Wir beschreiben ein allgemeines Protokoll, das hochauflösende Massenspektrometrie, Analyse und molekulares Docking in der Forschung der traditionellen chinesischen Medizin integriert.
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Wir beschreiben ein allgemeines Protokoll, das hochauflösende Massenspektrometrie, Analyse und molekulares Docking in der Forschung der traditionellen chinesischen Medizin integriert.
Die Trennung und Analyse der gewünschten chemischen Bestandteile sind wichtige Themen für die Grundlagenforschung der Traditionellen Chinesischen Medizin (TCM). Die Ultra-Hochleistungsflüssigkeitschromatographie, Quadrupol-Flugzeit-Tandem-Massenspektrometrie (UPLC-Q-TOF-MS/MS) hat sich nach und nach zu einer führenden Technologie für die Identifizierung von TCM-Inhaltsstoffen entwickelt. Gynura bicolor DC. (BFH), ein mehrjähriges stielloses Kraut, das in China für Medizin und Lebensmittel verwendet wird, hat medizinische Wirkungen wie die Beseitigung von Hitze, die Befeuchtung der Lunge, die Linderung von Husten, die Zerstreuung von Stasis und die Linderung von Schwellungen. Polyphenole und Flavonoide enthalten zahlreiche Isomere, die die Identifizierung der komplexen Verbindungen in BFH erschweren. In dieser Arbeit wird ein systematisches Protokoll zur Untersuchung chemischer Bestandteile von BFH vorgestellt, das auf Lösungsmittelextraktion und integrierten Daten mittels UPLC-Q-TOF-MS basiert.
Das hier beschriebene Verfahren umfasst systematische Protokolle für die Probenvorbehandlung, die MS-Kalibrierung, die MS-Erfassung, die Datenverarbeitung und die Analyse der Ergebnisse. Die Probenvorbehandlung umfasst das Sammeln, Reinigen, Trocknen, Zerkleinern und Extrahieren. Die MS-Kalibrierung besteht aus Mehrpunkt- und Einzelpunktkorrektur. Die Datenverarbeitung umfasst den Datenimport, die Methodenetablierung, die Analyseverarbeitung und die Ergebnisdarstellung. Repräsentative Ergebnisse des typischen Fragmentierungsmusters von Phenolsäuren, Estern und Glykosiden in Gynura bicolor DC. (BFH) werden in dieser Arbeit vorgestellt. Darüber hinaus werden die Auswahl organischer Lösungsmittel, die Extraktion, die Datenintegration, die Auswahl der Kollisionsenergie und die Methodenverbesserung ausführlich diskutiert. Dieses universelle Protokoll kann in großem Umfang zur Identifizierung komplexer Verbindungen in der TCM verwendet werden.
Die Traditionelle Chinesische Medizin (TCM) wird in China seit Tausenden von Jahren klinisch praktiziert und spielt eine wichtige Rolle bei der Erhaltung der Gesundheit der Chinesen1. Die Zusammensetzung der TCM ist vielfältig und komplex, und die TCM wurde in vielen qualitativen Studien, die sich auf die chemische Zusammensetzung konzentrierten, ausführlich berichtet2. Die chemischen Bestandteile der TCM lassen sich grob in folgende Kategorien einteilen: Alkaloide, organische Säuren, Phenylpropanoide, Cumarine, Lignane, Chinonen, Flavonoide, Terpenoide, Triterpenoid-Saponine, Steroid-Saponine, Herzglykoside und Tannine3. Angesichts der großen Anzahl unbekannter Bestandteile und ununterscheidbarer Isomere in der TCM sind die Trennung und Analyse der gewünschten chemischen Bestandteile wichtige Themen für die Grundlagenforschung der TCM4.
Die Ultrahochleistungsflüssigkeitschromatographie Die Quadrupol-Flugzeit-Massenspektrometrie (UPLC-Q-TOF-MS) wird zur Analyse von Substanzen in der Traditionellen Chinesischen Medizin (TCM) eingesetzt, die durch Ultrahochleistungsflüssigkeitschromatographie getrennt werden können 5,6. Die hohe Auflösung von MS kann umfangreiche Ioneninformationen liefern, die für die Datenbankanalyse mit einem Fehler von weniger als 5 ppm7 verwendet werden. Nach dem Einschalten der Kollisionsenergie kann der sekundäre MS-Modus sekundäre Fragmentionen erhalten, deren Intensität und Anzahl von der Größe der Energie8 beeinflusst werden.
