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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Nematoden sind Bodenbewohner-Rundwürmer, die eine Vielzahl von Insekten parasitieren. Wir zeigen, Stichprobenverfahren zur Isolierung dieser Nematoden aus dem Boden mit zwei Techniken: das Insekt Hetze und die modifizierte Weiß Falle, für die Gewinnung von Nematoden aus Bodenproben und infizierten Insektenkadaver auf.
Nematoden (aka EPN) stellen eine Gruppe von Bodenbewohner-Nematoden, die eine Vielzahl von Insekten parasitieren. Diese Nematoden gehören zu zwei Familien: Steinernematidae und Heterorhabditidae. Bisher wurden mehr als 70 Arten in der Steinernematidae beschrieben worden, und es sind etwa 20 Spezies in der Heterorhabditidae. Die Nematoden haben eine Partnerschaft mit mutualistic Enterobacteriaceae Bakterien und zusammen sind sie als starke insektizide Komplex, der eine Vielzahl von Insektenarten tötet handeln.
Hierbei konzentrieren wir uns auf die am häufigsten verwendeten Techniken zum Sammeln von EPN Boden betrachtet. Der zweite Teil dieser Präsentation konzentriert sich auf die Insekten-Hetze Technik, einer weit verbreiteten Ansatz für die Isolierung von EPN aus Bodenproben, und die modifizierte Weiß-Trap-Technik, die für die Wiederherstellung dieser Nematoden aus infizierten Insekten verwendet wird. Diese Methoden und Techniken sind wichtige Schritte für die erfolgreiche Etablierung von EPN Kultnahmen im Labor und auch die Grundlage für andere Biotests, die diese Nematoden als Modellorganismen für die Forschung in anderen biologischen Disziplinen zu betrachten. Die in dieser Präsentation gezeigten Techniken entsprechen denen, durchgeführt und / oder entworfen von Mitgliedern der SP Auf Labor sowie diejenigen, die von verschiedenen Autoren beschrieben.
Viele Nematoden mit Insekten verbunden, und ihre Wirt-Interaktionen reichen von Vorteil für schädlich. Hierbei konzentrieren wir uns auf eine Gruppe von Nematoden, die Krankheitserreger von Insekten sind, die auch als Nematoden (oder EPN) bekannt. Zwei Familien Nematoden gehören zu dieser Gruppe von Nematoden: Steinernematidae und Heterorhabditidae 11,13. Die pathogene Wirkung ist in der Tat durch ihre Interaktion mit fakultativ anaeroben Darmbakterien (Bakterien Xenorhabdus assoziieren mit steinernematids und Bakterien Photorhabdus assoziieren mit heterorhabditids) 2 erlassen. Die Bakterien werden von einem Host zu einem anderen Insekt von der einzigen frei lebenden Nematoden-Bühne, der dritten Stufe infektiöse juvenile (auch als dauer jugendlich, Jugend-oder Infektions IJ bekannt), die in der Erde lebt vektorisiert. Einmal in der Insekten, die Nematoden lösen die Bakterien in die Hämolymphe der Insekten, die die Insekten-Wirts durch massive Blutvergiftung zu töten. Die Bakterien auchdes Insekts Gewebe abbauen und sich der Nematoden Nahrungsquelle, so dass sie, um zu reifen und sich zu vermehren. Üblicherweise werden eine oder zwei Generationen wachsenen Nematoden im Insekten kadaver hergestellt. Die Nachkommen der letzten Erwachsenengeneration reassoziiert mit ein paar Bakterienzellen in eine Art und Weise zu spezialisieren, als ihre bisherigen Ernährungs Beziehung, und pflegen diese Zellen im Darm, als sie aus bewegen sich von der Insekten-Kadaver in den Boden, wo sie andere Insekten parasitieren zu erwarten 6,11,14 (Abbildung 1).
Seit ihrer Entdeckung im Jahre 1927, EPN wurden als wertvolle Alternativen zu chemischen Pflanzenschutzmitteln, da sie eine Vielzahl von Insekten, die landwirtschaftliche Schädlinge 3,4,5 sind parasitieren. Doch in den letzten zwei Jahrzehnten, diese Nematoden und ihre symbiontischen Bakterien wurden als formbar Modellsystem zur Untersuchung der biologischen, ökologischen und evolutionären Aspekte der Wirt-Mikroben-interactio anerkannt14 ns.
Das Ziel dieser Präsentation ist es, die Methoden und Techniken, die am häufigsten für Bodenproben und die Isolierung von EPN eingesetzt zu zeigen. Eine Vielzahl von Werkzeugen zur Verfügung und kann für das Sammeln von Bodenproben verwendet werden, einschließlich: Boden Loten, Spachtel, post-Erdbohrer, Schnecken, Probenahmerohre, Handschaufeln, unter anderem (Abbildung 2).
