Methodenartikel

Mitochondriales Präparat aus Mikroglia für die Glykananalyse

DOI:

10.3791/68179

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30. Mai 2025

 ,  ,  ,  ,  , 
1School of Health Professions, University of Alabama at Birmingham, 2Department of Chemistry, North Carolina State University, 3Department of Pathology, Division of Molecular and Cellular Pathology, University of Alabama at Birmingham, 4Department of Biomedical Engineering, University of Alabama at Birmingham

In diesem Artikel

Zusammenfassung

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Es wurde ein Protokoll für die Präparation gereinigter Mitochondrien aus Mikrogliazellen, die Isolierung mitochondrialer Proteine für die Freisetzung von N-Glykanen und den schnellen Nachweis subzellulärer, mitochondrialer Glykane mittels Infrarot-Matrix-unterstützter Laserdesorptions-Elektrospray-Ionisation in Verbindung mit hochauflösender präziser Massenanalysator-Massenspektrometrie entwickelt.

Zusammenfassung

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Das Verständnis der Glykosylierungsmuster mitochondrialer Proteine in Mikroglia ist entscheidend für die Bestimmung ihrer Rolle bei neurodegenerativen Erkrankungen. Hier stellen wir eine neuartige Hochdurchsatz-Methodik für die glykomische Analyse von mitochondrialen Proteinen vor, die aus kultivierten Mikroglia isoliert wurden. Diese Methode umfasst die Isolierung von Mitochondrien aus Mikrogliakulturen, die Qualitätsbewertung von mitochondrialen Proben, gefolgt von einer optimierten Proteinextraktion zur Maximierung der Glykandetektion, und die hochauflösende genaue Massenspektrometrie (IR-MALDESI) mit Infrarotmatrix-unterstützter Laserdesorptions-Elektrospray-Ionisation (IR-MALDESI), um detaillierte Profile der mitochondrialen Glykosylierung zu erhalten.

Dieses Protokoll unterstreicht die Bedeutung der Aufrechterhaltung der mitochondrialen Integrität während der Isolierung und setzt strenge Qualitätskontrollen ein, um die Reproduzierbarkeit zu gewährleisten, einschließlich der Messung der mitochondrialen Reinheit nach der Extraktion. Dieser Ansatz ermöglicht ein umfassendes Profiling von Glykosylierungsänderungen in mikroglialen Mitochondrien unter verschiedenen experimentellen Bedingungen in vitro, was einen Einblick in mitochondriale Veränderungen im Zusammenhang mit neurodegenerativen Erkrankungen bietet. Dieser Ansatz könnte an andere in vitro-Behandlungen , andere kultivierte Zelltypen oder Primärzellen angepasst werden. Durch diesen standardisierten Ansatz wollen wir das Verständnis der mitochondrialen Glykane der Mikroglia vorantreiben und so einen Beitrag zum breiteren Feld der neurodegenerativen Forschung leisten.

Einleitung

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Mikroglia sind die dominierenden angeborenen Immunzellen im Gehirn und machen 10-15% der Zellen im erwachsenen Gehirn aus 1,2. Sie nutzen ihr Rezeptorrepertoire, um die Mikroumgebung des Gehirns dynamisch zu überwachen und die normale Gehirnfunktion zu regulieren, um die Homöostase des Gehirns aufrechtzuerhalten3. Mikroglia reagieren sehr empfindlich auf Veränderungen in ihrer Mikroumgebung und verändern die Zellmorphologie, den Immunphänotyp und die Funktion bei pathologischen Zuständen oder verschiedenen Stimulationen. Die Aktivierungszustände der Mikroglia werden durch den zellulären Energiebedarf beeinflusst, der für ihre Funktion erforderlich ist, wie z. B. Phagozytose, Zytokinproduktion oder Gewebereparatur. Daher spielt der zelluläre Energiestoffwechsel eine entscheidende Rolle bei der Regulierung von Veränderungen der Mikrogliafunktion4. Eine mikrogliale Dysregulation führt zu einer übermäßigen Freisetzung von proinflammatorischen Zytokinen (z. B. IL-1β, TNF-α) und reaktiven Sauerstoffspezies (ROS), wodurch das Gehirn für Neuroinflammation prädisponiertwird 5,6. Eine chronische Dysregulation der Mikroglia und das daraus resultierende neuroinflammatorische Milieu legen den Grundstein für die Neurodegeneration7.

