基于亲和力，外的相互作用筛选（AVEXIS）外低亲和力受体 - 配体相互作用的可扩展检测

摘要

AVEXIS小说外，受体 - 配体对细胞识别过程中所涉及的系统屏幕开发的一种高通量蛋白质相互作用检测。它是专门用于检测短暂的蛋白质相互作用，难以确定使用其他高通量方法。

摘要

胞外蛋白:蛋白质分泌或栓膜蛋白之间的相互作用是同时启动间的沟通，并确保在多细胞有机体的凝聚力的关键。蛋白质预计将形成约四分之一的人类基因¹编码外的相互作用，但尽管其重要性和丰富，这些蛋白质大多数没有记载约束力的合作伙伴。这主要是由于其生化棘手:膜嵌入蛋白是难以solubilise在其天然构象，并包含结构最重要的翻译后修饰。此外，受体蛋白之间的相互作用的亲和力的特点往往是极低的互动优势，解除他们的检测与许多常用的高通量方法^2（半衰期<1秒）。

在这里，我们描述一个试验，AVEXIS（基于亲和力的细胞外LAR互动屏幕），克服这些技术挑战，使检测非常微弱的蛋白质相互作用，具有较低的假阳性率^3（T _1/2≤0.1秒）。通常实施该法在高通量格式，使成千上万在一个方便的微孔板格式的相互作用（图1）系统的筛选。它依赖于可溶性细胞表面的受体或分泌的蛋白质内筛选相互作用的胞外片段重组蛋白库包含的生产;因此，这种做法是合适的类型，II型，GPI相连的细胞表面受体和分泌蛋白质，但不为多通道的膜蛋白，如离子通道或转运。

重组蛋白库是使用一个方便的和高层次的哺乳动物表达^系统 ，以确保重要的翻译后修饰，如glycosyla添加TION和二硫键。表达的重组蛋白分泌到中期和生产有两种形式:可上的链亲和素涂层的固相筛选适合捕获生物素诱饵，和pentamerised酶标记（β-内酰胺）的猎物。诱饵和猎物的蛋白质是彼此在二进制的方式来检测它们之间的直接相互作用，类似于传统的酶联免疫吸附试验（图1）。在猎物的蛋白质pentamerisation是通过从肽序列的软骨寡聚基质蛋白（COMP）和局部浓度增加，从而提供了大量的亲和力收益，使被检测到即使非常短暂的相互作用的胞外区。诱饵和猎物筛选之前预定水平的活动正常化，我们已经表明，单体的半衰期为0.1秒的相互作用可以用较低的假阳性率检测。

方案

1。编译诱饵和猎物质粒表达载体的图书馆

1. 编译的细胞表面受体的列表和筛选相互作用的蛋白质分泌的兴趣，并从一个合适的蛋白质序列数据库检索它们的DNA序列。适合大多数蛋白质含有N-末端分泌信号肽（其中包括I型，磷脂挂钩和分泌的蛋白质）。通常情况下，蛋白质家族（如免疫球蛋白超家族或限制到特定的细胞类型，如红细胞的所有受体）会被选中。
2. 通过识别信号肽和跨膜区的蛋白质功能预测软件的位置确定外地区的程度。我们通常使用SignalP V3.0 ⁵和TMHMM V2.0 ^6。
3. 设计的引物，扩增整个每个受体胞外片段。我们有一个套件，是为这个目的，这是一个合适的诱饵和猎物载体从Addgene（vailable http://www.addgene.org/~~V ）。设计感底漆周围蛋氨酸开始，包括NotI双酶切位点和最佳Kozak序列，这是由25个碱基对精确匹配特定的基因序列（图2A）。
4. 设计反义引物，只是之前预测的跨膜区，以作为一种可溶性的重组蛋白表达的整个胞外截断I型受体蛋白。在此底漆包括的ASCI限制的网站应该翻译框架的C-末端大鼠Cd4d3 +4蛋白标记^7（图2A）。
5. 放大胞外所有使用这些引物的基因片段，并克隆到诱饵或猎物载体。我们有时会发现它有助于他们首先克隆到穿梭载体亚克隆到一个适当的哺乳动物表达载体之前，我们使用衍生pTT3载体^3,4。诱饵和猎物载体contai为n C-端蛋白标签（如下图2B）。
   1. 诱饵:一个标签包含域的第3和第4的大鼠CD4（Cd4d3 +4），其次是大肠杆菌的BirA酶的底物的一种肽序列，因此可以在一个特定的赖氨酸残基monobiotinylated的蛋白（图2B） 。 OX68单克隆抗体的Cd4d3 +4标签被识别和量化表达诱饵蛋白的酶联免疫吸附试验。诱饵蛋白因此，单体和monobiotinylated的。附加诱饵蛋白更换为净化6-His标签的载体，其中biotinylatable肽。
   2. 猎物:猎物还包含1大鼠Cd4d3的+4从大鼠软骨寡聚基质蛋白（COMP）和C-末端β-内酰胺酶的肽序列标签。 COMP肽确保猎物的五聚体形式的一次表达（图2B）。

