Hay algunas variables que afectan los resultados observados, tales como la intensidad del láser se centran, las capacidades del equipo, la lente utilizada, etc fotoestabilidad del fluoróforo determina la rapidez con la fluorescencia debe ser capturado antes de desaparecer.
Este método de etiquetado de proteínas es muy versátil y útil para muchas aplicaciones. Tecnologías de la etiqueta de SNAP-y CLIP etiquetas para el etiquetado específico de proteínas de fusión con sondas sintéticas permiten diversos aspectos de la función de las proteínas, incluyendo una variedad de procesos dinámicos en células vivas y en lisados celulares. SNAP-, CLIP-, MCP y ACP-tag tecnologías proporcionan una versatilidad sencillez y extraordinaria a la imagen de las proteínas en células vivas y fijos y al estudio de las proteínas in vitro. La creación de una única construcción génica produce una proteína de fusión etiquetados capaz de formar un enlace covalente a una variedad de grupos funcionales, incluyendo fluoróforos, biotina, o de granos. La proteína de interés debe ser clonado y expresado una sola vez y después de la fusión se puede utilizar con una variedad de sustratos fluorescentes para numerosas aplicaciones posteriores, como el etiquetado de proteínas simultáneamente dentro de células vivas, localización de la proteína y el traslado, el pulso-caza experimentos, estudios de internalización del receptor , el etiquetado selectivo de la superficie celular, proteínas desplegable ensayos, la detección de proteínas en SDS-PAGE, citometría de flujo, de alto rendimiento de los ensayos de unión en placas de microtitulación, experimentos biosensor interacción, y FRET basado en ensayos de unión.