Waiting
Login-Verarbeitung ...

Trial ends in Request Full Access Tell Your Colleague About Jove
Click here for the English version

Biochemistry

İzotermal Titrasyon Kalorimetrisi Kullanılarak DNA Aptamer ve Tetrasiklinin Termodinamik ve Kinetik İlişkisinin Belirlenmesi

Published: August 23, 2022 doi: 10.3791/64247

Summary

Bu protokol, numune hazırlama, çalışma standartları ve numuneler dahil olmak üzere bir DNA aptamer ve tetrasiklin arasındaki bağlanmanın ilişkisini ve ayrışma kinetiğini analiz etmek için İzotermal Titrasyon Kalorimetrisinin (ITC) kullanımını açıklamaktadır.

Abstract

Bir aptamer ile hedefi arasındaki bağlanma afinitesinin ve davranışının belirlenmesi, uygulama için bir aptamer seçilmesinde ve kullanılmasında en önemli adımdır. Aptamer ve küçük moleküller arasındaki ciddi farklılıklar nedeniyle, bilim adamlarının bağlanma özelliklerini karakterize etmek için çok çaba sarf etmeleri gerekir. İzotermal Titrasyon Kalorimetrisi (ITC) bu amaç için güçlü bir yaklaşımdır. ITC, ayrışma sabitlerini (Kd) belirlemenin ötesine geçer ve çözelti fazındaki iki molekül arasındaki etkileşimin entalpi değişikliklerini ve bağlanma stokiyometrisini sağlayabilir. Bu yaklaşım, etiketsiz moleküller kullanarak sürekli titrasyon gerçekleştirir ve her bir titrasyonun ürettiği bağlanma olaylarına zaman içinde salınan ısıyı kaydeder, böylece süreç makromoleküller ile küçük hedefleri arasındaki bağlanmayı hassas bir şekilde ölçebilir. Bu makalede, küçük bir hedef olan tetrasiklin ile seçilen bir aptamerin ITC ölçümünün adım adım prosedürü tanıtılmaktadır. Bu örnek, tekniğin çok yönlülüğünü ve diğer uygulamalar için potansiyelini kanıtlamaktadır.

Introduction

Aptamerler, gelişmiş tanıma elementleri veya kimyasal antikorlar 3,4,5 olarak çalışabilen, istenen hedeflere 1,2 yüksek bağlanma afinitesi ve özgüllüğü olan bir evrim süreci ile seçilen ssDNA veya RNA fragmanlarıdır. Bu nedenle, aptamerlerin hedeflerine bağlanma afinitesi ve özgüllüğü, bir aptamer seçiminde ve uygulanmasında çok önemli bir rol oynamaktadır ve İzotermal Titrasyon Kalorimetrisi (ITC) bu karakterizasyon amaçları için yaygın olarak kullanılmaktadır. Apatimerlerin afinitesini belirlemek için ITC, yüzey plazmon rezonansı (SPR), kolorimetrik titrasyon, mikro ölçekli termoforez (MST) ve Biyo-Katman İnterferometrisi (BLI) dahil olmak üzere birçok yaklaşım kullanılmıştır. Bunlar arasında ITC, çözelti fazındaki iki molekülün termodinamik ve kinetik ilişkisini belirlemek için en son tekniklerden biridir. Bu yaklaşım, etiketsiz moleküller kullanarak sürekli titrasyon gerçekleştirir ve her bir titrasyon 6,7 tarafından üretilen bağlanma olaylarına zaman içinde salınan ısıyı kaydeder. Diğer yöntemlerden farklı olarak, ITC bağlanma afinitesi, çeşitli bağlanma bölgeleri ve termodinamik ve kinetik ilişki sunabilir (Şekil 1A). Bu başlangıç parametrelerinden, Gibbs serbest enerji değişimleri ve entropi değişimleri aşağıdaki ilişki kullanılarak belirlenir:

ΔG = ΔH-TΔS

Bu, ITC'nin bağlanma mekanizmalarını aydınlatmak için moleküler etkileşimin tam bir termodinamik profilini sunduğu anlamına gelir (Şekil 1B). Bir aptamer ile küçük moleküller için bağlanma afinitesini belirlemek, aptamer ve hedef arasındaki büyük ölçüde farklı boyutlar nedeniyle zordur. Bu arada, ITC, molekülleri etiketlemeden ve hareketsiz hale getirmeden hassas ölçüm sağlayabilir, bu da ölçüm sırasında aptamer ve hedefin doğal yapısını korumanın bir yolunu sağlar. Bahsedilen özelliklerle ITC, bir aptamer ve küçük hedefler arasındaki bağlanmanın karakterizasyonu için standart yöntem olarak kullanılabilir.