Das Gehirn macht nur 2 % des Körpergewichts, aber 20 % des gesamten Energieverbrauchs des Körpers aus. Mitochondrien sind die primäre Energiequelle in den Gehirnzellen und spielen eine Schlüsselrolle bei der Pathogenese sowohl akuter als auch chronischer Hirnerkrankungen8. Frühere Studien haben eine starke Korrelation zwischen der Aktivierung von Mikroglia und metabolischer Dysfunktion im Alter9 und altersbedingten Erkrankungen wie der Alzheimer-Krankheit10,11 festgestellt, was die zentrale Rolle der Mitochondrien bei der zellulären Seneszenz und Neurodegeneration hervorhebt. Eine beeinträchtigte mitochondriale Funktion führt zu einer verminderten Energieproduktion, erhöhtem oxidativem Stress und vermehrter Neuroinflammation während des Alterns und altersbedingter Krankheiten.

Während umfangreiche Forschungen die Rolle der Mitochondrien beim Energiestoffwechsel, beim Altern und bei Erkrankungen des Gehirns aufgeklärt haben, ist die Rolle gängiger posttranslationaler Modifikationen, wie z. B. der Glykosylierung, in der Biologie und Funktion der Mitochondrien noch unzureichend erforscht. Die Glykosylierung, die enzymatische Addition von Zuckereinheiten, den sogenannten Glykanen, an Proteine durch Glykosylierungsenzyme, ist die häufigste posttranslationale Modifikation in den meisten Gehirnzellen, einschließlich Mikroglia. Aktivierte Mikroglia modulieren ihre Immunfunktion unter Entzündungsreizen, indem sie die Glykanexpression auf der Zelloberfläche regulieren12. Die pro- und antiinflammatorischen Reaktionen der Mikroglia-Nachstimulation werden ebenfalls durch die Glykane reguliert13. Mitochondriale Proteine weisen ebenfalls diese Glykanmodifikationen auf, die ihre Funktion und Lokalisation regulieren. Eine detaillierte Analyse der zellspezifischen mitochondrialen Glykosylierungsmuster in den Mikroglia fehlt jedoch aufgrund der technischen Herausforderungen bei der Untersuchung der subzellulären Glykosylierung. Trotz der gut charakterisierten Rolle der Glykosylierung bei der Modulation des Mikroglia-Phänotyps ist die Rolle der Glykane bei der Modulation der mitochondrialen Funktion und damit des zellulären Immunphänotyps bei Mikroglia nach wie vor wenig verstanden.

Begrenzte Studien, die die Glykosylierung mitochondrialer Proteine untersuchten, konzentrierten sich hauptsächlich auf die lektinbasierte Identifizierung von Glykosylierungsmustern. Lektine sind Glykan-bindende Proteine, die biomolekulare Glykaneinheitenbinden 14,15, denen die Spezifität und Fähigkeit fehlt, detaillierte Informationen über die Glykanzusammensetzung zu liefern. Massenspektrometrische Modalitäten bieten eine detaillierte Identifizierung der Glykanzusammensetzungen, um die analytischen Herausforderungen der Lektinanalyse zu bewältigen. Eine solche Modalität, die infrarot-matrixgestützte Laser-Desorptions-Elektrospray-Ionisation (IR-MALDESI), verwendet eine hybride Ionisationsstrategie, bei der ein mittlerer IR-Laser verwendet wird, um das in biologischen Proben16 gefundene Wasser resonant anzuregen, um die neutrale Spezies zu desorbieren und sie einer orthogonalen Elektrosprayfahne auszusetzen, gefolgt von einer Analyse unter Verwendung eines hochauflösenden, präzisen Massen-Orbitrap-Massenspektrometers. IR-MALDESI wurde bereits für die direkte Analyse von Gewebemetaboliten17 demonstriert, mit deutlichen Vorteilen der Schnellanalyse18, der weichen Ionisationsmethode und der Vorhersagbarkeit des Sialinsäuregehalts von N-verknüpften Glykanen auf der Grundlage der Isotopenverteilungsmuster von chlorierten Glykanaddukten19. Die Adaption dieser Plattform für die direkte Analyse subzellulärer Glykane wurde jedoch nicht demonstriert.

