为了理解乙醇诱导的发育损伤的分子机制，我们建立了一种乙醇暴露的斑马鱼模型，并正在探索乙醇暴露后发生的物理、细胞和遗传改变1。随后，我们试图在此动物模型中寻找潜在的干预措施并快速对其进行测试。
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摘要
摘要
胎儿酒精综合征（FAS）是胚胎期暴露于乙醇所引起的一种严重表现，其特征为面部和器官的典型缺陷，以及因大脑发育紊乱和损伤导致的智力障碍。胎儿酒精谱系障碍（FASD）是一个涵盖性术语，用于描述由母亲孕期饮酒所引发的一系列出生缺陷，在美国约有4%的新生儿受此影响。由于约50%育龄女性报告曾饮酒，且一半以上的妊娠为非计划妊娠，因此乙醇的非故意暴露仍是一个持续存在的问题2。为了更好地理解乙醇造成的损害，并建立可用于测试潜在干预措施的模型，我们开发了一种利用斑马鱼胚胎研究发育期乙醇暴露的模型。斑马鱼非常适合此类致畸物研究3-8。每对斑马鱼可产下数百枚卵，且收集过程不会对成鱼造成伤害。斑马鱼胚胎具有透明特性，可方便地使用多种染色方法进行成像观察。通过对不同剂量、不同暴露时长和施用时间的乙醇处理后胚胎进行分析，发现乙醇引起的整体发育缺陷与人类出生缺陷具有一致性。本文将介绍用于研究和操作斑马鱼FAS模型的基本技术。
方案
1. 胚胎的乙醇处理
- 来自野生型交配的斑马鱼胚胎在5 ml胚胎用水中于28 °C下培养（Milli-Q水加入60 mg/L Instant Ocean）。不同品系的野生型胚胎对乙醇暴露的耐受性略有差异9。
- 乙醇暴露始于囊胚期（约受精后4.3小时，hpf），持续所需时间，最长可达24小时脉冲处理。该起始阶段大致相当于哺乳动物胚胎的着床阶段，即原肠胚形成之前。所用乙醇浓度范围为0.2%-2.5%（体积/体积）。研究表明，水溶液中25-50%的乙醇可进入发育中的胚胎10, 11。胚胎在28 °C下维持所需时间。在完成所需时间的乙醇暴露后，移除乙醇-水溶液，并用普通斑马鱼用水清洗三次，随后继续在正常条件下维持所需时间。所产生缺陷的特异性取决于乙醇处理的起始时间、剂量以及脉冲持续时间。
2. 用于RNA提取的胚胎收集 原位 杂交、抗体与软骨染色
- 为进行 qPCR 而收集 mRNA 时，需收集年龄匹配的胚胎至离心管中。移除斑马鱼培养用水后，加入含 TCEP 的裂解缓冲液。使用电动研磨器在裂解液中对胚胎进行物理性解离。随后将裂解液通过预清除柱，以去除未完全解离的大块组织。所得溶液包含裂解过程中释放的所有大分子物质。通过柱纯化法提取 RNA，随后进行洗涤和 DNase 处理。最后使用水或试剂盒制造商（5'-Prime）提供的洗脱液进行洗脱。提取的 RNA 可通过标准方法转化为 cDNA 用于 qPCR，或用于微阵列分析。
- 对于 原位 杂交和抗体染色，收集 6 至 24 小时受精后（hpf）的胚胎，并在 4 °C 下用 4% 多聚甲醛固定过夜。随后用 PBS + 0.1% Tween（PBT）清洗 3 次，以防止胚胎相互粘连。接着将胚胎经一系列 3 次甲醇:PBT 洗涤转移至 100% 甲醇中，此后可在 -20 °C 下长期保存。这些胚胎可用于 原位 杂交或抗体染色。部分抗体在甲醇处理后无法有效工作，因此需注意此限制条件，并对所用特异性抗体进行测试，以确认其在甲醇处理后是否仍具活性。
- 对于软骨染色，胚胎需培养至受精后 5 或 6 天（dpf）。随后在 4 °C 下用 4% 多聚甲醛固定过夜，再进行 3 次 PBT 洗涤。
3. 评估乙醇诱导的基因表达变化及其发育影响