Gu grubu tarafından seçildikten sonra, bu aptamer elektrokimyasal aptamer bazlı biyosensörler, rekabetçi bir enzime bağlı aptamer testi ve tetrasiklin 8,9,10'un yüksek verimli tespitini sağlayabilen bir mikrotitre plakası dahil olmak üzere farklı platformlarla entegre edildi. Bununla birlikte, bağlayıcı özellikleri, uygun platform8'i seçmek için yeterince iyi aydınlatılmamıştır; aptamerin ITC kullanarak tetrasiklin ile bağlanmasını karakterize etmeye değer.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Protocol

NOT: Şekil 2 , bir DNA aptamer ve tetrasiklinin termodinamik ve kinetik ilişkisini belirlemek için ITC deneyinin ana adımlarını göstermektedir.

1. Numunelerin hazırlanması

NOT: ITC numunelerinin, numune hücresinden ve şırıngadan farklı tamponların karıştırılmasından kaynaklanan ısı salınımını önlemek için hem aptamer hem de ligand için aynı tamponda hazırlanması gerekir. Bu tipik olarak tüm malzemelerin aynı tampona diyalizi yoluyla elde edilir. Tampon, aşağıdaki gibi bazı modifikasyonlarla 3 kDa moleküler ağırlık kesme (MWC) yoğunlaştırıcısının protokolünden uyarlanmış bir protokol kullanılarak değiştirilir:

  1. Aşağıdaki adımları kullanarak üreticiden satın alınan 1x PBS, pH 7,4 ile diyaliz kolonunun membranını (3 kDa MWC) etkinleştirin: 1x tamponla (PBS) doldurun, RT'de 10 dakika dengeleyin ve 15 dakika boyunca 5.000 x g'de santrifüj yapın.
  2. Arabelleği çıkarın ve sütuna 500 μL aptamer numunesi yükleyin, 5.000 x g'de santrifüj yapın ve orijinal arabelleği 1x PBS ile değiştirmek için 4 kat tekrarlayın. Tampon membrandan geçtiğinde, kütlesi 3 kDa'dan az olan tüm moleküller membrandan geçecek ve aptamer membranın üst tarafında kalacaktır.
  3. Diyalizli DNA aptamerini bir pipet kullanarak toplayın ve yeni 1,5 mL tüplere aktarın.
  4. Tetrasiklin'i çözmek için son akış tamponunu toplayın. Tetrasiklin tozu saf ve küçüktür, bu nedenle diyalize gerek yoktur. Bununla birlikte, şırıngadaki deney için tamponun referans hücredeki tamponla eşleştiğinden emin olmak için hedef için DNA için önceki diyalize tamponu kullanın.
  5. UV-görünür bir spektrometre kullanarak aptamer konsantrasyonunu tekrar belirleyin. Konsantrasyonu 40 μM tetrasiklin ve 2 μM aptamer olarak ayarlamak için son değişim tamponunu kullanın.
  6. DNA aptamerini 10 dakika boyunca 90 °C'de ısıtarak, 10 dakika boyunca 4 °C'de soğutarak ve ardından 20 dakika RT'ye geri dönerek katlayın.
  7. Çözünmüş gazları ortadan kaldırmak için 25 dakika boyunca 25 ° C'de 600 mmHg'ye ayarlanmış bir gaz giderme istasyonu veya vakum pompası kullanarak katlanmış aptamer ve diyalize tetrasiklin gazını çözün.