In dieser Arbeit berichten wir über ein Hochdurchsatzprotokoll für die mitochondriale Isolierung aus Mikrogliazellen, die Isolierung von mitochondrialen N-Glykanen und den Nachweis und die Analyse von mitochondrialen N-Glykanen mittels IR-MALDESI-Massenspektrometrie. Dieses Protokoll wird grundlegend sein, um neue Erkenntnisse über die Rolle der Glykosylierung in der mitochondrialen Funktion zu gewinnen und möglicherweise neue therapeutische Ziele für neuroinflammatorische und neurodegenerative Erkrankungen zu identifizieren.

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Protokoll

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. BV2 Mikroglia-Zelllinien-Kultur

  1. Halten Sie die BV-2-Zellen (Mikrogliazellen, die von C57BL/6-Mäusen abgeleitet sind) in DMEM-Medien mit niedrigem Glukosegehalt, die mit 10 % fötalem Rinderserum (FBS), 1 % Penicillium-Streptomycin (PenStrep) und 1 % nicht-essentiellen Aminosäuren (NEAA) ergänzt werden.
  2. Züchten Sie die Zellen in T-175-Kolben und lassen Sie sie eine Konfluenz von 70-80 % erreichen.
  3. Die Zellen werden gespalten, indem sie 5 Minuten lang bei 37 °C in 5 % CO2 mit den Zelldissoziationsenzymen inkubieren, gefolgt von einer Inaktivierung der Enzyme mit dem gleichen Volumen an Zellmedien und 5 Minuten lang bei 500 × g bei Raumtemperatur (RT) zentrifugieren.
    HINWEIS: Die hier verwendeten Zelldissoziationsenzyme sind schonender für BV2-Zellen als Trypsin und können zum Schutz der Antigenexpression auf der Zelloberfläche verwendet werden.
  4. Aspirieren Sie das Medium, resuspendieren Sie das Zellpellet in 1 ml Wachstumsmedium und zählen Sie die Zellen mit Trypanblau (siehe Materialtabelle).
    HINWEIS: Wir haben für diesen Schritt einen automatischen Zellzähler verwendet, um Zellen zu zählen.
  5. Um die mitochondriale Isolierung durchzuführen, gehen Sie vor, wenn das Zellpellet 2 × 107 (20 Millionen Zellen/Pellet) enthält.

2. Isolierung von Mitochondrien aus Mikrogliazellen

HINWEIS: Arbeiten Sie schnell und halten Sie während des gesamten Vorgangs alles auf Eis. Das mitochondriale Isolationskit, das für die mitochondriale Isolierung verwendet wird, besteht aus drei Komponenten: Reagenzien A (Zelllysepuffer), Reagenz B (stabilisierender Puffer) und Reagenz C (mitochondrialer Waschpuffer). Unmittelbar vor der Anwendung Proteaseinhibitoren zu Reagenz A und Reagenz C hinzufügen.

  1. Pelletieren Sie 2 × 107 Zellen, indem Sie die geernteten Zellen in einem 2,0 mL Mikrozentrifugenröhrchen bei 500 × g für 5 min zentrifugieren. Saugen Sie den Überstand vorsichtig ab und entsorgen Sie ihn.
  2. Geben Sie 800 μl mitochondriales Isolationsreagenz A (Zelllysepuffer) hinzu, wirbeln Sie es 5 s lang bei mittlerer Geschwindigkeit vor und inkubieren Sie das Röhrchen genau 2 Minuten lang auf Eis.
    HINWEIS: Überschreiten Sie nicht die Inkubationszeit von 2 Minuten.
  3. Fügen Sie 10 μl mitochondriales Isolationsreagenz B (stabilisierender Puffer) hinzu, wirbeln Sie es 5 s lang bei maximaler Geschwindigkeit vor und inkubieren Sie das Röhrchen 5 Minuten lang auf Eis, wobei Sie jede Minute mit maximaler Geschwindigkeit vortexen.
  4. Geben Sie 800 μl Mitochondrien-Isolationsreagenz C (mitochondrialer Waschpuffer) hinzu, drehen Sie das Röhrchen mehrmals um, um es zu mischen, und zentrifugieren Sie das Röhrchen bei 700 × g für 10 min bei 4 °C.
    HINWEIS: Nicht wirbeln.
  5. Den Überstand in ein neues 2,0-ml-Röhrchen umfüllen und 15 min bei 4 °C bei 3.000 × g schleudern.
  6. Übertragen Sie den Überstand (zytosolische Anteile) in ein neues Röhrchen. Das Pellet enthält die isolierten Mitochondrien.
  7. Geben Sie 500 μl Mitochondrien-Isolationsreagenz C in das Pellet und zentrifugieren Sie es 5 Minuten lang bei 12.000 × g .
  8. Verwenden Sie das Pellet zur Proteinquantifizierung und -verarbeitung oder lagern Sie das Pellet bis zur weiteren Verwendung bei -80 °C.

