1. Versuchsmaterialien
C. oleifera Die Blätter von 'Dabieshan 1' wurden in drei Schlüsselstadien der Entwicklung gesammelt: im juvenilen Stadium, etwa im Alter von 2 Jahren; Das Subjekt erreicht mit etwa 6 Jahren eine frühe Fruchtphase und erreicht schließlich seine Höchstfruchtzeit mit etwa 10 Jahren. Alle C. oleifera-Pflanzen in den oben genannten drei Entwicklungsstadien wurden mit in Behältern gezogenen Setzlingen derselben Spezifikation von C. oleifera 'Dabieshan 1' gepflanzt. Die physikalischen und chemischen Eigenschaften des Bodens im Waldland von C. oleifera wurden in Tabelle 1 dargestellt.
2. Überblick über die Sammlung
Experimentelle Materialien wurden in Heping Town gesammelt, das im Herzen der Provinz Anhui liegt. Der Kreis Shucheng liegt in der zentralen Region der Provinz und gehört zum Randgebiet der Dabie-Berge. Die Koordinaten sind 31°11 ′N, 116°47′E mit einer mittleren Höhe von 90 m. Der Boden wird als gelbbrauner Boden klassifiziert. Die Region weist ein feuchtes subtropisches Monsunklima auf, das eine durchschnittliche Jahrestemperatur von 15,6 °C erreicht, typischerweise etwa 1.100 mm Niederschlag pro Jahr verzeichnet, etwa 1.969 Stunden Sonnenschein pro Jahr erhält und eine frostfreie Phase von 224 Tagen hat.
3. Probenentnahme und Vorbehandlung
Die Proben wurden während der Vorblühzeit (Ende September) ausgewählt. Für jede Entwicklungsstufe wurden die Pflanzen von C. oleifera mit ähnlichem, gleichmäßigem und starkem Wachstum ausgewählt. Von jeder Pflanze wurde das dritte Blatt von oben nach unten entfernt, wobei mäßig Frühlingstriebe aus Ost-, West-, Süd- und Nordrichtungen des äußeren Teils der C. oleifera-Krone wuchsen. Die Proben wurden mit Serienbuchstaben und Zahlen markiert: YAT1, YAS2 und YAT3 für C. oleifera-Blätter im Juvenilstadium, das Subjekt erreicht eine frühe Fruchtphase bzw. die Spitzenfruchtphase. Diese wurden gesammelt und in flüssigem Stickstoff gelagert. Aus jeder Stufe wurden fünf zufällige Stichprobenbäume als eine biologische Replikation ausgewählt, und in allen Stufen wurden drei biologische Replikate eingerichtet. Die ausgewählten Exemplare wurden noch am selben Tag ins Labor zurückgebracht und bei -80 °C konserviert.
4. Bestimmung des physiologischen Index
Der lösliche Zuckergehalt wurde mit der anthron-kolorimetrischen Methode21 bestimmt. Der organische Kohlenstoffgehalt wurde durch die Kaliumdichromat-Oxidation – Eisensulfat-Titrationsmethode22 bestimmt. Der lösliche Proteingehalt wurde mit der Coomassie Brilliant BlueMethode 23 ermittelt. Die gesamte Stickstoffkonzentration wurde mit der Kjeldahl-Methode22 quantifiziert.
5. Es wurde die vollständige RNA isoliert, gefolgt vom Aufbau einer komplementären DNA-(cDNA)-Bibliothek und anschließender Sequenzierung
Totale RNA wurde in verschiedenen Stadien mit dem Pflanzen-RNA-Extraktionskit aus C. oleifera-Blättern extrahiert. Die Gesamtkonzentration der RNA wurde mit einem Vollspektrum-Ultraviolett-Spektrophotometer bestimmt. Die Integrität und Klarheit der RNA wurden von einem biologischen Analysator bestimmt. Nach dem Aufbau und der Validierung der cDNA-Bibliothek wurde die transkriptomische Sequenzierung unter Verwendung einer sequenz-für-sequenzierenden Hochdurchsatz-Sequenzierungsplattform durchgeführt. Das Sequenzierungsverfahren erzeugte einzelne Reads, die jeweils 100 Basenpaare umfassten: 24, 25, 26. Die Ergebnisse der Sequenzprozessausrichtung wurden statistisch mit der RSEM-Software27 analysiert. Differentiale Expressionsgene (DEGs) in verschiedenen Entwicklungsstadien von C. oleifera wurden mit der DESeq-Differentialanalyse-Software28,29 identifiziert.
6. De-novo-Assembly und UniGene-Annotation
SeqPrep http://github.com/jstjohn/SeqPrep) und Sickle (http://github.com/najoshi/sickle) wurden verwendet, um die Rohdaten zu filtern, einschließlich der Entfernung minderwertiger Sequenzen und kontaminierter Adapter. Anschließend wurden die sauberen Lesungen jeder Probe mit der Trinity-Software30,31 zusammengesetzt. Alle zusammengestellten Transkripte wurden der BLASTX-Ausrichtung gegen die Swiss-Prot, Cluster orthologer Gruppen für eukaryotische vollständige Genome und KEGG-Datenbanken in sequentieller Reihenfolge unterzogen. Ein typischer Cut-off-E-Wert (E-Wert <10−5) wurde gesetzt, um deren Funktionsannotationen abzurufen. Das KEGG wurde zur Analyse verwandter Stoffwechselwegeeingesetzt 32.
7. Funktionale Annotation von Genen und differenziell exprimierte Genanalyse
Gen- und Isoformhäufigkeiten wurden statistisch mit der RSEM-Software27 analysiert. Ein Cut-off (P < 0,05, FDR < 0,01, |log2FC|>1) wurde gesetzt, um differenziell exprimierte Gene (DEGs) zu identifizieren. Die erwartete Anzahl von Fragmenten pro kb Transkript pro Million kartierter Fragmente (FPKM) ist derzeit die am weitesten verbreitete Methode zur Schätzung von Genexpressionsniveaus28. Die FPKM-Werte aller Gene aus den drei verschiedenen Wachstums- und Entwicklungsstadien (YAT1, YAS2 und YAT3) wurden berechnet. Eine hierarchische Clustering-Analyse wurde durchgeführt, um die unterschiedlichen Genexpressionsniveaus zu untersuchen. Gleichzeitig wurde der KEGG-Weg darauf vorbereitet, DEGs zu identifizieren, die signifikant in metabolischen Signalwegen angereichert sind, bei Bonferroni-korrigiertem P ≤ 0,05 im Vergleich zum gesamten Transkriptom mit KOBAS29.
8. Analytische Methoden
Die Daten wurden mit Excel präsentiert, um Mittelwerte und Standardabweichungen zu berechnen. Die Varianzanalyse (ANOVA) wurde für die statistische Analyse von SPSS-Software verwendet, und Duncans Mehrfach-Reichweitentest wurde verwendet, um signifikante Unterschiede im Nährstoffgehalt zwischen den drei Stufen zu bewerten. Anschließend wurden signifikante Unterschiede zwischen den Gruppen mittels post-hoc Mehrfachvergleiche mit der Least Significant Difference (LSD)-Methode bestimmt. Diagramme und Diagramme wurden mit der Origin-Software erstellt, um experimentelle und analytische Ergebnisse zu visualisieren. Es wurde keine statistische Signifikanz durch 'ns' (P > 0,05) angegeben. Statistisch signifikante Unterschiede wurden jeweils durch '*' (P < 0,05), '**' (P < 0,01), '***' (P < 0,001) und '****' (P < 0,0001) bezeichnet.