Es gibt mehrere Variablen, die die beobachteten Ergebnisse wie Fokus, Laserintensität, Geräte-Funktionen, verwendeten Objektiv, etc. Die Photostabilität des Fluorophors bestimmt, wie schnell die Fluoreszenz müssen, bevor sie verblassen erfasst werden.
Diese Methode der Protein-Kennzeichnung ist vielseitig und für viele Anwendungen geeignet. SNAP-tag und CLIP-tag-Technologien für die spezifische Markierung von Fusionsproteinen mit synthetischen Sonden ermöglichen die verschiedenen Aspekte der Funktion von Proteinen, einschließlich einer Vielzahl von dynamischen Prozessen in lebenden Zellen und in Zelllysaten. SNAP-, CLIP-, MCP-und AKP-tag-Technologien bieten Einfachheit und außergewöhnliche Vielseitigkeit für die Bildgebung von Proteinen in lebenden und fixierten Zellen und die Untersuchung von Proteinen in vitro. Die Schaffung eines einheitlichen Genkonstrukt ergibt eine getaggt Fusionsprotein in der Lage, eine kovalente Verknüpfung mit einer Vielzahl von funktionellen Gruppen, einschließlich der Fluorophore, Biotin oder Perlen. Das Protein von Interesse sind kloniert und nur einmal und dann die Fusion kann mit einer Vielzahl von fluoreszierenden Substrate für zahlreiche Downstream-Anwendungen wie zB die gleichzeitige Proteinmarkierung in lebenden Zellen, Protein-Lokalisation und Translokation, Puls-Chase-Experimente, Rezeptor-Internalisierung Studien verwendet werden , selektive Zelloberfläche Kennzeichnung, Protein-Pull-Down-Assays, Protein-Nachweis in SDS-PAGE, Durchflusszytometrie, High-Throughput-Bindungs-Assays in Mikrotiterplatten, Biosensor-Interaktion Experimente und FRET-basierten Bindungsassays.