخلط جيدا وتسخن في حمام مائي مغلي لمدة 10 دقائق لتشويه البروتينات تماما. اترك العينات تبرد إلى درجة حرارة الغرفة. قم بتحميل 30 ميكروغرام من كل عينة في آبار الهلام SDS-PAGE.
    2. قم بإجراء الرحلان الكهربائي على مرحلتين: ضع 80 فولت لمدة 30 دقيقة لحل البروتينات من خلال هلام التراص ، ثم قم بزيادة إلى 120 فولت لمدة ساعة واحدة لفصل البروتينات في هلام الحل.
  3. قم بإعداد ورق الترشيح المقطوع مسبقا وأغشية ثنائي فلوريد البولي فينيل (PVDF) لتتناسب مع حجم الجل. انقع غشاء PVDF في الميثانول لمدة 3 دقائق لتنشيطه. اغمر كل من غشاء PVDF وورق الترشيح في المخزن المؤقت للنقل لمدة 5 دقائق.
    1. قم بتجميع شطيرة النقل بالترتيب التالي (من أعلى إلى أسفل): لوحة الأنود ، ثلاث طبقات من ورق الترشيح ، غشاء PVDF ، هلام ، ثلاث طبقات من ورق الترشيح ، لوحة الكاثود. تأكد من المحاذاة الصحيحة لطبقات الجل والغشاء وورق الترشيح. قم بإزالة جميع فقاعات الهواء في كل خطوة لضمان النقل المتساوي.
  4. مباشرة بعد نقل البروتين ، اشطف غشاء PVDF في مخزن الغسيل الغربي لمدة 5 دقائق لإزالة المخزن المؤقت للنقل المتبقي. سد الغشاء في درجة حرارة الغرفة لمدة ساعتين مع الاهتزاز اللطيف في المخزن المؤقت الحجب الغربي الذي يحتوي على 5٪ مسحوق الحليب منزوع الدسم ، أو استخدم 5٪ BSA في حالة الكشف عن البروتينات الفسفرسة.
  5. بعد الحجب ، احتضان الغشاء بالجسم المضاد الأساسي (1: 1000) عند 4 درجات مئوية طوال الليل مع الاهتزاز اللطيف. في اليوم التالي ، احتضن الغشاء بالجسم المضاد الثانوي (1: 10،000) لمدة ساعتين في درجة حرارة الغرفة.
  6. قم بإجراء الكشف عن الإضاءة الكيميائية في غرفة مظلمة لمنع تداخل الضوء. ضع جانب البروتين لغشاء PVDF بشكل مسطح في وسط لوحة التعريض في نظام التصوير الأوتوماتيكي.
    1. امزج كميات متساوية من كاشف ECL A وكاشف ECL B في أنبوب طرد مركزي نظيف قبل الاستخدام مباشرة. ضع محلول ECL المختلط بالتساوي على سطح الغشاء لبدء تفاعل الإنارة
    2. بعد 1-2 دقيقة من الحضانة في درجة حرارة الغرفة ، قم بإزالة السائل الزائد برفق دون إزعاج سطح الغشاء. اضبط معلمات التعريض الضوئي على نظام التصوير وفقا لشدة التلألؤ لتحسين التقاط الإشارة.

9. التحليل الإحصائي

  1. تحليل نتائج البقعة الغربية باستخدام برنامج ImageJ لتحديد قيم النطاق الرمادي. استخدم GraphPad Prism للتحليل الإحصائي للبيانات التجريبية. عبر عن جميع البيانات كمتوسط ± الانحراف المعياري (x ± SD). تقييم الاختلافات الإحصائية بين المجموعات باستخدام اختبار t غير المزدوج.
    1. أدخل البيانات من مجموعتي العينة المستقلتين في جدول بيانات البرنامج ، حيث تتوافق كل مجموعة مع عمود منفصل والعينات مستقلة عن بعضها البعض. تحقق من الحالة الطبيعية عن طريق تحديد "اختبارات الحالة الطبيعية والتماثل" ضمن وظيفة "تحليل" وتطبيق اختبار Shapiro-Wilk على كلتا المجموعتين.
    2. إذا كان P > 0.05 لكلتا المجموعتين ، فضع في اعتبارك البيانات الموزعة عادة. على هذا الأساس، حدد اختبار t غير المقترن ضمن اختبارات t في الدالة تحليل لإجراء التحليل. حدد الدلالة الإحصائية على أنها P < 0.05.

