本文描述了用于量化贴壁细胞与微结构基底之间机械相互作用的实验方案。这些相互作用与细胞迁移、增殖、分化和凋亡等基本细胞行为密切相关。本方案介绍了一款名为 MechProfiler 的开源图像分析软件,该软件可实现对每个微柱所受作用力的测定。
需要JoVE订阅才能观看此内容。 请登录或开始免费试用
本文描述了用于量化贴壁细胞与微结构基底之间机械相互作用的实验方案。这些相互作用与细胞迁移、增殖、分化和凋亡等基本细胞行为密切相关。本方案介绍了一款名为 MechProfiler 的开源图像分析软件,该软件可实现对每个微柱所受作用力的测定。
集成柔性微柱的细胞培养基底可使研究人员研究细胞与其周围微环境之间的力学相互作用,尤其关注细胞与基底之间的相互作用。目前,微柱阵列技术已发展成熟,过去十年中已发表大量相关应用。然而,由于微柱制备过程耗时且技术难度较高,同时缺乏易于使用的软件来分析细胞与微柱相互作用的图像,生物学家对该技术的采用仍持保留态度。
微柱产生的力信号读取出人意料地简便。微柱的作用类似于弹簧,细胞理想情况下附着在其顶端。根据细胞大小,细胞通过一个或多个局灶性黏附点将其细胞骨架产生的力传递至微柱,从而导致微柱发生偏转。偏转程度与所施加力的方向和大小直接相关。细胞覆盖的微柱数量以及微柱偏转模式具有特征性,可据此确定每根微柱受力等数值,以及多种具有生物学意义的参数,从而实现对细胞表型的“力学特性分析”(mechano-profiling)。
本文介绍了一种便捷的机械性能分析方法,该方法结合了第一代即用型市售微柱阵列与本实验室开发的软件包,该软件现已向所有研究人员开放。作为典型应用的示例,采用明场显微镜拍摄骨癌细胞的单张图像,用于转移性细胞系模型的机械性能分析。这种商业化的牵引力传感器与开源分析软件的结合,首次使得非专业用户能够快速将微柱阵列技术应用于常规实验工作。此外,该方法具备稳健且流程化的分析过程,使用户能够以高度高效的时间利用率分析大量微柱图像。
力敏型细胞实验可用于研究贴壁细胞,其应用范围广泛,反映了力学因素在细胞生物学中的核心作用。这些应用通常聚焦于驱动亚细胞过程或整个细胞行为的潜在机制。一方面,外部环境因素(如细胞外基质的成分或基质刚度)可显著影响细胞的力学和生物学响应1。在使用多种药理活性化合物后,也可观察到类似现象,其效应通常通过细胞培养模型进行表征2。另一方面,基因型特性(如由自发或实验诱导的基因突变引起的变化)可导致细胞表型发生显著改变,这些改变常与细胞骨架结构和功能的异常相关3。上述例子仅仅是细胞力学表型分析相关研究主题中的一小部分,而这些主题均已成功地利用微柱阵列进行过有效研究。
截至目前,已有约200篇文章发表,描述了细胞与微柱之间的相互作用。这些研究既探讨了微柱弯曲原理的理论方面,也提供了其制造过程中的实际操作指导。首篇描述细胞与柔性微柱阵列相互作用的文章由Tan及其同事于2003年发表4。与传统的牵引力显微镜技术(TFM)不同,后者使用连续的软基底来估算纳米牛顿量级的细胞收缩力,而Tan 等则提出了一种方法,采用多个由硅酮弹性体制成的紧密排列的垂直微梁结构。该技术的主要优势源于两个关键特征:首先,为了改变细胞所感知的基底刚度,只需调整微柱的几何尺寸,同时保持基底材料组成不变,从而避免了表面拓扑结构和化学性质的差异;其次,微柱可作为独立的弹簧单元,能够以单个黏着斑级别的力和空间分辨率进行离散化分析,从而降低了传统TFM类似分析中固有的复杂性。
如今,微柱阵列的应用范围已远不止于少数单细胞的力图谱绘制。例如,Akiyama 报道了利用天蛾幼虫的分离背血管组织作为微柱阵列的驱动器,以开发由昆虫肌肉驱动的自主型微型机器人5。
