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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Este video documenta los métodos de recogida de muestras de agua marina costera y su procesamiento para diversas aplicaciones de aguas abajo como la concentración de biomasa, la purificación de ácidos nucleicos, la abundancia de células, los nutrientes y análisis de trazas de gas.
Este video documenta los métodos de recogida de muestras de agua marina costera y su procesamiento para diversas aplicaciones de aguas abajo como la concentración de biomasa, la purificación de ácidos nucleicos, la abundancia de células, los nutrientes y análisis de trazas de gas. Para las muestras de la manifestación de hoy se obtuvieron de la cubierta de la operación HMS John Strickland en Saanich Inlet. Un marco de A-torre, con un cabrestante de usos múltiples y un sistema de cable, se utiliza en combinación con Niskin o Go-Flo botellas de muestreo de agua. Conductividad, temperatura y profundidad (CTD), los sensores se utilizan también para probar la masa de agua subyacente. Para minimizar la emisión de gases, las muestras de gases traza son recogidos por primera vez. Entonces, los nutrientes, la química del agua, y el recuento de células se determinan. Finalmente, las aguas son recogidas para la filtración de la biomasa. El tiempo de preparación y de recolección de un reparto único es de ~ 1,5 horas a una profundidad máxima de 215 metros. Por lo tanto, un total de 6 horas es necesario en general para completar la serie de la colección se describe aquí.
Parte 1: Recolección de Agua
Parte 2: recolección de gas de muestra
Parte 3: recogida de muestras de nutrientes
Parte 4: colección de amoníaco de la muestra
Parte 5: La toma de muestras para el recuento de células
Parte 6: toma de muestras de sulfuro de hidrógeno, las mediciones
Parte 7: colección de pequeño volumen para la concentración de biomasa
Parte 8: colección de gran volumen para la concentración de biomasa
Parte 9: Resultados de Representante
El resultado final de muestreo de agua de mar resulta en aproximadamente 12 muestras de oxígeno disuelto, 32-48 muestras de gas, 16 muestras de nutrientes, de 32 muestras de amonio, 16 muestras de sulfuro de hidrógeno, 16 muestras para el recuento celular, 6 garrafones de 20 litros, 16 botellas de 1 litro y 4 Sterivex 0.22μm filtros que contienen biomasa microbiana conservado con el ARN más tarde.
Los autores no tienen nada que revelar.
Este video documenta los métodos de recogida de muestras de agua marina costera y su procesamiento para diversas aplicaciones de aguas abajo como la concentración de biomasa, la purificación de ácidos nucleicos, la abundancia de células, los nutrientes y análisis de trazas de gas.
Nos gustaría agradecer a la Fundación Canadiense para la Innovación, el British Columbia Fondo de Desarrollo de conocimientos y el Nacional de Ciencias e Ingeniería de Investigación (NSERC) de Canadá para apoyar los estudios en curso en las regiones de bajo nivel de oxígeno de las aguas oceánicas costeras y abiertas. Además, DAW fue apoyado por becas de NSERC, Killam y la Fundación Centro TULA financiado por la diversidad microbiana y la evolución.
| Garronas | de 20 L | Fisher Scientific | 02-960-15 | |
| 3/8" Tygon | Cole-Parmer | 06429-36 | ||
| Filtros | Sterivex Fisher Scientific | SVG010RS | ||
| Unidad | de carcasa de prefiltro | AMD | 501200 | |
| Luer Fitting | Cole-Parmer | 31507-27 | ||
| Tygon de 1/4" | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| Tygon de 1/4" | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| Tygon de 1/4" | Cole-Parmer | 06429-24 | ||
| Tubos de plástico de 50 ml | Frascos de||||
| suero de | vidrio | Colección | ||
| de muestras de vidrioSeptos y tapones de aluminio para frascos de suero de | vidrio | |||
| Crimpado | manual | |||
| 20-200ul Pipeta y puntas | ||||
| Tubos de vidrio Recolección | de | muestras de amonio | ||
| Botellas de plástico de 30 ml | Recolección de | nutrientes | ||
| Filtros Acrodisc EMD | Millipore | |||
| Tubos de 5 ml Colección | de | muestras de nitrito | ||
| de formaldehído | al 37% | Para muestras de recuento de células | ||
| Reactivo | de | acetato de zinc al 20% | Para muestras de sulfuro | |
| Reactivo | de cloruro mercúrico | Para muestras de gas | ||
| Reactivo | de | agua milliQ | ||
| Reactivo de trabajo de amonio | Reactivo | Tampón de borato, sulfito de sodio, ortofaladialdehído | ||
| Reactivo | de sulfanilamida | 5 g en 450 ml de agua y 50 ml | ||
| de solución de HCl N-(1-nafta)-clorhidrato | de etilendiamina | 0,5 g en 500 ml de agua |