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

النتائج

تظهر النتائج التجريبية للتحقق من معدل النجاح لكل مجموعة من نماذج الفئران في الشكل 1. بعد النمذجة ، تم إجراء تسجيل الوظيفة العصبية على الفئران (الشكل 1 أ). أظهرت المجموعة النموذجية عجزا عصبيا شديدا ، وتم تضمين أولئك الذين حصلوا على درجات تتراوح من 1 إلى 3 في التجارب اللاحقة. يوضح الشكلان 1 ب و ج نتائج تلطيخ TTC ، حيث يمثل اللون الأحمر أنسجة المخ الطبيعية والأبيض يشير إلى المنطقة المصابة بالاحتشاء. أظهرت المجموعة النموذجية احتشاءا دما...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المناقشة

للتحقيق في الآليات الجزيئية الكامنة وراء التسبب في السكتة الدماغية وتحديد الأهداف التشخيصية والعلاجية المحتملة ، تم إجراء تحليلات RNA-Seq وتحليلات RNA-Seq الصغيرة (sRNA-Seq) على أنسجة المخ من الفئران التي تتبع MCAO. تهدف هذه الدراسة في المقام الأول إلى التحقيق في الشبكات التنظيمية المعقدة التي تتضمن lncRNAs و miRNAs و mRNAs. تم إجراء تحليل شامل لمجموعات بيانات RNA-Seq و sRNA-Seq من أنسجة دماغ الفئران التي يسببها MCAO لتوضيح الشبكة التنظيمية lncRNA-miRNA-mRNA. تم إنشاء تفاعل شبكي واسع الن...

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

الإفصاحات

يذكر المؤلفون أنه لا توجد مصالح متنافسة.

شكر وتقدير

تم دعم هذه المخطوطة من قبل مشروع تمويل المرشح الاحتياطي للقادة الأكاديميين في مقاطعة آنهوي (رقم 2022H287) ، ومشروع مفتاح البحوث الصحية في مقاطعة آنهوي (المرجع: AHWJ2022a013) ، ومشروع مفتاح أبحاث العلوم الطبيعية بكلية مقاطعة آنهوي (رقم 2023AH050745) ، ومشروع المواهب المتميزة للصحة والصحة في مقاطعة آنهوي (NO. ahsjhmypygc20230074).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

