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Neutralisierende Antikörper (NAbs) werden von Zellen sezerniert, um sie vor eindringenden Viren zu schützen.
Um die Wechselwirkungen von NAbs mit Viren zu untersuchen, verwenden Sie technisch veränderte virusähnliche Partikel oder VLPs. Diese nanoskaligen Strukturen enthalten eine Ansammlung von von Viren abgeleiteten Proteinen ohne virales genetisches Material, was sie nicht infektiös macht. VLPs sind von einer Lipiddoppelschicht umgeben, die in antigene Hüllglykoproteine eingebettet ist, die ein neutralisierendes Epitop darstellen, eine spezialisierte Region, an die die NAbs binden.
Geben Sie die VLPs in ein Röhrchen mit neutralisierenden Antikörpern, die an proteinkonjugierte magnetische Kügelchen gebunden sind. Unter Rühren inkubieren, um zu verhindern, dass sich die Kügelchen absetzen. Während der Inkubation erkennt die Epitopregion der VLPs das komplementäre Paratop auf der Fab-Region der NAbs, was zu Antigen-Antikörper-Komplexen führt. Dies wiederum hilft den magnetischen Kügelchen, die VLPs einzufangen.
Legen Sie das Rohr in ein Trenngestell, das mit einem starken Magneten ausgestattet ist. Unter dem Einfluss eines Magnetfeldes bewegen sich die mit VLPs komplexierten Kügelchen auf den Magneten zu, ohne die Antigen-Antikörper-Wechselwirkung zu stören. In diesem Schritt werden die gebundenen VLPs eingefangen, während diejenigen ohne spezifische Antigene im Überstand verbleiben.
Entsorgen Sie den Überstand und waschen Sie das Pellet mit Waschpuffer, um ungebundene VLPs zu entfernen. Resuspendieren Sie die VLP-Kügelchenkomplexe in einem Elutionspuffer, wodurch sich die VLPs von den Kügelchen lösen und im Überstand erscheinen.
Aspirieren Sie die isolierten Antigen-anzeigenden VLPs in ein frisches Röhrchen und lagern Sie sie zur weiteren Analyse im Kühlschrank.
Beginnen Sie mit der Resuspendierung der magnetischen Kügelchen, indem Sie entweder auf und ab pipettieren oder mindestens 5 Minuten lang auf einem Rotator bei 50 U/min mischen.
Bereiten Sie in der Zwischenzeit die Antikörperlösung vor, die die bNAbs enthält. Verwenden Sie 10 Mikrogramm von jedem bNAb und 200 Mikroliter Antikörperbindungs- und Waschpuffer pro Reaktion. Für jede Reaktion werden 50 Mikroliter der magnetischen Bead-Lösung in ein 1,5-Milliliter-Reaktionsgefäß umgefüllt und dann die Röhrchen auf das magnetische Trenngestell gelegt.
Warten Sie, bis sich die Kügelchen an der Tubenwand sammeln, um sicherzustellen, dass alle Kügelchen gesammelt sind, und entfernen Sie dann den Überstand. Entfernen Sie den Magneten und suspendieren Sie die Kügelchen in 200 Mikrolitern der zuvor hergestellten bNAb-Lösung.
30 Minuten bis 3 Stunden inkubieren, dabei auf einem Rotator bei 50 U/min bei Raumtemperatur mischen. Nach der Inkubation stellen Sie die Reaktionsgefäße in das magnetische Trenngestell, warten und entfernen den Überstand.
Entfernen Sie die Röhrchen vom Magneten und waschen Sie die Kügelchen, indem Sie sie in 200 Mikrolitern Antikörperbindungs- und Waschpuffer resuspendieren. Wiederholen Sie die Wäsche mit antikörperbindendem und waschbarem Puffer und entfernen Sie so viel Waschpuffer wie möglich, wenn Sie fertig sind.
Geben Sie die Proben zu den perlengebundenen bNAbs. Wenn das hinzugefügte Probenvolumen unter 1 Milliliter liegt, fügen Sie PBS hinzu, um das Probenvolumen auf 1 Milliliter einzustellen, und resuspendieren Sie die Kügelchen dann durch vorsichtiges Pipettieren. Inkubieren Sie die Proben und Kügelchen 2,5 Stunden lang auf einem Rotator bei Raumtemperatur, wobei Sie sicherstellen, dass die Kügelchen in Suspension bleiben, und die Lösung während der Inkubation gründlich gemischt wird.
Setzen Sie die Röhren auf den Magneten und entfernen Sie den Überstand. Waschen Sie dann die magnetischen Kügelchen, indem Sie sie in 200 Mikrolitern Waschpuffer aufhängen. Suspendieren Sie die Kügelchen in 100 Millilitern Waschpuffer und geben Sie die Suspension in ein sauberes, hitzebeständiges Reaktionsröhrchen. Legen Sie das Rohr auf das magnetische Trenngestell und entfernen Sie den Überstand vollständig.
Um denaturierte SDS-PAGE-Proben herzustellen, suspendieren Sie die Kügelchen in 20 bis 80 Mikrolitern Laemmli-Puffer und inkubieren Sie sie 5 Minuten lang bei 95 Grad Celsius. Fahren Sie direkt mit SDS-PAGE fort und legen Sie die Röhrchen auf ein Magnetgestell, um die Kügelchen von der Lösung zu trennen. Alternativ können Sie die Proben bei -20 Grad Celsius lagern.