Gynura bicolor DC. (BFH), ein mehrjähriges, stängelloses Kraut, das häufig für Medizin und Lebensmittel verwendet wird (Abbildung 1A), ist eine seltene und gefährdete Pflanze, die nur in China vorkommt9. BFH hat reichlich Anthocyane, Polyphenole, Flavonoide und eine starke antioxidative Kapazität10. BFH hat medizinische Wirkungen, darunter die Reinigung von Hitze, die Kühlung des Blutes, die Befeuchtung der Lunge, die Linderung von Husten, die Zerstreuung von Stauungen, die Linderung von Schwellungen, die Linderung von Sommerhitze und die Beseitigung von Hitze. Nur wenige Studien haben sich mit der chemischen Zusammensetzung von BFH11 beschäftigt. Polyphenole und Flavonoide enthalten zahlreiche Isomere, die die Identifizierung der komplexen Verbindungen in der BFH erschweren. Es muss eine universelle Methode zur Identifizierung chemischer Bestandteile entwickelt werden, die auf alle Arten der TCM angewendet werden kann. Ziel dieser Studie war es, ein systematisches Protokoll zur Untersuchung chemischer Bestandteile von BFH auf der Grundlage von Lösungsmittelextraktion und integrierten Daten über UPLC-Q-TOF-MS zu erstellen.
1. Vorbehandlung der Proben
2. MS-Kalibrierung
3. MS-Erwerb
4. Datenverarbeitung
5. Ergebnisanalyse
Als Modell für die Darstellung der repräsentativen Ergebnisse diente die Identifizierung der chemischen Zusammensetzung der BFH. Basen-Peak-Chromatogramme von lösungsmittelextrahiertem Gynura bicolor DC. sind in der Zusatzdatei 1-Ergänzende Abbildung S1-S6 dargestellt, und die beobachtete Retentionszeit (RT), der Komponentenname, die Formel, das Masse-zu-Ladungs-Verhältnis (m/z) und der Massenfehler sind in den Tabellen S1-S6 aufgeführt. Im ZBTK wurden alle 35 Arten von Verbindungen aus getrennten Peaks in UPLC-TOF-MS identifiziert. Wie in der ergänzenden Datei 1 - Ergänzende Tabelle S1 gezeigt, enthielten die Hauptchemikalien Säure (Chinasäure, DL-Apfelsäure, Zitronensäure, o-Cumarsäure und 3-O-trans-Cumaroylchinasäure), Glykoside (Gentiopicrin, Picrosid II, Suffruticosid J, Copolin und Borneol-2-O-β-D-apiofuranosyl-(1→6)-β-D-Glucosid) und Ester (Bilobalid, Trimethylcitrat und trans-O-Glucosylmethyl-trans-zimt). In der ZBTK-CT wurden 25 Arten von zusätzlichen Verbindungen nachgewiesen (Supplemental File 1 - Supplemental Table S2) und 45 Arten von Gesamtverbindungen beobachtet.
Bei der Verwendung von Chloroform als Extraktionsmittel wurden alle 50 Verbindungen gefunden. Zu den 28 Arten von zusätzlichen Verbindungen gehörten Koronarsäure, Sanlengsäure, Agrimol A und Methylartemisat (Ergänzende Datei 1 - Ergänzende Tabelle S3). Bei der Verwendung von Petrolether als Extraktionsmittel wurden insgesamt 44 Arten von Verbindungen beobachtet. Wir fanden 17 Arten von zusätzlichen Verbindungen, darunter Notopterol, Onjisaponin und Cnideol B (Ergänzende Datei 1 - Ergänzende Tabelle S4). Insgesamt wurden 65 Verbindungen in Lösungsmitteln unter Verwendung von Ethylacetat als Extraktionsmittel erhalten. Im Vergleich zu den vorherigen vier Extrakten wurden 37 zusätzliche Verbindungen wie Daphnetin, Acetovanillon B und Stigmasterol-3-O-β-D-Glucosid festgestellt (Ergänzende Datei 1 - Ergänzende Tabelle S5). In der Butylalkohol-Extraktion fanden wir insgesamt 67 Arten von Verbindungen, die 26 Arten von zusätzlichen Verbindungen enthielten, darunter Rengyosid C, Chromone, Aturmetelin F und Deacetylmatricarin-8-O-β-D-Glucopyranosid (Ergänzende Datei 1 - Ergänzende Tabelle S6). Zusammenfassend haben wir 168 Verbindungen gefunden, die auf allen Verbindungsergebnissen von sechs Extraktionsmitteln basieren.