2. Cihazın yıkanması ve test kitinin çalıştırılması

  1. Tüm numune yolunun net olduğundan emin olmak için solvent portlarını temizleyin. Atık çözeltisini atarak ve saf metanol, su ve tamponla yükleyerek temizleyin. Her bağlantı noktası, temizlik için yeterli çözüm sağlamak için 250 mL'den fazla içerir.
    NOT: Temizleme işlemi, kullanıcı tarafından programlanabilir ITC kontrol yazılımı tarafından otomatik olarak tamamlanır.
  2. ITC'yi arabellek kullanarak bir arabelleğe (yani, 1x PBS'den 1x PBS'ye) çalıştırarak makinenin temizliğini test edin.
    NOT: Küçük tampon ile tampon enjeksiyon tepe noktaları arasında normal bir gürültü tabanı görülebilir. Titrasyon şırıngası ve kanülleri yeterince temizlendiğinde ve tamamen kuruduğunda, taban çizgisi sabit olacaktır; taban çizgisindeki bir artış veya azalma, gerçek numuneleri çalıştırmadan önce düzeltilmesi gereken cihazın içindeki kirli enstrümantasyonu veya kabarcıkları yansıtır.
  3. Makinenin doğruluğunu, EDTA ve CaCl2 (Şekil 3) içeren standart bir kit ile, varsayılan programı kullanarak ve üreticinin talimatlarını izleyerek test edin.

3. Aptamer ve tetrasiklin arasındaki bağlanmayı belirlemek için numunenin çalıştırılması

  1. Çalışma parametrelerini ayarlayın: 25 ° C'de çalışan 200 rpm'lik bir karıştırma hızı, 2 μM aptamer ve 40 μM tetrasiklin, her biri 2.0 μL ile 30 enjeksiyon, 180 s'lik bir gecikme süresi.
  2. Çalışan bir program hesaplayıcısı kullanarak gerekli birimleri kontrol edin. Bu çalışan parametre ile, ITC şırıngasında 230 μL 40 μM tetrasiklin ve ITC örnek hücresinde 485 μL 2 μM aptamer ile ITC ölçümü gerçekleştirin.
  3. Diyalize tetrasiklin şırınga plakalarını ve katlanmış aptamer'i bir pipet kullanarak kabarcıklardan kaçınarak numune hücresine yükleyin.
  4. Yazılımdaki başlat düğmesine tıklayarak ITC cihazını çalıştırmaya başlayın.
    NOT: ITC cihazı çalıştırma işlemi, referans hücresini ve titrant numune plakalarını manuel olarak doldurduktan sonra tamamen otomatiktir.

4. Yazılım kullanarak verileri analiz etme

  1. Verileri analiz etmeye başlamak için çift tıklayarak veri analizi yazılımını açın.
  2. Bağlama eğilimini bilmek için kaydedilen ham verilerin yolunu açın.
  3. Modelleme sekmesini açın ve veri eğrisine en uygun olanı bulmak için farklı bağlama modelleri kullanın. Daha sonra, yazılım ITC termogramını ve entalpi (ΔH), entropi (ΔS), serbest enerji (ΔG), denge bağlama sabiti (Ka) ve stokiyometri dahil olmak üzere çeşitli termodinamik parametreleri otomatik olarak hesaplar.
  4. Verilerden belirlenen termodinamik parametreleri ve montaj modeli bilgilerini toplar.
  5. ITC termogramının resimlerini ve çeşitli termodinamik parametreleri içeren bir rapor oluşturun, Şekil 4 ve Tablo 1'de gösterildiği gibi.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Representative Results

ITC, doğru bir ayrışma sabiti (Kd), bağlanma stokiyometrisi ve iki moleküllü etkileşimlerin termodinamik parametrelerinisağlar 6. Bu örnekte, Kim ve ark.9,11 tarafından seçilen aptamer, tetrasiklin ile K d 1 = 13 μM, Kd 2 = 53 nm bağlanma afiniteleri ile bağlanır. İlginç bir şekilde, bu bağlanma, denge filtrasyon yöntemi ve uygun bağlanma bölgesinden (site 2) çok farklı olmayan 63.3 nM'lik bir Kd rapor edilerek belirlendi. ITC'nin uydurma modeli ve stokiyometrisi, aptamerin tetrasiklin ile sıralı bağlama modeli ile 2: 1 bağlama oranı ile bağlandığını yansıtır (Şekil 4, Tablo 1).

Saha 2 için ITC ölçümü ile belirlenen termodinamik parametreler (ΔH = -1200 kcal/mol ve -TΔS = 99.75 kcal/mol), nispeten anlamlı entropik kaybın üstesinden gelen entalpinin güçlü bağlanmayı yönlendirdiğini göstermiştir. Entropi kaybı ile entalpi güdümlü bağlanma, RNA ve küçük bir molekül arasında bağlanma davranışları olarak bildirilen RNA-konformasyonel değişikliklerle ilgilidir. Örneğin, Thoa ve ark. bir RNA aptamer ile Ru (bpy)312 arasında böyle bir bağlanma davranışı (ΔH = -27 kcal / mol ve -TΔS = +17 kcal / mol) bildirmiştir. Ayrıca, Horowitz ve ark., entropi güdümlü bağlanmanın, proflavinin bir oligonükleotite (ΔH = -2.6 kcal / mol ve -TΔS = -3.3 kcal / mol) interkalasyonu ile ilişkili olduğunu belirtmiştir13. Bu karşılaştırmalara dayanarak, aptamer entalpi güdümlü bağlama üzerine anahtarlama-yapısal davranış ile çalışır ve aptamer'in basit bir sensörün geliştirilmesi için tanıma olarak kullanılmasına izin verir.

