Chromatin-Immunpräzipitation zur Identifizierung von Zielprotein-Bindungsstellen auf genomischer DNA

Um die Bindungsstellen eines Zielproteins auf der DNA zu identifizieren, beginnen Sie mit Oligodendrozyten-Vorläuferzellen, die ein Zielprotein enthalten, das mit spezifischen DNA-Sequenzen im Chromatin vernetzt ist.

Behandeln Sie die Zellen mit einem Lysepuffer, der Proteasehemmer enthält. Der Lysepuffer lysiert die Zellen, während die Inhibitoren Proteasen inaktivieren, um die Integrität der Protein-Chromatin-Komplexe zu erhalten.

Beschallen Sie den Inhalt, um die Komplexe in kleinere Chromatinfragmente zu scheren, wobei einige das Zielprotein beibehalten.

Zentrifugieren Sie, um die Zellkomponenten zu pelletieren, und überführen Sie den Überstand mit den Chromatinfragmenten in ein frisches Röhrchen. Inkubieren Sie mit Anti-Target-Antikörpern, die spezifisch an das Zielprotein auf den Chromatinfragmenten binden.

Ergänzen Sie das Röhrchen mit Protein-A-beschichteten magnetischen Kügelchen, die an die Fc-Region von vorgebundenen Antikörpern binden. Wenden Sie ein Magnetfeld an, um die antikörpergebundenen Zielproteine, die mit Chromatinfragmenten komplexiert sind, selektiv auszufällen.

Behandeln Sie die Kügelchenkomplexe mit einem hochsalzhaltigen Elutionspuffer, um die Protein-Chro