3. Proteinschätzung mittels microBCA-Assay

HINWEIS: Die Proteinschätzung für dieses Protokoll kann mit verschiedenen Reagenzien und Assays durchgeführt werden. Die Quantifizierung von zytosolischen oder mitochondrialen Proteinen kann durch Normalisierung gegen die im Assay verwendete Gesamtproteinkonzentration erfolgen.

  1. Bereiten Sie Rinderserumalbumin (BSA)-Standards zwischen 0 μg/ml und 200 μg/ml (0 μg/ml, 0,5 μg/ml, 1 μg/ml, 2,5 μg/ml, 5 μg/ml, 10 μg/ml, 20 μg/ml, 40 μg/ml, 200 μg/ml) und Blindproben nur mit Lysepuffer vor.
  2. Geben Sie 150 μl jedes Standards in die 96-Well-Platte mit flachem Boden, die die Proben enthält.
  3. Mischen Sie 25 Teile Micro BCA Reagenz MA (Bicinchoninsäure (BCA)-Lösung) und 24 Teile Reagenz MB (Kupfersulfatlösung) mit 1 Teil Reagenz MC (stabilisierender Puffer) (25:24:1, Reagenzien MA:MB:MC), um ein funktionierendes Reagenz herzustellen. Geben Sie 150 μl des gemischten BCA-Reagenzes zu jeder Probe und jedem Standard.
  4. 2 h bei 37 °C inkubieren.
  5. Verwenden Sie ein Plattenlesegerät, um die Extinktion bei 562 nm zu messen und die Proteinkonzentration mit der Standardkurve zu quantifizieren. Subtrahieren Sie die Blanko-Standard-Extinktion von der Absorptionsmessung aller anderen Einzelstandards und unbekannten Probenreplikate, um die Proteinkonzentrationen der Probe zu erhalten.

4. Qualitätskontrolle der mitochondrialen Präparation (Western Blot)

  1. Resuspendieren Sie das mitochondriale Pellet im RIPA-Puffer (Radioimmunoprecipitation Assay Buffer), um eine Proteinquantifizierung durchzuführen. Bestimmen Sie die Proteinkonzentration für jede Probe mit dem Mikro-BCA-Assay.
  2. Die Proben werden 5 Minuten lang in einem Probenpuffer bei 94 °C denaturiert.
  3. Laden Sie gleiche Mengen (20 μg) mitochondriales Protein zusammen mit dem Molekulargewichtsmarker auf vorgefertigte Gele (siehe Materialtabelle).
  4. Lassen Sie das Gel 50 Minuten lang bei 100 V laufen.
    HINWEIS: Die Laufzeit kann variieren, stellen Sie also sicher, dass Sie das Gel stoppen, wenn die Proteine das Ende des Gels erreicht haben, das durch den Farbstoff im Probenpuffer angezeigt wird.
  5. Übertragen Sie die Proteine aus dem Gel auf eine Polyvinylidenfluorid (PVDF)-Membran unter Verwendung des Trockentransferprotokolls in einem Western-Blot-Transfersystem für 7 Minuten bei 20 V.
  6. Nehmen Sie die Membran heraus und verschließen Sie sie mit der Blockierlösung (Tabelle 1) für 1 h bei Raumtemperatur.
  7. Geben Sie geeignete Verdünnungen des Primärantikörpers in den Blockierungspuffer über Nacht bei 4 °C (COXIV = 1:3.000, GAPDH = 1:3.000).
    HINWEIS: Die Abwesenheit einer Kontamination durch nukleares, endoplasmatisches Retikulum (ER) in der mitochondrialen Präparation kann durch die Verwendung zusätzlicher Marker wie Lamin (nukleärer Marker) und ERp57 (ER-Marker) in westlichen Blots getestet werden.
  8. Waschen Sie die Membran 3 x 15 min lang mit dem Waschpuffer (Tabelle 1).
  9. Inkubieren Sie die Membran mit der entsprechenden Verdünnung von HRP-konjugierten Sekundärantikörpern in einem Blockpuffer bei Raumtemperatur für 1 h
  10. Waschen Sie die Membran 3 x 15 min mit dem Waschpuffer.
  11. Verwenden Sie für die Entwicklung ein Chemilumineszenz-Substrat-Kit.
  12. Scannen Sie die Membran mit einem Gel- und Membran-Imager.