المواد

قائمة المواد المستخدمة في هذه المقالة
الاسمالشركةرقم فهرسيالتعليقات
محلول تلطيخ TTC 2٪ (وزن / حجم)بكين كانجل استنساخ التكنولوجيا الحيوية المحدودة ؛20230805تلطيخ TTC
4٪ (وزن / حجم) محلول بارافورمالديهايدبيوتايمص 0099أنسجة المخ الثابتة
40 ذكر من فئران SD من الدرجة SPFHagzhou Ziyuan مختبر تربية المحدودةSCXK [zhe] 2024-0004المختبر
5٪ حليب مجفف منزوع الدسمالعلم النباتيطفر1519البنك الدولي
نظام الرحلان الكهربائي الاغاروزبكين Liuyi التكنولوجيا الحيوية المحدودةDYCP-44Pالبنك الدولي
أداة التعرض التلقائيشنغهاي Peiqing التكنولوجيا المحدودةشبيبة - M6Pالبنك الدولي
مقياس التعريض التلقائيشنغهاي Peiqing التكنولوجيا المحدودةشبيبة - M6Pالبنك الدولي
صانع الثلج الأوتوماتيكيمدينة تشانغشو Xueke الأجهزة الكهربائية المحدودةIMS-20البنك الدولي
كالمودولينتقارب49ب2443البنك الدولي
كامكيتقارب14G0796البنك الدولي
الطرد المركزيHaimen Qilinbeier أداة التصنيع المحدودةLX 300البنك الدولي
حزمة clusterProfilerالموصل الحيويclusterProfiler_4.17تحليلات الإثراء
سي اكس 36زينبيوN24AP24البنك الدولي
سي اكس 43زينبيوM08NO01البنك الدولي
طقم التلألؤ الكيميائي فائق الحساسية ECLبيوشاربBL520Bالبنك الدولي
فرن تجفيف الهواء الكهربائي بالحرارةشنغهاي Sanfa الصك العلمي المحدودة[دتغ-9070]البنك الدولي
جهاز الرحلان الكهربائيشنغهاي Tianeng التكنولوجيا المحدودة (تانون)EPS300البنك الدولي
جهاز الرحلان الكهربائيشنغهاي تانون للعلوم وأمبير شركة التكنولوجيا المحدودةEPS300البنك الدولي
خزان الرحلان الكهربائيشنغهاي تانون للعلوم وأمبير شركة التكنولوجيا المحدودة[في-180]البنك الدولي
غابرا6تقارب46 فولت 5371البنك الدولي
الماعز المضادة للفأر IgGز-بيو142637البنك الدولي
الماعز المضادة للأرانب IgGز-بيو139931البنك الدولي
غريا 3تقارب0C33051البنك الدولي
جهاز طرد مركزي مبرد عالي السرعةشركة Anhui Jiawen للمعدات الصك المحدودةجي دبليو -3021 إتش آرالبنك الدولي
نظام هاي سيك 2500إيلوينا/تسلسل الحمض النووي الريبي عالي الإنتاجية
برنامج ImageJالمعاهد الوطنية للصحةImageJ 1.54kتلطيخ TTC
المحرض التدفئة المغناطيسيةمدينة تشانغتشو ومصنع الأدواتجي جي -79-1البنك الدولي
ماصة دقيقةألمانيا Eppendorf/البنك الدولي
جهاز طرد مركزي صغير بدرجة حرارة عاديةشركة Haimen Qi Limber Instrument Manufacturing Co.، LTD. LX300LX300البنك الدولي
NPY1Rتقارب2D38248البنك الدولي
ماصهإيبندورف0.5-10ulالبنك الدولي
بي كي سيتقارب17 [إ3745]البنك الدولي
علامة البروتين الملطخة مسبقابيوشاربBL712Cالبنك الدولي
غشاء PVDFميليبورIPVH00010البنك الدولي
طقم إزالة الحمض النووي الريبي الريبي Ribo-ZeroIllumina ، سان دييغو ، كاليفورنيا ، الولايات المتحدة الأمريكية/استخراج الحمض النووي الريبي
محلل ريبابيوشاربBL504 أالبنك الدولي
بنتوباربيتال الصوديومبكين ثينك فار التكنولوجيا المحدودةميركمخدر
أداة غشاء النقلشنغهاي تانون للعلوم وأمبير شركة التكنولوجيا المحدودة[في-186]البنك الدولي
جهاز الغشاءشنغهاي Tianeng التكنولوجيا المحدودة (تانون)[في-186]البنك الدولي
&beta ؛ - أكتينز-بيو19AW0505البنك الدولي

