NOTA: Históricamente, los cladogramas se han construido a través de la comparación de la morfología. Ahora, también se pueden comparar secuencias genéticas entre especies de interés para construir cladogramas. Las secuencias de ADN generalmente no se conservan en los fósiles, por lo que para este laboratorio utilizará la base de datos BLAST para comparar las secuencias de ADN de especies vivas que están estrechamente relacionadas con el fósil con miles de otras especies vivas.
Antes de comenzar este laboratorio, su instructor habrá descargado las tres secuencias de genes preservadas en una carpeta en su escritorio.
Navega a la página de inicio de BLAST, que el instructor debería haber dejado abierta en tu navegador, y haz clic en Estrategias Guardadas en el menú en la parte superior de la página.
Haga clic en Abrir en el archivo Evolutionary_Relationships_Gene1.txt.
Luego, haga clic en Ver para ir a la página de búsqueda de Standard Nucleotide BLAST. Debería poder ver la secuencia de ADN en el cuadro Secuencia de consulta en la parte superior derecha de la pantalla.
Desplácese hasta la parte inferior de la pantalla y haga clic en el botón BLAST. Nota: Se tardará unos minutos en procesar y analizar los datos.
Cuando se hayan procesado los datos, aparecerá un resumen gráfico. NOTA: La secuencia de consulta se representa mediante la línea azul en la parte superior del cuadro. Cada una de las líneas debajo de la línea azul representa otra secuencia en la base de datos BLAST que coincide con la consulta. La longitud y la ubicación de estas barras representan dónde y qué parte de la secuencia coincide con la consulta. El color de la barra representa su puntuación, es decir, la identidad de la secuencia con respecto a la consulta. Debajo del resumen gráfico se encuentra la lista de secuencias que producen alineaciones significativas, que contiene descripciones de las secuencias de ADN recuperadas de la base de datos que más se alinean con la oración de consulta. Estos se enumeran en orden descendente, desde el más similar en la parte superior hasta el menos similar en la parte inferior. A la derecha, hay varias estadísticas sobre qué tan estrechamente relacionada está cada secuencia de la base de datos con la secuencia experimental. Cuanto más altas sean las puntuaciones Max, Total, Query Coverage e Identity, más similares serán las secuencias de consulta y recuperadas entre sí. Del mismo modo, cuanto menor sea el número del valor E, menos probable es que las secuencias coincidan al azar y, lo que es más importante, la alineación es precisa. Un valor E de 0 indica una coincidencia muy significativa.
Haga clic en el nombre de la descripción de la alineación más similar de la lista. Esto le llevará más abajo en la página hasta la alineación exacta de la secuencia de ADN entre la secuencia recuperada y la secuencia de consulta.
Haga clic en el número de ID de secuencia. Esto abrirá una nueva pestaña con información más específica sobre la secuencia genética recuperada.
Identifica y registra los nombres científicos y comunes del organismo, que deben aparecer junto a Fuente.
Identifica y registra la proteína que codifica el gen, que debería aparecer junto a Definición.
Cierra la pestaña y pulsa Atrás para volver a la lista de Secuencias que producen alineaciones significativas.
Luego, repita los pasos 7 – 9 para las siguientes secuencias más similares.
Después de recopilar varios nombres de especies, regrese a la lista de Secuencias que producen alineaciones significativas y haga clic en Seleccionar: Todo para marcar todas las casillas junto a los nombres de cada secuencia de alineación enumerada.
Haga clic en Distancia de los resultados del árbol para crear un filograma basado en la similitud de todas las secuencias de genes de los resultados de BLAST con la secuencia de genes de consulta. Nota: La secuencia relativa del fósil de consulta se resaltará en amarillo.
Registre la ubicación de su secuencia en relación con los otros grupos de taxones que se muestran en el árbol.
Finalmente, regrese a la pestaña Estrategias guardadas y cargue la siguiente secuencia de genes guardada.
Consulta las dos secuencias de ADN relativas fósiles restantes como se demostró anteriormente (pasos 1 – 16).
