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Wir konstruierten Ziel Plasmide mit dem Goldenen GateTALEN Anordnung nach Cermak et al. 13, der die Expression in Säugetierzellen TALENS als auch in vitro-mRNA-Synthese aus dem T7-Phagen-Promotor (Fig. 1C) zu ermöglichen veröffentlicht kompatibel. Diese Plasmide tragen heterodimeren Fokl Domains (ELD oder KKR Mutationen), die gezeigt haben, um Off-Target-Effekte in Bezug auf Fokl Homodimere zu reduzieren und die Spaltungsaktivität verbessern im Vergleich zu der ersten Generation Fokl Heterodimere 25,29. Golden Gate Anordnung Reaktionen Nr. 1 und Nr. 2 sind in der Regel sehr effizient, und jedes weiße Kolonie, wenn durch Kolonie-PCR analysiert, zeigt das erwartete Muster für die bestimmte Anzahl von RVDS kloniert (Fig. 1B und 1D).
Gel-Analyse der in vitro synthetisierten mRNA (Abbildung 2) sollte eine einzelne unterscheidbar Band mit wenig oder ohne Abstrich für jede Probe analysiert offenbaren. Es sollte eine klare Größe Verschiebung zwischen Proben und L1/R1 L2/R2, L3/R3, die erfolgreiche Polyadenylierung zeigt sein.
Gründer-Tiere können beispiels NHEJ-induzierten mutierten Allele Genotypisierung mit PCR, gefolgt von entweder T7 Endonuklease-Verdauung (Fig. 3) oder einen Restriktionsverdau unter Verwendung eines Enzyms untersucht werden, dass spaltet die Wildtyp-Sequenz in der Spacer-Region der Nuklease Paar (Abbildung 4). Die T7-Endonuklease Assay ist auf jede Art von Mutation unabhängig von der speziellen genomische Sequenz innerhalb der Spacer-Region der Nuklease Paar injiziert wird; jedoch erkennt nur Fehlanpassungen zwischen DNA-Strängen in Heteroduplex-PCR-Produkte. So wird in dem seltenen Fall, dass einer der Gründer trägt zwei identisch mutierten Allele, PCR-Produkte würden keine T7 Verdauungsmuster zeigen. Solche Unterscheidung ist jedoch immer möglich, wenn eine spezifische Restriktionsstelle innerhalb der Nuklease Spacerregion, die von NHEJ eliminiert werden entferntInduzierten Insertionen / Deletionen (Abbildung 5). Hier unverdaute Banden weisen auf das Vorhandensein von Mutationen und das Fehlen von Abbauprodukte stark darauf eine gegründet, die Mutationen in beiden Allelen des Zielgens (mit Sternchen in Fig. 4b dargestellt).

Fig. 1 ist. Golden Gate Klonen von TALEN RVDS in heterodimeren pCAG-T7-Destination-Vektoren. A) Versammlung der RVD Arrays in PFUS Vektoren. Hier ein Beispiel für ein Paar mit individuellen TALEN TALE-Arrays mit 15 und 17 RVDS RVDS jeweils dargestellt (für TALE Arrays länger als 21 RVDS werden drei PFUS-RVDS Baugruppen erforderlich ist, nicht gezeigt). Die Pfeile zeigen die Primer für PFUS spezifischen Kolonie-PCR-Reaktionen. B) PCR-Produktevon der richtigen PFUS Baugruppen verstärkt zeigen typischerweise eine Band, die der Gesamtlänge aller RVDS kloniert (zB rund 1,1 kb für 10 RVDS) und eine "Leiter" der kleineren, weniger prominenten Bands aufgrund der repetitiven Natur der RVD-Arrays. C) Endmontage von PFUS-RVD-Arrays und einem Plasmid, das die letzte Wiederholung (PLR) in heterodimeren TALEN Expressionsvektoren mit FokIELD und FokIKKR Varianten auf. Die TALEN Rückgrat (wie N-und C-kommentierten) ähnelt dem von Miller et al. 23 veröffentlicht Architektur Die CAG (frühen CMV-Enhancer-Element / Huhn-beta-Aktin)-Promotor für hohe Expressionsniveaus in transfizierten Säugerzellen, während der T7-Phagen-Promotor kann in vitro-mRNA-Synthese (Verwendung SacI für die Linearisierung des Vektors stromabwärts von der Nuklease STOP-Codon). D) Kolonie-PCR unter Verwendung von Primern durch Pfeile in C angegeben) ermöglicht die Identifizierung korrekt montiert TALENS. Voll length PCR-Produkte sind oft weniger prominent, während die "Leitereffekt" stellt eine robuste Indikator für die erfolgreiche Montage. Klicken Sie hier für eine größere Ansicht .