2。猎物和诱饵蛋白表达

我们使用方便的高层次表达系统使用悬浮培养^4号线的HEK293E细胞产生的蛋白质库，但任何哺乳动物表达系统应该是合适的。市售的替代方案是自由式系统。细胞常规培养用颤抖的平台（125转）在37°C，5％CO _2，相对湿度70％。正反两方面的控制蛋白质也必须表达。大鼠Cd4d3 +4标签片段作为诱饵和猎物是合适的阴性对照。同样，诱饵和猎物载体编码阳性对照（Addgene）;我们通常使用的大鼠CD200-Cd200R互动的^8。

1. 种子的HEK293E细胞转染前一天在一个2.5×10 ⁵细胞密度毫升^-1。我们日常文化细胞在50毫升Freestyle293媒体制造商的建议量。为了确保有效的生物素，补充ţ他用来制造诱饵蛋白与D-生物素细胞培养液中终浓度为100μm。用来表达猎物蛋白中等不需要额外的D-生物素补充。
2. 翌日，使用合适的转染试剂转染细胞（如293fectin）。使用25微克的诱饵或猎物质粒结构，转染50毫升的文化。 为了生产生物素饵，共同转染质粒构建诱饵质粒编码的大肠杆菌生物素蛋白连接酶的分泌形式（ BIRA）是从Addgene提供。在10:1的比例（2.5微克）的分泌BirA蛋白的质粒共同转染的诱饵质粒。
3. 收获文化在3000×Ğ离心20分钟，上清液过滤通过0.22微米过滤器由第一制粒细胞转染后5天。

[提示:诱饵和猎物的蛋白质S应该在4°C储存稀释，作为一般指引，应在一年内使用。加入bacteriostatics如50微克/毫升多粘菌素B硫酸或10毫米南_三上清，以防止细菌污染。

3。正常化的诱饵和猎物样本

的的AVEXIS法的主要特点之一是，重组蛋白的分泌，因为他们可以稀释或集中（归）内检测中被使用之前设立的门槛活动。我们已经发现，在重组蛋白的表达水平跨越了广泛 - 高达4个数量级 - 等正常化的步骤，在屏幕上显着降低误报数量。

3.1诱饵正常化

注:D-生物素未结合，必须从媒体（通常是通过透析），因为它会与生物素白ţ蛋白结合链亲和素结合位点。

1. 诱饵上清转移到透析管，标签，安全夹和反对，如PBS合适的缓冲，以去除游离生物素广泛透析。

[提示:我们发现，通常为6×50毫升对体积的PBS，4.5大号诱饵，有4个在24小时内的变化上清达到充分透析。不足透析可以观察到在诱饵正常化的步骤（图3A）。抑制蛋白结合低稀释