Je nach Zweck der Untersuchung können zwei Verfahren für die Probenahme berücksichtigt werden: a) geschichtet, b) Zufallsauswahl (Fig. 3). Die geschichtete Stichprobe wird üblicherweise als Teil einer intensiven Studie in einem bestimmten Bereich oder abgegrenzt über einen bestimmten Zeitraum verwendet wird. Im allgemeinen wird ein transect abgegrenzt und Bodenproben werden in festgelegten Abständen in der transect über einen Zeitraum (3A) 15 genommen. Die Zufallsstichprobe wird in der Regel eingesetzt, wenn die sich auf ein weites Gebiet. Dieses Probenahmestrategie ist für die Untersuchung der Vielfalt der EPN f verwendetrom einen großen geographischen Bereich oder die Region (3B) 12. Je nach Schwerpunkt der Studie, die eine breite Palette von Höhen-, Boden-Texturen und Lebensräumen (z. B.., Feldern, Wäldern, Wiesen, Parks, Stränden, Uferbereiche, etc.) kann eine Reihe von Faktoren berücksichtigt werden.
Wir zeigen die Insekten-Hetze Technik, die ursprünglich von Bettwäsche und Akhurst 1 beschrieben wurde, und stellt eine einfache und selektive Alternative für die Wiederherstellung EPN von Bodenproben. Dies ist ein selektives Verfahren, das auf der Prämisse, dass die Nematoden (IJ-Stufe) wird zu einem Insektenwirtszogen werden und parasitieren sie basiert. Diese Technik kann auch zur Isolierung von anderen Insektenpathogene wie Pilze, Bakterien und 8,10 zu berücksichtigen.
Wir haben auch die modifizierte Weiß-Trap-Technik, die für das Abrufen von Nematoden Nachkommen von infizierten Insekten 7,14 Hosts verwendet wird, zu demonstrieren. Dies ist eine mühe erfüllthod, die den Vorteil von Abrufen einer "sauberen" Nematoden Nachkommen frei von Schmutz von den erniedrigenden Insektenkadaver bietet.
Schließlich sind die beschriebenen und in diesem Artikel gezeigt Techniken entsprechen denen konzipiert und / oder im Labor als auch solche mit verschiedenen Kollegen und Mitarbeitern beschrieben.
1. Bodenprobenentnahme
. 2 Nematode Isolierung aus Bodenproben: Insect-Hetze Technik
. 3 Nematode Erholung von Infected Cadavers: Modifizierte Weiß-Falle
Bodenprobenentnahme
Dritten Stufe infektiösen jungen EPN sind die einzigen frei lebenden Stadien in diesen Nematoden-Lebenszyklus, die im Boden (Abbildung 1) befinden. Daher sammeln Bodenproben ist eine sehr effiziente Methode, um diesen Nematoden erholen. 4 zeigt ein Bodenprofil, der die Tiefe an dem Proben zu entnehmen. Erhaltung der Feuchtigkeit einer Probe ist ein Schlüsselfaktor für das Überleben der Nematoden. Folglich ist es wichtig, Bodenproben in Kunststoffbeuteln zu halten und sie bei kühlen Temperaturen während des Transports zum Labor (Abbildung 4).
Nematode Wieder
In der Natur sind Chancen, Insekten natürlich von EPN parasitiert weniger als 3%, es sei denn es ist eine Epidemie und eine größere Stichprobe von Insekten mit EPN Befall gefunden. Daher ist Hetze von Bodenproben mit Insekten eine bequeme ca.oach um die Erholung der EPN aus ihrem natürlichen Lebensraum zu verbessern. Abbildung 5 zeigt die Boden Hetze Technik. In diesem Fall wurde eine 250 ml-Kunststoffbehälter mit einem Schraubverschluß verwendet. G. 10 - ca. 250 g Boden wurden in den Behälter gegeben und 5 mellon Larven wurden auf die Oberfläche des Bodens (Fig. 5 rechts) aufgenommen. Nach 5 Tagen wurde der Behälter geöffnet, um tote Insekten mit Anzeichen von Infektion EPN abzurufen. Beachten Sie, Nematoden-infizierten Larven mit roter Färbung (Abbildung 5 links).
Figur 6A zeigt eine schematische Darstellung des modifizierten Weiß abzufangen. Fig. 6B zeigt den Aufbau der Falle. Beachten Sie, dass EPN infizierten Kadavern einander nicht, und dass Filterpapier berühren in der kleinen Petrischale bleibt trocken. 6C zeigt IJs, die aus Leichen. Beachten Sie die "Wanderwege" von Nematoden (IJ), die auf der Petrischale gebildet werden, wie sie sich zu bewegenwehrt das Wasser. Die Zeit für IJ Entstehung von Leichen ist in Abhängigkeit von Nematodenarten und auch abhängig von der Temperatur und der Feuchtigkeit, bei der die Weiß-Falle geführt wird. 6D zeigt IJs bereits im Wasser des größeren Geschirr dieser abzufangen. Beachten Sie, dass die Nematoden im Wasser sehen sauber und frei von Insekten-Gewebe.

