La resonancia magnética de conectividad funcional en estado de reposo (rs-fcMRI) es una técnica que identifica la conectividad entre diferentes regiones del cerebro basándose en las correlaciones a lo largo del tiempo en la señal dependiente del nivel de oxigenación de la sangre. La resonancia magnética rs-fc se ha aplicado ampliamente para identificar anomalías en la conectividad cerebral en diferentes enfermedades neurológicas y psiquiátricas. Sin embargo, se desconoce la relación entre las anomalías de la conectividad rs-fcMRI, la electrofisiología cerebral y el estado de la enfermedad, en parte porque no se ha establecido la importancia causal de las alteraciones en la conectividad funcional en la fisiopatología de la enfermedad. La estimulación magnética transcraneal (EMT) es una técnica que utiliza la inducción electromagnética para producir cambios focales en la actividad cortical de forma no invasiva. Cuando se combina con la electroencefalografía (EEG), la EMT se puede utilizar para evaluar la respuesta del cerebro a las perturbaciones externas. Aquí proporcionamos un protocolo para combinar rs-fcMRI, TMS y EEG para evaluar la importancia fisiológica de las alteraciones en la conectividad funcional en pacientes con enfermedad neuropsiquiátrica. Aportamos resultados representativos de un estudio previamente publicado en el que se utilizó la rs-fcMRI para identificar regiones con conectividad anormal en pacientes con epilepsia debido a una malformación del desarrollo cortical, heterotopía nodular periventricular (HPN). La estimulación en pacientes con epilepsia dio lugar a una actividad anormal del EEG evocado por TMS en relación con la estimulación de los mismos sitios en pacientes de control sanos emparejados, con un aumento anormal en el componente tardío del potencial evocado por TMS, consistente con hiperexcitabilidad cortical. Esta anormalidad fue específica de regiones con conectividad funcional en estado de reposo anormal. El análisis de la fuente eléctrica en un sujeto con convulsiones previamente registradas demostró que el origen de la actividad anormal evocada por TMS colocalizada con la zona de inicio de las convulsiones, lo que sugiere la presencia de un circuito epileptogénico. Estos resultados demuestran cómo rs-fcMRI, TMS y EEG se pueden utilizar juntos para identificar y comprender la importancia fisiológica de la conectividad cerebral anormal en las enfermedades humanas.