然而,大多数已发表的微柱应用研究集中于感染或癌症等医学领域。例如,已有研究利用微柱阵列来分析淋病奈瑟菌(Neisseria gonorrhoea)菌落中成束的IV型菌毛所产生的力学特性,这种力学作用与增强感染的信号级联反应相关6。此外,其他研究者也采用微柱技术研究经细胞骨架靶向药物处理后的乳腺癌细胞7。
微柱的偏转通常采用经典悬臂梁理论进行描述,假设细胞仅附着在微柱的最顶端,并承受末端载荷。此处引起偏转量 δ 的施加力 F 取决于微柱的“弯曲刚度” k,其计算公式如下:
(1)
其中E、I和L分别为杨氏模量、截面惯性矩和梁的长度。然而,该方程的结果仅能对作用力提供粗略估算,因为未考虑梁的剪切与弯曲以及基底翘曲等因素。鉴于微柱通常由聚二甲基硅氧烷(PDMS)基硅橡胶等软材料制成,这些因素必须予以考虑。Schoen 等 证明了存在一个基于微柱长径比(L/D)和相应聚合物泊松比的校正因子 v.8 由以下公式给出:
(2)
其中 Ttilt(v) 为包含拟合参数 a = 1.3 的倾斜系数,该参数可在同一篇文章中找到:
(3)
这意味着微柱的校正刚度 kcorr 等于纯弯曲刚度 k=kbend 与校正因子 corr 的乘积,其中校正因子由以下公式给出:
(4)
因此,细胞力的计算应使用经过进一步改进的公式(1)变体,其表达式如下:
(5)
一旦使用微柱结构的典型尺寸参数,校正的影响就变得更加明显。例如,对于由基于PDMS的硅橡胶制成、长度为15微米、横截面为圆形且直径为5 µm的微柱,其校正因子为0.77,因此未经校正的计算会将细胞施加的力高估23%。对于长径比较小的微柱,这种偏差更为严重。
传统上,微柱图像分析也基于理想化的梁弯曲理论。2005年,率先使用微柱阵列的研究团队发布了一款适用于微柱分析的图像分析软件9。该软件需要软件许可证,用户必须对每个位置采集三幅图像:透射模式下微柱顶部和底部平面各一幅,以及染色细胞的荧光模式图像一幅。通过比较每个微柱的顶部和底部位置,该软件可确定力矢量场,并计算每根微柱受力等相关参数。目前还存在其他软件包,其分析原理在描述这些软件的相关文章中略有提及,但这些分析软件通常并未公开提供10,11。
用于绘制细胞受力图的微柱阵列可分为正交微柱排列和六边形微柱排列,其中后者的优势在于所有相邻微柱之间的间距相等。典型的微柱具有圆形横截面,其尺寸直径范围为 1.0 µm 至 10 µm,长度范围为 2 至 50 µm。4 然而,也已有具有椭圆形或方形横截面的微柱的报道。12,13
使用基于聚二甲基硅氧烷(PDMS)的硅胶混合物作为微柱材料,可将纳米颗粒添加到混合物中。例如,加入钴纳米棒可实现微柱的磁性激活,从而为潜在的实验设计提供更多自由度。14 大多数研究团队在平坦的刚性基底(如盖玻片)或培养皿内部制备微柱阵列。然而,Mann 及其同事最近报道了一种在可拉伸膜上形成的微柱阵列。15 这种设计可在研究贴壁细胞的活细胞亚细胞动态响应(如细胞收缩力)的同时,对细胞施加拉伸力。
目前广泛使用且最为成熟的微柱阵列制备方法基于软光刻技术,如Sniadecki及其同事在深入的实验方案中所述16-18。简而言之,采用标准的洁净室工艺,利用SU8光刻胶在硅片表面加工出微结构。随后通过复制工艺,将硅橡胶浇铸于这些结构之上,从而形成模具。在第二步中,这些模具被用于在选定的基底上再次使用硅橡胶复制原始的微结构。然而,尽管相关应用的研究论文数量众多且持续增长,但对于微加工领域的专家而言,建立一套稳定的微柱制备工艺仍需耗费大量时间;该过程中有许多步骤需要针对特定的实验室环境和微柱布局进行优化与调整,才能达到可接受的质量水平。