المراجع

  1. Marquez-Ortiz, R. A., et al. Neuroimmune support of neuronal regeneration and neuroplasticity following cerebral ischemia in juvenile mice. Brain Sci. 13 (9), 1337(2023).
  2. Han, M., Ma, B., She, R., Xing, Y., Li, X. Correlations between serum cxcl9/12 and the severity of acute ischemic stroke, a retrospective observational study. Neuropsychiatr Dis Treat. 19, 283-292 (2023).
  3. Wang, J., Shan, A., Shi, F., Zheng, Q. Molecular and clinical characterization of ang expression in gliomas and its association with tumor-related immune response. Front Med (Lausanne). 10, 1044402(2023).
  4. Ma, W., et al. Effects of ischemic postconditioning and long noncoding RNAs in ischemic stroke. Bioengineered. 13 (6), 14799-14814 (2022).
  5. Deng, Y., et al. High-throughput sequencing to investigate lncRNA-circRNA-miRNA-mRNA networks underlying the effects of beta-amyloid peptide and senescence on astrocytes. Front Genet. 13, 868856(2022).
  6. Li, R. B., Yang, X. H., Zhang, J. D., Cui, W. Gas6-as1, a long noncoding RNA, functions as a key candidate gene in atrial fibrillation-related stroke determined by ceRNA network analysis and WGCNA. BMC Med Genomics. 16 (1), 51(2023).
  7. Shu, J., Yang, L., Wei, W., Zhang, L. Identification of programmed cell death-related gene signature and associated regulatory axis in cerebral ischemia/reperfusion injury. Front Genet. 13, 934154(2022).
  8. Zou, J. B., et al. Reconstruction of the lncRNA-miRNA-mRNA network based on competitive endogenous RNA reveal functional lncRNAs in cerebral infarction. Sci Rep. 9 (1), 12176(2019).
  9. Zheng, H. Y., et al. Longitudinal transcriptome analyses show robust T cell immunity during recovery from COVID-19. Signal Transduct Target Ther. 5 (1), 294(2020).
  10. Lu, Z., Deng, M., Ma, G., Chen, L. Trim38 protects h9c2 cells from hypoxia/reoxygenation injury via the traf6/tak1/nf-κb signalling pathway. PeerJ. 10, e13815(2022).
  11. Zhang, C., et al. Long noncoding RNAs in intracerebral hemorrhage. Front Mol Neurosci. 16, 1119275(2023).
  12. Wei, R., Zhang, L., Hu, W., Wu, J., Zhang, W. Long noncoding RNA ak038897 aggravates cerebral ischemia/reperfusion injury via acting as a cerna for mir-26a-5p to target dapk1. Exp Neurol. 314, 100-110 (2019).
  13. Retraction: LncRNA snhg1 regulates cerebrovascular pathologies as a competing endogenous RNA through hif-1α/vegf signaling in ischemic stroke. J Cell Biochem. 126 (4), e70017(2025).
  14. Yu, Z., et al. Tnf-α stimulation enhances the neuroprotective effects of gingival MSCs-derived exosomes in retinal ischemia-reperfusion injury via the meg3/mir-21a-5p axis. Biomaterials. 284, 121484(2022).
  15. Li, Y., et al. Profiling immune cell-related gene features and immunoregulatory ceRNA in ischemic stroke. Mol Biomed. 5 (1), 72(2024).
  16. Fan, R., et al. Integrated analysis of circRNA-associated ceRNA network in ischemic stroke. Front Genet. 14, 1153518(2023).
  17. Cheng, L., Zhao, Y., Ke, H. Comprehensive analysis of lncRNA-miRNA-mRNA cerna network in ischemic stroke. Heliyon. 10 (9), e29651(2024).
  18. Li, S., et al. Construction of lncRNA-mediated ceRNA network for investigating immune pathogenesis of ischemic stroke. Mol Neurobiol. 58 (9), 4758-4769 (2021).
  19. Wang, X. Z., et al. Construction of circRNA-mediated immune-related ceRNA network and identification of circulating circRNAs as diagnostic biomarkers in acute ischemic stroke. J Inflamm Res. 15, 4087-4104 (2022).
  20. Movassaghi, S., et al. Effect of pentoxifylline on ischemia-induced brain damage and spatial memory impairment in rats. Iran J Basic Med Sci. 15 (5), 1083-1090 (2012).
  21. Saund, J., Dautan, D., Rostron, C., Urcelay, G. P., Gerdjikov, T. V. Thalamic inputs to dorsomedial striatum are involved in inhibitory control: Evidence from the five-choice serial reaction time task in rats. Psychopharmacology (Berl). 234 (16), 2399-2407 (2017).