Figure 1
Resim 1: Bağlanma ayrışma sabiti (Kd) ve termodinamik profil. (A) ITC, entalpi (ΔH) ve entropideki değişim (ΔS) dahil olmak üzere bağlanma ayrışma sabitini (Kd) ve termodinamik profili tanımlar. (B) Termodinamik profil, etkileşimin gücünü ve mekanizmasını sağlar. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Figure 2
Şekil 2: ITC deneyinin ana adımları. Şema, bir DNA aptamer ve tetrasiklinin termodinamik ve kinetik ilişkisini belirlemek için ITC deneyinin ana adımlarını göstermektedir. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Figure 3
Resim 3: EDTA ve CaCl2 arasındaki ITC standart testi. Ca2 +-EDTA şelasyonu, ITC'yi doğrulamak için standart bir reaksiyon olarak kullanılmıştır. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Figure 4
Resim 4: Bir DNA aptamer ve tetrasiklin ITC termogramı. Termodinamik ve kinetik ilişkinin montaj modeli, bağlamanın iki bağımsız bağlanma bölgesine sahip olduğunu yansıtır. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Sıralı İki Site Kd (M) 1.359 x 10-5
Kd (M) 5.378 x 10-8
ΔH (kcal/mol) 1223
ΔH (kcal/mol) -1200
Ka (Mˉ¹) 7.358 x 104
Ka (Mˉ¹) 1.859 x 107
ΔS (cal/mol K) 4.123 x 103
ΔS (cal/mol K) -3.992 x 103

Tablo 1: aptamer ve tetrasiklin arasındaki bağlanma parametreleri. Entalpi (ΔH), entropi (ΔS), serbest enerji (ΔG), denge bağlama sabiti (Ka) ve stokiyometri dahil olmak üzere çeşitli termodinamik parametreler, iki molekülün bağlanma mekanizması ile belirlenebilir.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

Burada sunulan yöntem TA Instruments'ın talimatına göre modifiye edilmiştir ve merkezimizde seçilen birçok aptamer ve hedefin bağlanma afinitesini ve termodinamiğini belirlemek için yeterlidir. Bu yordamın önemli adımları, arabelleğin ligandla eşleşen bir hedefe sahip olacak şekilde değiştirilmesini, numunelerin uygun parametrelerle çalıştırılmasını ve verileri analiz etmek için uygun bağlama uydurma modelinin bulunmasını içerir. Isı salınımının sürekli kaydedilmesi, tamponun uyumsuzluğu, hücrenin ve şırınganın kirlenmesi ve numunelerin içindeki kabarcıklar gibi tüm gürültü ısısının ortadan kaldırılmasını gerektirir. Tampon değişim adımında, ligandı çözmek için diyaliz zarında veya spin kolonunda son diyaliz tamponunu veya akış tamponunu kullanmak daha iyidir, çünkü küçük molekülleri doğrudan değiştirmek pahalıdır.