2. 执行酶联免疫吸附试验，以确定其中诱饵蛋白表达的相对水平。准备系列稀释的生物素诱饵蛋白和捕捉微孔板上的链亲和素涂层。使用大鼠Cd4d3 +4标签的检测和量化的捕获诱饵蛋白的单克隆抗体（OX68）。诱饵蛋白浓缩或稀释到所需的最低金额，所有的Biot饱和在一个链霉亲和涂层板以及结合位点。
3. 与磷酸盐的链霉亲和涂层板座，水井缓冲saline/0.1％吐温20（PBST）/ 2％的牛血清白蛋白（BSA）为15分钟。
4. 在一个单独的板块，使PBST / 2％BSA和一个链霉亲和涂层板转移到水井中的诱饵蛋白系列稀释（通常就足够了四个1时03稀释）。在室温下孵育1小时。
5. 在PBST洗3倍。加入100μL2μg/ mL的鼠标灭鼠Cd4d3 +4抗体（OX68）1小时室温孵育。
6. 在PBST洗3倍。加入PBST / 2％牛血清白蛋白在1:5,000稀释100μL抗鼠碱性磷酸酶孵育1小时室温。
7. 在PBST洗3倍和执行最终在PBS洗，以去除任何残留的洗涤剂。加入100μL1毫克/毫升基质在乙醇胺缓冲区（二乙醇胺10％（V / V），MgCl _2的 0.5毫米，10毫米为NaN _3，pH9.8，存放避光4 104℃）。
8. 一个小时后，测量在405 nm处的吸光度。代表的诱饵正常化结果显示在图3A。
9. 诱饵蛋白质表达水平不足以饱和的链霉亲和涂层板的所有生物素结合位点，用稀释时，应集中使用Vivaspin集中（Vivascience，截留分子量10kDa）。为指导，我们估计，一个典型的诱饵蛋白（〜80 kDa的）〜5微克是足够饱和的96孔板。
   1. 在高水平表达诱饵蛋白可稀释PBST / 2％BSA的浓度足以饱和的链霉亲和涂层板。诱饵的活动，应稀释或浓缩后复查，以确保他们所有的生物素结合位点的链霉亲和涂层板饱和。

3.2捕食正常化

1. 量化相对猎物蛋白的表达水平，使用β-内酰胺酶的活性。
2. 首先，一个包含猎物蛋白在PBST / 2％BSA的缓冲上清稀释系列。然后加入20μL的稀释至60μL242微米（0.125毫克/毫升）硝噻吩溶液（Calbiochem公司）。
3. 立即转移到微孔板阅读器，需要20分钟，在室温下在每分钟485 nm处的吸光度测量板。代表的猎物正常化结果如图3B所示。
4. 集中使用离心浓缩的样品或稀释PBST / 2％BSA〜2 nmol分钟^-1硝噻吩的营业额达到一个阈值活动。实际上，这是实现如果所有的硝噻吩〜7分钟内水解。

4。 AVEXIS筛选程序

1. 在PBST洗链霉亲和涂层板。
2. 每孔加入100μLPBST / 2％BSA孵育30分钟，以阻止任何虚假的蛋白质结合位点，在每口井。

[提示:去除任何残留的洗涤缓冲液洗涤步骤后，挖掘板块 - 大力 - 纸巾]

3. 取出阻塞的解决方案与智能多片板轻弹，添加100μL，规范化的生物素化的单体诱饵，以适当的井和1小时室温孵育。
4. 从板的诱饵样品上翻板和巧妙超过水槽弹，并在PBST洗3次。
5. 加入100μL的归pentamerized猎物每口井的建设，并在室温孵育1小时，洗净，在步骤4.4，只执行最后用PBS洗。
6. 加入60μL242微米硝噻吩溶液（硝噻吩5毫克溶于500μL二甲基亚砜，调匀，然后进一步稀释在40毫升PBS硝噻吩并通过0.22μm过滤器前通过增加板），并在室温下孵育。可以观察到良性互动通过眼睛，因为黄色的硝噻吩水解红色。量化阅读使用酶标仪在485 nm处的吸光度。一个典型的板块和定量图所示。 4。

[提示:良性互动通常在室温下观察，在2小时内，虽然板应放置16小时，在4°C，以确保所有潜在的相互作用检测。我们还发现偶尔会导致沉淀nitrocefin和塑料如划痕/指纹微孔板上的缺陷可以在485 nm处的不真实误报，​​尽管没有明显的硝噻吩水解。因此，建议采取板块的照片直观地记录在井硝噻吩的营业额。]

