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Beginnen wir mit Legionella pneumophila, einem Atemwegserreger, der eine fluoreszenzmarkierte Komponente des Sekretionssystems exprimiert, die für eine Wirtsinfektion benötigt wird.
Um die Polarität dieser Komponenten zu quantifizieren, erfassen Sie Fluoreszenzbilder und passen Sie den Kontrast an, um einzelne Zellen zu unterscheiden.
Platzieren Sie rechteckige Bereiche vom Zellpol in Richtung Zytoplasma, um Fluoreszenzgradienten zu messen.
Maskieren Sie diese Bereiche, um die mittlere Intensität und Varianz zu extrahieren, und berechnen Sie dann die Polaritätswerte als Verhältnis von Varianz zu mittlerer Intensität.
Hohe Polaritätswerte deuten auf eine gezielte Rekrutierung von Komponenten an den Bakterienpolen hin.
Nehmen Sie für dynamische Messungen zwei Zeitrafferbilder auf und passen Sie den Kontrast an, um die Zellen deutlich zu visualisieren.
Platzieren Sie quadratische Bereiche in der Zellmitte, um die zytosolische Fluoreszenz zu messen.
Maskieren Sie ganze Zellen, um Photobleaching zu korrigieren, und definieren Sie Hintergrundbereiche zwischen Zellen für die Rauschsubtraktion.
Exportieren Sie alle Intensitäten und berechnen Sie die Änderung der Fluoreszenz im Laufe der Zeit.
Eine erhöhte Intensität deutet auf eine Clusterbildung hin, während eine verringerte Intensität die dynamische Umverteilung von Sekretkomponenten innerhalb der Bakterien widerspiegelt.
Um die Polarität zu quantifizieren, passen Sie den Bildkontrast so an, dass die Bakterien deutlich sichtbar sind.
Vergrößern Sie dann den interessierenden Bereich und platzieren Sie mit dem Region-Werkzeug ein Rechteck von 0,25 x 1,3 Mikrometern, das am Pol beginnt und sich in das Zytoplasma erstreckt, wobei Sie darauf achten, dass das Rechteck innerhalb der Bakteriengrenzen bleibt.
Markieren Sie mindestens 200 Bakterien, und erstellen Sie Masken, indem Sie die Schaltfläche "Bereich zum Maskieren" im Menü "Analysieren" verwenden. Klicken Sie auf Maskenstatistik und wählen Sie Objekt unter Maskenbereich. Markieren Sie dann die mittlere Intensität und Varianz unter Features und Intensität.
Exportieren Sie die Daten als Textdatei und verwenden Sie die Tabellenkalkulationsanwendung, um die Polaritätswerte jedes Bakteriums als Verhältnis zwischen der Varianz und der mittleren Intensität zu berechnen.
Um die Dynamik der Fusionsproteine zu quantifizieren, öffnen Sie das Bildaufnahmefenster und markieren Sie den Zeitraffer.
Geben Sie zwei in das Feld für die Anzahl der Zeitpunkte ein. Aufnahme von zwei aufeinanderfolgenden Bildern von Legionella Pneumophila , die das fluoreszierende Protein von Interesse exprimieren.
Passen Sie den Bildkontrast an, bis die Zellen deutlich sichtbar sind. Verwenden Sie dann das Bereichswerkzeug, um ein Quadrat von 0,25 x 0,25 Mikrometern in der Mitte von mindestens 400 Zellen zu platzieren.
Verwenden Sie anschließend die Schaltfläche "Bereich zum Maskieren" im Menü "Analysieren", um eine Maske der gewünschten Quadrate zu erstellen. Erstellen Sie eine neue leere Maske und markieren Sie mit dem Pixelwerkzeug den gesamten Zellenbereich von mindestens 25 zufälligen Zellen. Erstellen Sie eine weitere Maske und verwenden Sie das große Pinselwerkzeug, um Bereiche zwischen den Zellen zu markieren.
Wählen Sie abschließend Maskenstatistik aus und stellen Sie sicher, dass das Objekt unter Maskenbereich für Maske eins ausgewählt ist. Wählen Sie unter Features und Intensität die Option Mittlere Intensität aus. Exportieren Sie die Daten und wiederholen Sie den Vorgang für Maske 2. Wählen Sie für Maske 3 die gesamte Maske aus und exportieren Sie die mittlere Intensität.