- 为了确定基因表达水平的变化情况，通过qPCR对目标基因进行检测 原位 杂交。qPCR 使用由 Integrated DNA Technologies (IDT) 软件设计的引物进行，随后利用 3 个独立的生物学样本进行验证。引物验证完成后，对从收集的 RNA 样本制备的 cDNA 进行 qPCR 检测。每个样本设三个重复。PCR 反应采用 Platinum SYBR Green qPCR SuperMix（Invitrogen）试剂，在 Chroma-4 PCR 仪（BioRad）或具有多色检测系统的类似 PCR 仪上运行。除目标基因外，必须使用一组对照引物以校正 cDNA 或 RNA 制备过程中可能存在的微小差异。对于我们的斑马鱼胚胎，我们使用 gapdh：5'GAAGGTGGGAAACTGGTCAT3' 和 5'TTGCACCACCCTTAATGTGA3'。待分析基因随后以 gapdh 水平，并使用Pfaffl方法对基因表达的相对定量进行计算，基于2的倍数变化- Ct，以相对于野生型的实验组倍数差异展示数据12正常计算法假设所有基因在每个循环中都将DNA复制两次，因此将数据表示为实验基因变化量与参考基因变化量的比值，以数字“2”的幂次形式表达，该“2”代表理想PCR反应中每循环DNA扩增的效率。Pfaffl方法则用实验者根据所选PCR引物测定的实际扩增效率替代通用的“2”，从而更准确地反映PCR反应中的差异。其完整公式为：
（实验基因的效率）对照样品的Ct值 - 处理样品的Ct值) ------------------------------------------------------------------------------------- （内参基因的效率）对照样品的 Ct 值 - 处理样品的 Ct 值) - 对于 原位 杂交，地高辛（dig）标记的核糖探针由包含目的基因部分序列的质粒构建而成。在标准条件下，将年龄匹配的胚胎与核糖探针共同孵育13 使用与碱性磷酸酶偶联的抗地高辛抗体进行检测，通过显色反应（NBT/BCIP）确定标记的核糖探针的位置。随后使用徕卡体视显微镜观察胚胎。图1B-G).
- 为评估形态发生发育，应在所需时间点收集胚胎，并在解剖显微镜下进行观察。对于体节形态的观察，需对活体胚胎进行成像 14对于眼间距离和体长，胚胎用PFA固定。在所有情况下，均在解剖显微镜下以固定放大倍数拍摄所需区域的图像，并使用Adobe Photoshop软件进行测量。 10,14.
- 为了检测处理对斑马鱼幼体发育中软骨结构的影响，我们采用阿利新蓝（Alcian Blue）染色法。固定后的斑马鱼幼体置于含80%乙醇与20%冰醋酸（酸性乙醇）的阿利新蓝溶液中染色数小时或过夜。随后，幼体经多次酸性乙醇漂洗脱色，再转移至1% KOH与3%过氧化氢溶液中，以进一步清除色素细胞。斑马鱼至少需培养4天才能显现软骨结构，而5至6天龄的幼鱼软骨结构更为清晰。
- 使用吖啶橙（Acridine Orange, AO）评估活体胚胎中的细胞死亡。AO 不能穿透活细胞的细胞膜，但可与细胞膜受损的细胞（包括发生凋亡和坏死的细胞）中的 DNA 结合。将活体胚胎在含 5 mg/ml AO 的 PBS 溶液中孵育 1 小时，随后用 PBS 洗涤 3 次。然后使用共聚焦显微镜对胚胎进行成像。通过合并数字 Z 轴层扫图像生成复合图像。
4. 斑马鱼胚胎的操作
- 在鉴定出因乙醇暴露而表达下调的基因后，可尝试通过注射设计用于替代缺失基因的mRNA来进行补偿。带有帽结构的mRNA由线性化的DNA质粒作为模板，利用RNA聚合酶体外转录获得。 体外 根据制造商说明书使用转录试剂盒（mMessage Machine，Applied Biosystems）。将25-200 pg/nl的RNA溶于0.1 M KCl溶液中，注射至1-2细胞期的斑马鱼卵内。胚胎经恢复后，按上述方法用乙醇处理（图5).