商用微柱阵列现已以即用型(“即取即用”)形式提供,具有稳定且高质量的特点。因此,它们可作为现场生产所需复杂且耗时的制造工艺的替代方案。本文使用一种市售的微柱阵列,通过单幅明场显微图像来绘制细胞力学力分布图。更重要的是,本文介绍并记录了一款功能完整的开源软件MechProfiler,该软件可作为本论文的补充材料下载。该软件的持续维护版本也可在http://www.orthobiomech.ethz.ch获取。
将现成的检测方法与兼容的开源分析软件相结合,显著降低了开展精确牵引力显微镜(TFM)实验的门槛。即使研究人员无法使用洁净室设备或不具备软件开发专业知识,也能成功分析细胞受力。该方法使用户能够专注于力敏性检测的结果,而非技术本身,从而使牵引力测量技术惠及更广泛的研究群体。此外,这也是迈向微柱阵列全自动筛选的重要一步。
MechProfiler 分析软件可处理 tiff、png、bmp 和 jpg 格式的图像文件。图像可通过荧光、相差或明场光学显微镜获取。该独立程序需与免费的 Matlab 编译器运行时(可在:图 12 获取)配合使用,其底层算法支持高效的图像处理,使用户能够在约 1 分钟内完成单个或多个细胞图像的处理。此外,这些细胞可以是活细胞,也可以是“固定”后的细胞。
MechProfiler 软件能够通过利用高质量商用微柱阵列的可重复性,显著提高数据分析通量;更具体而言,可以假设阵列中每根微柱的默认“未偏转”位置位于理想网格之上(本研究中所用阵列的网格制造偏差小于 100 nm)。
简而言之,操作流程包括打开一系列图像文件进行分析,将图像裁剪至感兴趣区域,定义被细胞覆盖的柱状结构或需剔除的柱状结构,确定柱状结构的位置,计算相对于理想网格的偏转/受力情况,最后保存所有与细胞相关的数据,并支持导出,包括导出至标准办公电子表格格式。
访问受限。请登录或开始试用以查看此内容。
1. 在微柱阵列上培养细胞
注意:所有步骤均须在生物安全柜中进行,以确保无菌。此处提供的体积适用于 T25 细胞培养瓶。细胞培养基配方和细胞接种密度已针对骨癌细胞系 HuO9 和 M132 进行优化。
2. 固定 & 细胞染色
注意:此处提供的所有步骤和体积均针对12孔板中的单个孔。建议每次处理12个孔中的不超过4个孔,以避免在吸除液体后孔内干燥,导致微柱塌陷。
3. 细胞成像
注意:步骤 4 仅适用于不带无限远校正光学系统的显微镜。
4. 使用开源软件“MechProfiler”进行图像分析
注意:所有软件功能均可使用指向设备通过鼠标左键激活。然而,经过训练的操作员将使用设计在键盘左半部分的记录快捷键,以实现高效的双手图像处理。
5. 数据分析——力学表征
访问受限。请登录或开始试用以查看此内容。
所述技术的主要优势在于其简便性以及能够快速有效地整合到常规实验室工作中的潜力。高质量的商用传感器阵列与开源软件相结合,可提供有关机械敏感性的信息,而这些信息原本需要洁净室设施以及图像分析和软件开发方面的深入知识才能获得。图1展示了本方法的工作流程。首先将细胞接种并培养在微柱阵列上,固定并染色后,微柱阵列即可用于成像。该技术的核心部分是使用MechProfiler软件进行图像分析。用户只需在图形用户界面(GUI)的“设置”中输入所有相关参数,即可立即开始分析图像。对应的像素尺寸是指单个像素所代表的实际长度,其值取决于用户的实验装置。对于每种使用的放大倍数,需通过拍摄已知尺寸物体的图像来单独确定该参数。补充材料中的图9给出了一个示例。
图像质量是一个关键因素,因为它会显著影响分析过程。为了获得最高质量的图像,应确保使用稳定且定期维护的成像平台,如图2所示。特别是光源的对准非常重要,因为未对准会导致产生不希望的阴影,这在图像分析时可能带来问题。此外,在大多数实验室中,将光学显微镜放置在防...