5。代表结果

一个有代表性的AVEXIS筛选板的一个例子如图4所示。每个人都应该遵守水解硝噻吩在基板（黄色到红色）阳性对照井（抗体介导的捕获猎物的控制和阳性对照互动）大约在十几分钟内。在屏幕的某些相互作用还观察到在这段时间内的规模，但其他人可能需要更长的时间（几个小时）出现。通常情况下，命中率约0.4-0.6％（为被甄别每150-250相互作用的良性互动）是典型的，取决于正在筛选蛋白质库。


图1。受体-配体相互作用介导细胞识别过程AVEXIS鉴定 。示意图显示了两个相互作用的细胞（A和B）交换信息通过嵌入膜受体蛋白之间的相互作用。 AVEXIS是专门设计，以确定新的受体 - 配体的特点是非常弱相互作用优势对一个可伸缩的蛋白质相互作用检测。重组，以便luble蛋白库，占整个胞外两种细胞的细胞表面受体的剧目被编译成五聚体β-内酰胺酶标记的猎物（细胞A型）或单体生物素标记的诱饵（细胞B型）。猎物的pentamerisation增加当地的胞外区的浓度，对整体的亲和力增益，所以可以发现，即使是很短暂的相互作用。链霉亲和涂层钢板上摆着诱饵库和系统探讨与猎物蛋白相互作用。经过短暂的洗涤，任何捕获猎物被发现使用β-内酰胺酶的活性与猎物的关联。


图2。诱饵和猎物的结构设计。 （一）提供大鼠CD200受体蛋白作为整个细胞表面的受体蛋白的胞外区是如何确定的，并引物的设计，使两个诱饵的例子和猎物的表达结构。从N-端信号肽跨膜大鼠CD200跨膜区的cDNA，并翻译成蛋白质序列。感引物的设计，包括5'NotI双酶切网站和CD200 cDNA序列的25个基地的精确匹配序列的最佳Kozak序列。反义引物包含一个的ASCI网站和25基地位于立即上游选定的胞外截断残留精确匹配序列。为了让与大鼠Cd4d3 +4标签帧的胞外，ASCI网站应转化为甘氨酸，丙氨酸-PRO。 （二）诱饵和猎物的表达结构的示意图表示。每一个都包含NotI双和ASCI地点和Cd4d3的+4标记两侧的受体胞外区。诱饵包含一个C-末端肽序列表达质粒的分泌的BirA酶，可以专门染monobiotinylated。其次由pentamerisation序列的猎物软骨寡聚基质蛋白（COMP）和β-内酰胺酶。


图3。诱饵和猎物的蛋白质正常化。诱饵正常化（ 一 ）代表性的例子。稀释系列的四种不同透析诱饵上清用ELISA法检测，使用抗CD4标记单克隆抗体。四诱饵是1> 2> 3> 4不同程度的表达。毒饵应正常化饱和阈值水平，在每口井的生物素结合位点。高表达的诱饵可稀释节约蛋白质（如诱饵1可以稀释〜1:100），不善表达的诱饵集中。有时也观察到一些诱饵（如诱饵2），这是由于游离D-生物素的存在，由于不完整的透析减少在低稀释的读数。 （二）在哪个猎物蛋白的水平是前按下的量化使用β-内酰胺酶的底物，硝噻吩水解率。在所示的例子中，在不同层面表达三个猎物:猎物1> 2> 3。应正常化〜2 nmol ^-1分钟，相当于在7分钟内完成14.5 nmol硝噻吩水解（如猎物1）活动的猎物。在这个例子中，其他的猎物，应集中使用前筛查。


图4。代表AVEXIS筛选结果。 （A）一个有代表性的AVEXIS筛选板的照片。猎物蛋白探讨对41个不同的饵料和检测以及E2的良性互动。在筛查板使用的控制包括:生物素化的抗CD4抗体捕获猎物蛋白添加到井（G6），控制互动:大鼠CD200（诱饵）Cd200R（猎物）与Cd200R的的猎物在门槛稀释使用（高3），1:10（H4）和1:100型（H5）。阴性对照:1 Cd4d3 +4诱饵探测与猎物蛋白（H1）的筛选和Cd200R猎物（H2）。 （二）一式三份执行相同的屏幕吸光度值量化。数据点的平均值±标准差。