- 对于任何因乙醇暴露而表达升高的基因转录本，可利用反义吗啉环寡核苷酸技术进行降低或“敲低”。反义吗啉环寡核苷酸（AMO）由 Gene Tools 公司设计，可根据实验需求阻断 RNA 向蛋白质的翻译过程，或阻断 RNA 的成熟与剪接。吗啉环寡核苷酸的作用可限制靶基因所编码蛋白的活性量，若存在相应抗体，该蛋白水平的减少可通过免疫检测进行测定。RNA 剪接型吗啉环寡核苷酸的效率可通过 RT-PCR 检测剪接与未剪接转录本的相对含量进行评估。对吗啉环寡核苷酸进行梯度稀释，可实现剂量依赖性的调控效果15. AMOs 用 Danieau 溶液（58 mM NaCl，0.7 mM KCl，0.4 mM MgSO₄，0.6 mM Ca(NO₃)₂，5 mM HEPES，pH 7.6）稀释至工作浓度（经滴定确定，为 pg 至 ng 级浓度）4，0.6 mM Ca(NO3)2，5 mM HEPES，pH 7.6）。在1-2细胞期进行显微注射，随后让胚胎发育，再按上述方法进行乙醇处理。
5. 典型结果
斑马鱼胚胎暴露于乙醇会导致多种发育和遗传缺陷，这些缺陷与其他脊椎动物中观察到的表型相关。我们已记录到轴向组织的异常发育，包括脊索（数据未显示14）。乙醇引起的发育延迟显然会干扰脊索的正常伸长过程，导致脊索变短，有时甚至出现断裂（数据未显示14）。这种早期的发育延迟及脊索缺陷可能部分导致了后续体节的异常（图2），表现为体节失去了未处理对照组中明显的V形结构，而更接近于声波信号通路（sonic signaling）减弱时所特征性的U形体节14。体节的角度可通过标准软件进行测量，未处理对照组胚胎的体节角度为92.1 ± 4.6°，而乙醇处理组则增加至122.6 ± 6.6°（p < 0.001）。
乙醇暴露的另一个后果可能是早期发育延迟以及后期脊索缺陷的下游效应，即胚胎体长缩短（图3）。即使在测量时已校正乙醇暴露引起的胚胎弯曲，乙醇暴露仍会导致躯干缩短，且该效应依赖于胚胎所暴露的乙醇剂量（图3E14）。这一发现与在发育期间暴露于乙醇的儿童中观察到的青春期前身材矮小持续存在的现象相似16, 17，提示斑马鱼模型对于理解人类先天性出生缺陷具有相关性。
胎儿酒精综合征（FAS）的经典特征之一是典型的面部表型，包括下颌发育不良、眼裂较小以及人中平滑。这些特征大多与中线组织的减少有关。动物模型研究表明，严重的乙醇暴露会导致更为显著的表型，包括并眼和独眼畸形。当对斑马鱼胚胎施加较高剂量的乙醇时，其眼内距（IOD）呈剂量依赖性减小（图4），这与人类出生缺陷的特征一致。独眼畸形仅在极高剂量下出现，但较低剂量仍可导致 IOD 显著减小（图4），提示该动物模型在面部中线发育方面存在类似的缺陷10。
为了理解乙醇暴露导致机体和面部缺陷的潜在机制，我们试图确定在发育早期发生的基因表达变化，这些变化可能合理地预期会促成后续的发育缺陷。我们通过两种方法实现这一目标：首先，从胚胎中提取 mRNA，可对乙醇处理组胚胎与对照组胚胎的基因表达水平进行定量评估（图 1A）。此外，我们还可进行原位杂交，以观察基因表达的空间模式，无论其信号是否下降（图 1B–G18）。在此示例中，展示了两个在乙醇暴露后表达水平降低的基因：gli1 和 six3b。当我们检测 six3b 的原位杂交模式时，发现乙醇暴露胚胎中该基因的表达空间范围有所缩小（图 1E–G）。在基因 gsc 中也观察到类似的表达减少（图 B–D）。six3b 和 gsc 均在将来发育为颅面中线结构的组织中表达。因此，在 8 hpf 时这些基因的表达下调，与后续观察到的眼间距离（IOD）减小结果一致，如 图 4 所示。
一旦鉴定出受乙醇影响的基因，便可采用相应机制上调或下调这些基因的表达。在此特定示例中，我们展示了2个表达下调的基因（gli1 和 six3b通过qPCR检测。我们选择注射mRNA，以确定逆转这些基因变化是否能够改善结局。在本实验中，不采用注射 gli1，我们选择注射 shh一种能够增加的配体 gli1 水平。对于 six3b 我们能够注射 six3b 其本身。我们在注射后未发现任何变化 six3b （数据未显示），但通过补充剂能够基本挽救斑马鱼胚胎的严重缺陷 shh 注射（图5).