5. Isolierung von mitochondrialen Proteinen für die N-Glykan-Extraktion aus Mikroglia

  1. Die isolierten Mitochondrien in 50 μl Proteinisolationspuffer (Tabelle 1) resuspendieren und 20 Minuten auf Eis ruhen lassen.
  2. Dreimal aspirieren und dispensieren und 20 min auf Eis lassen (vor Gebrauch vortexen). Wenn das mitochondriale Pellet nicht vollständig löslich ist, fügen Sie weitere 50 μl des Isolationspuffers hinzu und geben Sie es in dasselbe Röhrchen.
  3. Bei 13.000 × g 10 min zentrifugieren.
  4. Den Überstand zurückgewinnen, mindestens 1 h bei -80 °C einfrieren und so viel wie möglich in einem Vakuumkonzentrator trocknen.
  5. Resuspendieren Sie vor der Glykanisolierung mit dem PNGase-Verdauungspuffer (Tabelle 1) für IR-MALDESI.

6. Mitochondriale N-Glykan-Präparation für IR-MALDESI

  1. Laden Sie 25-250 μg Protein (in 250 μl maximalem Volumen) isolierter mitochondrialer Proteine auf einen 10 kDa Molekulargewichts-Cut-off-Filter (MWCO).
  2. Reduzieren Sie die Proteinproben, um die Glykananteile freizulegen, indem Sie jeder Probe im Filter 2 μl 1 M Dithiothreitol (DTT) hinzufügen.
  3. Verdünnen Sie die Probe mit 200 μl PNGase-Aufschlusspuffer und wirbeln Sie sie leicht auf, um eine Störung des Filters zu vermeiden.
  4. Denaturieren Sie die mitochondrialen Proteine, indem Sie die Probe 30 Minuten lang bei 56 °C inkubieren.
  5. Verwenden Sie 50 μl 1 M Iodacetamid, um die Mitochondrien zu alkylieren, um eine Endkonzentration von ~200 mM zu erhalten, und inkubieren Sie 60 Minuten lang bei 37 °C.
  6. Um die denaturierten mitochondrialen Methoden weiter zu konzentrieren, zentrifugieren Sie die Proben bei 14.000 × g für 40 Minuten. Verwerfen Sie den Durchfluss.
  7. Waschen Sie die Probe mit 100 μl PNGase-Aufschlusspuffer.
  8. Konzentrieren Sie das Glykoprotein 20 Minuten lang bei 14.000 × g auf den Filter und verwerfen Sie den Durchfluss. Wiederholen Sie den Wasch- und Konzentratschritt 2x für insgesamt 3x, bis ein Konzentrat im Totvolumen des Filters (~5 μL) entsteht. Verwerfen Sie den gesamten Durchfluss.
  9. Entsorgen Sie das Auffangfläschchen, sobald die Wäschen abgeschlossen sind. Verwenden Sie ein neues Sammelfläschchen für alle zukünftigen Eluenten und Waschungen.
  10. Um die Glykane von denaturierten mitochondrialen Glykomustern zu spalten, geben Sie sie in ein frisches Sammelfläschchen und geben Sie 2 μl glycerinfreie PNGase (75.000 Einheiten/ml) in den Filter. Fügen Sie 98 μl PNGase-Aufschlusspuffer hinzu, wodurch das Gesamtvolumen auf 100 μl erhöht wird, und mischen Sie, indem Sie den Filter vorsichtig auf und ab pipettieren.
  11. Inkubieren Sie die Proben 18 Stunden lang bei 37 °C, um alle N-Glykane enzymatisch von mitochondrialen Proteinen zu spalten.
  12. Eluieren Sie die freigesetzten mitochondrialen N-Glykane, indem Sie die Probe 20 Minuten lang bei 20 °C bei 14.000 × g zentrifugieren.
  13. Waschen Sie die mitochondrialen Glykane, indem Sie 100 μl PNGase-Aufschlusspuffer in den Filter geben und zentrifugieren Sie ihn bei 14.000 × g für 20 min bei 20 °C. Sammeln Sie die Waschung, die alle verbleibenden N-Glykane enthält, in derselben Durchstechflasche wie das Eluenten. Wiederholen Sie den Vorgang 2x und entfernen Sie den Filter aus dem Auffangfläschchen.
  14. Die mitochondrialen Glykanproben werden im -80 °C-Gefrierschrank inkubiert, bis sie eingefroren sind (30-60 min) und bei Raumtemperatur in einem Vakuumkonzentrator vollständig getrocknet sind (4-6 h für 400 μl).
    HINWEIS: N-Glykane können vor der Analyse bis zu 6 Monate bei -20 °C gelagert werden.
  15. Resuspendieren Sie die getrockneten N-verknüpften Glykane in 50 μl Wasser in LC/MS-Qualität direkt vor der IR-MALDESI-Analyse.