  22. Fei, C., et al. Effects of tao hong si wu decoction on circular rna expression profiles in rats with middle cerebral artery occlusion. Chinese Pharmacological Bulletin. 40 (05), 954-963 (2024).
  23. Ma, R., et al. Correlation of thrombin and lc3II/I expression in different ischemic phases and different brain regions in the MCAO model rats. J Hunan Univ Chinese Med. 42 (06), 899-905 (2022).
  24. Li, S., et al. Regulation of nr4a1 by taohong siwu decoction inhibits endothelial cell apoptosis in cerebral ischemia-reperfusion injury. J Ethnopharmacol. 353 (Pt A), 120285(2025).
  25. Ji, Z. J., et al. Neuroprotective effect of taohong siwu decoction on cerebral ischemia/reperfusion injury via mitophagy-NLRP3 inflammasome pathway. Front Pharmacol. 13, 910217(2022).
  26. Duan, X., et al. RNA sequencing for gene expression profiles in a rat model of middle cerebral artery occlusion. Biomed Res Int. 2018, 2465481(2018).
  27. Duan, X., et al. Identification and functional analysis of microRNAs in rats following focal cerebral ischemia injury. Mol Med Rep. 19 (5), 4175-4184 (2019).
  28. Zerbino, D. R., et al. Ensembl 2018. Nucleic Acids Res. 46 (D1), D754-D761 (2018).
  29. Ji, X., et al. A comprehensive rat transcriptome built from large-scale RNA-seq-based annotation. Nucleic Acids Res. 48 (15), 8320-8331 (2020).
  30. Zheng, Y., et al. Npinter v5.0: NcRNA interaction database in a new era. Nucleic Acids Res. 51 (D1), D232-D239 (2023).
  31. Oliveira, L. A., et al. The widespread misuse of stringtie's gene identifier tags as de facto gene symbols does not allow consistent gene identification in published research. Gene. 954, 149440(2025).
  32. Pertea, M., et al. Stringtie enables improved reconstruction of a transcriptome from RNA-seq reads. Nat Biotechnol. 33 (3), 290-295 (2015).
  33. Zaghlool, A., et al. Characterization of the nuclear and cytosolic transcriptomes in human brain tissue reveals new insights into the subcellular distribution of RNA transcripts. Sci Rep. 11 (1), 4076(2021).
  34. Zhang, W., et al. Transcriptomic data of peach varieties with different chilling requirement levels. BMC Genom Data. 25 (1), 99(2024).
  35. Chamorro Petronacci, C. M., et al. Identification of prognosis-associated microRNAs in HNSCC subtypes based on the TCGA dataset. Medicina (Kaunas). 56 (10), 535(2020).
  36. Wang, X., et al. Exosomes activate hippocampal microglia in atrial fibrillation through long-distance heart-brain communication. BMC Cardiovasc Disord. 24 (1), 627(2024).
  37. Jiang, P., et al. Circrna-phf21a_0002 promotes pyroptosis to aggravate hepatic ischemia/ reperfusion injury by sponging let-7b-5p. Heliyon. 10 (16), e34385(2024).
  38. Faraldi, M., et al. Circulating biomarkers associated with walking performance in elderly subjects: Exploring miRNAs, metabolic and inflammatory biomarkers. Geroscience. 47 (3), 3977-3996 (2025).
  39. Jiang, H., et al. Reconstruction and analysis of the lncRNA-miRNA-mRNA network based on competitive endogenous RNA reveal functional lncRNAs in rheumatoid arthritis. Mol Biosyst. 13 (6), 1182-1192 (2017).
  40. Alipour, S., et al. Innovative targets of the lncRNA-miRNA-mRNA network in response to low-dose aspirin in breast cancer patients. Sci Rep. 12 (1), 12054(2022).
  41. Ono, K., et al. Cytoscape web: Bringing network biology to the browser. Nucleic Acids Res. 53 (W1), W203-W212 (2025).
  42. Shannon, P., et al. Cytoscape: A software environment for integrated models of biomolecular interaction networks. Genome Res. 13 (11), 2498-2504 (2003).
  43. Huckvale, E. D., Moseley, H. N. B. Predicting the pathway involvement of all pathway and associated compound entries defined in the Kyoto Encyclopedia of genes and genomes. Metabolites. 14 (11), (2024).
  44. Yu, G., Wang, L. G., Han, Y., He, Q. Y. Clusterprofiler: An R package for comparing biological themes among gene clusters. Omics. 16 (5), 284-287 (2012).