讨论

当体内观察到活细胞的细胞膜表现出高度的动态行为:扩展和回缩膜过程中，为他们联系和沟通，与他们的邻居^2。膜嵌入的受体蛋白之间的物理相互作用，调解这些接触很多已经发展到极度虚弱，以便允许这个高度能动的行为。据估计，单体50μM弱相互作用的优势可能足以推动在生理上的受体密度^9，这使得检测新颖的互动，极具挑战性的^2,10自发的相互作用。 AVEXIS这里描述的方法提供了一个敏感的方法检测瞬态胞外蛋白:蛋白具有较低的假阳性率，可以在一个可扩展的方式实现的交互。而其他可伸缩的方法已发展到检测外的相互作用^11-15一AVEXIS优势是诱饵和猎物的活动，如实验参数已被量化，甚至检测最弱的相互作用（T _1/2≤0.1秒），同时保持较低的假阳性率^3。此外，精简和健壮的样品制备程序已经启用此法可实现更大的规模上比其他实验，我们最近描述了系统的互动屏幕，共计超过16500 ^16〜潜在的相互作用。

该法可以对任何蛋白质，它是可能的表达可溶性重组蛋白片段。因此，这包括蛋白质，含有如类型我的GPI挂钩和分泌的蛋白质N-末端的信号肽。最近，我们设计了一个载体，现在让我们来表达II型蛋白作为诱饵¹⁷套房。该法一般不适合多通道的膜蛋白，如离子转运或泵，因为它们是不可能被正确折叠外质膜中。我们已申请到各种不同的系统，并已成功地表达胞外蛋白^3,16,18斑马鱼，人类，小鼠和P.恶性的互动屏幕。

设立AVEXIS屏幕所需的资源方面，我们已经找到了一个重要的瓶颈是选择，建设，充分表达质粒测序。这方面的方法，可以采取长达一年〜100诱饵和猎物的结构，然而，我们现在用的基因合成降低成本，有利于商业这方面的项目外包。大摇组织培养孵化器（我们使用一个INFORS的高温Multitron细胞）的哺乳动物表达系统，使一个单一的研究员，表达和正常化〜100诱饵和猎物的蛋白质一个月。一旦生产和规范化的蛋白质的互动creening是快速板被方便地每天处理高达12 96。只有定制的设备，我们已经制定促进生产如此大量的蛋白质，是压缩空气驱动活塞，这是用来传递五上清，0.22μm的过滤器通过并行。

上课的时候相比，预计从文学（假阴性）的相互作用可能错过的相互作用主要是同种的相互作用，尽管这些相互作用可以检测^3。在没有检测到预期的相互作用的情况下，我们相信，这是由于猎物蛋白（猎物"掩蔽效应"）的同种相互作用的形成，从而防止进一步固定化诱饵蛋白相互作用。相互作用检测的频率取决于被筛选蛋白质库的内容。作为一个读者的指南，屏幕> 30，000个斑马鱼的免疫球蛋白超家族内的相互作用，导致188正片- ^3,16,18频率为0.6％。可以进行验证任何积极的命中是非常迅速的检查，以确定是否相互作用可以检测两个诱饵猎物方向;即可以相同的相互作用被发现不论是否结合蛋白作为诱饵或猎物。每当我们观察到了这种回报行为，随后被绑定已证明是由证明直接利用表面等离子体共振的纯化蛋白饱和约束力的具体。应当强调的，因为我们增加人工pentamerising猎物蛋白结合的亲和力，我们不考虑适合的互动优势定量比较分析。为了获得结合生物物理参数，我们使用单体蛋白质和表面等离子体共振的相互作用。最后，一​​旦互动已经确定，您好检测GH吞吐量性质使得它比较容易适应的检测试剂，如抗体或小分子阻止互动屏幕。

材料

本文使用的材料清单

姓名	公司	目录编号	评论
试剂名称	公司	猫。数	评论
自由式媒体	Invitrogen公司	12338018
硝基噻吩	Calbiochem公司	484400
SA涂层微量板	NUNC	734-1284
OX68抗体	AbDSerotec	MCA1022R
透析管	刺穿	PN68100
多粘菌素B	西格玛	P4932
D-生物素	西格玛	B4639-5G
基板-104	西格玛	1040-506
vivaspin-20离心浓缩	赛多利斯	VS2002
0.22微米的过滤器	NALGENE	190-2520