DNA-barcode-based Multiplex Immunofluorescence Imaging to Analyze FFPE Specimens from Genetically Reprogrammed Murine Melanoma

Sachin  S. Surwase; Xin Ming M. Zhou; Kathryn M. Luly; Qingfeng Zhu; Niki Talebian; Robert A. Anders; Jordan J. Green; Stephany Y. Tzeng; Joel C. Sunshine

doi:10.3791/68124

DNA-Barcode-basierte Multiplex-Immunfluoreszenz-Bildgebung zur Analyse von FFPE-Proben von geneti...

JoVE Journal
Cancer Research

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DNA-barcode-based Multiplex Immunofluorescence Imaging to Analyze FFPE Specimens from Genetically Reprogrammed Murine Melanoma

DNA-Barcode-basierte Multiplex-Immunfluoreszenz-Bildgebung zur Analyse von FFPE-Proben von genetisch umprogrammierten murinen Melanomen

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09:58 min

June 6, 2025

DOI: 10.3791/68124-v

Sachin S. Surwase*^1,2,3, Xin Ming M. Zhou*^3,4, Kathryn M. Luly^1,2,3, Qingfeng Zhu^5,6,7, Niki Talebian⁶, Robert A. Anders^5,6,7,8,9, Jordan J. Green^{1,2,3,5,8,9,10,11,12}, Stephany Y. Tzeng^1,2,3, Joel C. Sunshine^{1,3,4,5,6,8,9}

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Dieses Protokoll bietet eine Schritt-für-Schritt-Anleitung für die Entwicklung eines Multiplex-Immunfluoreszenz-Antikörper-Panels für die DNA-Barcode-basierte Bildgebung von murinen FFPE-Melanomgeweben. Wir beschreiben auch eine Bildanalyse-Pipeline mit Open-Source-Tools zur Generierung von räumlichen Proteomik-Einblicken in die Immunmikroumgebung des Mausmelanomtumors.

Wir stellen ein Protokoll zur Entwicklung und Validierung eines Multiplex-Immunfluoreszenz-Panels zur Untersuchung von FFPE-Geweben von Mäusen vor und demonstrieren dessen Nutzen durch die Untersuchung von Proben aus einem Melanommodell, das mit Nanopartikeln behandelt wurde, die Plasma-DNA liefern und immunologische Signale für die Reprogrammierung der Tumormikroumgebung kodieren. Auf diesem Gebiet fehlten streng entwickelte und validierte Multiplex-Immunfluoreszenzprotokolle, die mit formalinfixierten, paraffineingebetteten FFPE-Geweben der Maus kompatibel sind.

Die formalinfixierte Paraffineinbettung bewahrt die Gewebemorphologie langfristig, ist einfach zu handhaben und zu lagern und ermöglicht die Erstellung von Gewebe-Microarrays für die Betrachtung mehrerer Proben auf einem einzigen Objektträger.

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