Diğer bağlanma afinitesi belirleme yöntemlerinin çoğu, aptamer ve ligand arasında 1: 1 bağlanma oranını varsayar. Bununla birlikte, bağlanma davranışı ve küçük moleküller ile aptamerler arasındaki büyük ölçüde farklı boyut nedeniyle, 1: 1 bağlama modeli her zaman doğru değildir14,15. Bu açıdan ITC, bağlanma bölgelerinin sayısını bilmek için bağlanma stokiyometrisi hakkında veri verebilir ve bağlanma davranışı hakkında bilgi verebilir 7,15. Bu gelişmiş işlev, ITC analiz yazılımından doğru bağlama modeli, bir veya iki bölgeli bağlama modeli kullanılarak sağlanabilir. Bir doymuş nokta, 1:1 (1 bağlanma bölgesi), 1:2 veya 0,5:1 (iki bağlama bölgesi) farklı bir bağlanma oranında analiz edilebilir. Sıralı model için, ayrı bir doymuş bölge yoktur, ancak yalnızca toplam doymuş bölge sayısı vardır. Siteler aynıysa, veriler sıralı doygunluğa sığar. Orada, ilk bağlama yeri, sahadan sahaya salınan ısı enerjisindeki azalmadan da anlaşılacağı gibi, ikinci sahadan daha fazla seçilebilecek aynı türden daha boş kopyalara sahiptir14,15,16. Bağlama parametreleri, her bağlama bölgesi için bağlama sabiti K'yı belirler. Bu durumda, iki ardışık bağlanma bölgesi ile bağlanmayı gösterir ve genel moleküldeki konformasyonel değişimi doğrular. ITC, aptamer ve küçük moleküller arasındaki bağlanmayı karakterize etmek için birçok gelişmiş işlev sunsa da, iyi koşullara sahip optimizasyon süreci 7,16,17 zamana mal olur. Ayrıca, diğer cihazlarla karşılaştırıldığında, ITC ekipmanı pahalıdır ve iyi eğitimli bir teknisyen tarafından kullanılmasını gerektirir.

Çoğu durumda, bir aptamer ve küçük bir molekül ligand arasındaki bağlanma afinitesini belirlemek zordur. ITC bu amaç için gelişmiş bir yöntem olarak düşünülebilir, çünkü ITC termodinamik bilgilerin yanı sıra son derece hassas bağlanma afiniteleri sağlar. Bu bilgilerden, klinik kullanım veya tespit için kullanma davranışını tahmin edebiliriz. Örneğin, iki bağlama bölgesine sahip seçilen aptamer ile, bir site bağlanma için uygun değilse, bir bağlama bölgesini tutmak için kesebiliriz veya her iki bağlama bölgesi de aynı davranışa sahipse aptamer'ı iki aptamer'a bölebiliriz. Ayrıca, konformasyon yapı değişikliği davranışı ile, bir sensör geliştirmek için aptamer'i bir söndürme platformuyla birleştirebiliriz.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Disclosures

Yazarlar rakip finansal çıkarlar olmadığını beyan ederler.

Acknowledgments

Bu araştırma, Aptagen LLC'nin Araştırma ve Geliştirme Fonu tarafından desteklenmiştir.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
5'-CGTACGGAATTCG CTAGCCCCCCGGCAGGCCACGG
C TTGGGTTGGTCCCACTGCGCG
TGGATCCGAGCTCCAC GTG-3'
Integrated DNA Technologies, Inc The sequence is adopted from Gu's research, which has not identified Kd using ITC (refer references 8 and 9)
Affinity ITC Auto Low Volume (190 µL) System Complete–Gold Cells TA Instruments 61000.901 Isothermal titration calorimetry system
CaCl2 Avantor (VWR) E506-100ML Calcium chloride 1 M in aqueous solution, Biotechnology Grade, sterile
Centrifuge Eppendorf 5417R The Eppendorf 5417R is unsurpassed in safety, reliability and ease-of-use. Very easy to maintain with a brushless motor that spins up to 16,400 RPM with maximum RCF up to 25,000 x g.
Complete Degassing Station (110/230V) TA Instruments 6326 This degasser provides a self-contained stirring platform, vacuum chamber, vacuum port, temperature control and electronic timer for proper sample preparation.
EDTA TekNova E0375 EDTA 500 mM, pH 7.5
NanoDrop One Microvolume UV-Vis Spectrophotometer ThermoFisher ND-ONE-W UV-Vis Spectrophotometer
Nanosep, Nanosep MF and NAB Centrifugal Devices Pall Laboratory OD030C34 3 kDa molecular weight cutoff concentrator
PBS pH 7.4 IBI Scientific IB70165 Buffer containing Sodium phosphate, Sodium chloride, Potassium phosphate, and Potassium chloride Ultra-Pure Grade Sterile filtered using 0.2 µm filter. Autoclaved at 121 °C for greater than 20 min.
Posi-Click 1.7 mL Large Cap Microcentrifuge Tubes labForce (a Thomas Scientific Brand) 1149K01
Tetracycline, Hydrochoride EMD Millipore Corperation CAS64-75-5