  45. Ueno, Y., et al. Axonal outgrowth and dendritic plasticity in the cortical peri-infarct area after experimental stroke. Stroke. 43 (8), 2221-2228 (2012).
  46. Arkelius, K., et al. Lox-1 and mmp-9 inhibition attenuates the detrimental effects of delayed rt-PA therapy and improves outcomes after acute ischemic stroke. Circ Res. 134 (8), 954-969 (2024).
  47. Hou, L., et al. Itgam is a critical gene in ischemic stroke. Aging (Albany, NY). 16 (8), 6852-6867 (2024).
  48. Miao, M., Lyu, M., Zhong, C., Liu, Y. Correlation between mmp9 promoter methylation and transient ischemic attack/mild ischemic stroke with early cognitive impairment. Clin Interv Aging. 18, 1221-1232 (2023).
  49. Li, W., et al. Clec7a knockdown alleviates ischemic stroke by inhibiting pyroptosis and microglia activation. J Integr Neurosci. 23 (12), 219(2024).
  50. Shi, Y., et al. C5ar1 mediates the progression of inflammatory responses in the brain of rats in the early stage after ischemia and reperfusion. ACS Chem Neurosci. 12 (21), 3994-4006 (2021).
  51. Yan, Y., Chen, L., Zhou, J., Xie, L. Snhg12 inhibits oxygen-glucose deprivation-induced neuronal apoptosis via the mir-181a-5p/negr1 axis. Mol Med Rep. 22 (5), 3886-3894 (2020).
  52. Wei, X. Y., et al. Long noncoding RNA RPL34-AS1 ameliorates oxygen-glucose deprivation-induced neuronal injury via modulating miR-223-3p/igf1r axis. Hum Cell. 35 (6), 1785-1796 (2022).
  53. Zhou, X., et al. Long noncoding RNA norad protects against cerebral ischemia/reperfusion injury-induced brain damage, cell apoptosis, oxidative stress, and inflammation by regulating miR-30a-5p/ywhag. Bioengineered. 12 (2), 9174-9188 (2021).
  54. Gao, H., et al. Long noncoding RNA Peg13 alleviates hypoxic-ischemic brain damage in neonatal mice via mir-20a-5p/xiap axis. Neurochem Res. 47 (3), 656-666 (2022).
  55. Fluri, F., Schuhmann, M. K., Kleinschnitz, C. Animal models of ischemic stroke and their application in clinical research. Drug Des Devel Ther. 9, 3445-3454 (2015).
  56. Zhao, W., et al. Comparison of RNA-seq by poly (a) capture, ribosomal RNA depletion, and DNA microarray for expression profiling. BMC Genomics. 15 (1), 419(2014).
  57. Wang, C., et al. The construction and analysis of lncRNA-miRNA-mRNA competing endogenous RNA network of Schwann cells in diabetic peripheral neuropathy. Front Bioeng Biotechnol. 8, 490(2020).
  58. Pillai-Kastoori, L., et al. Antibody validation for Western blot: By the user, for the user. J Biol Chem. 295 (4), 926-939 (2020).
  59. Liu, Q., et al. Mir-190a potentially ameliorates postoperative cognitive dysfunction by regulating tiam1. BMC Genomics. 20 (1), 670(2019).
  60. Vella, D., Zoppis, I., Mauri, G., Mauri, P., Di Silvestre, D. From protein-protein interactions to protein co-expression networks: A new perspective to evaluate large-scale proteomic data. EURASIP J Bioinform Syst Biol. 2017 (1), 6(2017).
  61. Panfil, K., Deavours, A., Kirkpatrick, K. Effects of the estrous cycle on impulsive choice and interval timing in female rats. Horm Behav. 149, 105315(2023).
  62. Ouyang, S., et al. Comprehensive bioinformatics analysis to reveal key RNA targets and hub competitive endogenous RNA network of keratoconus. Front Genet. 13, 896780(2022).
  63. Chen, X., et al. Cx3cl1/cx3cr1 axis attenuates early brain injury via promoting the delivery of exosomal microRNA-124 from neuron to microglia after subarachnoid hemorrhage. J Neuroinflammation. 17 (1), 209(2020).
  64. Karim, M. R., et al. Explainable AI for bioinformatics: Methods, tools and applications. Brief Bioinform. 24 (5), bbad236(2023).
  65. Shainer, I., et al. Transcriptomic neuron types vary topographically in function and morphology. Nature. 638 (8052), 1023-1033 (2025).

الوصول مقيد. يرجى تسجيل الدخول أو بدء فترة تجريبية لعرض هذا المحتوى.

إعادة الطباعة والأذونات

طلب إذن لإعادة استخدام النص أو الأشكال في مقالة JoVE هذه

طلب إذن

الوسوم

lncRNA miRNA ceRNA

مقالات ذات صلة