7. Nachweis von freigesetzten Glykanen mittels IR-MALDESI Massenspektrometrie

  1. Führen Sie an jedem Tag des Experiments eine Massenkalibrierung durch. Laden Sie die Kalibrierlösung auf eine Spritzenpumpe und drücken Sie sie mit einer Geschwindigkeit von 1,2 μl/min durch. Legen Sie eine Spannung von 3,5 kV an, um eine stabile Elektrospray-Wolke für die Massenkalibrierung sowohl im positiven als auch im negativen Modus zu erhalten.
  2. Pipettieren Sie 5 μl resuspendierte mitochondriale Glykane auf einen Probenfleck auf einem Teflon-Mikrotiterobjektträger.
  3. Verwenden Sie einen Laser im mittleren Infrarotbereich, der bei einer Wellenlänge von 2,97 μm arbeitet, für die Ablation mit einer Energie von 1,8 mJ pro Burst.
  4. Ionisieren und detektieren Sie N-Glykane im negativen Ionisationsmodus. Verwenden Sie ein Elektrospray-Lösungsmittel, das aus 60 % Acetonitril und 1 mM Essigsäure besteht, um eine stabile Elektrospray-Wolke mit einer Durchflussrate von 2 μL/min bei einer Spannung von 3,2 kV zu erzeugen.
  5. Um die Analyse durchzuführen, koppelt das IR-MALDESI an ein HRAM-Massenspektrometer, das auf ein Massenauflösungsvermögen von 240.000FWHM bei m/z 200 eingestellt ist, und analysiert zwischen 500 und 2.000 m/z im negativen Ionisationsmodus.
  6. Schalten Sie die automatische Verstärkungsregelung (AGC) aus und stellen Sie eine feste Injektionszeit von 90 ms ein. Verwenden Sie die EasyIC-Quelle für die interne Echtzeitkalibrierung jedes Spektrums, um eine hohe Massenmessgenauigkeit (MMA) zu erreichen.

8. Analyse der mitochondrialen N-Glykan-Daten

  1. Identifizieren Sie die N-verknüpften Glykane manuell, indem Sie nach monoisotopischen Massen suchen und die Isotopenverteilungen mithilfe des m/z-Abstands bestätigen, um doppelt und dreifach geladene Ionen zu bestimmen, die eine minimale Ionenflussschwelle von 1.000 Ionen/s aufweisen.
  2. Konvertieren Sie die Rohmassenspektren von m/z-Verhältnissen in neutrale monoisotopische Massen.
  3. Laden Sie die Monoisotopenmassen in ein Online-Tool zur Vorhersage der Oligosaccharidstruktur hoch, um die potenzielle Glykanzusammensetzung zu bestimmen. Bestätigung von Annotationen mit einer experimentell kuratierten Glykomdatenbank20; Stellen Sie sicher, dass jede Identifizierung innerhalb des Bereichs von 2,5 ppm MMA liegt, die N-verknüpfte Kernglykanstruktur (Hex3HexNAc2) enthält und Pentose-, KDN- oder HexA-Monosaccharide ausschließt.
  4. Zeichnen Sie die bestätigten Glykanstrukturen mit der SNFG-Nomenklatur21.
  5. Ermitteln Sie die relative Häufigkeit von Glykanen aus den Rohmassenspektren und normalisieren Sie sich gegen die Menge des mitochondrialen Proteins in μg, um Ionen/s/μg zu erhalten.
  6. Verwenden Sie die Chi-Quadrat-Analyse, um die Güte der Anpassung zwischen der theoretischen und der experimentellen Verteilung der N-verknüpften Glykane zu testen und die Anzahl der Chloraddukte zu bestimmen. Dies ermöglicht die direkte Bestimmung der Anzahl der Sialinsäuren19.

