Microscopía multifotónica de generación armónica fluorescencia intrínseca y segundo (SHG) de órganos enteros de ratón se hace posible por ópticamente despejar el órgano antes de formación de imágenes. 1,2 Sin embargo, para los órganos que contienen las proteínas fluorescentes como GFP y YFP, protocolos ópticos de compensación que utilizan metanol deshidratación y clara usando bencil alcohol: benzoato de bencilo (BABB), mientras que no protegido de la luz 3 no preservan la señal fluorescente. El protocolo presentado aquí es una forma novedosa en la que realizar todo el órgano de compensación óptica en cerebro de ratón preservando al mismo tiempo la señal de fluorescencia de YFP expresan en las neuronas. Alterar el protocolo de intercambio de información óptica de tal manera que el órgano se deshidrata mediante una serie de etanol se ha encontrado para reducir el daño a las proteínas fluorescentes y preservar su señal fluorescente para formación de imágenes multifotónica. 4 Usando un método optimizado de compensación óptica con base de etanol y deshidratación cobro por parte BABBmientras protegida de la luz, se muestran imágenes de alta resolución multifotónica de proteína amarilla fluorescente (YFP) de expresión en las neuronas del cerebro de un ratón de más de 2 mm por debajo de la superficie del tejido.