DNA-Barcode-basierte Multiplex-Immunfluoreszenz-Bildgebung zur Analyse von FFPE-Proben von genetisch umprogrammierten murinen Melanomen

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6. Juni 2025

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Sachin S. Surwase^*¹^,²^,³ , Xin Ming M. Zhou^*³^,⁴ , Kathryn M. Luly¹^,²^,³ , Qingfeng Zhu⁵^,⁶^,⁷ , Niki Talebian⁶ , Robert A. Anders⁵^,⁶^,⁷^,⁸^,⁹ , Jordan J. Green¹^,²^,³^,⁵^,⁸^,⁹^,¹⁰^,¹¹^,¹² , Stephany Y. Tzeng¹^,²^,³ , Joel C. Sunshine¹^,³^,⁴^,⁵^,⁶^,⁸^,⁹

¹Department of Biomedical Engineering, Johns Hopkins University, ²Translational Tissue Engineering Center, Johns Hopkins University, ³Johns Hopkins Translational ImmunoEngineering Center, Johns Hopkins University, ⁴Department of Dermatology, Johns Hopkins University, ⁵Department of Oncology, Johns Hopkins University, ⁶Department of Pathology, Johns Hopkins University, ⁷Convergence Institute, Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center Johns Hopkins University School of Medicine, ⁸Bloomberg Kimmel Institute for Cancer Immunotherapy, Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center, Johns Hopkins University School of Medicine, ⁹Sidney Kimmel Comprehensive Cancer Center, Johns Hopkins University School of Medicine, ¹⁰Institute for Nanobiotechnology, Johns Hopkins University, ¹¹Departments of Neurosurgery and Ophthalmology, Johns Hopkins University School of Medicine, ¹²Departments of Materials Science & Engineering and Chemical & Biomolecular Engineering, Johns Hopkins University

^* These authors contributed equally

Dieses Protokoll bietet eine Schritt-für-Schritt-Anleitung für die Entwicklung eines Multiplex-Immunfluoreszenz-Antikörper-Panels für die DNA-Barcode-basierte Bildgebung von murinen FFPE-Melanomgeweben. Wir beschreiben auch eine Bildanalyse-Pipeline mit Open-Source-Tools zur Generierung von räumlichen Proteomik-Einblicken in die Immunmikroumgebung des Mausmelanomtumors.

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DNA Barcode Imaging

r umliche Proteomik

Design von Antik rper Panels

Gewebemikroumgebung

Bildanalyse Pipeline

Zellph notypisierung

Tumormikroumgebung

Chapters in this video

0:00

Introduction

1:21

Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) Tissue Staining and Imaging for Multiplex Analysis

4:37

Digital Pathology Analysis and Proteomics Data Normalization

8:34

Results