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Kohlenhydratabbauende Enzyme zerlegen die komplexen Polysaccharide in kleinere Oligosaccharide.
Um die Abbauaktivität des Enzyms zu screenen, beginnen Sie mit der Einnahme mehrerer chromogener Polymer-Hydrogele, CPH, die durch Färben von Polysacchariden mit verschiedenfarbigen Chlortriazin-Farbstoffen hergestellt werden. Jedes Polysaccharid wird dann chemisch zu Hydrogel vernetzt – einem synthetischen Substrat für den enzymatischen Abbau.
Dispensieren Sie nun verschiedene CPH-Substrate in unterschiedliche Vertiefungen einer porösen Reaktionsplatte. Fügen Sie eine Aktivierungslösung hinzu und inkubieren Sie sie, um eine optimale Aktivierung der Substrate zu gewährleisten.
Legen Sie die Assay-Platte über eine leere Produktplatte. Zentrifugieren Sie die Platten zusammen bei niedriger Geschwindigkeit, um eine effiziente Entfernung der Aktivierungslösung durch die Poren der Reaktionsplatte zu ermöglichen.
Ergänzen Sie als Nächstes alle Vertiefungen der Reaktionsplatte mit der gleichen Art von kohlenhydratabbauendem Enzym in einem geeigneten Puffer, der einen optimalen pH-Wert für die enzymatische Aktivität aufrechterhält. Verschließen Sie die Platte und inkubieren Sie sie unter leichtem Rühren, um eine gleichmäßige Verteilung der Enzyme im polymeren Netzwerk zu ermöglichen und ihnen den Zugang zum Substrat zu ermöglichen.
Während der Inkubation baut das Enzym mit entsprechender Aktivität gegen das Substrat die Polysaccharide in CPH ab, um kleinere farbstoffgebundene Oligosaccharide zu produzieren. Diese Produkte sind löslich, wodurch die Lösung farbig wird. Drehen Sie die Platten, um die farbige Lösung in der Produktplatte zu sammeln.
Bestimmen Sie spektrophotometrisch die Produktabsorption, um die Enzymaktivität zu messen.
Aktivieren Sie zunächst die Platte des 96-Well-Filter-Assay-Kits, indem Sie 200 Mikroliter Aktivierungslösung in jedes Well geben. Bei Raumtemperatur ohne Rühren 10 Minuten inkubieren.
Verwenden Sie eine Zentrifuge und eine beliebige Standard-96-Well-Platte für die Entnahme, um die vorhandene Aktivierungslösung zu schleudern. Geben Sie 100 Mikroliter steriles Wasser zu den Chromogenen Polymer-Hydrogel- oder CPH-Substraten und wenden Sie ein Vakuum oder Schleudern an, um den Stabilisator zu entfernen. Wiederholen Sie den Waschgang noch zwei Mal.
Zur Vorbereitung der Enzymreaktion geben Sie 150 Mikroliter 100-Millimolar-Natriumacetat-Puffer mit einem pH-Wert von 4,5 und 5 Mikroliter Endo-Cellulade-Lösung mit drei verschiedenen Konzentrationen in jede Vertiefung der Platte des Assay-Kits.
Platzieren Sie die Produktplatte unter der Platte des Assay-Kits, um mögliche Leckagen aus der Reaktionsplatte während des Schüttelns aufzufangen. Inkubieren Sie dann die Platte des Assay-Kits bei Raumtemperatur in einem horizontalen Schüttler bei 100 U/min für 30 Minuten.
Um zuverlässige Daten zu erhalten, ist es notwendig, das Reaktionsgemisch während der Inkubation zu rühren.
Legen Sie die Platte des Assay-Kits mit der Produktplatte darunter in die Zentrifuge und schleudern Sie sie 10 Minuten lang bei 2.700 x g, um das Reaktionsprodukt in die Vertiefungen der Produktplatte zu überführen.
Überprüfen Sie nach dem Schleudern die Produktplatte, um sicherzustellen, dass das Flüssigkeitsvolumen in jeder Vertiefung ungefähr gleich ist. Lesen Sie mit einem Plattenleser die Absorption der Auffangplatte bei 630 Nanometern für die verschiedenen grünen CPH-Substrate ab.