Notablemente pocas vías de transducción de señales de célula a célula son necesarias durante el desarrollo embrionario para generar la gran variedad de tipos de células y tejidos en la forma del cuerpo adulto. Sin embargo, cada año se descubren más componentes de las vías de señalización individuales, y los estudios indican que, dependiendo del contexto, hay una interferencia significativa entre la mayoría de estas vías. Esta complejidad hace que el estudio de la señalización de célula a célula en cualquier sistema modelo de desarrollo in vivo sea una tarea difícil. Además, se requieren análisis funcionales eficientes para caracterizar las moléculas asociadas con las vías de señalización identificadas a partir de los grandes conjuntos de datos generados por las pantallas diferenciales de próxima generación. Aquí, ilustramos un método sencillo para identificar de manera eficiente los componentes de las vías de transducción de señales que gobiernan el destino celular y la especificación del eje en embriones de erizo de mar. La simplicidad genómica y morfológica de los embriones, similares a los del erizo de mar, los convierte en poderosos modelos de desarrollo in vivo para comprender interacciones de señalización complejas. La metodología descrita aquí se puede utilizar como plantilla para identificar nuevas moléculas de transducción de señales en vías individuales, así como las interacciones entre las moléculas en las diversas vías en muchos otros organismos.