Photoabbaubare Hydrogel-basierte Isolierung von Bakterienkolonien in Mikrotiter-Arrays

Beginnen Sie mit einem Mikrotiter-Array, das mit einer inerten Schicht auf der flachen Oberfläche beschichtet ist.

Fügen Sie dem Array eine Suspension von Bakterienzellen hinzu, damit sie sich in den Vertiefungen absetzen können.

Ziehen Sie die Beschichtung ab, um oberflächengebundene Zellen zu entfernen, und behalten Sie die in den Vertiefungen lokalisierten Zellen bei.

Befestigen Sie dann das Mikrotiter-Array zwischen Abstandshaltern.

Nehmen Sie einen Objektträger mit einer nichtklebenden Beschichtung und legen Sie eine Hydrogel-Vorläuferlösung, die ein synthetisches Polymer und einen in einem Puffer gelösten Vernetzer enthält, darauf.

Invertieren Sie die Folie auf das Array, und inkubieren Sie. Der Vernetzer reagiert mit dem Polymer zu einem porösen Hydrogel, das die Zellen einschließt.

Entfernen Sie den Objektträger und legen Sie das Array in ein Medium, das das Bakterienwachstum unterstützt und Antibiotika enthält, um eine Kontamination zu verhindern.

Die eingeschlossenen Bakterien vermehren sich zu räumlich unterschiedlichen Kolonien.

Das Hydrogel enthält photoabbaubare Vernetzungen, die unter Einwirkung von ultraviolettem Licht brechen und einen gezielten Hydrogelabbau für die selektive Extraktion von Bakterienkolonien ermöglichen.

Säen Sie 700 Mikroliter bakterielle Zellsuspensionen mit OD 600 von 0,1 über das Mikrotiter-Array-Substrat und stellen Sie die Hydrogel-Vorläuferlösung her, wie zuvor demonstriert, unter Verwendung von 12,5 Mikrolitern phosphatgepufferter Kochsalzlösung ATGN mit pH 8. Pipettieren Sie 12,5 Mikroliter der Vorläuferlösung auf einen nicht reaktiven perfluoralkylierten Glasobjektträger und platzieren Sie zwei 38-Mikrometer-Stahlabstandshalter auf zwei gegenüberliegenden Seiten des mit Zellen inokulierten Mikrotiterarray-Substrats. Dann invertieren Sie den perfluoralkylierten Glasobjektträger mit dem Vorläuferlösungströpfchen und platzieren Sie ein Tröpfchen in der Mitte des Mikrotitersubstrats.

Wenn das Hydrogel nach einer Inkubation von 25 Minuten bei Raumtemperatur gebildet ist, entfernen Sie den Objektträger vorsichtig vom Mikrotitersubstrat und legen Sie das Substrat in eine Petrischale, die ATGN-Medien enthält, das mit Antibiotikum ergänzt ist.