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Ergebnisse

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Abbildung 1 zeigt einen schematischen Überblick über die Schritte, die bei der Isolierung von Mitochondrien aus der BV2-Mikrogliazelllinie für die massenspektrometrische Glykananalyse erforderlich sind. Die Reproduzierbarkeit der mitochondrialen Proteinisolierung zwischen verschiedenen mitochondrialen Präparaten aus der gleichen Ausgangsdichte der Mikrogliazellen ist in Abbildung 2 dargestellt, die keinen signifikanten Unterschied zwischen der mitochondrialen Pr...

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Diskussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Mikroglia sind die residenten Immunzellen des Gehirns, und Glykanmodifikationen modulieren den Immunphänotyp und die Funktion der Mikroglia. Diese Immunfunktionen erfordern erhebliche zelluläre Energie, die überwiegend von den Mitochondrien bereitgestellt wird. Bemerkenswert ist, dass die mitochondrialen Proteine auch Glykanmodifikationen aufweisen, die aufgrund der technologischen Herausforderungen bei der Untersuchung der subzellulären Glykosylierung bisher deutlich untererforscht sind...

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Offenlegungen

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Die Autoren haben keine Interessenkonflikte anzugeben.

Danksagungen

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Die Autoren danken Seth Eisenberg, Doktorand im Muddiman Lab an der NCSU, für seine Hilfe bei der Videoaufzeichnung des massenspektrometrischen Protokolls. Diese Forschung wurde teilweise durch das School of Engineering Innovation Fellows Program an der University of Alabama in Birmingham unterstützt, AG068309 zum D.J.T. und R01GM087964-12 zum D.C.M. wurde. Die Schaltpläne in diesem Manuskript wurden mit BioRender gezeichnet.