2. . Qualitätskontrolle von Nuklease-mRNA in vitro-Synthese unter Verwendung von Agarose-Gelelektrophorese ZFN mRNAs werden als Beispiel gezeigt (L, linke ZFN, R rechten ZFN). Proben L1/R1 mRNA vor Polyadenylierung zeigen, Proben L2/R2 Show polyadenyliert mRNA und L3/R3 zeigen gereinigte polyadenylierten mRNA. Klicken Sie hier für eine größere Ansicht .
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3. Beispiel für einen T7-Endonuklease-Assay zur Identifizierung von Gründertieren Durchführung Nuklease-induzierten Mutationen des Ziel-Locus verwendet werden. A) Eine TALEN Paar wurde entwickelt, um innerhalb der kodierenden Region des Maus-Prionprotein-Gen (Prnp spalten kann TALEN Zielsequenz auf Anfrage zur Verfügung gestellt werden). Ein PCR-Produkt wird mit einem Vorwärtsprimer (F) liegt 110 bp stromaufwärts und ein Rückwärts-Primer (R) 250 bp stromabwärts der Spaltstelle TALEN. B) Das PCR-Produkt wird anschließend Bildung ausgesetzt und T7-Endonuklease-Verdauung erzeugten Heteroduplex. C) TALEN-induzierte Mutagenese innerhalb der genomischen Region des Zieleinzel Gründer wird durch die Anwesenheit von einer Volllängen-PCR-Produkts mit Produkten des Verdaus von 250 und 110 bp ergab.50930/50930fig3highres.jpg "target =" _blank "> Klicken Sie hier für eine größere Ansicht.

4. Beispiel für einen Restriktionsverdau zur Identifizierung der Tiere, die Gründer Nuklease-induzierte Mutationen des Zielorts. ZFN spezifisch für die Maus Rosa26 Locus 29 Ziel eine XbaI-Schnittstelle in Intron 1 verwendeten PCR-Produkte. A) Gründer wurden durch PCR Genotypisierung geschirmten ein Vorwärtsprimer (F) 500 bp stromaufwärts und ein Rückwärts-Primer (R) 250 bp stromabwärts der Spaltstelle. B) Verdau der PCR-Produkte mit XbaI Verdau zeigt Muster, die Mäuse, die mit bi-allelische Mutationen (markiert mit Sternchen), mono -Allel-Mutationen (verdaut und unverdaute Bands, z. B. Tier 2)und wt-Mäuse (vollständige Verdauung, zB Tier 21). C) Sequenzierung von Mäusen mit Potential bi-allelische Modifikationen zeigt bis zu 3 (Tier 24) verschiedene Insertionen / Deletionen. Klicken Sie hier für eine größere Ansicht .
| Name der Primer | Sequenz 5 'zu 3' |
| pCR8_F1 | ttgatgcctggcagttccct |
| pCR8_R1 | cgaaccgaacaggcttatgt |
| TAL_F1 | ttggcgtcggcaaacagtgg |
| TAL_R2 | ggcgacgaggtggtcgttgg |
| TAL_Seq_5-1 | catcgcgcaatgcactgac |
Tabelle 1. Sequenzen von Primern für die Kolonie PCR und Sequenzierung innerhalb der Golden Gate TALEN Montage verwendetProtokoll.
| Plasmid / Sammlung | Anbieter | Addgene ID | Kommentare |
| Golden Gate TALEN und TAL-Effektor Kit 2.0 | Voytas Labor | 1000000024 | Enthält alle Plasmide für die Golden Gate TALEN Montage notwendig |
| pCAG-T7-TALEN -KKR/ELD Zielvektoren | Pelczar Labor | 40131, 40132 | Add-on-Plasmide für TALEN Expression in Säugerzellen und in vitro-mRNA-Synthese |
Tabelle 2. Plasmide und Plasmid-Kollektionen für Golden Gate TALEN Montage erforderlich kann von Addgene (erhältlich www.addgene.org ).
| OnlineRessource | Kommentare |
| http://tale-nt.cac.cornell.edu | Design TALEN; TALEN Off-Target-Vorhersage |
| http://zifit.partners.org/ZiFiT/ | Design TALEN, OPEN ZFN, CoDA ZFN, CRISPR/Cas9 |
| http://www.genome-engineering.org | Design TALEN, CRISPR/Cas9; CRISPR/Cas9 Off-Target-Vorhersage |
| http://baolab.bme.gatech.edu/Research/BioinformaticTools/assembleTALSequences.html | Versammlung der TALEN Sequenzen für die Bestätigung der Sequenzierungsergebnisse |
| http://pgfe.umassmed.edu/ZFPmo dularsearchV2.html | Gestaltung von Baukasten ZFN |
| www.genomecenter.ucdavis.edu/s egallab / segallabsoftware | Gestaltung von Baukasten ZFN |
Tabelle 3. Online-Ressourcen für die Gestaltung von ZFN, TALEN und CRISPR/Cas9.