A蛋白制备方法在蛋白质与核余子交互使用LC-MS / MS分析的高通量鉴定

Summary

我们已经建立了使用LC-MS / MS系统共同调节相互作用蛋白的纯化的方法。

Abstract

转录共调节因子对于核染色质结构的有效转录调控至关重要。共调节因子在调节转录中发挥着多种作用。这些包括与转录因子的直接相互作用、组蛋白和其他蛋白质的共价修饰以及偶尔的染色质构象改变。因此，建立相对快速的方法来识别在该网络内相互作用的蛋白质对于增强我们对潜在调节机制的理解至关重要。LC-MS/MS 介导的蛋白质结合伴侣鉴定是一种经过验证的技术，用于分析蛋白质-蛋白质相互作用。通过使用抗体（偶尔使用标记蛋白的抗体）对蛋白质复合物中先前鉴定的成员进行免疫沉淀，可以通过质谱分析鉴定其未知的蛋白质相互作用。在这里，我们提出了一种蛋白质制备方法，用于 LC-MS/MS 介导的涉及核辅因子及其结合伴侣的蛋白质相互作用的高通量鉴定。这种方法可以更好地了解目标核因子的转录调控机制。

Introduction

蛋白质 - 蛋白质相互作用发挥多种生物学功能中起重要作用。正因为如此，这些相互作用已牵涉信号转导;跨细胞膜蛋白质运输;细胞的新陈代谢;和几个核过程，包括DNA复制，DNA损伤修复，重组和转录^{1，2，3，4。}查明参与这些相互作用蛋白质因此，推进我们的这些细胞过程的理解是至关重要的。

免疫沉淀（IP）是用于分析蛋白质 - 蛋白质相互作用经过验证的技术。为了便于共同免疫沉淀的蛋白的鉴定，质谱常常利用^{5，6，7，8，9。}通过用抗体靶向的蛋白复合物的公知的部件，它是可以分离的蛋白复合物，并随后经由质谱分析确定其未知组分。 ARIP4（雄激素受体相互作用蛋白4），一个转录coregulator，核受体蛋白以激活或在一个依赖于上下文的方式

Protocol

1.转

1. 种子在100毫米培养皿（2×10 ^6个细胞/皿）HEK293细胞。培养在补充有10％胎牛血清，100μg/ ml的链霉素和100单位/ ml青霉素的细胞在Dulbecco改进的Eagle氏培养基。孵育在加湿培养箱将细胞在5％CO ₂和37℃。
2. 第二天，转染细胞10微克FLAG标记ARIP4质粒按照制造商的指示^11，用40微升转染试剂用。

2.蛋白提取

1. 约36小时转染后，立即用冰冷的PBS将细胞并使用刮刀收获细胞。转移细胞到1.5 mltube并在4℃下以8000 xg离心离心它为2分钟。吸出上清，重悬细胞沉淀在5×0.4米氯化钾缓冲的沉淀量（高盐缓冲液:20毫摩尔的Tris-HCl（pH为8.0），0.4M氯化钾，5mM的MgCl ₂的，10％甘油，0.1％NP-40，10毫B-巯基乙醇，1×蛋白酶抑制剂鸡尾酒）。旋转该混合物在4℃下20分钟。
2. 离心管中，在17700 XG在4℃下10分钟。
3. 上清液（全细胞提取物）转移到新的2毫升管中，并添加3×0米氯化钾缓冲的初始体积（稀释缓冲液:20毫摩尔的Tris-HCl（pH值8.0），5mM的MgCl ₂的，10％甘油， 0.1％的NP-40，10毫β巯基乙醇，1×蛋白酶抑制剂鸡尾酒）。....

Results

我们确定了一个强烈的信号ARIP4，约160千道尔顿，以及那些一个模拟采样控制等几个未知的蛋白质（ 图1）。 LC-MS / MS分析，鉴定两ARIP4复杂肽和FLAG珠（ 表1）的级分中的潜在的肽辅因子。 P62（Sequestosome1），公知的辅因子ARIP4 ¹¹中的分析（ 表1），这证实了本系统¹¹的功效被确定。我们还确定了与ARIP4互动其它许多以往报道的蛋白质。以这种方式，SUMO2 ¹⁰和DryK ¹³经由LC-MS / MS分析进行检测。 ARIP4肽使用LC-MS / MS分析，这表明该IP是高品质也确定。总体而言，LC-MS / MS技术是可以用于识别未知核事件链接的强大工具编到蛋白质 - 蛋白质相互作用。全面质量分析结果将根据要求提供。

Discussion

有效转染是必不可少的获得与该协议的成功的结果。因此，我们建议您使用Western blot分析，以确定免疫沉淀的FLAG标签的蛋白质水平。这个步骤允许用户以验证他们感兴趣的蛋白被正确过度表达，此外，该IP被成功执行。 FLAG标签的蛋白质水平也应之前的质谱分析进行检查。

有模拟样本应该被用作阴性对照，以避免得到假阳性结果，并以鉴别从真相互作用的背景。此外，研究人类蛋白质时，实验应在相对干净的环境（ 例如，洁净室）中进行，以避免污染。虽然具有高盐浓度（0.3-0.4 M）的蛋白质提取缓冲液可被偶尔用于提取核蛋白，具有0.1-0.15 1M盐的浓度的IP缓冲液是大多数十大推荐。这使得IP步骤而不破坏蛋白质 - 蛋白质相互作用进行。为了进一步减少背景信号，磁珠可以用于纯化过程。同样重要的是，优化了细胞裂解条件，以降低假阳性结果。

在这项研究中相对于其它技术所描述的方法的显着性（基于消化例如，在凝胶单一蛋白识别

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Lipofectamine 2000 转染试剂	Thermo Fisher Scientific	11668019
蛋白酶抑制剂混合物（不含 EDTA）（100x）	nacalai tesque	03969-21
抗 FLAG M2 亲和凝胶	Sigma-Aldrich	A2220
微量 Bio-Spin 色谱柱	BIO-RAD	732-6204