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Ellington, A. D., Szostak, J. W. In vitro selection of RNA molecules that bind specific ligands. Nature. 346 (6287), 818-822 (1990).
  2. Tuerk, C., Gold, L. Systematic evolution of ligands by exponential enrichment: RNA ligands to bacteriophage T4 DNA polymerase. Science. 249 (4968), 505-510 (1990).
  3. Kim, S. H., Thoa, T. T. T., Gu, M. B. Aptasensors for environmental monitoring of contaminants in water and soil. Current Opinion in Environmental Science & Health. 10, 9-21 (2019).
  4. Dunn, M. R., Jimenez, R. M., Chaput, J. C. Analysis of aptamer discovery and technology. Nature Reviews Chemistry. 1, 0076 (2017).
  5. Stoltenburg, R., Reinemann, C., Strehlitz, B. SELEX--A (r)evolutionary method to generate high-affinity nucleic acid ligands. Biomolecular Engineering. 24 (4), 381-403 (2007).
  6. Wang, Y., Wang, G., Moitessier, N., Mittermaier, A. K. Enzyme kinetics by isothermal titration calorimetry: Allostery, inhibition, and dynamics. Frontiers in Molecular Biosciences. 7, 583826 (2020).
  7. Velazquez-Campoy, A., Freire, E. Isothermal titration calorimetry to determine association constants for high-affinity ligands. Nature Protocols. 1 (1), 186-191 (2006).
  8. Niazi, J. H., Lee, S. J., Gu, M. B. Single-stranded DNA aptamers specific for antibiotics tetracyclines. Bioorganic and Medicinal Chemistry. 16 (15), 7245-7253 (2008).
  9. Kim, Y. J., Kim, Y. S., Niazi, J. H., Gu, M. B. Electrochemical aptasensor for tetracycline detection. Bioprocess and Biosystems Engineering. 33 (1), 31-37 (2010).
  10. Wang, S., et al. Development of an indirect competitive assay-based aptasensor for highly sensitive detection of tetracycline residue in honey. Biosensors & Bioelectronics. 57, 192-198 (2014).
  11. Kim, Y. S., et al. A novel colorimetric aptasensor using gold nanoparticle for a highly sensitive and specific detection of oxytetracycline. Biosensors & Bioelectronics. 26 (4), 1644-1649 (2010).
  12. Thoa, T. T., Minagawa, N., Aigaki, T., Ito, Y., Uzawa, T. Regulation of photosensitisation processes by an RNA aptamer. Scientific Reports. 7, 43272 (2017).
  13. Horowitz, E. D., Lilavivat, S., Holladay, B. W., Germann, M. W., Hud, N. V. Solution structure and thermodynamics of 2',5' RNA intercalation. Journal of the American Chemical Society. 131 (16), 5831-5838 (2009).
  14. Sigurskjold, B. W. Exact analysis of competition ligand binding by displacement isothermal titration calorimetry. Analytical Biochemistry. 277 (2), 260-266 (2000).
  15. Neves, M. A. D., Slavkovic, S., Churcher, Z. R., Johnson, P. E. Salt-mediated two-site ligand binding by the cocaine-binding aptamer. Nucleic Acids Research. 45 (3), 1041-1048 (2017).
  16. Turnbull, W. B., Daranas, A. H. On the value of c: Can low affinity systems be studied by isothermal titration calorimetry. Journal of the American Chemical Society. 125 (48), 14859-14866 (2003).
  17. Van Ness, J., Van Ness, L. K., Galas, D. J. Isothermal reactions for the amplification of oligonucleotides. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 100 (8), 4504-4509 (2003).

Tags

Biyokimya Sayı 186 İzotermal titrasyon kalorimetrisi (ITC) DNA aptamer tetrasiklin ayrışma sabitleri (Kd) termodinamik ve kinetik ilişki
İzotermal Titrasyon Kalorimetrisi Kullanılarak DNA Aptamer ve Tetrasiklinin Termodinamik ve Kinetik İlişkisinin Belirlenmesi
Play Video
PDF DOI DOWNLOAD MATERIALS LIST

Cite this Article

Thoa, T. T. T., Liao, A. M.,More

Thoa, T. T. T., Liao, A. M., Caltagirone, G. T. Determining the Thermodynamic and Kinetic Association of a DNA Aptamer and Tetracycline Using Isothermal Titration Calorimetry. J. Vis. Exp. (186), e64247, doi:10.3791/64247 (2022).

Less
Copy Citation Download Citation Reprints and Permissions
View Video

Get cutting-edge science videos from JoVE sent straight to your inbox every month.

Waiting X
Simple Hit Counter