Abbildung 1. Lebenszyklus von insektenpathogenen Nematoden.

Abbildung 2. Schaufeln und anderen Geräten zum Sammeln von Bodenproben eingesetzt. (A) Klassische Point-Schaufel. (B) Handschaufel. (C) Von links nach rechts: Viehmeyer Rohr, Kelle, oakfield Rohre, Bodenloten.

Abbildung 3. Bodenprobenstrategien. (A) Schicht. (B) Zufall.

Abbildung 4. Schematische Darstellung der Bodenproben-Strategie. Bild links zeigt ein Bodenprofil zeigt gewünschten Tiefe, in der Proben getroffen werden sollten. Bild rechts zeigt eine Bodenprobe in einem Plastikbeutel mit entsprechender Kennzeichnung.
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Abbildung 5. Beize von Bodenproben mit Insektenlarven. Bild rechts zeigt gesunden Larven, während Bild auf der linken Seite zeigt toten Larven nach einem 5-tägigen Zeitraum Hetze.

Abbildung 6. Schematische Darstellung (A) und Fotos (BD) eines modifizierten Weiß Falle. (B)-Trap einzurichten, (C) Nahaufnahme von infizierten kadaver zeigt IJ Entstehung, (D) close-up zeigt massiven Entstehung IJs von Leichen ins Wasser.
Keine Interessenskonflikte erklärt.
Nematoden sind Bodenbewohner-Rundwürmer, die eine Vielzahl von Insekten parasitieren. Wir zeigen, Stichprobenverfahren zur Isolierung dieser Nematoden aus dem Boden mit zwei Techniken: das Insekt Hetze und die modifizierte Weiß Falle, für die Gewinnung von Nematoden aus Bodenproben und infizierten Insektenkadaver auf.
Die Autoren möchten Vergangenheit Mitglieder der Auf-Labor bedanken: Sam-Kyu Kim, Kathryn Plichta und Victoria Miranda-Thompson für ihre Beiträge zur Verbesserung der viele dieser Protokolle. Wir erkennen die National Science Foundation Förderung (Zuschüsse IOS-0840932 und IOS-0724978) auf SP Lager.
| Galleria mellonella | Timberline | http://www.timberlinefisheries.com/ProductDetails.asp?ProductCode=WAXLG | Für die Insektenködertechnik |
| Filterpapier, 55 mm Grade 1 Cellulose | Whatman/VWR | 28450-048 | Infektionskammer und weiße Falle |
| 60 x 15 mm Petrischalen | VWR | 25384-092 | Infektionskammer und weiße Falle |
| 100 x 15 mm Petrischalen | VWR | 25384-088 | Infektionskammer und weiße Falle |
| ZIPloc Plastiktüten | Ace Hardware oder örtlicher Baumarkt | Bodenprobenahme | |
| Mechanischer Pipettierer P1000, P200 ml | VWR | 89130-562; 89130-566 | Infektionskammer und Anordnung der weißen Falle |
| Pippetor Spitzen 1000ml, 200 ml | VWR | 16466-004 ; 53510 | Infektionskammer und weiße Falle Baugruppe |
| Bleach | Ace Hardware oder örtlicher Baumarkt | Bodenprobenahme, Desinfektion | |
| Natriumhypochlorit | Ace Hardware oder örtlicher Baumarkt | Bodenprobenahme, Desinfektion | |
| 70% Ethylalochol | AAPER 17212945 | Bodenprobenahme, Desinfektion | |
| Schaufeln | Ace Hardware oder örtlicher Baumarkt | N/A | Bodenprobenahme |
| Rohrförmiger Bodenprobenehmer | Accuproducts | Bodenprobenahme | |
| Bodensonde, langer Griff | Nupla | PRB4T 69401 Classic | Bodenprobenahme |
| Maßband | Ace Hardware oder örtlicher Baumarkt | Bodenprobenahme | |
| Markierungsband, verschiedene Farben | Ace Hardware oder örtlicher Baumarkt | Bodenprobenahme | |
| Gewebekulturflaschen | VWR | Falcon, 29185-304 | Weiße Falle, Sammlung von EPN |
| Spritzflaschen, Polyethylen, Weithalsflaschen | VWR | 16650-107 | Weiße Siphon, Sammlung von EPN |