Um den Spaltungsweg von Verbindungstypen bei UPLC-TOF-MS besser zu verstehen, haben wir drei Verbindungen als Beispiele ausgewählt. Für Säuren könnte 3-O-trans-Cumaroylchinasäure mit m/z = 337,09222 über die Hydrolysereaktion eine C7H,10O5 oder C9H8O2 Gruppe verlieren und Zwischenprodukte mit m/z = 163,04116 bzw. 199,05557 bilden (Abbildung 4D). Für Ester konnte trans-O-Glucosylmethyl-trans-cinnamat mit m/z = 385,11308 über C-C-Spaltung an verschiedenen Stellen in ein Zwischenprodukt mit m/z = 153,07485 oder 135,04679 umgewandelt werden (Abbildung 4E). Für Glykoside wurde Citrusin C mit m/z = 385,11308 über die C-C-Bindungsspaltung in der aliphatischen Kette in ein Zwischenprodukt mit m/z = 272,09174 umgewandelt, während der Verlust der C7H6O2-Gruppe zu einem Zwischenprodukt mit m/z = 113,02534 führte (Abbildung 4F). In einem anderen Weg führte der Bruch der C-O-C-Bindung am Benzolring zur Bildung eines Zwischenprodukts mit m/z = 163,11245, während die Hexose-Einheit verschwand.
Die repräsentativen Ergebnisse des molekularen Dockings zeigten 2D- bzw. 3D-Strukturen in Abbildung 4G,H. Die Analyse der Genontologie-Anreicherung zeigte die Ergebnisse der Genfunktion in Bezug auf den biologischen Prozess (BP), die zelluläre Komponente (CC) und die molekulare Funktion (MF; Abbildung 4I). Die Analyse der Signalwegannotation in der Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes zeigte die Signalwegergebnisse differentiell exprimierter Gene, die zum besseren Verständnis der Funktion von Genen verwendet werden könnten (Abbildung 4J). Die detaillierten Ergebnisse des molekularen Andockens sind in der Ergänzungsdatei 1 - Ergänzende Tabelle S7 und in der Ergänzungsdatei 1 - Ergänzende Abbildung S7-S9 dargestellt.

Abbildung 1: Vorbehandlungsmethode der Traditionellen Chinesischen Medizin. (A) Gynura bicolor DC. (B) Reinigung und Trocknung. (C) Pulverisierung. (D) Zusatz von organischem Lösungsmittel. (E) Ultraschall-Extraktion. (F) Zentrifugieren des Gemisches. (G) Filtration des Überstands. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 2: Betriebsverfahren von UPLC-Q-TOF-MS/MS. (A) Zubereitung von Natriumformiaten. (B) Kalibrierung der Massenachse. (C) MS-Abstimmung. (D) Platzierung der Probe. (E) Erfassung des Massenspektrums. (F) Anzeige des Massenspektrums. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 3: Datenverarbeitung und -integration. (A) Datenkonvertierung. (B) Änderung der Methode. (C) Datenverarbeitung. (D) Statistische Analyse der Ergebnisse. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 4: Tiefgreifende Ergebnisanalyse. (A) Sekundäres Massenspektrum. (B) Sekundäre Fragmentionenanzeige. (C) Anzeige der Frakturstelle. (D) Fragmentierungsmuster 1. (E) Fragmentierungsmuster 2. (F) Fragmentierungsmuster 3. (G) Demonstration des Wirkungsziels des Wirkstoffs. (H) 3D-Struktur des Wirkstoff-Aktionsziels. (I) GO-Anreicherungsanalyse. (J) Analyse der Annotation des KEGG-Signalwegs. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Ergänzende Datei 1: Identifizierung von Verbindungen, molekulare Docking-Ergebnisse, Basen-Peak-Chromatogramme und Netzwerkanalyse. Bitte klicken Sie hier, um diese Datei herunterzuladen.
Neben der Wasserabkochung12 ist die Extraktion organischer Lösungsmittel eine weitere gängige Methode der TCM-Vorbehandlung13. Nach dem Prinzip der Ähnlichphasenauflösung sind zahlreiche Bestandteile durch die Kombination verschiedener organischer Lösungsmittel14 extrahiert worden. Die ultraschallgestützte Extraktion ist eine der Hauptmethoden zur Gewinnung von Komponenten in TCM15. Die Extraktion von überkritischem Kohlendioxid eignet sich gut für die Extraktion bestimmter Arten von Substanzen, wie z. B. Lignane16. Darüber hinaus wurde die mikrowellengestützte Extraktion in ionischen Flüssigkeiten (ILs) als Alternative zu herkömmlichen Extraktionen mit organischen Lösungsmitteln untersucht17. Die präzise Steuerung der Mikrowellenenergie ist jedoch schwierig zu erreichen, was zu Sekundärreaktionen wie Veretherungsdehydratisierung und Veresterungsdehydratisierung führen kann.