访问受限。请登录或开始试用以查看此内容。
本研究旨在通过显著降低技术与实践门槛,推动牵引力显微镜领域的发展。这些障碍主要来自两个方面。首先是必须克服的诸多非平凡技术挑战,以实现微柱阵列的可重复制造与实验部署。其次同样具有挑战性的是,需要对单细胞受力进行可靠且半自动化的分析——需注意,典型的实验可能需要分析数百甚至数千个细胞。上述技术的开发旨在使无驻场工程专业知识的细胞生物学实验室也能便捷地开展基于微柱的牵引力显微镜研究。本文介绍的传感器与分析方法可使非专业人员能够快速而准确地分析单个细胞所施加的力。
除了需要进入配备至少一台中档明场显微镜的细胞生物学实验室外,所述方法几乎不需要其他复杂的技术设备。即使用户经验有限,也能开展有效的牵引力显微镜实验,尽管该技术功能强大且用途广泛。然而,在本实验方案中有三个关键方面必须加以注意。首先,必须确保微柱阵列始终被液体覆盖,以避免因毛细作用力导致微柱塌陷。其次,需要优化微柱图像的成像参数,最佳做法是在同一阵列位置上连续采集多幅图像,同时调整曝光时间、光圈大小和补偿环位置。找到微柱顶端的正确焦平面至关重要,考虑到传感器阵列的轴向尺寸极小,这一点需要一定的操作经验。第三,用户...
访问受限。请登录或开始试用以查看此内容。
第一作者(NG)是MicroDuits GmbH的联合创始人,该公司是本研究中所用微柱阵列的商业供应商。其他作者均无与此工作相关的潜在利益冲突。
本工作由瑞士委员会技术与创新(CTI)资助项目 14796-PFLS-LSCTI 支持。MicroPost 阵列由 MicroDuits GmbH 公司慷慨提供。
访问受限。请登录或开始试用以查看此内容。
| 姓名 | 公司 | 目录编号 | 评论 |
|---|---|---|---|
| T25 细胞培养瓶 | Nunc | 156367 | |
| 1× PBS 缓冲液 | Sigma | D8537 | |
| 0.5% 胰蛋白酶-EDTA | Life Technologies | 15400054 | |
| 培养基 DMEM/F12 | Sigma | D8437 | |
| 南美来源胎牛血清(FBS) | Life Technologies | 10270106 | |
| 青霉素-链霉素 100× | Sigma | P4333 | |
| 15 ml 离心管 | Sarstedt | 62.554.502 | |
| 胶原 I/纤连蛋白预包被微柱阵列 | MicroDuits | MPA-col1/FN | 微柱尺寸:Ø=6.4 µm,l=18.2 µm;网格间距=13 µm,kcorr=2.87 nN/µm |
| 无水乙醇 p.A. | Merck | 100.983 | |
| 12 孔板 | Nunc | 150628 | |
| 中性缓冲福尔马林溶液 10% | Sigma | HT5011 | |
| 亮蓝 G-250 | Sigma | 27815 | 考马斯亮蓝 |
| 甲醇 ACS p.A. | Merck | 1.06009 | |
| 乙酸 | Sigma | 695092 | |
| 玻璃底培养皿 | WillCo Wells BV | GWSb-3522 | 直径 35 mm,孔径 22 mm |
| T-100 Eclipse | Nikon | n/a | 倒置显微镜 |
| D3-L3 | Nikon | n/a | 相机控制器 |
| DS Fi2 | Nikon | 相机 |
访问受限。请登录或开始试用以查看此内容。