Wir präsentieren die multimodale konfokale Raman-Mikrospektroskopie (RS) und die tomographische Phasenmikroskopie (TPM) für die schnelle morphochemische Phänotypisierung menschlicher Brustkrebszellen (MDA-MB-231). Unter Ausnutzung der nicht-perturbativen Natur dieser fortschrittlichen Mikroskopietechniken haben wir detaillierte morphomolekulare Daten von lebenden, markierungsfreien Zellen in ihrer natürlichen physiologischen Umgebung erfasst. Es wurden humane verzerrungsfreie Datenverarbeitungspipelines entwickelt, um hyperspektrale Raman-Bilder (die Raman-Moden von 600 cm-1 bis 1800 cm-1 abdecken und eine breite Palette von molekularen Bindungen und subzellulären Strukturen einzigartig charakterisieren) sowie morphologische Daten aus dreidimensionalen Brechungsindex-Tomogrammen (die Messungen des Zellvolumens, der Oberfläche, des Fußabdrucks und der Sphärizität mit Nanometerauflösung ermöglichen) zu analysieren, neben Trockenmasse und Dichte). Durch die systematische Aufschlüsselung der reichhaltigen Einzelzelldetails, die RS und TPM liefern, zeigen wir auf quantitative Weise den Vorteil einer solchen multimodalen Mikroskopiemethode für die Phänotypisierung von tumoralen Brustkrebszellen. Unsere Tools bieten auch weitere Einblicke in die subzellulären Informationen, ohne dass Markierungen verwendet werden. Schließlich untersuchen und diskutieren wir alle einzigartigen oder korrelierten Informationen, die RS- und TPM-abgeleitete Datensätze enthalten. Wir glauben, dass unsere Tools und quantitativen Datenanalyse-Pipelines die Phänotypisierungsaufgaben in der biomedizinischen Forschung revolutionieren können, wenn eine schnelle und störungsfreie Methode an lebenden Zellen in Kultur benötigt wird, mit dem Potenzial für eine zukünftige Umsetzung in klinische und diagnostische Anwendungen.