Optimale Einstellungen der Kollisionsenergie können zusätzliche Informationen über MS-Fragmente zweiter Ordnung liefern. Informationen aus der Tandem-MS, d. h. dem MSE-Modus , wurden durch zwei parallele abwechselnde Scans bereitgestellt, die entweder eine niedrige Energie zur Gewinnung von Molekülioneninformationen oder eine hohe Energie zur Erzielung einer vollständigen Scan-Genauigkeit der Massenfragmentionen18 verwendeten. Bei der Einstellung von Hochenergieparametern wird üblicherweise der Bereich von 10 bis 35 V für die Kollisionsenergie des Rampentransfers verwendet, um die Fragmentierungseffizienz des Vorläufers19 zu erhöhen.
Die große Menge an MS-Rohdaten wurde aus hochauflösenden MS generiert. MS-Rohdaten, zu denen molekulare Ionenpeaks im MS-Spektrum und Fragmentionenpeaks im MS/MS-Spektrum gehören, müssen gründlich verarbeitet und integriert werden. MS-Datenanalysesoftware, die darauf abzielte, alle Metaboliten in einer biologischen Probe umfassend zu analysieren20. Das Screening sulfatierter Metaboliten basierte auf der datenabhängigen Erfassung vollständiger MS-Scans und multidimensionaler Metabolitendaten21. Auf der Grundlage der sich entwickelnden Technologie wird die Vorhersage künstlicher Intelligenz eine praktikable Entwicklungsrichtung für die Datenanalyse von MS sein.
Die Mehrzahl der Verbindungen kann mit dieser Methode identifiziert werden. Die begrenzten sekundären Fragmente können jedoch nicht alle Isomere, einschließlich Flavonoide und Tannine, vollständig identifizieren. Um eine Strukturidentifikation zu erreichen, können Forscher mit Hilfe der Tandem-Massenspektrometrie weitere Informationen über Fragmentionen liefern, die bei der Identifizierung von Verbindungsstrukturen helfen8. Aufgrund der Einschränkung der chemischen Ionisationsquelle Elektrospray-Ionisationsionen oder des Atmosphärendrucks ist die hochauflösende MS nicht für die Makromolekülanalyse geeignet. Die matrixgestützte Laserdesorptionsionisation kann die Ionisation großer molekularer Verbindungen, wie z. B. Proteine, fördern22. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass UPLC-Q-TOF-MS/MS eine der am weitesten verbreiteten Techniken zur Identifizierung von TCM-Verbindungen ist. Es hat das Potenzial, auf andere Bereiche angewendet zu werden, einschließlich der klinischen Medizin und der Energiechemie.
Die Autoren erklären, dass keine konkurrierenden finanziellen Interessen bestehen.
Diese Arbeit wurde finanziert von der National Natural Science Foundation of China (82104881), Inheritance and Innovation Team of TCM Treatment of Immune Diseases, Chongqing Medical Scientific Research Project (Joint project of Chongqing Health Commission and Science and Technology Bureau) (2022DBXM007), einem speziellen Projekt für Leistungsanreize und Beratung des Chongqing Scientific Research Institute (cstc2022jxjl120005), einem speziellen Projekt für die Chongqing Postdoctoral Science Foundation (2022CQBSHTB3035), Senior Medical Talents Program of Chongqing for Yong and Mid-aged, das Programm für wissenschaftliche Einrichtungen von Chongqing (unabhängiges Forschungsprojekt Nr. 2022GDRC015).
| Name | Unternehmen | Katalognummer | Kommentare |
|---|---|---|---|
| Chloroform | Sinopharm Chemical ReagenzCo., Ltd | CAS 67-66-3 | |
| Ethanol | ChuandongChemical | CAS 64-17-5 | |
| Ethylacetat | ChuandongChemical | CAS 141-78-6 | |
| Flüssigchromatograph | Waters | ACQUITY Klasse 1 plus | |
| MassLynx | Waters | V4.2 | MS Steuerungssoftware |
| n-Butylalkohol | ChuandongChemical | CAS 71-36-3 | |
| Petrolether | ChuandongChemical | CAS 8032-32-4 | |
| Quadrupol-Flugzeit-Massenspektrometrie | Waters | SYNAPT XS | |
| UNIFI | Waters | Software zur Datenanalyse |