图1。 乙醇暴露改变了早期发育基因的表达模式和部分发育相关基因的表达水平。A）8小时受精胚胎（8 hpf）的qPCR结果。显示了两个基因的结果： six3b 和 gli1结果显示为三次独立实验的平均值，乙醇剂量为2.5%。与对照组相比，两个基因的表达均显著降低（t检验， p < 0.05）。B-G） 原位 8 hpf 斑马鱼胚胎的杂交。两者 gsc 和 six3b 与对照组相比，此时间点的模式发生了改变。（经Loucks许可修改） 等 2007).
图 2. 经处理的胚胎中体节发育发生改变。在48 hpf时观察体节结构和角度。对照组胚胎（A）中，体节呈V形且角度尖锐。乙醇暴露的斑马鱼体节则更多呈I形或U形，角度也较钝。（经Loucks和Ahlgren 2009年许可修改）。
图 3. 乙醇处理显著降低斑马鱼的体长。在受精后5天测量未经处理和暴露于乙醇的胚胎体长。所有经处理的胚胎体长均显著缩短（ANOVA， p < 0.001）。B-D. 经1.0%和1.5%乙醇处理的胚胎总长度略有但显著缩短，而经2.0%和2.5%乙醇处理的胚胎则表现出更明显的缩短。E. 为控制每窝胚胎的大小差异，将每次实验的对照组胚胎标准化为100，其兄弟姐妹处理组胚胎的体长以对照组的百分比表示。（经Loucks和Ahlgren 2009年许可修改）。
图 4. 乙醇暴露导致斑马鱼胚胎眼内距离（iod）减小。A) 胚胎的正面视图显示正常和融合眼表型。B) 在原肠胚形成期间给予不同剂量的乙醇处理3小时，24小时后观察鱼类时发现眼内距离减小。融合眼和独眼畸形仅在测试的最高剂量（2.4%）下出现。* 表示与对照组相比，眼内距离显著降低。（经Ahlgren, 2004许可修改）。
图 5. shh-NmRNA注射可挽救乙醇暴露引起的斑马鱼整体发育缺陷。在单细胞至两细胞期胚胎中注射100 pg/nl的shh-NmRNA，其中一半注射后的胚胎在4.3至24 hpf期间接受标准乙醇剂量处理。在5 dpf时对胚胎进行分析。经2.0%乙醇处理的胚胎表现出尾部背侧弯曲、体节呈I形以及包括独眼畸形在内的眼部缺陷。在注射的胚胎中，76个中有71个（93%）表现出上述表型的挽救。在这些胚胎中，身体伸直，体节呈V形，眼睛完全分离。
讨论
本文所述方法及展示的结果仅揭示了斑马鱼在研究发育缺陷方面的部分应用潜力。由于其胚胎易于获取、每次产卵数量众多，且实验结果具有高度可重复性，这些脊椎动物非常适用于致畸研究。此外，斑马鱼还可经基因改造以表达荧光分子，作为特定基因或通路的可视化报告系统19。在乙醇相关研究中，所使用的剂量相较于哺乳动物的血液酒精浓度似乎较高；然而，这些数值反映的是水中的乙醇浓度，而非全部乙醇均能进入胚胎体内。
综上所述，上述所描述并详述的方法表明，斑马鱼胚胎在模拟与乙醇暴露相关的人类出生缺陷方面具有重要价值。此外，斑马鱼中发现的基因表达变化已在哺乳动物模型系统中被其他研究者证实20，提示乙醇对发育的影响在脊椎动物中具有保守性。上述许多技术也可用于其他环境或药物损伤，以快速、简便地检测潜在致畸物，并确定参与特定物质致畸作用的潜在机制。
披露
我们没有需要披露的内容。
致谢
我们感谢Monte Westerfield、Makoto Kobayashi和Jacek Topczewski惠赠质粒 原位 杂交与 mRNA 显微注射。我们感谢 Steph Erhard 出现在视频中。我们还要感谢 William Goossens 在视频所示共聚焦显微镜实验中的协助。Tyler Schwend 提供了视频中使用的图像，Rodney Dale 协助了视频的准备工作。我们同时感谢 CMRC 动物护理团队在斑马鱼饲养管理方面的工作。本研究由 NIH 基金 R21 AA13596 资助，项目负责人为 SCA。
材料
| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| 组织RNA试剂盒：5-Prime PerfectPure | 赛默飞世尔科技 | FP2302410 | |
| Platinum SYBR green qPCR SuperMix-UDG | 英潍捷基 | 11733038 | |
| mMessage mMachine 高产量加帽RNA转录试剂盒 | 应用生物系统公司 | 取决于质粒中的RNA聚合酶 |
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