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Materialien

Liste der in diesem Artikel verwendeten Materialien
NameUnternehmenKatalognummerKommentare
Ausrüstung
Amersham 600 ImagerCytvia 29194217Gel- und Membran-Imager
Countess 3 automatisierter ZellzählerFisher ScientificX003SZ1LY9
Trockenbad Stdrd 4 blck 100-120VThermofisher wissenschaftlich 
i-Blot2 GeltransfergerätInvitrogenIB21001Western-Blot-Transfersystem
Inverses MikroskopCell Treat04355223EA
Mikroplatten-Reader82050-760
Mini-Gel-TankInvitrogenA25977
Open Air RockerFisher Marke88861025
Pipettenjunge BioTek229310
Vortex-MischerIntegra- VWR
Mitochondrien-Isolationsreagenzien 
Mitochondrien-IsolationskitThermofisher wissenschaftlich 89874
Phosphotase-HemmerThermofisher wissenschaftlich 
ProteasehemmerThermofisher wissenschaftlich 1861281
N-Glykan-Isolierung und IR-MALDESI-Reagenzien
Essigsäure Fisher ScientificA1135050% in ESI-Lösungsmittel
Acetonitril Sigma Aldrich34851-4L1 mM in ESI-Lösungsmittel
Ammoniumbicarbonat Fisher ScientificA643500100 mM
KalibrierlösungThermofisher ScientificA39239Pierce FlexMix
Dithiothreitol Sigma AldrichAC4263801001 M
JodacetamidSigma AldrichA322-10VL
LC/MS WasserThermofisher Scientific047146.M6
PNGase FBulldog BioNZPP01075000 U/ml, Enzym für die Freisetzung von N-Glykan 
N-Glykan-Isolierung und IR-MALDESI Verbrauchsmaterialien
Amicon ZentrifugalfilterFisher Scientific UFC50102410 kDa MWCO
MassenspektrometerOrbitrap Exploris 240
Mid-IR LaserJGM Associates, Burlington, MA, USA
Teflon-MikrotiterobjektträgerProsolia, Indianapolis, IN, USA
strong>N-Glykananalysesoftwares
GlycoMod Expasy https://web.expasy.org/glycomod/
GlyConnectExpasy https://glyconnect.expasy.org/
Proteinisolierung und Western-Blot-Verbrauchsmaterialien 
Basix Gel-Ladespitzen ( 10 & Mikro; L) Basix13-611-102
Basix Gel-Ladespitzen ( 200 & Mikro; L) Basix13-611-116
ZellabstreiferVWR Labs14-388-100
i-Blot NC reguläre StacksInvitrogenIB23001
i-Blot2 PVDF Regular StacksInvitrogenIB24001
nbsp; µ L MikropipetteFisher ScientificFBE00010
20 µ L MikropipetteInvitrogenFBE00020
200  &Mikro; L Mikropipette Fisher BrandFBE00200
1000 µ L MikropipetteMarke Fisher FBE01000
nbsp; µ L Pipettenspitzen VWR Labore76322-528
20  µ L PipettenspitzenVWR labs76322-134
200  µ L Pipettenspitzen VWR Labore76322-150
1000  &Mikro; L PipettenspitzenVWR labs76322-154
Well-Platte Fisher Marke14-388-100
Proteinisolierung und Western Blot Reagenzien  Aktin-Antikörper
( Wirt : Kaninchen )Cell Signaling Technologies8457T
Anti-Kaninchen-IgG HRP verknüpftCell Signaling7074S
Bolt 4-12% Bis-Tris PlusInvitrogenNW04120BOX
Rinderserum AlbuminFisher BioreagenzienBP9700-100
COXIV Antikörper ( Wirt : Kaninchen )Cell Signaling Technologies4844S
GAPDH Antikörper ( Wirt : Kaninchen)Cell Signaling Technologies2118S
MicroBCA-Protein-Assay-KitThermofisher wissenschaftlich 23235
Nupage MOPS SDS Laufpuffer [20x]Thermofisher wissenschaftlich NP0001
PAGE Lineal vorgefärbte ProteinleiterThermofisher wissenschaftlich 815-968-0747Verdünnung = Verwenden Sie 7  µ L zum Laden in die erste Vertiefung
Phosphatgepufferte Kochsalzlösung Aniara DiagnosticsA12-9423-5Bereiten Sie 1x PBS aus 10x Pulver zu
Pierce ECL Western Blotting SubstratThermofisher wissenschaftlich 32106Chemilumineszenz-Substrat-Kit
RIPA PufferThermofisher wissenschaftlich 89901
ProbenpufferNovexB0007Der Bolzen-LDS-Probenpuffer wird im Verhältnis von Probe zu Probenpuffer von 3:1 hergestellt
Tween-20MP BiomedicalsTWEEN201
Verbrauchsmaterialien für Gewebekulturen 
Countess SlidesAvantor229411
Eppendorf RöhrchenCell Treat414004-265612-5884
2 mL AspirationspipetteVista lab5090-0010E
5 mL serologische PipetteFisher Scientific13-678-11D
10 mL serologische PipetteBasix13-678-11E
25 mL serologische PipetteVista labFB012937
50 mL serologische PipetteVista lab14955233
15 mL Konisches RöhrchenAvantor229225A
50 mL konisches RöhrchenCell treat4190-0050
T-75 cm2 GewebekulturflascheFisher Scientific
T-180 cm2 GewebekulturkolbenFisher Scientific
Reagenzien für Gewebekulturen 
BV2 Mikroglia-Zelllinie Kreatives Bioarray CSC-I2227ZImmortalisierte Maus-Mikroglia (BV2) aus C57/BL6-Mikroglia für Neugeborene 
Enzyme zur ZelldissoziationThermofisher wissenschaftlich 12563029TrypLE 
Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM) Medium mit niedrigem Glukosegehalt Gibco10567014
Fötales RinderserumCytivaSH30071.03HI
Minimum an essentiellen Medien (MEM) Nicht-essentiellen AminosäurenGibco11140050
Penicillium StreptomycinCytiviaSV30010
Phosphatpuffer KochsalzlösungCorning21-040-CV
Trypanblau-Färbung 0,4%InvitrogenNr. T10282
888700031861274< 10& 10& Technologies FB012937 FB012939

Referenzen

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